XLOC_036006 (rer1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_036006
gene name rer1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 48942470 ~ 48961405 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00070511
GGAGCGATGTATTCTGCTATCGGCTGGTTTGGGCTGGCGCGCTCGCGGTTACAGAAGCACTGACGTGTTCACAGAGCAGCAGCGCGACGCGCGGATCGGTAGCCGAAAGTGACACAGCGGCACAACCGGACAGAATGCCAGAAGGAGACAGTGCCGGTGAATCCATCCATGGGAAACCATCAGCGATCGGGAACTTCTTTAAGCGGCTCGGACAGATTTATCAGTCATGGTTGGATAAGTCAACGCCGTTCTCAGCAGTCCGATGGGCATCCACGCTTATTCTAACGGCCATATATATGATCAGAGTATATATACTACaggGGTGGTACATAGTCACATATGCTCTTGGGATCTACCACCTTAACCTCTTCATTGCTTTCCTCTCACCAAAAGTGGATCCCTCATTGCTCGATGATCCAGATGAGGGTCCGGCACTACCCACAAAACAGAACGAAGAGTTCCGGCCGTTCATCAGGAGGTTGCCAGAGTTCAAGTTCTGGCATTCAGCGACGAAAGGCATCGTCATCGCTATGATTTGCACATTCTTCGACGCCTTTAACGTGCCAGTGTTTTGGCCCATCCTCGTAATGTATTTCATCATGCTGTTCTGCATCACCATGAAACGGCAGATCAAGCACATGATCAAGTATAGATACCTGCCCTTCACACACGGGAAGAGGACTTACAGAGGCAAGGACGACACAGGGAAAACCTTTGCTAGTTAAAATTCCCCTTCCTGAAATTAAAGTTATTGATGAAGAATGGTGCGTAAAGGGGGTtgaggttttttcttttttttttttttctctctattttttttttatttctatcttTTTTTCTGAGTAAGAAAAAGCCAAGCCTGTTGGATCGTTTGAAACTGTAATGCTGCCTTTAAGTGTTTTGGGGTCTTTGAGAAATGCTGTAGAGAGCTTCAACACTGGCGATTTTTAATATAGTAGGACGTGTGAGATTCCACTCGAAAGATTCTTCAAACTTTAATAAATTTTTTCTTCAGAATGGATTTTAAAAGGAAGTACATATTTTATGCTCATCGTCTCACTCTCGTGTCTTTTTAAAAACCACAAGAGACAAAAAGAGATATTTAAcagaatgttcatgctgctctttttCCATATCTTTTTCCTAAAAAATAGCCAGATGTGTTCTGCTAATGCTAAAAGTCATACTGATTTGGAACTAAATGAATATTAGAAGTACGTTTTTGCTTGTCTATTACTTCGTTATTTACGAATCACTTCAAATATGTTGTTTATAAAGGCAAACTGCTCATTATTTGACCCCCAGCATTGTGAAACAGTTTAATATTAATACCGTGGTACTTTCAGTGTCGATTATTATAACATTAGAATCAGTATTCAGACTAACATAAGAAGCTTCCATGAGAGAGGAGAAATTATCGATGATGATGATTATATCTTGCCACATGTTAATATTTGCCTTTTATGAACATTTGTGATTCTCTTAATGTGCTGTAGCAttgtatttaatttctgtacataCATGTCCACTAATCAAAAATAATCCATTTGTGCTGTTTGTAAGTTATTCTTCAGTAGCTAAACCTTTCAAACCCCCGCGCCTTGTACGTCAggtcttctctttttttttaaagcaagcgTGCATTCCATTAAAATGAATATGACACACACAAATATTGGCTGTTATGTTTTTATCGTTTGAACATTCCCAGTAAAAacactttctttctctttttcttttacagAGGAAACATAAAGTTGAGTGCTTTAACTATTGCAAATGGATGGAGAGGGTTGAAGGttgttgttcttttttgttttgtttttttttcctccattttgtgcTGGGCCATAACAACTATTAGAGTTTTTCTTAAGGGCAAATGCAGAGAACTTCAGTAACTTAAGCATTCAGGAGGACTTTTTCCTGTCAAAGTGCAGTTTTTTGGGGGAGGggagatataaatatatatataaaatgtataatgtttaattttttttaaatggttagcaTGTTTGAGTTCTTTCTTTTTCTGATAATGCcatttttactgtattaaattCAGTCATCCAAACGAAAATAGGTTTGTTAATTCCTGATTAAAGACATTGCATGTTTTAGCTTTTCTTGTGCTGCTGGTTCAAGAGAAAACGAGATGATTTTAATAACtaagtgtacatttttttttcactccAAATGCTATTAAAAAGCTGTGTTCCTTC
>TCONS_00070512
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>TCONS_00070513
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>TCONS_00070514
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Function

symbol description
rer1 Acts upstream of or within cilium assembly. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be integral component of Golgi membrane. Is expressed in Kupffer's vesicle; lateral line; olfactory pit; otic vesicle; and pronephros. Orthologous to human RER1 (retention in endoplasmic reticulum sorting receptor 1).

GO:

id name namespace
GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum biological_process
GO:0006621 protein retention in ER lumen biological_process
GO:0060271 cilium assembly biological_process
GO:0030173 integral component of Golgi membrane cellular_component
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0003674 molecular_function molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040426-1494 Acts upstream of or within cilium assembly. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be integral component of Golgi membrane. Is expressed in Kupffer's vesicle; lateral line; olfactory pit; otic vesicle; and pronephros. Orthologous to human RER1 (retention in endoplasmic reticulum sorting receptor 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000012747

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00070511 False 2222 mRNA 0.38 7 48942470 48959607
TCONS_00070512 False 1154 mRNA 0.41 8 48942559 48959608
TCONS_00070513 False 1243 mRNA 0.40 8 48943009 48959607
TCONS_00070514 True 2906 mRNA 0.38 7 48947608 48961405

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036004 tp73 coding upstream 6994 48848200 ~ 48935476 (+)
XLOC_036005 NA coding upstream 31642 48910307 ~ 48910828 (+)
XLOC_036003 tprg1l coding upstream 132734 48801402 ~ 48809736 (+)
XLOC_036002 NA coding upstream 190194 48750253 ~ 48752276 (+)
XLOC_036001 NA coding upstream 195827 48731449 ~ 48746643 (+)
XLOC_036007 aak1a coding downstream 4362 48965767 ~ 49044259 (+)
XLOC_036008 NA coding downstream 99596 49061001 ~ 49063846 (+)
XLOC_036009 ddx51 coding downstream 103943 49065348 ~ 49089382 (+)
XLOC_036010 zgc:56525 coding downstream 130634 49092039 ~ 49115695 (+)
XLOC_036011 rad21l1 coding downstream 156101 49117506 ~ 49140645 (+)
XLOC_036000 BX323876.1 non-coding upstream 249216 48691469 ~ 48693254 (+)
XLOC_035995 BX649478.1 non-coding upstream 414924 48514551 ~ 48527546 (+)
XLOC_036013 NA non-coding downstream 239907 49201312 ~ 49207469 (+)
XLOC_036014 NA non-coding downstream 260709 49222114 ~ 49231343 (+)
XLOC_036015 NA non-coding downstream 347231 49308636 ~ 49310816 (+)
XLOC_036016 BX537103.1 non-coding downstream 417485 49378890 ~ 49380303 (+)

Expression


Co-expression Network