G1646089


Basic Information

Item Value
gene id G1646089
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 61200860 ~ 61203352 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1883223
TTGTTAAATATGTTACTTTAGGGTACAGATTTGTATTTGTTACAGTACTTGATGCCCAATCTCCCAGAGACCACACGTTGTTAAATATGTTACTTTAGGGTAAAGATTTGTATTTGTTACAGTACTTGATGtaatgttactgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgttacagtcagggttaatgttactgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgt
>TU1883225
TTGTTAAATATGTTACTTTAGGGTACAGATTTGTATTTGTTACAGTACTTGATGCCCAATCTCCCAGAGACCACACGTTGTTAAATATGTTACTTTAGGGTAAAGATTTGTATTTGTTACAGTACTTGATGtaatgttactgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgttacag
>TU1883226
gtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcacggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttactgttactgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagagttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttactgccagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1883223 False 341 lncRNA 0.36 2 61200860 61201399
TU1883225 False 238 lncRNA 0.34 3 61200860 61202118
TU1883226 True 767 TUCP 0.40 3 61202358 61203352

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
xdh xdh coding upstream 263663 60888364 ~ 60937197 (+)
LOC110498232 LOC106605409 coding upstream 333895 60849843 ~ 60866965 (+)
LOC100136771 pomc coding upstream 418350 60779941 ~ 60782510 (+)
LOC110498226 LOC106603826 coding upstream 631121 60556736 ~ 60569739 (+)
LOC110498236 LOC106603790 coding upstream 655919 60541955 ~ 60546243 (+)
LOC110498404 LOC105025554 coding downstream 40304 61242422 ~ 61308910 (+)
LOC118941508 LOC106603467 coding downstream 160314 61362432 ~ 61382346 (+)
LOC118941509 LOC106603467 coding downstream 190454 61392572 ~ 61401264 (+)
LOC118941510 LOC106603467 coding downstream 205523 61407641 ~ 61430060 (+)
LOC110498259 LOC106603387 coding downstream 498587 61700705 ~ 61707803 (+)
G1646084 NA non-coding upstream 11661 61188848 ~ 61189199 (+)
G1646047 NA non-coding upstream 80967 61119675 ~ 61119893 (+)
G1646028 NA non-coding upstream 94797 61105835 ~ 61106063 (+)
G1645557 NA non-coding upstream 154295 61045296 ~ 61046565 (+)
G1645533 NA non-coding upstream 277998 60919229 ~ 60922862 (+)
G1646100 NA non-coding downstream 23640 61225758 ~ 61226425 (+)
G1646112 NA non-coding downstream 54334 61256452 ~ 61256784 (+)
G1646126 NA non-coding downstream 95806 61297924 ~ 61298353 (+)
G1646221 NA non-coding downstream 116929 61319047 ~ 61320838 (+)
G1645444 NA other upstream 461903 60718758 ~ 60738957 (+)
G1645443 NA other upstream 482249 60715933 ~ 60718611 (+)
chrna2a LOC103467111 other upstream 725331 60462967 ~ 60475546 (+)
plaat1l LOC106611413 other upstream 798456 60398860 ~ 60402461 (+)
G1646089 NA other downstream 240 61200860 ~ 61203352 (+)
G1646225 NA other downstream 142669 61344787 ~ 61345154 (+)
G1646294 NA other downstream 355923 61558041 ~ 61561084 (+)
G1646509 NA other downstream 942065 62144183 ~ 62145290 (+)
srsf5a LOC106611464 other downstream 1283649 62486921 ~ 62493719 (+)

Expression


Co-expression Network