XLOC_011046


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_011046
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 46806237 ~ 46810212 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00022266
TTTCTCAAGCTATAAAATAGAAAACTCTGTTGTGAACCAGTTTCTTTCACAGGACTAAAGGAGTGTTTCGAGCCTAAACTGTGAGTAAATATAAATGTCATGTAACATGCttgctataaattaaaagcaactTATAATATTTGATAAGGCTAAAGTAAATCAAATCTAAGTTGcactctttcatttttctttaaaaagttaAGTTTGAAAATTCAATCcaaatataatgatataaatacaACTCATGAGTAAAGTTTATCGAAAAACGTTGGTGTTGGCTGAGAAAGCCTTACCTTAGTgtttaaagtagtttttaaaagcaaGAGATTTGAAACCGGTTCTTCCTGGCTCAAAACGAGGCGGTAACCTGATCCTGAAATGTTTGCTACACATTTTGCTTTGTTCTTGTAACCTTATcattaaatctaattaaatacATGAATAGCTAATCAGTTCCTGTACAGTAATATCAGATTCTATGCTAAAGACGAAATTGAGACCCAAcaataatttacagaaatgttttaCTTGAATAAACCTGAATCTAATATGTTTAAGTAAATCTGAGACAGACAAACAGTATTTAGAGCTCCCTATATTAACATATGCTCTTTGTCAGAAATGAGATCATGAATATGAACTAAAACCATTGAGACTCAGAGCTCATCTCCCAAAAACAAAAATCCAAACAGTAAATAAACTAATCTACAGTGATATGAAAACATTAGAAGTATCTATACAGGAACACAACCAACTTATATTTTAAAACGTTTCAGTAGAAAATGATTGTacaactgttgttgtttttttgtaaaatctaATTCGACAAATTGTTTTCATTACAGATTTATTCATAATGGTAAAACTGGAGTAATGCATAACATGTATTTAACTGCACATGAAGCAAAACGCTCCTCTCAAATAGTTTTGTAGTTGAGTAGCGAGTCTATTGATATGACTGAATGGCATTTCTGAGGTAggctaaatgtatattttctgacattatatacaagctgttttaacatgCGGTCGAAACACTGAATAAGGACAAAGCTTCTGATTAGGCTATGGCATGCGCTAAAGAGTAGTGATTTTTTTCTGTGAACTGTAGCAATAGACGTTATTTTAAGTTTAGCTATACCCATTCTTCTCTCTTCTCTATTAAACGTCACAGAGTgctttacatggacaccaataatttgattttaatacgattaagacttCGATTAAGAGTTTCCTACAACAATATTTCTACAAAACATTGAtggatatttgtttatttaatacatgtttgtttgtgggtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttaattgtttgtttgtttgtttgttacagaTATTTCTGGATGTGTTTGTGAGTTTTGAAGAAATTTATTAACAAAGACAATGGTGAGTTAATTAATTACAGTGTGCAGTCCTGAGTGTTTTTTTAACATCCCATTATAAATGGCAAGTACAAGAAATTTTGTTTTTAGTATCAGGTcttcactatatttattttaatgcaaatttgtactttttttactAATGACATTTTTACGCAAATATCTGCACTTATTAAATTTATCTGCCCTTATATTAAGTATAAAGACCAAAAACAAACACTCATGAATTACTTAAAATATTGATGAAATGCAATCTTTTGAAATATTTCTCATCTCAACTGTCTTACCACATCACTGTAGGGACCAAAACCTTCTAAAGTGAAAACACACGGTAGGGTAAAATGTGGTCCAACCAGGTCAGTATTTTTGTATCAGCTGGGTTATATGTGTACAGTGcgtctggaaagtattgatagggCTTCACttttccacttttttatgttacagctctattgcaaaatgaattaaattcatttattttctcaaaattctacccacaataccccataatgacaatgtgaaaaaaaagttttttaaattgttgcaaatttattaaaaataaaaaagctgaacaatcacatgtacagaagtattcacagcctttgctcaatactttgttgatgcaactttggcagcaattacagcctcaaatctttttgaatatgatgccacaagcttggcacacctgtctttggggaaTTTTTGCCAATTCCTTTCTAAATGGGAAGCAATGGTGTTCagacattttcagatctctccaaagaTGTTCGATAGGATCTAGGTCagagctctggctgggccactcaaggacattcacagagttgttgtgaagccactccattgatattttgacggtgtgctttgggtcattgtcctgctggaagatgagcTGTCACAAAAGTCTGATTTcaggagcactctgaagcaggttttcattcaggatgtctctgtacattgctgcattcatctttccctctatcctgactagtcttccagttcctgctgctgaaaaacatccccacagcatgatgctgctacccccatgctttactgtagggatgctattagcctggtgatgagcggtgcctggttttctccaaacataacgcctggcattcattccaaagagttcaattttagtctcatcagaccagagaattttgtttcatatggtctgagagtccttcagatgccttttggcaaattccagacgGGGAGCGGCTTCCATCTGGCCAGTCTATCATACAGGCATGATTGGTGGAttactgcacagatggttgtccttctgtaaggttctcctctttccacagaaaaacgctggagctcagaccgagttaccatcgggttattgatcacctccctgactaaggcccttctcccctgattactcagcttagatggccggccagctctaggaagagtcctggtggttccaaacatcttccacttatggatgatggaggccactgtgctcattggaactttcagagcagcagaaatttttctgtaaccttccccagccttgtgcctggatacaatcctgtctctgaggtctacagacaattcctttgtcttcatgcttggtttgtgctttgacatgcattgTCAAccttgggaccttatatagacaggtgtatgccttttcaaatcatgtccaatcgaCTGAATTTactacaggtgaactccaatgaagctgctgaaacatctcaagaatgaccagtggaaacagaatgtatgtgaactcaatttagagcttcacgcaaaaggctgtgaacactgatgtacatgtgatttttcaggtttttaattttaataaatttgcaacagtttcaaatctgttttcacattgtcattttggggtattGTGTGGAGAAACTttgggaaataaattaatttaatccattttggaataaggctataatgtggaaaaagtgaagcgctatgaatactttctgaatgcactgtatatttttttacttttaaattaatgCACGTAATTTTAATTCTAAGCTTTAGCATtgctcaataataataaattatgttttgctaATTTTCAGCATCATGGGTGAATATGATCTTGAACTGGAATACCCCAATAACAACCCAAATATGGTAAGACTAACTACAATGTGACCAAACAAGCTAAAAGGAACAATGATATGCTTGTTTATTTCTAGGCACAGCGCTTTGATAACCACAATGGTTTGGTCAACATGAACTGAAACATGCATGTCTCCCCCCCTCCCCCCTCCACCCCTCCCTCTTGTGTTTTCTCTTATTTTCTTGTAGGGGAACAATATGTTGGTCCCATCATACAATAATGCTGGATACTACAACCCTCAATTGAACTACAATCCGGGCAATTATGCATACGCTCAATGTCACACTGATTACCTGCGAAACTTTCAAACATATGAGACTGCAGTCGTGAGGAATGGTAGACTTGTTGAAACAGatgaatatatgtattattattattaacctaaTATTTTAGCTTTCATCAATAATTACACTACATCTTCTGAAAAATAAAGGATCTACACTGTATAAAAACG
>TCONS_00021837
TTTCTTTCACAGGACTAAAGGAGTGTTTCGAGCCTAAACTaTATTTCTGGATGTGTTTGTGAGTTTTGAAGAAATTTATTAACAAAGACAATGGGACCAAAACCTTCTAAAGTGAAAACACACGGTAGGGTAAAATGTGGTCCAACCAGCATCATGGGTGAATATGATCTTGAACTGGAATACCCCAATAACAACCCAAATATGGGGAACAATATGTTGGTCCCATCATACAATAATGCTGGATACTACAACCCTCAATTGAACTACAATCCGGGCAATTATGCATACGCTCAATGTCACACTGATTACCTGCGAAACTTTCAAACATATGAGACTGCAGTCGTGAGGAATGGTAGACTTGTTGAAACAGatgaatatatgtattattattattaacctaaTATTTTAGCTTTCATCAATAATTACACTACATCTTCTGAAAAATAAAGG

