PROJECT ID: GSE158142


data source GEO: GSE158142
description Neurogenesis comprises many steps from progenitor proliferation to neuronal differentiation and maturation. These processes are highly regulated, but the landscape of transcriptional changes underlying brain development are poorly characterized. Here, we describe a developmental single-cell RNA-seq catalog of ~220,000 zebrafish brain cells encompassing 12 stages from 12 hours post-fertilization to 15 days post-fertilization. We characterize known and novel gene markers for ~800 clusters and provide an overview of the diversification of neurons and progenitors across these timepoints. We also introduce an optimized version of the GESTALT lineage recorder that enables higher expression and recovery of Cas9-edited barcodes to query lineage segregation. Cell type characterization indicates that most embryonic neural progenitor states are transitory and transcriptionally distinct from neural progenitors of post-embryonic stages. Reconstruction of cell specification trajectories reveals that late-stage retinal neural progenitors transcriptionally overlap cell states observed in the embryo. The zebrafish brain development atlas provides a resource to define and manipulate specific subsets of neurons and to uncover the molecular mechanisms underlying vertebrate neurogenesis.
key word zebrafish; scRNA-Seq; CRISPR-Cas9 barcoding; brain; retina; progenitor; cell specification; transcriptional cascade; expression; lineage; cells; photoreceptor; identification; specification; transcription; genes
publication Raj B, Farrell JA, Liu J, El Kholtei J et al. Emergence of Neuronal Diversity during Vertebrate Brain Development. Neuron 2020 Dec 23;108(6):1058-1074.e6. PMID: 33068532
abstract Neurogenesis comprises many highly regulated processes including proliferation, differentiation, and maturation. However, the transcriptional landscapes underlying brain development are poorly characterized. We describe a developmental single-cell catalog of similar to 220,000 zebrafish brain cells encompassing 12 stages from embryo to larva. We characterize known and novel gene markers for similar to 800 clusters and provide an overview of the diversification of neurons and progenitors across these time points. We also introduce an optimized GESTALT lineage recorder that enables higher expression and recovery of Cas9-edited barcodes to query lineage segregation. Cell type characterization indicates that most embryonic neural progenitor states are transitory and transcriptionally distinct from neural progenitors of post-embryonic stages. Reconstruction of cell specification trajectories reveals that late-stage retinal neural progenitors transcriptionally overlap cell states observed in the embryo. The zebrafish brain development atlas provides a resource to define and manipulate specific subsets of neurons and to uncover the molecular mechanisms underlying vertebrate neurogenesis.


Dataset Information


dataset id species tissue experiment type sample source dataset id
1. GSE158142 (12hpf) Danio rerio head baseline 12hpf, 6 somites, untreatment GEO: GSM4793185
2. GSE158142 (14hpf) Danio rerio head baseline 14hpf, 10 somites, untreatment GEO: GSM4793187
3. GSE158142 (16hpf) Danio rerio head baseline 16hpf, 14 somites, untreatment GEO: GSM4793189
4. GSE158142 (18hpf) Danio rerio head baseline 18hpf, 18 somites, untreatment GEO: GSM4793191
5. GSE158142 (20hpf) Danio rerio head baseline 20hpf, 21-22 somites, untreatment GEO: GSM4793193
6. GSE158142 (24hpf) Danio rerio head baseline 24hpf, untreatment GEO: GSM4793196
7. GSE158142 (1.5dpf) Danio rerio head baseline 1.5dpf, untreatment GEO: GSM4793199
8. GSE158142 (2dpf) Danio rerio head baseline 2dpf, untreatment GEO: GSM4793201
9. GSE158142 (3dpf) Danio rerio head baseline 3dpf, untreatment GEO: GSM4793207
10. GSE158142 (5dpf) Danio rerio brain, eye baseline 5dpf, untreatment GEO: GSM4793216
11. GSE158142 (8dpf) Danio rerio brain, eye baseline 8dpf, untreatment GEO: GSM4793234
12. GSE158142 (15dpf) Danio rerio brain, eye baseline 15dpf, untreatment GEO: GSM4793238

