XLOC_037154 (lrch1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037154
gene name lrch1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 25096500 ~ 25171412 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00073142
CGCAGACGCGTCATAATGGACAGCCAGAAAGCGCACTAGGAGGAAATTCACCTACAGCTTTAGAGAGCAGAGCATTTTCAGCGGGATTTACAGATAGTAGAGTTTTTCGACGAGCTTTTTCCCCGACGGGGCGAATATGGCGACGCTGGGACCGGAGCCCCGTCCTCTTTCCCAGCTGCCTTCTGCCGCATTACAGACGAACCTGAGCGGACTGGGCTCCAGCACGAACCTGCCCCTCAACCGAGGCTTGGAGAGAGCGTTGGAGGATGCGGCGAACTCTGGATTTCTGAACCTCAGTACAAGGAAACTGAAAGAATTCCCTCGGACTGCATCAAATTATGACCTGACGGATACGGTTGAAGCAGATCTGTCGAAGAATCGCTTAATTGACGTCCCATCAGAGGTGTGTCATCTGGTTTCCCTGGAAACGCTGAACCTTTATCACAACTGCATAAAAAGCATTCCTGACACCATCATCAGCCTTCAGTCGCTCACCTGCTTAAACATCAGCCGGAACCAGCTGTCAGTGCTGCCAGCTTGTGTGTGTGGTCTTCCTCTGCGAGTGCTCAACGCCAGCAATAACAAACTCAACGCACTTCCAGAAAGCATTGGCCAGCTCACCAATCTCATGGAGCTGGATGTCAGCTGCAATGAAATCACAGCTCTTCCACGCCAAATTGTCCAGCTCAAATCATTGAGGGAACTCAATGTGCACCGCAACCTTCTCTGTGTCCTACCAGAGGatTTGGCAGATCTACCTCTGGTCAAGTTTGATTTCTGCTGTAATAAAGTTTCTACTATTCCTGTCTGCTATCGAAAAATGACCCAGCTCCAATCCCTACAGCTGGAGAACAATCCACTTCAGAGTCCTCCTGCACAGATCTGTATGAAGGGCAAGATTCATATATTCAAATACCTCGCCATGGAGGCGTGCCGGAGTGACAAGATGGCTGATGCTCTGTACCTTCCTGTCACTGACCGCCTCAGCTTGACACGACCCAGCAATGGGAGCACTGAGGACATCGATCAGCACAAGAAACTTGACAGTGACTCTGGAGTGGGAAGTGACAATGGAGACAAACGACTTTCTGCTACAGAGCCATCCGATGAAGACAGTCTCAGCTTGAATGTGCCCATGACCAACATCACAGAGGAGGAGGGATTGAGTAAAGACGACTCTAGTGAACACATCAGCGGCCTGACAGGAGACAGAAGTTCTTCTGAATCTCTGAAGGATCACCTGAGTTATCGAGATTCTGCCCTTAGTTCACCATTCGTAAACTATATTAAAggTCGAGGTGCTGACTTCGACGAGCCCCTCAGGATAGAGGAAGACACTAATTGGGTTTCAGAACAAACGGCAAAAGTCAATATGATCAATCAGCTAAAGGAAGCTGTGGAGATGCTACAGGATCCTAACAGGGTTAACATGAACTCTGCTGATCTGTCTGGTATTAAACTCTACCCTGTGGAAATGGTTGCAGTAGACGACTCACTCAATGGTCAAGAGAGTGATGAGGGTCAGGCGACACCCAAGGGTGACGTGATTGGCCAGGAAGGAGCAGGCGATAGTTGTGAAAACCAAATTACCATGAATGAAGAAAAAACTCCAGTTTCCAGCCCCACACTGAACTCACCTCCCTTTGGCCTGAAGCCTCGATCAGTGTTTTTCAGGACGCACAAGACTCTGGAATCTGTGGATCCTCAGTTCACCATGAGGAGAAAGATGGAGCAGCTAAGAGAAGAGCTGGAGCTCACAGAGCAACTTCGAGAGAGTATTGAGAGCAGACTGAAAGTGGTTCTTCCTGAGGATCTGGGATGCTCTCTCAGTGACGGGGTCGTGCTTTGTCACCTAGTCAATCACATTCGGCCGCGATCAGTTGGCAGTATTCATGTACCATCACCTGCAGTGCCCAAGCTTAGCATGGCTAAATGTCGCAGAAACGTTGAAAATTTCTTGGATGCCTGCAGAAAAATGGGAGTCCCTGagGATAAGTTATGCCTGCCGCATCATATCCTGGAGGAGAAGGGACTGATCAAAGTTGGCATCACTGTCCAAGCTTTGCTGGATGAGACGTCCATCAACCAGACACTCTTCACatgagcat
>TCONS_00073144
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>TCONS_00073143
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Function

symbol description
lrch1 Predicted to be involved in cellular response to chemokine and negative regulation of T cell migration. Predicted to be active in cytoplasm. Orthologous to human LRCH1 (leucine rich repeats and calponin homology domain containing 1).

GO:

id name namespace
GO:2000405 negative regulation of T cell migration biological_process
GO:1990869 cellular response to chemokine biological_process
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-1783 Predicted to be involved in cellular response to chemokine and negative regulation of T cell migration. Predicted to be active in cytoplasm. Orthologous to human LRCH1 (leucine rich repeats and calponin homology domain containing 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000078778

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00073142 False 2108 mRNA 0.49 19 25096500 25167102
TCONS_00073144 False 6396 mRNA 0.37 20 25096636 25171412
TCONS_00073143 True 6507 mRNA 0.38 21 25096636 25171412

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037153 NA coding upstream 16195 25079163 ~ 25080305 (+)
XLOC_037152 BX323457.2 coding upstream 22301 25073539 ~ 25074199 (+)
XLOC_037151 BX323457.3 coding upstream 28770 25066661 ~ 25067730 (+)
XLOC_037150 slc39a10 coding upstream 144838 24920677 ~ 24951662 (+)
XLOC_037149 CT030712.1 coding upstream 386426 24708653 ~ 24710074 (+)
XLOC_037155 itm2bb coding downstream 159493 25330905 ~ 25346583 (+)
XLOC_037156 NA coding downstream 394328 25565740 ~ 25837749 (+)
XLOC_037157 gtdc1 coding downstream 669308 25840720 ~ 25913984 (+)
XLOC_037158 CR925716.1 coding downstream 685201 25856613 ~ 25856729 (+)
XLOC_037159 NA coding downstream 857319 26028731 ~ 26032109 (+)
XLOC_037148 BX571803.4 non-coding upstream 669260 24423792 ~ 24427240 (+)
XLOC_037147 BX571803.2 non-coding upstream 708969 24384134 ~ 24387531 (+)
XLOC_037162 NA non-coding downstream 1013676 26185088 ~ 26191424 (+)
XLOC_037164 NA non-coding downstream 1399817 26571229 ~ 26574876 (+)

Expression


Co-expression Network