Function

GO:

id name namespace
GO:0071103 DNA conformation change biological_process
GO:0051276 chromosome organization biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00022266 False 3976 lncRNA 0.36 1 46806237 46810212
TCONS_00021837 True 450 lncRNA 0.36 5 46806257 46810172

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_011045 NA coding downstream 7495 46796412 ~ 46798742 (-)
XLOC_011044 FO082781.1 coding downstream 40084 46760625 ~ 46766153 (-)
XLOC_011043 tmem176l.4 coding downstream 141772 46649469 ~ 46664465 (-)
XLOC_011042 tmem176l.2 coding downstream 160841 46639772 ~ 46645396 (-)
XLOC_011041 NA coding downstream 183794 46621203 ~ 46622443 (-)
XLOC_011047 LO017877.2 coding upstream 387900 47198112 ~ 47245563 (-)
XLOC_011048 mios coding upstream 462613 47272825 ~ 47301376 (-)
XLOC_011049 NA coding upstream 492234 47302446 ~ 47304669 (-)
XLOC_011050 LO017849.1 coding upstream 538554 47348766 ~ 47381652 (-)
XLOC_011051 sept7b coding upstream 579327 47389539 ~ 47427016 (-)
XLOC_010626 CR392024.2 misc downstream 25911062 20895112 ~ 20895175 (-)
XLOC_011033 NA non-coding downstream 346387 46396002 ~ 46459850 (-)
XLOC_011032 NA non-coding downstream 412952 46350228 ~ 46393285 (-)
XLOC_011031 CU469499.1 non-coding downstream 465580 46340543 ~ 46340657 (-)
XLOC_011054 CR388140.2 non-coding upstream 1132931 47943143 ~ 47943257 (-)
XLOC_011055 NA non-coding upstream 1233172 48043384 ~ 48056492 (-)
XLOC_011056 NA non-coding upstream 1409154 48219366 ~ 48220310 (-)
XLOC_011061 NA non-coding upstream 2010138 48820350 ~ 48821345 (-)

Expression


Co-expression Network