Clustering Result


cluster cell type gene id (symbol) marker class evidence
1 Hindbrain rhombomere ENSDARG00000023031 (hoxa2b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
1 Hindbrain rhombomere -- (cyp26c1.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
1 Hindbrain rhombomere ENSDARG00000101076 (irx3a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain -- (eng2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain ENSDARG00000008796 (her5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain ENSDARG00000002707 (her11) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain -- (eng2b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain ENSDARG00000062478 (ackr3a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain ENSDARG00000006911 (wnt8b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain ENSDARG00000068213 (fzd10) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Midbrain ENSDARG00000076571 (sp5a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Optic vesicle ENSDARG00000040321 (rx2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Optic vesicle ENSDARG00000000588 (grasp) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Optic vesicle ENSDARG00000007941 (hmx4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Optic vesicle ENSDARG00000056979 (lhx9) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Diencephalon ENSDARG00000057936 (lhx5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Diencephalon ENSDARG00000104107 (nkx2.4b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Diencephalon ENSDARG00000038867 (shhb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Placode ENSDARG00000019516 (sp7) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Placode ENSDARG00000044356 (tp63) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Placode ENSDARG00000004539 (ptgs2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Placode ENSDARG00000111106 (arl3l1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Mesoderm ENSDARG00000040815 (tsku) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Mesoderm ENSDARG00000055398 (foxc1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Mesoderm ENSDARG00000012060 (thbs3b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Mesoderm ENSDARG00000056913 (pcolcea) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Heart primordium ENSDARG00000037995 (gdf3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Heart primordium ENSDARG00000055630 (foxh1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neural crest ENSDARG00000062262 (ednrab) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neural crest ENSDARG00000021032 (foxd3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000054616 (cldni) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000012016 (hpgd) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000088717 (ecrg4b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000103590 (cyp2aa6) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000079964 (dlx2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000094752 (rpe65b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000045887 (mmp30) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Placode -- (ptchd3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Placode ENSDARG00000015879 (pax8) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Placode ENSDARG00000019516 (sp7) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Telencephalon ENSDARG00000070769 (foxg1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Telencephalon ENSDARG00000022531 (ntn1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Neuron ENSDARG00000003469 (neurod4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Neuron ENSDARG00000056175 (scrt2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Neuron ENSDARG00000086327 (srrm4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Prechordal plate,polsterq -- (ctslb.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Prechordal plate,polsterq -- (he1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Notochord ENSDARG00000078052 (emilin3a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Notochord ENSDARG00000076904 (loxl5b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Notochord -- (hfe2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Adaxial cells ENSDARG00000006526 (fn1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Adaxial cells ENSDARG00000007277 (myf5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Adaxial cells ENSDARG00000028213 (ttn.2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Adaxial cells ENSDARG00000000563 (ttn.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Adaxial cells ENSDARG00000035958 (tnni2b.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Adaxial cells ENSDARG00000030110 (myod1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Adaxial cells ENSDARG00000099197 (actc1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Periderm cells ENSDARG00000055046 (ponzr5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Periderm cells ENSDARG00000055514 (icn2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Periderm cells ENSDARG00000100185 (elovl7b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Periderm cells ENSDARG00000103917 (znf185) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

