G680767


Basic Information

Item Value
gene id G680767
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01180000
NCBI id null
chromosome length 11503085
location 3449085 ~ 3460969 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU801684
AGCGTTGTTGGCAGGGCAGCCAAGGCGAATTTTGATGCTCTCACCGGCAGCGGTGTGAACGCACAGTATAAATCCTCTCCCTTGGCCTTATGGGATAGTAAAGTGTCTATCAAATGTGCACTTCAGAATCTCGGCAGAAGTAGTAGGGCGGACTTTTCGCCTACTGTTTTTCGAATATTATGTATTCGGACATACTACTCTGTTGGCGTACTGTTTTTCGCATGCTGTATAGTAGGGAAGTATTCGATTTAAGATGCAGCGAATGACAAAATTCGTATTTAGAAGCGTTTAAAACTTAAAGTCTGTCACTTCCGCCAATATGGATCAATCATTTTGATGACATCACGCTTCTCATCAGATTTTCTGTCCAATCAAATGCTCTCTAGGATCTGAAGCGCCCCGCCCCCTACACTACAAATAGACGCTGAATCTGCAGCTGAAATCGGTCACTTGTTCACACATTTACTATTTTCTACATGGTGAGTGGCACATATACAGGATAGGGAACCATTCAGACAGTGTAAATATGCTTTCCATTGGGGCGAATGAAGTCTGGTTTCACATGAACCGCCACAGCGCACACAGTCTGCTCCGGTCCAGAGACAAGATAGCACAGAGCGGATCACATGGCCGAGTCGGCGCAGACCACAAAATGTATCAGACCTATTTGAATTCTGCACAGAATCCTATATTTTAAGGCAATAATGGAGGATATTGGGAGGAGAAACGGTTCGAGATAGATTAGAGAAAATGCAGCTCTGGCCGAGCTGTGATATAAACTAAATGCTATTGGCTATTTAAAAAAGGGGGAGGGGCTGTTCAATATGTAAAAAATTACGGAAATATGTGGAAATTACGTCAATACATTGAATAATGCTGCTCGTTTCAAGGCACTTCAGTGGGCCTTTAAGGCAGTTGCCCAATGTAAAACAGGCATGCTGGGAAAAAAAGTGCACAATGGAGTGTTGCAGGGATGCAATATTTTAGCATCACCCCAGTTCACTCGACAAAAACCCAATAGTATTTTTCCATTGGCTTTTGGATTATAGCCAAAAATAAGGTCTGTGACTAACAATAGCTTATGATTCTTGCACATTTTGTTTATCGTGATAATCTTCACAAATAAACACAACTTTTATGAATTTTGAAGTGTAAATACAACACTTAGGCTATAAACGAACTACACCACGGTCTCATGACTTCAACGTCACCATCACTAAGCCTCCGTCAACTCTTTCAGTCTTTGTTTAAAAACATTTTCCCTAAAAAGTTTGAGTTATAATAGTTTGCAACGAGGCTGTAGAAGCAGACTAGTGAGTAGATGAGTTCCTGTTCGGCTGATGACATTTAATGTCCCTGACAACCTCAGTAGACCCATTTAGACACTTGTTAGCGCATCTTGAGCTCGTGCTAACCACAAACCTTATTTCAAGCATAACAAAAAACCCATTCAAAAAGCACCAATTGACTTCAGGACGATGGAACTGTAATTCGTGTTTACTGGCACGAGGGCGGGACAACCTCTCACTCACATGACATCACAGCAATAGCAAACCACAACCATCCAATGATCCAATCAATTCCCAGTGAACAAAATCAAGTCCTGCCCTGCATTTTTTTTTTTTTTTCGTGTTTGAGAAGCTGCTTCACTCGGATATACGTCACAATAGGAAAGAAAAAACTAATGCCACTTCAGTTTTATGCTGACTAGGGTTGTGCAATATGGACAAAATAATCATATTGCGATTTTTTTTTTTTTTTTTAATGAATATTGAAATTGCGATTTTATTTGCGATTTTGACTATTGTTTTTGCTTTTTCAAATATGCTACATTCTAAATGTATTCAGTGCACAAGAAGTGCATAAGACATTTCACAATTAAATAACACAACAGCTTGATAAACAGAGATGGCATCTTTTGGTATCTTTTGTCGAGTGTATTAGTCTTCAGAAGCCGTCTTTACTGACGATGTACGCAGGCACCATGTCTTTGCATATATGTTAGGTGATCGCGTCGGTAATTTCTTTGTGCCGTTTTGATCCTTTCTTATAAGGCGTGATGCTTGTAAATGCTTAAACAACGGATACTTGTTCAGTCGGTTCAGGCTGGCTTTGAGGTGTGCTTTTGTTACTTTCAATGGACTTTGTCGACATGCATTGATCATACAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGGACTGTTTTAAGTGCTGGAACAGGTTTGTTGTATTGCCCCATTTCGTTGCAATAATCTCACATGTCTTGCAAATGACCTTGCTCTCTGACACATCCTCTCTCTTGAATCCAAAATACTCCAAAATATTAAAATATAAATAAATTAATAAATAAAATTGGAGTCTTATGCGATTTAGAAATTGCACGTGCTCAAATCGCGATTGTTTTGCGATTAATTGCACAGCCCTAATGCTGACTTTAATTCAATTTGCTGCAGCATTTACACATTATTAGACAAATTTGCCACACAAAAAAAAGAATTTAAACTAGTGATGCACTGAAATTAGTTTTAAAAAACAAATCAAGATTAACGTTTTGGTAATTAAATTACCCACTTAAATAAATTAAGTGGGTAATTGAACTTTTAATGCTGTTCAGGATGTCTTGTTCTCAGGTCATAAATTCAACCAGTTTTAGTAAAGTTCTTTTGCAACAAGACTAAAATTTCATATTTTTTTCTAATTCCGCTGAATATTTTTAGATAATTTAAACAAAATGTCACAAAGCTTCAAAAAGCTTGTTTGAAGGACTATTTATTTACTATGATTATATTGTAGGAACTTTTATTTGTTTATTAATGTTTCATTGGCCATATTTATTGTCCATTTATACTGTAAATATTGTCCCTTTATACTTTTCATTAGTATTGCATAGTACTTACTAATATATTATTTACACTGTAACATTTAGTTACTTTAATGTAATGGTTAAGCTCTGAGGAACAAAATGTAGCCTAATCATAGCAAAAACCTTAATTAGACATATTCAAAGTAATGAGGACTTGAAAAGACTGAACTTTGTTCCTAATCAGTTTTATTTTTCATTTTTCATCATGAATGAACCTATTAGATAGGGAGGTGAACAAGAGTAAACTTCCTTTCAAAGGCTGAAGCAATCACTTCCTCTTGAATCATTAGTTCTGTTCTGGAACATGAGTATATACTTAGATAGTTCTGTCATATCCTGAATTTCTGTGGCCTGCCAGCTGAATGTTAACACTGGTATAATGAGACTGTCAACACTCTTCAGATCCAGAAATATCAGGTCTTCTGCTTTTTTAAGTTAATAGTGAATAATTGCCCCAAAGCCAGTCAGGATAAGTGTGAAAAACTAGCTTTAATGCCACCTGAAATGTTCAGAAGCCTTATTGTTCAATATCAGGGCAACTAAAAATCTTTGGTTATATTTGTTCCATCAGTTTATCAACCTAAAATAAACACTTTATTATTTAAGTACTTTATTATCTAAAAGCTCATTTTGAAGATAAATCATGTATTTATGCCTCCAAAGAGGTTTATTTTCAGTGATTTGAAATATTCACTGCATGATAAATTCCACCCACACATTTTCTACTTTCCTGTAAGATTCATTGCCAAATAGCAGAAAGAAATAATGAGCTTATCCATAAAACGGGTTTTACAGAGTAGCACTTCACAGAGGAATACTTGTCTTGTTTGATTTATAGATGAGACTGTTTACATAGACTTGTCATCTTAAAAAGTTTCAACAACAAGCTCTTGAATATTGGAAAACCAAATGTCTGATAATCATATACTAGCAAAGACTTACAGTGGGGTCCAAAAGTCCACACTGAATATCAGTGTTTACTTAAATTGTGACTCAGATGTTCTTCTTCCATTGAAGCTCAAGATGCTCTTTTGAAGTCGGCATGAATCGGAAGTTGCGATAGCCTTTTCTTCCTTATTGTGAGGTATATCTGAGTAAAATGCTTCTCAAACAGGAAAAAATCTAGGATGGGACTTGATTTTGTCCGTCGGGAATTGATTGGATCGTTGTGGCTTGCTTTTGCTGTGATCTTACGGATAAACTATTTATAATAAACACTAGGGCTGGGTGTCGTTTGAATTTTATTGATTCCGATTCTGCTTATAATCCTAGTTTTGATTCTAATAAGGTAAAAATAAAATCAAACATTTAGATATTAAACAATTATTCTGTCTTTTTGAAAAACTTTCTGTTGCAGCCGAATAACTAATAAACTAATATAAATTTCAAACATTAAATGGTTAAAGACAAGTAAACAGTCAGTAATAAAATGAGAACAAACAAATAAATTATTATTAAATTATATAATAAATGTATTTATTATTTATTAGTATTTATTAAATAAATAAATACAACTGAACAAATTTCAGGTACAGAAATTGAAATCAAATGACCACATAGTTTTCTTTTCATAAATAAAATATAGATTAATCCTCATTTAAGTCACAAAAGATATTCAATCAAGATCATTAACAGTAATGACAGGCAGCACATGTTTATTAGGCTGCAGTCACTTGTTTACGAGGATATTTTAAAGTAATTTTGTGCATATTGGTCCGTTCAAGCAAAAGATAACGCGAAAGAAGAAGACTTGAGAAGTCAAGACTTGAGAAGTCAATTCTGGCCTGGAACTACCTTTCTGCAGTGGAAATGTGCGGAACGGTTCAAGAACGGACGCAAGCCGGGAACATGCACTGGAACAGTGGCTCTTAGGGGTGTGACGAGACAAGACATGAGATTGAGTTCACGAGAACGAGACGAGATGAGATTTTTCACACAGTATTTTTAAGAAATCCTCAATGACGAAATATATGACTAGAAAAATAGTCTGCAGGTGCATTTGAAATGGTTTAACTTATCTTGTAATGAATGTCAATTCACTTCTACTTTCTGAGTATGAATTATCATATGCAGTAAAAGACAACAATACTCAAGCACTGTAAAAAGGTTTTGCCACAAACTCAACTGACTG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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU801684 True 7946 lncRNA 0.36 3 3449085 3460969

