XLOC_036702 (SLC18A1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_036702
gene name SLC18A1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 45708567 ~ 45729758 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00071665
ttttttaagtgtatgcaGAACCCCGTGGACTGGATGATAAAAACCAGGGGCTCTCCTCGGTTGGTGCTTGCAGTTGTGTGTGTGGCCCTGCTACTGGATAACATGCTGCTAACCGTTGTTGTTCCTATCATCCCAGCCTTCCTGTATGCCACAGAGCACCAGGCACAAAAAAACCCACCTACCACCCCCTTTGAAGCTCATCCCACAAACACTTCCCTACTTTCTCTCTACAACACCACCACTTACAACACCAGTGTCTCTTTGAACTTCACAAACTTCTCCAGTGCATCTAGCACTAATGAAAATTTAGGAGTCAATAGTAGTTCTGCTGACTATGGGTGTAAAGAAGACAGTGATTTTTTGGAAGGGGAAAATGTGAAGGTTGGATTATTGTTTGCCTCCAAAGCCATGGTGCAGCTATTGGTAAACCCGTTTGTGGGCCCGCTGACTAACAGGATTGGATATCACATACCAATGTTTGCTGGGTTCGTCATTATGTTTGTCTCCACAATAATGTTTGCCTTCTCTGGGACATACACACTTCTGTTTTTTGCCCGCTCATTGCAGGGAATTGGATCATCTTTTTCCACAGTTGCAGGTTTGGGAATGTTAGCAAGTGTTTACACCGATGACAGTGAAAGAGGAATTGCCATGGGGATTGCACTGGGAGGACTGGCCATGGGAGTACTTAtTGGAGCACCATTTGGCAGCATTATGTATGAATTCGTTAGTAAGAGTTCTCCATTCCTTGTCCTAGCCTTCCTGGCTATGTTTGATGGAGCCCTTCAGCTCTGCATACTTCAGCCCTCAAAAATATCTCCCACGAGCATGGAAGGAACGCCATTATTTATCCTGTTAAAAGATCCCTACATACTCATTAGTGCAGGGTCATTGTGCTTTGCAAACATGGGGGTTGCCGTTTTAGAGCCCACTCTTCCTATCTGGATGATGCAAACGATGTGCGCACCAAAGTGGCAGCTTGGTGTGGCTTTCCTACCAGCCAGTGTTTCATACCTCATCGGAACCAACCTTTTTGGGATACTGGCCAATAAAATGGGaagGTGGTTGTGTTCCATGGTCGGAATGTTTATAGTTGGCATCAGTCTACTCTGTGTTCCTTTTGCGAAAAACCTCTATGGCCTCATTGGTCCCAATGGTGGTTTAGGATTTGCAGTTGGAATGGTGGATACTTCTATGTTTGCTATAATGGGTTACCTAGTAGATATCCGACATGTCTCTGTTTATGGAAGTGTGTATGCCATTGCTGATGTGGCCCTCTGCGTTGGATTTGCTGTTGGTCCATCTACGGGTGGGGCATTAGTAAGAACTATTGGCTTTCCAAATCTCATGGTGATCATCGGCATAATCAATATCTTGTATGCACCTCTTTGCTTCTTTCTCAAAAATCCTGCAAATTGGGAGGAGAAGATGGTGAGACTCAAACATGAGTGTCCATTGCATATGAAGAGCTACAATACAAGTGGGTACAGAGAATTCCCCTTGAGTGAGGATGACAGTGAGGAGGACACTGAAAATGCATGTATAAATAGTCATAAAGAATCTATGGATCATCAAGCCTCAACAGCCCTCAAaggttttaagtga
>TCONS_00071666
ATTCAACAGGTAGCTCCAGGATCACCCACCCCAATCACTGAAGAAAATATGATGATTTTTCTCAAACTCTTGATTCTCATGTCAACTTTTATTCTCCCAGTTCCTATCATCCCAGCCTTCCTGTATGCCACAGAGCACCAGGCACAAAAAAACCCACCTACCACCCCCTTTGAAGCTCATCCCACAAACACTTCCCTACTTTCTCTCTACAACACCACCACTTACAACACCAGTGTCTCTTTGAACTTCACAAACTTCTCCAGTGCATCTAGCACTAATGAAAATTTAGGAGTCAATAGTAGTTCTGCTGACTATGGGTGTAAAGAAGACAGTGATTTTTTGGAAGGGGAAAATGTGAAGGTTGGATTATTGTTTGCCTCCAAAGCCATGGTGCAGCTATTGGTAAACCCGTTTGTGGGCCCGCTGACTAACAGGATTGGATATCACATACCAATGTTTGCTGGGTTCGTCATTATGTTTGTCTCCACAATAATGTTTGCCTTCTCTGGGACATACACACTTCTGTTTTTTGCCCGCTCATTGCAGGGAATTGGATCATCTTTTTCCACAGTTGCAGGTTTGGGAATGTTAGCAAGTGTTTACACCGATGACAGTGAAAGAGGAATTGCCATGGGGATTGCACTGGGAGGACTGGCCATGGGAGTACTTAtTGGAGCACCATTTGGCAGCATTATGTATGAATTCGTTAGTAAGAGTTCTCCATTCCTTGTCCTAGCCTTCCTGGCTATGTTTGATGGAGCCCTTCAGCTCTGCATACTTCAGCCCTCAAAAATATCTCCCACGAGCATGGAAGGAACGCCATTATTTATCCTGTTAAAAGATCCCTACATACTCATTAGTGCAGGGTCATTGTGCTTTGCAAACATGGGGGTTGCCGTTTTAGAGCCCACTCTTCCTATCTGGATGATGCAAACGATGTGCGCACCAAAGTGGCAGCTTGGTGTGGCTTTCCTACCAGCCAGTGTTTCATACCTCATCGGAACCAACCTTTTTGGGATACTGGCCAATAAAATGGGaagGTGGTTGTGTTCCATGGTCGGAATGTTTATAGTTGGCATCAGTCTACTCTGTGTTCCTTTTGCGAAAAACCTCTATGGCCTCATTGGTCCCAATGGTGGTTTAGGATTTGCAGTTGGAATGGTGGATACTTCTATGTTTGCTATAATGGGTTACCTAGTAGATATCCGACATGTCTCTGTTTATGGAAGTGTGTATGCCATTGCTGATGTGGCCCTCTGCGTTGGATTTGCTGTTGGTCCATCTACGGGTGGGGCATTAGTAAGAACTATTGGCTTTCCAAATCTCATGGTGATCATCGGCATAATCAATATCTTGTATGCACCTCTTTGCTTCTTTCTCAAAAATCCTGCAAATTGGGAGGAGAAGATGGCGATTGTAAATCAGGAGTGTCCATTGCATATGAAGAGCTACAATACAAGTGGGTACAGAGAATTCCCCTTGAGTGAGGATGACAGTGAGGAGGACACTGAAAATGCATGTATAAATAGTCATAAAGAATCTATGGATCATCAAGCCTCAACAGCCCTCAAaggttttaagtga
>TCONS_00071667
AAAAATCAAACAAGTGTTGATATACCACAAGCTAGAGCAAATGGAAAATTACTATTTCACCACATTATGATGATTTTTCTCAAACTCTTGATTCTCATGTCAACTTTTATTCTCCCAGTTCCTATCATCCCAGCCTTCCTGTATGCCACAGAGCACCAGGCACAAAAAAACCCACCTACCACCCCCTTTGAAGCTCATCCCACAAACACTTCCCTACTTTCTCTCTACAACACCACCACTTACAACACCAGTGTCTCTTTGAACTTCACAAACTTCTCCAGTGCATCTAGCACTAATGAAAATTTAGGAGTCAATAGTAGTTCTGCTGACTATGGGTGTAAAGAAGACAGTGATTTTTTGGAAGGGGAAAATGTGAAGGTTGGATTATTGTTTGCCTCCAAAGCCATGGTGCAGCTATTGGTAAACCCGTTTGTGGGCCCGCTGACTAACAGGATTGGATATCACATACCAATGTTTGCTGGGTTCGTCATTATGTTTGTCTCCACAATAATGTTTGCCTTCTCTGGGACATACACACTTCTGTTTTTTGCCCGCTCATTGCAGGGAATTGGATCATCTTTTTCCACAGTTGCAGGTTTGGGAATGTTAGCAAGTGTTTACACCGATGACAGTGAAAGAGGAATTGCCATGGGGATTGCACTGGGAGGACTGGCCATGGGAGTACTTAtTGGAGCACCATTTGGCAGCATTATGTATGAATTCGTTAGTAAGAGTTCTCCATTCCTTGTCCTAGCCTTCCTGGCTATGTTTGATGGAGCCCTTCAGCTCTGCATACTTCAGCCCTCAAAAATATCTCCCACGAGCATGGAAGGAACGCCATTATTTATCCTGTTAAAAGATCCCTACATACTCATTAGTGCAGGGTCATTGTGCTTTGCAAACATGGGGGTTGCCGTTTTAGAGCCCACTCTTCCTATCTGGATGATGCAAACGATGTGCGCACCAAAGTGGCAGCTTGGTGTGGCTTTCCTACCAGCCAGTGTTTCATACCTCATCGGAACCAACCTTTTTGGGATACTGGCCAATAAAATGGGaagGTGGTTGTGTTCCATGGTCGGAATGTTTATAGTTGGCATCAGTCTACTCTGTGTTCCTTTTGCGAAAAACCTCTATGGCCTCATTGGTCCCAATGGTGGTTTAGGATTTGCAGTTGGAATGGTGGATACTTCTATGTTTGCTATAATGGGTTACCTAGTAGATATCCGACATGTCTCTGTTTATGGAAGTGTGTATGCCATTGCTGATGTGGCCCTCTGCGTTGGATTTGCTGTTGGTCCATCTACGGGTGGGGCATTAGTAAGAACTATTGGCTTTCCAAATCTCATGGTGATCATCGGCATAATCAATATCTTGTATGCACCTCTTTGCTTCTTTCTCAAAAATCCTGCAAATTGGGAGGAGAAGATGGCGATTGTAAATCAGGAGTGTCCATTGCATATGAAGAGCTACAATACAAGTGGGTACAGAGAATTCCCCTTGAGTGAGGATGACAGTGAGGAGGACACTGAAAATGCATGTATAAATAGTCATAAAGAATCTATGGATCATCAAGCCTCAACAGCCCTCAAaggttttaagtga
>TCONS_00071668
atgaatggaagtctatgggagaaaaagcccagtgtgaccacagctttaaacCGACTGACAAAAATTACAAAATGCAAAGCGCATGCAAGTAGCGGCTTGATGCTATCTGGTGATAAAAGCAaatctgcaaatcacagcacattgttaATGATGATTTTTCTCAAACTCTTGATTCTCATGTCAACTTTTATTCTCCCAGTTCCTATCATCCCAGCCTTCCTGTATGCCACAGAGCACCAGGCACAAAAAAACCCACCTACCACCCCCTTTGAAGCTCATCCCACAAACACTTCCCTACTTTCTCTCTACAACACCACCACTTACAACACCAGTGTCTCTTTGAACTTCACAAACTTCTCCAGTGCATCTAGCACTAATGAAAATTTAGGAGTCAATAACAGTGATTTTTTGGAAGGGGAAAATGTGAAGGTTGGATTATTGTTTGCCTCCAAAGCCATGGTGCAGCTATTGGTAAACCCGTTTGTGGGCCCGCTGACTAACAGGATTGGATATCACATACCAATGTTTGCTGGGTTCGTCATTATGTTTGTCTCCACAATAATGTTTGCCTTCTCTGGGACATACACACTTCTGTTTTTTGCCCGCTCATTGCAGGGAATTGGATCATCTTTTTCCACAGTTGCAGGTTTGGGAATGTTAGCAAGTGTTTACACCGATGACAGTGAAAGAGGAATTGCCATGGGGATTGCACTGGGAGGACTGGCCATGGGAGTACTTAtTGGAGCACCATTTGGCAGCATTATGTATGAATTCGTTAGTAAGAGTTCTCCATTCCTTGTCCTAGCCTTCCTGGCTATGTTTGATGGAGCCCTTCAGCTCTGCATACTTCAGCCCTCAAAAATATCTCCCACGAGCATGGAAGGAACGCCATTATTTATCCTGTTAAAAGATCCCTACATACTCATTAGTGCAGGGTCATTGTGCTTTGCAAACATGGGGGTTGCCGTTTTAGAGCCCACTCTTCCTATCTGGATGATGCAAACGATGTGCGCACCAAAGTGGCAGCTTGGTGTGGCTTTCCTACCAGCCAGTGTTTCATACCTCATCGGAACCAACCTTTTTGGGATACTGGCCAATAAAATGGGaagGTGGTTGTGTTCCATGGTCGGAATGTTTATAGTTGGCATCAGTCTACTCTGTGTTCCTTTTGCGAAAAACCTCTATGGCCTCATTGGTCCCAATGGTGGTTTAGGATTTGCAGTTGGAATGGTGGATACTTCTATGTTTGCTATAATGGGTTACCTAGTAGATATCCGACATGTCTCTGTTTATGGAAGTGTGTATGCCATTGCTGATGTGGCCCTCTGCGTTGGATTTGCTGTTGGTCCATCTACGGGTGGGGCATTAGTAAGAACTATTGGCTTTCCAAATCTCATGGTGATCATCGGCATAATCAATATCTTGTATGCACCTCTTTGCTTCTTTCTCAAAAATCCTGCAAATTGGGAGGAGAAGATGGCGATTGTAAATCAGGAGTGTCCATTGCATATGAAGAGCTACAATACAAGTGGGTACAGAGAATTCCCCTTGAGTGAGGATGACAGTGAGGAGGACACTGAAAATGCATGTATAAATAGTCATAAAGAATCTATGGATCATCAAGCCTCAACAGCCCTCAAaggttttaagtga

