XLOC_012609 (BX276107.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012609
gene name BX276107.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 8339596 ~ 8367566 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00025228
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>TCONS_00025227
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>TCONS_00025229
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Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-041010-9 Predicted to enable carnitine O-palmitoyltransferase activity. Acts upstream of or within response to (R)-carnitine and response to bacterium. Predicted to be located in mitochondrial outer membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in mitochondrion. Is expressed in female organism and liver. Orthologous to human CPT1B (carnitine palmitoyltransferase 1B).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000058285 ENSDARG00000113137

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00025228 False 4042 mRNA 0.43 4 8339596 8346688
TCONS_00025227 False 5726 mRNA 0.41 3 8339596 8346688
TCONS_00025229 False 3060 mRNA 0.48 19 8340886 8367258
TCONS_00025230 True 2948 mRNA 0.47 19 8346920 8367566

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_012608 chkb coding upstream 650 8320165 ~ 8338946 (+)
XLOC_012607 arsa coding upstream 96058 8231138 ~ 8243538 (+)
XLOC_012606 CABZ01052527.1 coding upstream 236400 8100905 ~ 8103196 (+)
XLOC_012605 CU138508.1 coding upstream 340899 7998576 ~ 7998697 (+)
XLOC_012604 LO018377.2 coding upstream 456703 7882779 ~ 7882893 (+)
XLOC_012610 BX248392.1 coding downstream 29643 8397209 ~ 8397325 (+)
XLOC_012611 prpf18 coding downstream 34563 8402129 ~ 8408518 (+)
XLOC_012612 impdh1a coding downstream 438009 8805575 ~ 8842818 (+)
XLOC_012613 CT025776.1 coding downstream 522322 8889888 ~ 8892797 (+)
XLOC_012614 si:dkey-5i3.5 coding downstream 534280 8901846 ~ 8909935 (+)
XLOC_012603 LO018377.1 non-coding upstream 464848 7874631 ~ 7874748 (+)
XLOC_012602 NA non-coding upstream 675939 7651750 ~ 7663657 (+)
XLOC_012617 CT025888.1 non-coding downstream 744250 9111816 ~ 9111932 (+)
XLOC_012619 CU861648.1 non-coding downstream 856847 9224413 ~ 9224528 (+)
XLOC_012622 BX649551.1 non-coding downstream 1240350 9607916 ~ 9608042 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000013_10828622_10836409 CPT1, CPT1B coding CI01000013 null 10828531 ~ 10837146 (-)
bowfin (Amia calva) AMCG00006790 cpt1b,LOC100329197,LOC106573415 coding CM030134.1 CM030134.1 19971627 ~ 19981435 (-)