XLOC_030472


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030472
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 55065782 ~ 55074200 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00061791
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>TCONS_00061792
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>TCONS_00061793
GCACACTTTATgcttaaaagacagaaaatatttccAAATAAATGAAAACTGCTGAAAAGCTAACTTATTGTATGTCTATTGTATAGAAATGAAAGTGCTCCTTATAAAAGAAATGCTTTATGTGCCTGTGATACAGCAGTGCTACCTAGTGTTTGAGAGGAGAATTTACCACTTGATATGatgttaaactgttttttttttttgtttttttttccaggttAAACTCTACTGACCAGGCTGGCTGTGAGAGAAGGTGCAGATTTTCCCAAGGTCTGCGAGCGCATGCGCACAAGGTTGGTGGTCTCCGAGCTTGAGGCTGACCATGACTGCTGGGCATATGGCAACAGTGCTAAACTGGAGCCAAGAGAAGAAACCTCTGGGTTGCTGAACTTGCGGAAGGACACGGAGGGGGGAAAGAGGATATTATCCGGCTGGAAGAAAGAGAAGATCAACATGAAGTTCAATCTGGCAATCATTACAGGAATAGGAGTGTTTACAACAGATGTAACACAGGGCTGCATATCAAGTACTGACAAACCTTtacatttatcattatttaatagCTTGCATTGGTTCTAAGACGTTCTTCCTGTATTCAGCTAACACTGCTGTTATTTTGTTAAACTGTTAAATACCTGCGAATGTAATTTTACATTGACTAAATTTTCAACCTTAACATCTGATACTGTTAAATCCCCCACCGTGTTATCGCtgtaattgttgttttatttatataaatgccaTGTTATATAACCAACTATTTCCTCCACTTTCAGTTAATTTCTGGCTACCCTTTCACCCCTTCCAGCTCACAATGAACAAAACAagcttttttctctttctctcgtgCAGATGAAACATTTGCATGCAGGCACAACTAAGGGCTTTTTCCACCTCAAGTGATTATATGTTAAATAGAAACATTGTTGGAGAAATCAAAGACAACTGTTTATAAAGAATGTAGATTGGGCAGAATCTAAATAAATC

Function

GO:

id name namespace
GO:0010499 proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process biological_process
GO:0009790 embryo development biological_process
GO:0019773 proteasome core complex, alpha-subunit complex cellular_component
GO:0005832 chaperonin-containing T-complex cellular_component
GO:0005839 proteasome core complex cellular_component
GO:0101031 chaperone complex cellular_component
GO:1905368 peptidase complex cellular_component
GO:1905369 endopeptidase complex cellular_component
GO:0000502 proteasome complex cellular_component
GO:0070003 threonine-type peptidase activity molecular_function
GO:0004298 threonine-type endopeptidase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00061791 False 876 lncRNA 0.41 3 55065782 55074200
TCONS_00061792 False 8413 lncRNA 0.34 1 55065788 55074200
TCONS_00061793 True 987 lncRNA 0.38 2 55067285 55074200

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030471 cd180 coding upstream 124778 54938634 ~ 54941004 (+)
XLOC_030470 NA coding upstream 354127 54711023 ~ 54711655 (+)
XLOC_030469 pmchl coding upstream 380072 54685175 ~ 54685710 (+)
XLOC_030468 npr2 coding upstream 403826 54580962 ~ 54661956 (+)
XLOC_030467 anapc2 coding upstream 485218 54555567 ~ 54580564 (+)
XLOC_030473 CU207241.1 coding downstream 45310 55119510 ~ 55123220 (+)
XLOC_030474 NA coding downstream 60405 55134605 ~ 55140137 (+)
XLOC_030475 NA coding downstream 72433 55146633 ~ 55154249 (+)
XLOC_030476 tmc2a coding downstream 147393 55221593 ~ 55251994 (+)
XLOC_030477 pcsk5a coding downstream 191074 55265274 ~ 55349429 (+)
XLOC_030464 NA non-coding upstream 582915 54481759 ~ 54482867 (+)
XLOC_030460 CR450749.2 non-coding upstream 957268 54106010 ~ 54108514 (+)
XLOC_030455 NA non-coding upstream 1872977 53191662 ~ 53192805 (+)
XLOC_030454 NA non-coding upstream 1874715 53188004 ~ 53191067 (+)
XLOC_030479 BX323563.1 non-coding downstream 597266 55671466 ~ 55671582 (+)
XLOC_030480 NA non-coding downstream 643525 55717725 ~ 55719138 (+)

Expression


Co-expression Network