XLOC_021124


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_021124
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 21544210 ~ 21547893 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042397
ttgttttcaaatttttattattatttacaaaatataataacaGGGACAATAAATCATCATAACAGGAGCAATAATACATAAATTGCTTTAAAAGGGTAAAGTAAGTCAAAGCAGTGTTTGTCTCCCTTTCGTATCTTCTGAACCTTGTGTAAACTACACACAAAACTTAAAGCCGACTAAACAATTAGCAAACACACTGATCTGAGCGATTAATGTGaccaggatgatgatgatgatgatatgtGATGCTTTACAAAAAGTCAAGTCACAAAAGAGGCACTACGCTAGATTTGGCAGTGCCAGTTTCTCCAAACAGTGAAGAAAGATTCTGGGTTCTGACAAGTTGTGGCTTCAcgcaaatgaattggcagcaaaACCTGAGAAACTTAACCACTAATATCAGGATGACATTTATTGGCATAAACCATTCAAAAACCCTCTTCAACACTTAGTACTGAAGTACTGACGGACTAGACCGAGAGGGAAACGATCAAAGCCCCTGAGGAACttgtacttttttctttctttttgtgtttATTGCACAGAGAAGTTTTCTACAATGGGAAAGCTCGAACCTCATAACAGGTATCGCAACAAACGACAGCACAACATGACTGCATTAGTAGTTCATTCCTGATGATACGAGTAAAACCTTTTATTCTTTGAAAAAAataaggcatttaaaaaaaaaaaagagttgagtTTAAATGTGCTACATGCAATGAAAGAAACTATTTACTGTACAGGAACAACTATTATCAAACAGGTACCAAAACTATCCTTATTGAGACCATCGAACATCCCAGCAGGATTTAAGTCCTTGCATATTTCCAAAGCCTAAAATTAGGTAGTTAACACTTTCATTGCATGTAGTAATCTGACAGAGACAGTCAGTTCCCTAAAACACCCATTCAGATGAGTAGGTGaaaactacatggagtaaatgaCATGAATAACTTTTGAACACATTCCTTGAGATcaataacacacaaaacaaattaatcaaaGACGTTTTTACCTCATTTTGTTTCAAACCTGAAGGACTTTCTGAAAGTCAGTGAGGTCCAAAAGCTTCCTTTTACTATTAAAGTACATTGGTGTTAAAACGTGAGCACCATAAAGGTAGCAGAAAAGTAATCCATATGCTGCCAAATATAAGCCATTACTATTAAGGTCAATGGACCCAAAGGTTTTTCTTTTCCATTGCACTTCAGTGGGGTCCAAAGCTCTAGTATGGTAGTACATTTTTTGTAGAGTGTGGATTACTTTATGCTATCTTTTTCTAATTGTTAGAGCTTAAACGTTTTGGACCTCGTTCACTTCCATTGAATGGACAAAAATCTGCTAATACAAGtcaacaggtttgaaacaacacAAGGGTGATTTAATGTGTTTGACTGAACTATCTCTCAGGCTTTTCTGCAATTTCCAGGTGAGCAGCAGTTGTCACGTTTTCTTAGTTTAGTTAAAAACAACCAGATTTGAATGtggagaaacATTTGAAACATTCAAAAGATTTATGGGAAAAAGAAAAGTAAATCAATTTACTCATTTCATTCCAAACCTGATGTCTTTTTATGCTAAAAATCAACGGGGTCCAAaagattatataaaaaaaaaaaattaagttaatgaTGTCcaaaagtttctttaaaaaaggtTTCATAAACATAAAGGTAGAATAAAAGTAATCCATATGTTGCCAAATATATGCCattactattaaagtcaatggacCCAAAGCTCTTTCTTTTACATTGCACTTCAGTGGGGTCCACTAAAATTTCCAGGTGAGCAGCAGTTGTCACGTTTTCTTAGTTTAGTTGAAAACAACCAGCTCTGAATgcggaaaaacatttaaaagattcCTGGAACAAAGAAATATAAATCAAAAAAGCAGAATTATTTCATTCCAAACCTGAAAACTGACGGGGtccaaaagtctttttttttttttactaaaaatcaACGTGGTCTTAAAgattcttttaaaaatgaaaatgtatgctaGCATTTTGGACTCTGATGACTTTTATTGTACGGAAAAAATATGGTTTGGGTTTTGTCAAAACATCTCATTAAATTCAGGTTTTACTGAAGAGCAACACGTGCAATTTCAGAGGAAACAACAGCAGTCACATTCCTTTAGTTTTGTTGTTGAAGACAACATGGATTTTGACGTCATGAGGAAATGCTGATGACACTCTTTGATTGAAAAGATAGCCAACACAAAAACTTTAAGTATTTACTATTTCATTCCAAACCAGTATGACTTTCTGAATGTTAATGGAGTCCAAACACTTCTAATGAAATTCGATGGGGTCCAAAAGTTTCTTTTAGAATTAAAGTCATCGGGGTCCACAATGTGTTCTGAAATTTTTACAGCACAAAAACTTGTAAGTAATCCATATGCTGCCAAATGTATGCTATCTTAATGTAATTTAATCTTTAGCATTATggaccccattgacttctattgtacaCACACAAtagtagtttaaaaaatatatttcgtGTACCTCAGAAAGAAGTCAAACTTTGGAGTATTATGAAGCTGATTAAATGATGACCAAAGATGCTGAAAACTCCTGAAGAGTGAACATTTTTCTTTTCCAAGTGAACGACAGTCGTCACTTTTCCTTAGATGTGGAATGTTTTTCCTTCATTGTTGTGTCGAGCAGATGGAGGAAGATGGACTACTAATCACACCAAAGTCTAGGACGGATGGTGAGGAAGGTAAAGAAAAGTCAAACTGAAGCTTCGGTGAAGCAACACACTCTGAGCAGGAAGGTGCAGGATCGTCAGCAAAAGACCCGAGTTGAAGCTTGTAAAACCCTGCTCCCAGGAGCCCTGAGTCAGGTGGGATGATGGGACGGAGTGTCTTCGGGAGATTTGGGAGAAGTAAAGCTGGGTGGATAGGGAGACCACGTCTGGCATCTGGAGCACTGGAGGAAGAGTAAACTGGCTGAACAACTGCTCCCCCTGTGGGCCAGAGCAACAACCTGCACACAGGTCAATCTCCCCAATGTTTCGCTCACAAGctg
>TCONS_00042398
TATCACATACGATGTGTATCATTAActaagacaacatttgttttcaaatttttattattatttacaaaatataataacaGGGACAATAAATCATCATAACAGGAGCAATAATACATAAATTGCTTTAAAAGGGTAAAGTAAGTCAAAGCAGTGTTTGTCTCCCTTTCGTATCTTCTGAACCTTGTGTAAACTACACACAAAACTTAAAGCCGACTAAACAATTAGCAAACACACTGATCTGAGCGATTAATGTGaccaggatgatgatgatgatgatatgtGATGCTTTACAAAAAGTCAAGTCACAAAAGAGGCACTACGCTAGATTTGGCAGTGCCAGTTTCTCCAAACAGTGAAGAAAGATTCTGGGTTCTGACAAGTTGTGGCTTCAcgcaaatgaattggcagcaaaACCTGAGAAACTTAACCACTAATATCAGGATGACATTTATTGGCATAAACCATTCAAAAACCCTCTTCAACACTTAGTACTGAAGTACTGACGGACTAGACCGAGAGGGAAACGATCAAAGCCCCTGAGGAACttgtacttttttctttctttttgtgtttATTGCACAGAGAAGTTTTCTACAATGGGAAAGCTCGAACCTCATAACAGGTATCGCAACAAACGACAGCACAACATGACTGCATTAGTAGTTCATTCCTGATGATACGAGTAAAACCTTTTATTCTTTGAAAAAAataaggcatttaaaaaaaaaaaagagttgagtTTAAATGTGCTACATGCAATGAAAGAAACTATTTACTGTACAGGAACAACTATTATCAAACAGGTACCAAAACTATCCTTATTGAGACCATCGAACATCCCAGCAGGATTTAAGTCCTTGCATATTTCCAAAGCCTAAAATTAGGTAGTTAACACTTTCATTGCATGTAGTAATCTGACAGAGACAGTCAGTTCCCTAAAACACCCATTCAGATGAGTAGGTGaaaactacatggagtaaatgaCATGAATAACTTTTGAACACATTCCTTGAGATcaataacacacaaaacaaattaatcaaaGACGTTTTTACCTCATTTTGTTTCAAACCTGAAGGACTTTCTGAAAGTCAGTGAGGTCCAAAAGCTTCCTTTTACTATTAAAGTACATTGGTGTTAAAACGTGAGCACCATAAAGGTAGCAGAAAAGTAATCCATATGCTGCCAAATATAAGCCATTACTATTAAGGTCAATGGACCCAAAGGTTTTTCTTTTCCATTGCACTTCAGTGGGGTCCAAAGCTCTAGTATGGTAGTACATTTTTTGTAGAGTGTGGATTACTTTATGCTATCTTTTTCTAATTGTTAGAGCTTAAACGTTTTGGACCTCGTTCACTTCCATTGAATGGACAAAAATCTGCTAATACAAGtcaacaggtttgaaacaacacAAGGGTGATTTAATGTGTTTGACTGAACTATCTCTCAGGCTTTTCTGCAATTTCCAGGTGAGCAGCAGTTGTCACGTTTTCTTAGTTTAGTTAAAAACAACCAGATTTGAATGtggagaaacatttaaaacatttaaaagatttaaGGGATAATCAAAACAAACGTAAATCAAAAAAGCAGAATTATTTCATTCCAAACCTGAAAACTGACGAGGTCCGAAAGTGTCTTTTTATACTAAAAATCAGGGGGTCCAaaaggttatttaaaaaaaattaagttaataatgtctaaaagtttctttaaaaaagaaGGTTTCATAAACATAAAGGTAGCATAAAAGTAATTCATATGCAGCCAAATATTTGCCattactattaaagtcaatggacccaaagctttttattttacATTGCACTTCAGTGGGGTCCACTAAAATTTCCAGGTGAGCAGCAGTTGTCACGTTTTCTTAGTTTAGTTGAAAACAACCAGCTCTGAATgcggaaaaacatttaaaagattcCTGGAACAAAGAAATATAAATCAAAAAAGCAGAATTATTTCATTCCAAACCTGAAAACTGACGGGGtccaaaagtctttttttttttttactaaaaatcaACGTGGTCTTAAAgattcttttaaaaatgaaaatgtatgctaGCATTTTGGACTCTGATGACTTTTATTGTACGGAAAAAATATGGTTTGGGTTTTGTCAAAACATCTCATTAAATTCAGGTTTTACTGAAGAGCAACACGTGCAATTTCAGAGGAAACAACAGCAGTCACATTCCTTTAGTTTTGTTGTTGAAGACAACATGGATTTTGACGTCATGAGGAAATGCTGATGACACTCTTTGATTGAAAAGATAGCCAACACAAAAACTTTAAGTATTTACTATTTCATTCCAAACCAGTATGACTTTCTGAATGTTAATGGAGTCCAAACACTTCTAATGAAATTCGATGGGGTCCAAAAGTTTCTTTTAGAATTAAAGTCATCGGGGTCCACAATGTGTTCTGAAATTTTTACAGCACAAAAACTTGTAAGTAATCCATATGCTGCCAAATGTATGCTATCTTAATGTAATTTAATCTTTAGCATTATggaccccattgacttctattgtacaCACACAAtagtagtttaaaaaatatatttcgtGTACCTCAGAAAGAAGTCAAACTTTGGAGTATTATGAAGCTGATTAAATGATGACCAAAGATGCTGAAAACTCCTGAAGAGTGAACATTTTTCTTTTCCAAGTGAACGACAGTCGTCACTTTTCCTTAGATGTGGAATGTTTTTCCTTCATTGTTGTGTCGAGCAGATGGAGGAAGATGGACTACTAATCACACCAAAGTCTAGGACGGATGGTGAGGAAGGTAAAGAAAAGTCAAACTGAAGCTTCGGTGAAGCAACACACTCTGAGCAGGAAGGTGCAGGATCGTCAGCAAAAGACCCGAGTTGAAGCTTGTAAAACCCTGCTCCCAGGAGCCCTGAGTCAGGTGGGATGATGGGACGGAGTGTCTTCGGGAGATTTGGGAGAAGTAAAGCTGGGTGGATAGGGAGACCACGTCTGGCATCTGGAGCACTGGAGGAAGAGTAAACTGGCTGAACAACTGCTCCCCCTGTGGGCCAGAGCAACAACCTGCACACAGGTCAATCTCCCCAATGTTTCGCTCACAAGctg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042397 False 3044 lncRNA 0.36 2 21544210 21547856
TCONS_00042398 True 3109 lncRNA 0.36 2 21544210 21547893

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_021123 s1pr3a coding downstream 67374 21475648 ~ 21476836 (-)
XLOC_021122 ankrd24 coding downstream 151462 21359164 ~ 21392748 (-)
XLOC_021121 cks2 coding downstream 229350 21313332 ~ 21314860 (-)
XLOC_021120 rex1bd coding downstream 367941 21167096 ~ 21176269 (-)
XLOC_021119 tmem59l coding downstream 393365 21128113 ~ 21150845 (-)
XLOC_021125 tle2b coding upstream 124763 21672656 ~ 21755966 (-)
XLOC_021126 tle5 coding upstream 246144 21794037 ~ 21845685 (-)
XLOC_021127 gna11a coding upstream 304177 21852070 ~ 21897279 (-)
XLOC_021128 BX649295.1 coding upstream 385232 21933125 ~ 21937488 (-)
XLOC_021129 NA coding upstream 402809 21950702 ~ 21955166 (-)
XLOC_021118 NA non-coding downstream 423114 21119896 ~ 21121096 (-)
XLOC_021117 CU693455.1 non-coding downstream 425194 21118902 ~ 21119016 (-)
XLOC_021107 NA non-coding downstream 996670 20522204 ~ 20547540 (-)
XLOC_021106 BX088720.1 non-coding downstream 1053653 20490441 ~ 20490557 (-)
XLOC_021094 NA non-coding downstream 1906181 19622740 ~ 19638029 (-)
XLOC_021130 NA non-coding upstream 472616 22020509 ~ 22125740 (-)
XLOC_021137 NA non-coding upstream 794492 22342385 ~ 22523455 (-)
XLOC_021139 BX649292.1 non-coding upstream 985693 22533586 ~ 22534463 (-)

Expression


Co-expression Network