XLOC_036369 (zgc:92140)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_036369
gene name zgc:92140
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 19398335 ~ 19467011 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00071087
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>TCONS_00071088
tgtgtgtgtgcgcgagccTCCGCCGCCGCCGACAGTGGACCGAGCGGGTCACTTCTGACAAGTGAGATGGTGAGAGGGGGGACGGAGTGAGGCCATGGGCTGCACCTCGGCTAAGCAGGTGTCGGCTGTGCCCACCGACGAAGAGGGCCGGGGCAAAGCCTACAGCAACGGTGACCTCTTCACTGATGAATATAAGATGAAGGGGGTGGAGGAGGTGAAGTACATGCGTGGAGAAGAGGACCGAGTAAACGCACGCAACCAGGAGAACCTGGAGAAGAGCTCGACGCAACACAGGACCAAACAGCACAAAGAGGTGCCCGGGCCCAGCGCCAACAAGACCAACATTCATACGTCAGAGAGTCAGCAGGAGTTCTTCAGAATGCTGGATGAGAAGATTGAGAAGGGACGGGACTACTGCtcggaagaggaggaggaggacgatGTGACATAGCAGAGAGGTGCCAGATCTTGCCAGAGATGGAAAAAGAGAGCGAGTGCGACTCAAAAAAATCAGTGTTTCCTATGTCTGTGACACTCTGTCGGTCTGAGAgcgagtgtgcgtgtgtgtgtgagtgcgtgagAGTGTGTGCTTGTGAGAGCGAAAGAGCGCAGGACTTTTCCTCATAGGCTGTTGCACCCTTGACCCCTTCTCCTCTCTCGGGGTTGCCTTGCTTGGAGAATCTAGATGGTTTTGGGTGAAGAAAGAACAGCTTGATTGATGTATTATCAACACAGACTCACTCTGATGTGAAATGAGGACCCGCCGCCCCCCCCCTTCTCCTACAGCCAGCATTGAAACGGCCCCCTTCCTCcgactgagagagagagattatgtCGGGAAAAGCAAGATGAAAGGAAATGGAGAGAAGAAAAGACGACATGCCCCTCCCAGTCCTTGTTTTAAGTGGCAGGCCAGAGAAAAATCTGACATACGGAGGATCGAGAGGAGAGCTTACCACCATCCTCTGGAGAGAGACGGGGAGCGAATGTAAAGATGGAGTGTTGTGGGTATTTGGGGACTGAACAAGAGAGATATTTTATTAAGAGCGACTTTATGTATGAACGAACTGGCtgattattttgatattttgataAAGAGCGACGTGGCAAGTTTTTGAACATTTGATCTGGACTCCTGCTTTTTGAaggaccttttttattttattttgtcaagaTTGATTTAATTGTTCCATAAATGTGTTGCTTTTTTGCCTAGATCAGACCTCCTCAAGCTTGTGCTGTAAAGGTCAGGGCTGTGTGGTGACCCCataacacactcaaacacacgcgCATAGGCCAAATTAATCACCCCACCCTCTTTCCAAACATAGCAGTTCTCACTTTCAATTTGAATATCCTGGTATTATTTGTAAAGTTCTCAGAAAATGGGCGGAAACATGGTCAGACTTGTTACCCACGCACAAACCCAAACATATCCCTAAGCTGCAAGATGGCACAATTTAACTTAAAGATCTGTATCAACTGTTGAAGCTGCTCTTAATATAGTTTATTGATGGTGAAGAAAGAAAACTGGGATTGTTTGAGGTTTTCAGTGTGTTAATTTATGTCTGAGAGCCAGGTTTGACCATGTTAATCGTTGTCAGAGGAATGAAGTGTTTGCTGTAGGCCTGTTTATGTTTAGCTACAACACTTCTCGTTCAGTTGAGTCTGCTATAATGTAATCTTCAAATTCAGACATCACTACACTGGTCTGAGGTGGGATTGGGTCACTTTGGAGACAGCGCTGATCGAGCATTTGTAATTATGATTAGTGGATTAAAtcctttttaatgtttattttcgatatgttttctttttctattaaaatataaGACACGGGG

Function

symbol description
zgc:92140 Orthologous to human C1orf21 (chromosome 1 open reading frame 21).

GO:

id name namespace
GO:0008150 biological_process biological_process
GO:0005575 cellular_component cellular_component
GO:0003674 molecular_function molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040912-161 Orthologous to human C1orf21 (chromosome 1 open reading frame 21).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000098592

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00071087 False 5034 mRNA 0.41 6 19398335 19451487
TCONS_00071088 True 1841 mRNA 0.47 6 19401086 19467011

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036368 colgalt2 coding downstream 3225 19364568 ~ 19395110 (-)
XLOC_036367 rgl1 coding downstream 56224 19283143 ~ 19342111 (-)
XLOC_036366 zgc:77486 coding downstream 117479 19268474 ~ 19280856 (-)
XLOC_036365 zgc:77486 coding downstream 131922 19253205 ~ 19266413 (-)
XLOC_036364 abhd17ab coding downstream 151993 19232238 ~ 19246342 (-)
XLOC_036370 edem3 coding upstream 2667 19469678 ~ 19487327 (-)
XLOC_036371 fam78bb coding upstream 175188 19642199 ~ 19649617 (-)
XLOC_036372 trabd2b coding upstream 334854 19801865 ~ 19904124 (-)
XLOC_036373 lpxn coding upstream 481595 19948606 ~ 19977088 (-)
XLOC_036374 NA coding upstream 518831 19985842 ~ 19989233 (-)
XLOC_036359 NA non-coding downstream 625326 18771607 ~ 18773009 (-)
XLOC_036356 NA non-coding downstream 798979 18594067 ~ 18599356 (-)
XLOC_036355 AL844185.2 non-coding downstream 813528 18584693 ~ 18584807 (-)
XLOC_036336 NA non-coding downstream 1613424 17777860 ~ 17784911 (-)
XLOC_036335 NA non-coding downstream 1737141 17659597 ~ 17661194 (-)
XLOC_036380 NA non-coding upstream 940642 20407653 ~ 20413849 (-)
XLOC_036381 BX511253.2 non-coding upstream 947835 20414846 ~ 20414961 (-)
XLOC_036382 BX511253.1 non-coding upstream 981110 20448121 ~ 20455202 (-)
XLOC_036384 BX004774.1 non-coding upstream 1375123 20842134 ~ 20844502 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000010_03142808_03164874 CLG10H1ORF21 coding CI01000010 null 3140644 ~ 3165257 (+)