XLOC_029839


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_029839
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 6933062 ~ 6939709 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061632
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>TCONS_00061633
GTTTTAAATGAAACAATTTATTAAGGAACTTTTAatatcagaaaaataaaaatcttaattctttttttacagcaaatataTAATATCAGTGCTTTGGCCACAGGACAGTAAGGCCATTtatcataaaatatatttgaaacttttaagaATACAACTTATCTGCCTTCATGTCcctgcatatatgtatatacataataaaagAAGAGTCAAATTATCAAAGACAGAAACATCGTTGCAGTGTGATGCTAAAAATCCCTCCGATAAACAAAACTCctaggacttttattttgttcataGCGTAGTATTTATGCAGACGTAATGCAGCGTAAATATATTGGATCCTTGGCTTTTTTTGTCTGTTGCGTTTTAGGAATCGTTAGATAATAAAACATGCAGGTGTGCTCTTTCCTGCTCTATAGTACCTAACGGCAATACTCTACAAGCTAATACTTACATCTGACTATCGCCAGATTATCttatatataatcattatatatatatatttgaatatgaaATATAAACTACAGAAATactacaaaattgtaaaaaaaaaaaagagtcaaggTTAATCTTGAGCATTATGGATGTCATGCCTTGGTTTCTCTGAGTTTAGTGGTGATCGTGAAAAAGAGAGGCGCCGTTAGCCGTGTCAACCTGCACTTtgagatcattattattatttataaatatcagGCCGTGGATAACATTGCTTCTCTCAGGTCAGAAGTGATCAGATATAACTTGCTTTTCTGGCCTGGCAGGACCTGTTTAGTTAAGGCAATGAGAGGAGTCGTGAACATATAATGGGGACAGGTTAAAATAACTCCTTCCCTTGTTTTTGTCAACAAACCAACAAGCTACAATGAAGTAAACGCAGCCGTGATTAAAGAAAATCAGGAATCGAATGAGATCACAGGAATGAATTCTTAATTTGTGGCCACAGTTTAAGTAAAACGAGTACAATTAGCAACTGGATTAAGCACAATGTGGTTAGGATTTATATATAAtggatatatataatataatggcaATATATATAATGGATCACACTcatgatttaataaaacaaataaaattcttCATTCACAGCCACAATTGtactaataagtaaaaaaaaaaaaaaagctacattttgttaaaatgtgttaaattaattaatgaacttcatattttttgtaaaaatgggctcatttgagttgagtttgaccatttttgaatccattcagcctgTCTCTGCATCTGGCGACGGCACTTTTAGCTTAGGAAAATAATCAGAACTCAATTTTTAAACAAGATGCtattggtctaatccgattcaatgatttgtgctaagctaaactaaaagtgttTCCGCCAGACCCAAGAGATCGGCTGAagggattcaaaaatggtaaaactcaattgtttaGCTGTAGTGGAGTTATAGATtgagtggagtgttcctttaacaaatgttttattattgacTACGATTGGCGAGTAAACGATTTTTACTATTTACTCAAACGAGAAAATCTGGAGATGGGCTgggtatatttaaaaatgatgaaaATTAACCGTTTGACTATTGCGGAAAATGAGCCTAATCCCCCCACAAATAGCAATTGGATTAAAGGGAGTGAGCAAATTATGGCTAGgatctattaaaaaatataatggaTCACActcattatttaataaaacaaattgaattattcattcatggCCACAATTGtactaaaataagttaaaaaaagctAACTATGgctacaatttattaaaatgcattaaatcaaCTCAAGATTTTTTTTGAAGTTGAGTTTGACCATTCTTGAAACCATCTAGCCTATCTACAGGTCTGGCGATGGCACTTTTAGCTAAGGAAAGTAATCAAAACCCAATTTttaaacaagatgctaatggtctaatctatttcaatgatttatgttaagctaagctaaaagtgtttccgCCAGACCCAAAGATCGGCTGAAGgggttaaaaaatggtaaaactcaattgtttaGCTGTAGTGGAGTTATAGATTGAGCCTGTTTCCAagaaaaaagtggagtgttcctttaacaaatgttttattagtgACTACGATTGACGAGTAAACGATTTTTACTATTAACtatatattactatttattataaaagGAGAAAACTAATTCTTAATTGGTGGGCATGATAAATGTATACTTTTAGCATtataggaaaattattgaaaataatttGTGTGTGAGATGCGAATGGTCTAACTTGATTTAATTTACGTTAAGCTAGGcaaaaagtgctcccaccagagcTGGAGATCGGCCGAGTGTATTCAAAAATGGTGAATACCAACCGTTTAATTCTAGCtgagctgtaaaatgagcatatTGCCACAAAAAATAGCAACTGGAataaaagtattgagcaaaatgTGGTTAggattcattaaaaatgtaatagttATTCAATTCCTCATTCACGGCCACAATTGtactaaaataagtaaaaaagctAATTATGGCTACAATTTATTGAAATGTGTTAAATGAACTCCATATTTTTATGAAAACGGGCTCATTTGAGTTGAGTTTgatcatttttgaatccattcagcctgTTACTGGGTCTGGCGACGGCACTTTTAGCTTAGGAAAATAATCAAAACTCAGTTTTTAAACAAGAGGCTAatggtctaaagcaggggtcaccaaacttgttcctggagggccggtgtcctgcagactttagctccaaccctaatcaaacacacctaaacaagctaatcaaggtcttacttggtatacttaaaacatccaggcaggtgtgttgaggcaagttggaactaaaccctgcagggacaccggccctccaggaccaggattggtgacccctggtctaaaggctgatttatacttagtCAAGTTTTATACTGCGTCAAGTGCACACGTATGCACGGTCGCATATCCCTCGCCAGGGtgtaaatgtaactacacatcgcaacgaatCGTAGCGGaagctctgtaattggtcagcttggtagctgtgacgagCGTGGGCAAAGCTGAGAgccgcgagcctgatggagcgagtgtttacaagtgtttgttttgttttgtgtttacctcatgattaaagttgttgcacgtctgcacttgtagcgttcagaaaaaacaaaatacccaCGAAGAAACTCGACTTAGTggaacataacctactgccagctagcatttcagaagtgttataaCAGAGCAACACAAAGCGCACGCAGAagaataaatgcacagctacgcgcaagGCATGCGATGTGGGTCACGGCGATCACTGGATGCAGAAGTATGAATCAGCcttaatccgattcaatgatttatgctgagCTATGCTAAAAGTGCACCTGCCAGGCCCAGATATTGGCTGAAGGGGTTCAAATATGGTCAATTGTTTGAGtctgtttgcaaaaaaaaaaaaaaaaggagtgttTCTTTAATTACAATTGAACCCAAATGAGTGAGTAAATAGCGTCTACCAATACCTAAAACGAGATAATTAAATCTTAATTGGTGCGCATGATAAATGCATTCTTCAGCATTATAGGAAAATTATCGAAAATCATTTTGTGTGAgatccattcacacggggcttcagcgtcaacgcttgagtctgaagttggggctgaagcgatcgtcatagcagcatcagccaatgaaattcagtcagcaataggccccTGTCTAGCTGGTGtctttgcatacagcgatctgattggctgacgcttctgtcagcgcttgaaaagttgagctagtcccaacttctgcaggaAGCAACGCTTCTGATGCGGCACCGACGGATTCACAATGCAGGTCGGCAACACCTGACGTCACACATTCAGATGGAATGTGaagtgttgacgctgacgccctgtgtAAATGGGGCGTAATggtctaattcaattcaatttacgcTAAGCTATAAGTGTTCCAGACCTGGAGGTCGGCTGAGTGTATTCAAAAATGGTGAatatcaactgtttaactctaccTGAGAGCTgtgctaatattaaaaagtattattttaacaaCTTTGTGACTACGATTTAAATAAAAACGAGTGAGCAAATTAGCAAAATGATTTCATTTAAGATTAATGAGCCGTAGATGCATTTTTCTCATGTCATGTGCCGGGctagttttattcatattattatttcgTTCCTTTATTGTGGACGGAGGGATCTCTATCGAACGACCTGAATGCAAAATTTGGTTTTATTTCTGAAACGCTAGCAGAACTCTCGTTTAAACTGTCTATTTACATCTAATTCAACACGTCCAATTGAAGATCTGTTCATTCTGCGGTCCTTAATTTGGTAGCGCATAAATATATATTGAGTGTGTGCAGGCATCAGAGTGATGAGCTGAGGGTCAGGACGGCTCTGGTATGATCGCATGCTTCTCGACTCTAGTGTTGCGAAACGGAAACTCAAGGCCACAGATGCTTTTGCAGCAACAACGCCAGTCCATCACCAGCATGGAATCAGGCACATGAAAATGTAAACACAGAGTCGATACCTTGAATTTAAActgagaaacaaaacaaaacacatgtaGGTGATGGCTATTTAGCGCTGCTAAACTCCAGCACTGCTTGCCACAAGCAGCCAAACATAAACAGGGAAATCAATGGCGATTATTGACCAGAAAACCTGCATTTCTCAGTTACTTAAAACGTAATATAAAGAAGGAAGtatttgaatgtaaaaaaaacaaatcagtttGCTCCTCGTGATCCCATATATTTGCTTCTCTACTCGCTTTGCAGGATGGAGTTGGAACACTCCAAACAGATGCGGTTTTGCCCTCCCAAAACAAGCGCCGGCACTTTTTCTCCACAGCGTACGCACGCAGGAATTTGACTATGTTTGGTGTAGTTGTGCACATCCGGCGGAGAACTAGAGCCTGTGCTGTCTGCGCTTGATGGAGAAAAGGCAGGACCAAACGCCGGAAGGCTCTGGGAATTCTCCTGCA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Function

GO:

id name namespace
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GO:0001706 endoderm formation biological_process
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GO:0042663 regulation of endodermal cell fate specification biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061632 False 6379 lncRNA 0.40 2 6933062 6939709
TCONS_00061633 True 5928 lncRNA 0.40 2 6933180 6939709

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_029837 smad4b coding upstream 10894 6875272 ~ 6922168 (+)
XLOC_029838 CT955987.1 coding upstream 57028 6875920 ~ 6876034 (+)
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XLOC_029834 areg coding upstream 142222 6755466 ~ 6790840 (+)
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XLOC_029848 NA non-coding downstream 1301077 8240786 ~ 8246336 (+)
XLOC_029851 FP102192.2 non-coding downstream 1344649 8284358 ~ 8334243 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000337_01333128_01336233 NA coding CI01000337 null 1332618 ~ 1336319 (-)
eurasian perch (Perca fluviatilis) G63736 NA non-coding NC_053117.1 CM020914.1 21892510 ~ 21895497 (-)
bowfin (Amia calva) G77755 NA non-coding CM030129.1 CM030129.1 12462963 ~ 12513921 (-)