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01180000_03425920_03442839 SUFU.L, SUFU coding upstream 4902 3425514 ~ 3444183 (+)
CI01180000_03286578_03289266 NA coding upstream 159782 3286063 ~ 3289303 (+)
CI01180000_03280581_03284614 NA coding upstream 164464 3280348 ~ 3284621 (+)
CI01180000_03250547_03255754 KLHDC3 coding upstream 193217 3250547 ~ 3255868 (+)
CI01180000_03223456_03224643 LCLAT1 coding upstream 224442 3223402 ~ 3224643 (+)
CI01180000_03571292_03571611 GNG2.L, GBG2, GNG2 coding downstream 108196 3569165 ~ 3573135 (+)
CI01180000_03590508_03607430 GABRA2 coding downstream 129539 3590508 ~ 3607775 (+)
CI01180000_03610257_03623051 GABRG1 coding downstream 148451 3609420 ~ 3624142 (+)
CI01180000_03663974_03689344 GABRB1 coding downstream 202467 3663436 ~ 3689472 (+)
CI01180000_03701881_03732121 ATP10D coding downstream 240500 3701469 ~ 3732123 (+)
G680706 NA non-coding upstream 60512 3388288 ~ 3388573 (+)
G680705 NA non-coding upstream 61399 3387227 ~ 3387686 (+)
G680441 NA non-coding upstream 169070 3213013 ~ 3280015 (+)
G680317 NA non-coding upstream 269519 3123791 ~ 3179566 (+)
G680424 NA non-coding upstream 279629 3165488 ~ 3169456 (+)
G680797 NA non-coding downstream 41140 3502109 ~ 3502348 (+)
G680743 NA non-coding downstream 56656 3517625 ~ 3524426 (+)
G680805 NA non-coding downstream 89052 3550021 ~ 3550283 (+)
G680815 NA non-coding downstream 143078 3604047 ~ 3604618 (+)
CI01180000_02690045_02691641 NKX6-2, NKX6-2.L, NKX6.2 other upstream 753649 2689271 ~ 2693221 (+)
G679324 NA other upstream 1051725 2388867 ~ 2397360 (+)
G679076 NA other upstream 1649652 1795170 ~ 1799433 (+)
G678946 NA other upstream 1892934 1518353 ~ 1612547 (+)
G678637 NA other upstream 2293413 1149551 ~ 1155672 (+)
G680736 NA other downstream 304722 3765691 ~ 3784441 (+)
G681137 NA other downstream 1322336 4783305 ~ 4785631 (+)
G681268 NA other downstream 1909441 5370410 ~ 5373762 (+)
G681592 NA other downstream 3012066 6471995 ~ 6478999 (+)

Expression


Co-expression Network