XLOC_034742


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_034742
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 25988414 ~ 25995689 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00069208
GAAAAGTGTAATTGCACTTTAAAACTGCCTTTTCTCATAATAAATCAATACTGTCAGCTTCCTGCTTTTTTCCCCTGCACAGTAGTGACCtgtgtatattttcattttaaagctaAAATAAACACTGGTTAAAATAAAAGCCAAACACAGCTAGTTGCCAAGTTTTTAATTATAGACagtctaataaaaataaagttaaatagtaattaaaaagcaaaacaaaatcaaacaaaaaatatttttgtaaataaacactttatacAGTACATCATACCCCTGTGTTGACTGAAGAGTAACATTTAATGACACCTAATTTAGCTGGTTAATGTCAGACAAAAAAGACTGTGTGTCAATCCACAACAATACCATACAACCTTTTGAATAAGTGAAGTTTCTTTGTGGTTTGACACCAAAATATAAGCTCTACGGTTTAATGTCTAAGCGAAGAAATAacaaccaataaaaaaaataaataataaatttttaaaaattatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataatgcaatctCAATTTCTTTAGATTTAATAATTATAACTATAAGACaaagtaattgtatttttattattaatatatcaaaAGTGTTGTATTGATTTTGCCGATTTGTTTAAttcaactataataataataataatattaatagaaaaataaattaaaaaacaaaacaaaactttacgcTTCGTCCCCTACTTTGCTGGTTTGATGATAAAATTTAAGTTTCTTGGCATTCGCTTGAGGAAAATATGATGAATGATTTTTTGTTTGCTAATATACCTAAAAATAAGTGCAAGCTCAGTTTTGGCCCCTTAATATCACACGCTATCTCACAGAGCTGTAGTGCAGCAGAAAATATCTGTAATATTCATTTAAACAGGTATCCTTGCTCTCCTATCTTTAATAACTacggtttattaataaatatccaATTAAGTTTGGCCAGTGTCGACAATGGTATGacaaatttattcactttttGGATAATTTAATGGGTGAAAAGGGTCTCTATTCCTTTGAAGAACTTTCTGTTAAGTTTAATCTGCAAAGCTCCTCCTTTTTCATTCACTTACAGCTGAGGGCAGCCATGAAAGCCTTTGGGTCCCGTGGACGGCTCCTCTTAGAGAACACCCCTAGTTAAAACTATTGCACGACTCAGGGAGCACAGGGATTGGtttctaaaatatatacatacttttttaGGAACATTGTACATCCATTTATCATTAGACTCTCTTCTTGGAGAGCAGATATTTCAGAACTTTCTACCAGTTTTGATTAGGATGACGTCTGGGCAATGGTAATGCTTACATCCAGGAACCCCAATCATCAACAGATTCATTTAAACTTCATCCATAGGACTTATATTACTCCATGCAAACTTTATAGCATGAAGCTTAAACCTGATCCTAAATGCACTCTCTGTCCTACAAGTGAAACTGGTAAATTTTTTCACATGATTTGGGACTGTCCTGagcttggtttttttttttggaatacaGAAAGCAAAATTTGTCTTCAATACTAAACATTTCATTCCTTCTTGCCCCctctattttaaatgatttttctgATATCCAGCTTAACAAAATTCAGAAGCGAGTGTTTTTAGCTGGCTAGACAGCAGCCAAGAAAATAGTTGCGACATGTGGAAGCCTCCACATTCTCCTAATCACCATCATTGGGTTCTAACTTTTTTTGATATTGTGTATTTCGAAATGTCCACTGCTCACATCCATGGTGCAAGAGAGGACACCGTCAGACTTTGGGCACAAACCTTGGAAAAACTTAAAGGTTTAATAATTTGAATCAAGGAGACATCAAAAAGCAAAAACGTCTGGTTCCAGAccctatacatttaaaaaaaaaaaaaataaataaataaatttaaaaaaattaaaattttcccgctttattattttaatttttttttctttatagtacttgtttaagtttttttttatttgggctttAAATAACTTCTTCATTGTTGTAGACCTCTTTTTTGAATATCTTATTCTATTTGTCTATTACcattctcttatttatttatttatttatttatttttactggcTTCATTTCATCCTTACTTAACCATAAATACAGATTTGGTTTCTTGCCTTTTTGGTTTAGAAATTAgttttatgtatatgtatgtgcgtgtatgtgtatatatttatttatttattatttgttttagtatGTCTTTGTCAATTATTCTtcagtttttcctttttattctcattattgttggcattactattaatattattacctgTATATTGGTTATTACATGTATATCTATGCCGACTGCTATATGTTGATCATCTActgcatgtttttcctgtgtttaaataatacaaaacaaaagaaaaatttgatgaaaaaaaagcaaaacaaaatcaaaccgaaaaatatttttgtaaataaacactatatacagtacagtacaccTATGAGTTGACTGAAGTGTAACATGTATTGACACCTGATTTAGATGATCAATGTATTGTAGACAAGAAATCCTGCATGTCAATGCACAGCAATACCATAACAACCTTTTGTATGTGGGATCACCAAGCAGCACTCTGGCTGAGTTTGAGAAGGTAAAACATAAAATGTGGTTCATGAGAACATAAATAATGCTTCAGGATGAAAGATCAGGAGAACATATGGTGAAGACAGAATAAGCAGAAAGAGAAAAACGCCAGGATTATTCAGTATGCTACTCATTCATGGTTTGTTTGTCCTGACAGGAAGTTGaaaaagataaataaagggaaaacACAGGGGAAATTCAAGCTGGAAGCTACAAAAAGGAAACTAGCGATTGGTCCCAACTGACTTGACAGCTCCAGACAACTATGCTTCTTGTTTTTTGGAGGGGTAAAAGTAAACCAACACTGCTTCATCTCACACAGAGGATGGAGGAAAGGGTCCAAAAGCTTTCATCGACAACCAGGGGTGAGCTCAGGGTCACAGGAGCCACAACAAACACTTAAGTGTGAGACTCACCGTGATGACTGTCGGCCCACAGACTTGCTGTAGGTGTCGTGAGAGTAAAGAACCACATCTGTAACCTGTAGCACTGAGAGAGAAAGTCTTTGTCGTCCTAATGGCACTGAAAAACTATTGACTATGAGGCCAGCGGTGGGACTTTCAGCAGCGGGGCAAAGGGGTTAAGCCATTCTGTGTCATGTCAAATGAGGGGTGCTGCTGTAAAAGACTGCATGACGACTACAGACTGAGAAGGTCACAGACTGGTCAAGGATATAGTGACTTCTGGGTATGACAGGGAACGAGCGACAAAGCTGTACAGACAAGCTTGAATTGGAGTTTATTTGGGACGGTTGGATGCACGAGCATGGCTTTAGCAAAAACAAAGTTTGATTCAAAGAGTGCCAATCAGTGTTGGGTACTAATAGCATCCTTTAAACTGCATTTACATTACTTTTCTAATTACAATAtctaaaaattgttttaattactCTGAGTTTAATTAATTGACTGAAATACTATTTAAAATCtctaattggtaacactttattttgacagtCCACTTGAGTGtttgtagactgtctgcttattatctgttgatactgctccttcaacaggcaagtacatgtcagcttacactagCCCTAAACCCAAACCTAACCCCAACctgacagtctacttataatccactgggaattagttggcatgtagatgcaatgtaaattaattttaaaaaacggactatcaaaataaagtgtggcccTCTATTTATCTAAATGGAAATTAAACTCTTAAATCTGAGTCAAACTTAGCCTAAAATTAAGtttcaagaaataaaaaaaggaaatttgAATTTGCAAGCTTTCTAAtaacaatattacatttatttaagtaaCATTAAGAATTACTCTGCAAAAGTAAATCGAATTTTAATGACACCATATTTCATTACACCCACTAATTTTTGACTTTGTTTCTTAAGTATTTGCAATTGTCTTGATAAATTTCTTTCTGaagattaaaaaacataaatattcttcaaaataagtttgtataaattttttttagacaGCAAAGTACAGTATAAGTAACACATTAAATGagtcatttaattacagtaacatgtTAGTTTGTAACTCATTTCACCAACACTGCTGCCAGTGTGGCACTGGTACCTATACAATTGTTATGTATTTTAAACAAATCAGAAAGCAGATTTTGGCGTTTCAGCAAGCCTGAGCCATTAACTGCAATCGCAGGTGTAAGAGGTAAAACATTGGACATTTACttctttttatgaaaataaaaaaatcattaggCTACATTTTAAAGTAGTAACCTGTTATAAAGATAACTGCGATTCTTCATTGTCTTCCAACATATTTTGGCTTTATTTAAAGGTATTTGTTTAGATacccttttaaaaatgtctatttgacaccagtgtaaaaaaaacaattgatagCCAAGCCTGCTAAATAGGCAAGGATACATCTGAAGCACGTGTACTAATAAAGCACTACAAATTTACTTTGTTGACACGCTACTTGACATCGGCTTCTACCTGAGCCACAGGACATTTGTACTGAGCGGTGCTGAATAAACAGATATCGGCATACTGTCGCACTGTGGGGAGAGAGCAGGGAAACACAGCGGGGGTTACCAGGGCCGGGAGGGAGCGTACAggaaaccaaacacacacaattgCTGACTGAACACTTGAGCATGAGCGGAACCGAAGCGCAAACTTCAGAAAAGATCAACAGAAGACGAGAAATGACAGATAGAAACGTAAATAGAGGATAGTcaacatgaaattaaatatagaattatttatatgtattttttgttctAATGTTCTTTTTCCCCATAAGGATTCACTGAATTCATCAATTATGTATAggtatttataaatttaaagcaaacaacctactttaaataaac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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00069208 True 5853 lncRNA 0.33 2 25988414 25995689

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_034741 BX005022.3 coding downstream 53874 25903399 ~ 25934540 (-)
XLOC_034740 BX005022.2 coding downstream 57820 25896619 ~ 25930594 (-)
XLOC_034739 cd99l2 coding downstream 92942 25878553 ~ 25895472 (-)
XLOC_034738 CU467013.1 coding downstream 197059 25791229 ~ 25791355 (-)
XLOC_034737 CU467013.2 coding downstream 225116 25763184 ~ 25763298 (-)
XLOC_034743 NA coding upstream 24376 26020065 ~ 26021046 (-)
XLOC_034744 rnaseka coding upstream 52344 26048033 ~ 26049328 (-)
XLOC_034745 zgc:92664 coding upstream 77425 26073114 ~ 26076970 (-)
XLOC_034746 ache coding upstream 81464 26077153 ~ 26087807 (-)
XLOC_034747 snapc2 coding upstream 120414 26116103 ~ 26125092 (-)
XLOC_034735 CU929416.1 non-coding downstream 464947 25339756 ~ 25523467 (-)
XLOC_034734 CU464085.1 non-coding downstream 697262 25291033 ~ 25291152 (-)
XLOC_034727 BX511061.1 non-coding downstream 1134516 24840701 ~ 24853898 (-)
XLOC_034748 NA non-coding upstream 144386 26140075 ~ 26156272 (-)
XLOC_034749 NA non-coding upstream 230738 26226427 ~ 26230153 (-)
XLOC_034752 NA non-coding upstream 280086 26275775 ~ 26281717 (-)
XLOC_034754 NA non-coding upstream 334649 26330338 ~ 26330695 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G58574 NA non-coding NC_053117.1 CM020914.1 2436384 ~ 2437472 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) G53119 NA non-coding NC_056705.1 CM032074.1 14947805 ~ 14950634 (-)