cluster cell type gene id (symbol) marker class evidence
1 Mid,hind progenitors (neural plate) ENSDARG00000056729 (her4.2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000071684 (rx1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000040321 (rx2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Optic stalk (ventral diencephalon) ENSDARG00000008131 (sox1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Optic stalk (ventral diencephalon) ENSDARG00000070677 (fezf2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Epidermal cells ENSDARG00000012972 (cfl1l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Epidermal cells ENSDARG00000033466 (tagln2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Epidermal cells ENSDARG00000063295 (myh9a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Epidermal cells ENSDARG00000052652 (fermt1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Mesoderm ENSDARG00000012060 (thbs3b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Mesoderm ENSDARG00000033971 (prrx1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Mesoderm ENSDARG00000091481 (foxc1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Midbrain ENSDARG00000008796 (her5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Midbrain ENSDARG00000002707 (her11) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Epidermal cells ENSDARG00000012972 (cfl1l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Epidermal cells ENSDARG00000033466 (tagln2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Epidermal cells ENSDARG00000052652 (fermt1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Neural crest -- (fam212aa) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Neural crest ENSDARG00000076010 (twist1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Neural crest ENSDARG00000043923 (sox9b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Neuron ENSDARG00000004232 (dlb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Neuron ENSDARG00000003469 (neurod4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Neuron ENSDARG00000074030 (myt1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Neuron ENSDARG00000086327 (srrm4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Somite (mesoderm) ENSDARG00000017917 (her7) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Somite (mesoderm) ENSDARG00000056030 (hoxb7a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Somite (mesoderm) ENSDARG00000056995 (snai1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Floor plate ENSDARG00000054942 (lgals2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Floor plate ENSDARG00000021462 (daw1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Placode -- (he1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Placode -- (ctslb.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Placode ENSDARG00000036194 (pitx2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Placode ENSDARG00000039757 (mcfd2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

cluster cell type gene id (symbol) marker class evidence
1 Hindbrain rhombomere ENSDARG00000038205 (her2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
1 Hindbrain rhombomere ENSDARG00000056732 (her4.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Hindbrain ENSDARG00000025301 (gfap) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Diencephalon ENSDARG00000008131 (sox1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Diencephalon ENSDARG00000017107 (nr2e1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000071684 (rx1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000005574 (vsx2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000040321 (rx2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Placode ENSDARG00000026473 (six1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Midbrain -- (eng2b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Neural crest ENSDARG00000062262 (ednrab) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Neural crest -- (fam212aa) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Mesoderm ENSDARG00000061140 (colec12) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Mesoderm ENSDARG00000091481 (foxc1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neuron ENSDARG00000014420 (elavl3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neuron ENSDARG00000004232 (dlb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neuron ENSDARG00000104945 (sncb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neuron ENSDARG00000033655 (stmn1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neuron ENSDARG00000042525 (ebf2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Neuron ENSDARG00000071026 (mllt11) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Pharyngeal endoderm ENSDARG00000104495 (pltp) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Pharyngeal endoderm ENSDARG00000079305 (hbae3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Pharyngeal endoderm ENSDARG00000052556 (fgfrl1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Pectoral fin ENSDARG00000035095 (tdgf1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Pectoral fin ENSDARG00000079578 (rbpms2b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Epidermal cells ENSDARG00000033466 (tagln2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Epidermal cells ENSDARG00000116617 (spaca4l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Epidermal cells ENSDARG00000035018 (thy1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Placode ENSDARG00000069888 (cldna) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Placode ENSDARG00000056247 (bricd5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Placode ENSDARG00000040306 (otomp) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Periderm cells ENSDARG00000060682 (agr1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Periderm cells ENSDARG00000055514 (icn2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Periderm cells ENSDARG00000100095 (anxa1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Periderm cells ENSDARG00000096359 (eppk1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Periderm cells ENSDARG00000043128 (cldne) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Periderm cells ENSDARG00000012341 (capn9) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Prechordal plate,polster ENSDARG00000086189 (mgp) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Prechordal plate,polster ENSDARG00000038792 (klf17) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Blood precursors ENSDARG00000000767 (spi1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Blood precursors ENSDARG00000114451 (mmp13a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Blood precursors ENSDARG00000013539 (ikzf1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Blood precursors ENSDARG00000033735 (ncf1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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17 Floor plate ENSDARG00000067831 (tbata) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Floor plate ENSDARG00000023694 (spon1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000030125 (sox7) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000103533 (clec14a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000040080 (fli1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

