RNA id: TU1883226


Basic Information

Item Value
RNA id TU1883226
length 767
RNA type TUCP
GC content 0.40
exon number 3
gene id G1646089
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 61200860 ~ 61203352 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcacggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttactgttactgtcagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttacagtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagagttaatgttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgtcagggttaatgttactgccagggttaatgttactgtcagggttaatgtcagggttaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1883225 lncRNA upstream 240 61200860 ~ 61202118 (+) False G1646089
TU1883223 lncRNA upstream 959 61200860 ~ 61201399 (+) False G1646089
TU1883217 lncRNA upstream 13159 61188848 ~ 61189199 (+) True G1646084
TU1883158 lncRNA upstream 82465 61119675 ~ 61119893 (+) True G1646047
TU1883138 lncRNA upstream 96295 61105835 ~ 61106063 (+) True G1646028
TU1883238 lncRNA downstream 22406 61225758 ~ 61226425 (+) True G1646100
TU1883196 lncRNA downstream 43466 61246818 ~ 61254135 (+) False LOC110498404
TU1883251 lncRNA downstream 53100 61256452 ~ 61256784 (+) True G1646112
TU1883266 lncRNA downstream 94572 61297924 ~ 61298353 (+) False G1646126
TU1883269 lncRNA downstream 94572 61297924 ~ 61298353 (+) True G1646126
XM_036955272.1 mRNA upstream 265161 60888364 ~ 60937197 (+) False xdh
XM_036955273.1 mRNA upstream 265161 60888365 ~ 60937197 (+) True xdh
XM_036955270.1 mRNA upstream 335393 60849843 ~ 60866965 (+) True LOC110498232
NM_001124718.1 mRNA upstream 419848 60779941 ~ 60782510 (+) True LOC100136771
XM_036955238.1 mRNA upstream 632619 60556736 ~ 60569739 (+) False LOC110498226
XM_036955274.1 mRNA downstream 39070 61242422 ~ 61300699 (+) False LOC110498404
XM_036955275.1 mRNA downstream 39677 61243029 ~ 61305131 (+) False LOC110498404
XM_036955276.1 mRNA downstream 159080 61362432 ~ 61382346 (+) True LOC118941508
XM_036955277.1 mRNA downstream 189220 61392572 ~ 61401264 (+) False LOC118941509
XM_036955278.1 mRNA downstream 189220 61392572 ~ 61401264 (+) False LOC118941509
TU1882392 other upstream 463401 60728557 ~ 60738957 (+) True G1645444
TU1882393 other upstream 463977 60726895 ~ 60738381 (+) False G1645444
TU1882402 other upstream 468459 60726895 ~ 60733899 (+) False G1645444
TU1882410 other upstream 469110 60726895 ~ 60733248 (+) False G1645444
TU1882408 other upstream 469277 60718758 ~ 60733081 (+) False G1645444
TU1883202 other downstream 76467 61279819 ~ 61291841 (+) False LOC110498404
TU1883395 other downstream 141435 61344787 ~ 61345154 (+) True G1646225
TU1883513 other downstream 354689 61558041 ~ 61561084 (+) True G1646294
TU1883836 other downstream 940831 62144183 ~ 62145290 (+) True G1646509
TU1883744 other downstream 1283649 62487001 ~ 62493719 (+) True srsf5a

Expression Profile