XLOC_030514


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030514
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 58416064 ~ 58421500 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00059583
GGCGATTTAATTCTGACAGACAGTTGCAGAAGAGGGAGGCCAAGATGGCTGCGTACGATGTAGTCGCGTGTTAGTGGTGTCTTCAGGAACTTTGGAATAGGACAATAATGTAACTGtaattccgatttttttttgtggcaaatGAGAACCTAACTTGCACTTTTAACTGCCTTGGTCTATTTATGggcaaaaagaaaacgaaacagGTCCGTGGAAAAACCGCACGTGTTAATACGATGGCTTCAGAAGATAAAGCTAACGACAATGCTAACAACACACAACTCCAGGACACGGAGACGTCAGATAAGTTGGATGACAGCAACTGGTTTGATTCAAATCCAGAAGTAAGTGATCTACTCATGACACCCTTACCGGACACCCCGTTAAAACAGCCGGCTTCAAAAAAGACGAAAAGAGATCTGTTAGACCACCATGACAGCTCGTCAGAGATTCTGTCAGCGATCCACGAACTCTCCGGGAAATATGATAAAATGCTCCAAAAAATATCTGCCATTGAATTATCTACCGGAGCAACAGCGAAACAGATGGAAACTTTATCTTCGACCGTGACGCAACTTGTAATGGACGTTGCTGTACATAAAGAATCCTTATCTGCTATATCCACCGAGATTCAAGCAATCAAAAAGACGACCAAATCCATGAAACTAGAACTCGGGGAATGCAAAAGATACAGCTGGAAATGGACCCTGAAATTACATGGTGTCAAGGAGAAAGAGGCAGAGAACACCCGAGGAGTGACAGTTGATATTCTCAGCAATGTTGTTCCTGGAATGAGTGATGACTTAGAAAGAGTTATCGACATCGCACATCGAGTTGGTCCAAAAAGGATGGATGGGAAACCCAGATCTATCATCATTCTCTTTGCACTTCGTCGTTTCAGAGACATCATCTGGCAAGCAGCCAAAGGATGCAAATTTTTAAACAGCAACCAACTCCGCCTGACAGAAGCGCTATCCCCAGAAGATCGTCTCGCCAGAGAGAAACTATGGCCTCTGATCAAACAAGCTAGAGATAAGGGAAAGAAAGCTTCTTATAGAAGCTCTTATGCGTTAATTGATGGCCAAAAATACAACTATTCTGAAGTAGAATAACTCTCTTGCACCAAGGAATGTCAGTTTTCGGGTGCTAGCAAATAACATGTCTCTAttttgtgggggaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaccctgttgCTGAATAGTTTATGTAGCCATAATGTTCCAATGGACCAATAATTTAACTATACATAGCCCATCCTTAAATTTGTATGCATACATACTTTGATATTTTAAggtgtaaattcttgttttaatgttattatacGTTGCTAGTTGCACATTGTTCCTATTCCTATTTactctaatttctgtttagtaGGTTTAGCTGTAGTGTTCGTTCTAGTTATGGAATACAAGTTTAATTCAT
>TCONS_00061473
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Function

GO:

id name namespace
GO:0044085 cellular component biogenesis biological_process
GO:0016072 rRNA metabolic process biological_process
GO:0022613 ribonucleoprotein complex biogenesis biological_process
GO:0034470 ncRNA processing biological_process
GO:0006364 rRNA processing biological_process
GO:0031290 retinal ganglion cell axon guidance biological_process
GO:0006396 RNA processing biological_process
GO:0042254 ribosome biogenesis biological_process
GO:0070373 negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade biological_process
GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis biological_process
GO:0061053 somite development biological_process
GO:0034660 ncRNA metabolic process biological_process
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GO:0030688 preribosome, small subunit precursor cellular_component
GO:0031981 nuclear lumen cellular_component
GO:0043228 non-membrane-bounded organelle cellular_component
GO:0043232 intracellular non-membrane-bounded organelle cellular_component
GO:0005730 nucleolus cellular_component
GO:0003723 RNA binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko04623 Cytosolic DNA-sensing pathway
ko05164 Influenza A
ko05016 Huntington disease
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00059583 False 1451 lncRNA 0.40 1 58416064 58417514
TCONS_00061473 True 4207 lncRNA 0.28 1 58417294 58421500

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030513 HEPACAM coding upstream 3526 58397646 ~ 58412538 (+)
XLOC_030512 nrgna coding upstream 33409 58372164 ~ 58382655 (+)
XLOC_030511 FQ378020.1 coding upstream 203780 58212161 ~ 58212284 (+)
XLOC_030510 BX950179.1 coding upstream 378178 58037772 ~ 58037886 (+)
XLOC_030509 btg4 coding upstream 489371 57924611 ~ 57926693 (+)
XLOC_030515 ccdc15 coding downstream 36 58421536 ~ 58450649 (+)
XLOC_030516 slc37a2 coding downstream 33988 58455488 ~ 58483036 (+)
XLOC_030517 FQ378016.1 coding downstream 65868 58487368 ~ 58512609 (+)
XLOC_030518 oafb coding downstream 98766 58520266 ~ 58531016 (+)
XLOC_030519 pou2f3 coding downstream 128791 58550291 ~ 58602307 (+)
XLOC_030502 NA non-coding upstream 930450 57480014 ~ 57485614 (+)
XLOC_030498 NA non-coding upstream 1174511 57238718 ~ 57241553 (+)
XLOC_030496 NA non-coding upstream 1390564 57021588 ~ 57025500 (+)
XLOC_030525 NA non-coding downstream 694369 59115869 ~ 59202263 (+)
XLOC_030530 NA non-coding downstream 1067820 59489320 ~ 59489621 (+)
XLOC_030533 NA non-coding downstream 1184206 59605706 ~ 60222140 (+)
XLOC_030534 NA non-coding downstream 1213435 59634935 ~ 59635180 (+)
XLOC_030535 CR854831.1 non-coding downstream 1333644 59755144 ~ 59755261 (+)

Expression


Co-expression Network