Function

symbol description
slc18a1 Predicted to enable serotonin:sodium symporter activity. Predicted to be involved in aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle. Predicted to be located in clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane. Predicted to be active in synaptic vesicle membrane and terminal bouton. Implicated in bipolar disorder and schizophrenia. Biomarker of von Hippel-Lindau disease.

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000078157

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00071665 False 1605 mRNA 0.45 15 45708567 45726089
TCONS_00071666 False 1584 mRNA 0.44 15 45708567 45728620
TCONS_00071667 False 1602 mRNA 0.43 15 45708567 45729248
TCONS_00071668 True 1653 mRNA 0.44 16 45708567 45729758

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_036701 NA coding downstream 236350 45468994 ~ 45472217 (-)
XLOC_036700 ywhabb coding downstream 277625 45418985 ~ 45430942 (-)
XLOC_036698 mak16 coding downstream 292380 45394914 ~ 45416187 (-)
XLOC_036699 CU695141.1 coding downstream 296822 45411581 ~ 45411745 (-)
XLOC_036697 adamts13 coding downstream 429156 45226586 ~ 45279411 (-)
XLOC_036703 ppiaa coding upstream 25113 45754871 ~ 45760087 (-)
XLOC_036704 ogdha coding upstream 32726 45762484 ~ 45838481 (-)
XLOC_036705 adam9 coding upstream 120381 45850139 ~ 45939691 (-)
XLOC_036706 fam160b2 coding upstream 231859 45961617 ~ 46005359 (-)
XLOC_036707 si:ch211-119d14.3 coding upstream 295364 46025122 ~ 46045172 (-)
XLOC_036696 NA non-coding downstream 505597 45200851 ~ 45202970 (-)
XLOC_036695 NA non-coding downstream 670791 45035269 ~ 45037776 (-)
XLOC_036690 NA non-coding downstream 961599 44740102 ~ 44746968 (-)
XLOC_036716 NA non-coding upstream 897905 46627663 ~ 46629378 (-)
XLOC_036721 NA non-coding upstream 1360353 47090111 ~ 47093938 (-)
XLOC_036724 NA non-coding upstream 1468876 47198634 ~ 47199165 (-)
XLOC_036726 NA non-coding upstream 1527220 47256978 ~ 47258976 (-)
XLOC_036727 CR792439.2 non-coding upstream 1545538 47275296 ~ 47275410 (-)

Expression


Co-expression Network