cluster cell type gene id (symbol) marker class evidence
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1 Cycling progenitors ENSDARG00000102798 (mcm2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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5 Midbrain -- (eng2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Optic vesicle ENSDARG00000071684 (rx1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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7 Optic vesicle ENSDARG00000071684 (rx1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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7 Optic vesicle ENSDARG00000040321 (rx2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Neural crest ENSDARG00000062262 (ednrab) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Neural crest -- (fam212aa) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Neural crest ENSDARG00000077467 (sox10) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Comitted progenitors ENSDARG00000016725 (gadd45gb.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Comitted progenitors ENSDARG00000007097 (her13) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Mesoderm ENSDARG00000012060 (thbs3b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Mesoderm ENSDARG00000033971 (prrx1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Epidermal cells ENSDARG00000045887 (mmp30) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Epidermal cells ENSDARG00000033466 (tagln2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Epidermal cells ENSDARG00000116617 (spaca4l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Epidermal cells ENSDARG00000103590 (cyp2aa6) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Epidermal cells ENSDARG00000102415 (scinla) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Epidermal cells ENSDARG00000011956 (dlx4a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Epidermal cells ENSDARG00000003395 (col4a3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000053868 (etv2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000095019 (lmo2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000030125 (sox7) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000075549 (cdh5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000105215 (kdrl) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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14 Neuron ENSDARG00000045639 (elavl4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Neuron ENSDARG00000009553 (gng3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Neuron ENSDARG00000099744 (gap43) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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14 Neuron ENSDARG00000070537 (stmn2b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Placode ENSDARG00000069503 (cldnh) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Floor plate ENSDARG00000031483 (col9a1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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17 Periderm cells ENSDARG00000007024 (uox) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Periderm cells ENSDARG00000101407 (tgm1l4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Periderm cells ENSDARG00000076839 (ftr86) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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17 Periderm cells ENSDARG00000035178 (gna14) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
17 Periderm cells ENSDARG00000029290 (stx11b.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium ENSDARG00000019096 (myl7) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium ENSDARG00000055618 (acta1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium ENSDARG00000052708 (tnni1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium ENSDARG00000042018 (fhl2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium ENSDARG00000041257 (smtnl1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium -- (vmhc) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium -- (nexn.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium ENSDARG00000011400 (tnnc1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
18 Heart primordium ENSDARG00000008433 (unc45b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
20 Blood precursors ENSDARG00000114451 (mmp13a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
20 Blood precursors ENSDARG00000000767 (spi1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
20 Blood precursors ENSDARG00000013539 (ikzf1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
20 Blood precursors ENSDARG00000033735 (ncf1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

cluster cell type gene id (symbol) marker class evidence
1 Progenitors ENSDARG00000054155 (pcna) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Progenitors ENSDARG00000024488 (top2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Progenitors ENSDARG00000100741 (cdc20) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Epidermal cells ENSDARG00000052652 (fermt1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000071684 (rx1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000005574 (vsx2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Optic vesicle ENSDARG00000029179 (foxd1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Neural crest ENSDARG00000062262 (ednrab) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Neuron ENSDARG00000014420 (elavl3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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8 Epidermal cells ENSDARG00000056938 (kera) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Epidermal cells ENSDARG00000004539 (ptgs2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Epidermal cells -- (tnw) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Pectoral fin ENSDARG00000038288 (cd151) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Pectoral fin ENSDARG00000056913 (pcolcea) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Floor plate ENSDARG00000038867 (shhb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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10 Floor plate ENSDARG00000101919 (foxj1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Periderm cells ENSDARG00000057437 (apodb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Periderm cells ENSDARG00000029290 (stx11b.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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12 Epidermal cells ENSDARG00000039579 (cfd) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000053868 (etv2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000103533 (clec14a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000075549 (cdh5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000077304 (erg) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Neural crest ENSDARG00000003732 (mitfa) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Neural crest ENSDARG00000045601 (cax1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Neural crest ENSDARG00000053269 (slc2a15b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

cluster cell type gene id (symbol) marker class evidence
1 Progenitors ENSDARG00000053569 (sox3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Neural crest ENSDARG00000033971 (prrx1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Neural crest ENSDARG00000105223 (pmp22a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Epidermal cells ENSDARG00000012972 (cfl1l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Neuron ENSDARG00000102879 (myt1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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6 Neuron -- (hmp19) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Epidermal cells ENSDARG00000003808 (aqp3a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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7 Epidermal cells ENSDARG00000056938 (kera) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Epidermal cells ENSDARG00000021720 (col7a1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Periderm cells ENSDARG00000043128 (cldne) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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9 Neuron ENSDARG00000007788 (atp2b1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000045887 (mmp30) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Pectoral fin ENSDARG00000056087 (ecrg4a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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11 Pectoral fin -- (ogn) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Pectoral fin ENSDARG00000103515 (vcana) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000057575 (pnp4a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000042214 (tmem243a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000020143 (pah) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000071475 (aox5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000053269 (slc2a15b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000003732 (mitfa) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000045601 (cax1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000077082 (agtrap) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000004378 (yrk) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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14 Optic vesicle ENSDARG00000040306 (otomp) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Optic vesicle ENSDARG00000056247 (bricd5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Optic vesicle ENSDARG00000001870 (atp1a1a.4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

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1 Neuron ENSDARG00000104945 (sncb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Pharyngeal arch ENSDARG00000076010 (twist1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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2 Pharyngeal arch ENSDARG00000011956 (dlx4a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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7 Chondrocytes -- (lect1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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9 Progenitors ENSDARG00000060115 (lrrn1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000044001 (lgals3b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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10 Epidermal cells ENSDARG00000044356 (tp63) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000040045 (cldn1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Epidermal cells ENSDARG00000005108 (oclna) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Muscle cells ENSDARG00000010478 (hsp90aa1.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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11 Muscle cells ENSDARG00000028213 (ttn.2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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12 Neuron ENSDARG00000054878 (six2b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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13 Pigment cell (neural crest derived) -- (urah) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000044684 (rbp4l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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14 RPE ENSDARG00000033760 (pmelb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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14 RPE ENSDARG00000061303 (oca2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Erythroid cells ENSDARG00000045143 (hbbe2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Erythroid cells ENSDARG00000011166 (cahz) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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15 Erythroid cells ENSDARG00000034852 (nt5c2l1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Erythroid cells -- (hbz) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Neutrophils ENSDARG00000090783 (mfap4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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16 Neutrophils ENSDARG00000040178 (havcr1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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17 Lens ENSDARG00000041952 (prox2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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17 Lens ENSDARG00000054150 (cx23) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

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2 Pharyngeal arch ENSDARG00000105223 (pmp22a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Pharyngeal arch ENSDARG00000059367 (mfap2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Neuron ENSDARG00000033234 (stmn2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Neuron ENSDARG00000021143 (rtn1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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4 Neuron ENSDARG00000104945 (sncb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Epidermal cells ENSDARG00000044356 (tp63) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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5 Epidermal cells ENSDARG00000012972 (cfl1l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Epidermal cells ENSDARG00000076321 (col28a2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Chondrocytes ENSDARG00000038056 (fgfbp2b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
6 Chondrocytes ENSDARG00000037845 (col9a3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Retina neuroblasts ENSDARG00000068168 (hes2.2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Retina ENSDARG00000010680 (gngt2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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9 Retina ENSDARG00000019902 (rcvrn2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Retina ENSDARG00000045904 (nr2e3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Retina ENSDARG00000102430 (opn6a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Muscle cells ENSDARG00000030110 (myod1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Muscle cells ENSDARG00000028213 (ttn.2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Muscle cells ENSDARG00000009438 (myog) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Muscle cells ENSDARG00000036371 (acta1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Muscle cells ENSDARG00000058656 (desma) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Muscle cells ENSDARG00000058996 (jam2a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Pigment cells ENSDARG00000056028 (slc22a7a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Erythroid cells ENSDARG00000012881 (slc4a1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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13 Erythroid cells ENSDARG00000038147 (hbbe3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Erythroid cells ENSDARG00000045143 (hbbe2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Rostral blood island (myeloid) -- (vsg1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Eye -- (lye) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Eye ENSDARG00000043128 (cldne) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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15 Eye ENSDARG00000100095 (anxa1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

cluster cell type gene id (symbol) marker class evidence
1 Neuron ENSDARG00000104945 (sncb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
1 Neuron ENSDARG00000006497 (rtn1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
1 Neuron ENSDARG00000004621 (gpm6ab) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
2 Pectoral fin ENSDARG00000105223 (pmp22a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
3 Neuron ENSDARG00000010791 (dla) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
4 Epidermal cells ENSDARG00000056938 (kera) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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4 Epidermal cells ENSDARG00000044356 (tp63) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
5 Chondrocytes -- (lect1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000056028 (slc22a7a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000103789 (tmem130) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000025912 (bscl2l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000071475 (aox5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000099101 (gch2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
7 Pigment cell (neural crest derived) ENSDARG00000045601 (cax1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Glia ENSDARG00000056934 (hepacama) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Glia ENSDARG00000019856 (atp1a1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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9 Periderm cells ENSDARG00000028098 (fut9d) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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10 Neutrophils -- (cd53) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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11 Retina ENSDARG00000009637 (rcvrn3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Retina ENSDARG00000075295 (tulp1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Retina ENSDARG00000007788 (atp2b1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Retina -- (tmx3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Retina ENSDARG00000052575 (arl13a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Erythroid cells ENSDARG00000115405 (hbbe1.2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Erythroid cells ENSDARG00000045143 (hbbe2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
12 Erythroid cells ENSDARG00000011166 (cahz) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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13 Cranial ganglion (vagal) -- (tusc5b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Cranial ganglion (vagal) ENSDARG00000028306 (prph) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Otic vesicle ENSDARG00000040306 (otomp) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Otic vesicle ENSDARG00000001870 (atp1a1a.4) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
14 Otic vesicle ENSDARG00000056247 (bricd5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000056125 (myct1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000087457 (ecscr) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000053868 (etv2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000102100 (mrc1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
15 Rostral blood island (myeloid) ENSDARG00000103533 (clec14a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Muscle cells ENSDARG00000036371 (acta1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
16 Muscle cells ENSDARG00000058656 (desma) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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19 Lens ENSDARG00000068974 (lim2.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

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11 Erythroid cells -- (hbae1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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13 Eye ENSDARG00000012972 (cfl1l) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

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2 Neuron ENSDARG00000037997 (tubb5) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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9 Cornea ENSDARG00000058005 (hgd) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
9 Cornea ENSDARG00000059391 (gyg1b) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Erythroid cells -- (hbz) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Erythroid cells ENSDARG00000038643 (alas2) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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10 Erythroid cells ENSDARG00000105154 (creg1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
10 Erythroid cells ENSDARG00000018146 (gpx1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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11 Retina ENSDARG00000102430 (opn6a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
11 Retina -- (tmx3) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
13 Microglia ENSDARG00000040528 (lgals3bpb) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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17 Eye ENSDARG00000041051 (mid1ip1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023

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2 Neuron ENSDARG00000020609 (snap25a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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8 Erythroid cells ENSDARG00000105154 (creg1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
8 Erythroid cells ENSDARG00000018146 (gpx1a) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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11 Blood,immune cell ENSDARG00000055290 (mpeg1.1) marker DOI:10.1016/j.neuron.2020.09.023
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