XLOC_004039


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_004039
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 14754905 ~ 14759088 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008779
GCGTTTTCTTACATTTGTGTGCTCATTCTATAACGtgtaacaaataaaacaaaaaaagggaaaaaaactgTCTCAGTTatatttaaaacatgaataaCTTGCTGACACATAATACTAGTTTTACTAATTGTATGAAATACTaattaattgtcactttaaatcTATATGCTTTACCACTATTTTTCAAACCACTACGTTTTACTTATTTGTCTGCAATAAATTTTTAAACATGacgttttatatattttaataagtacaggtTAAAATTTGTTAATTGTCATTCTGTCTCGTTACTGAAACTAAATAATATTCTTATTACATTTTTCTAATGTTACTGTGAGAATGTTGTtactttggtttaaaaaaaatactgtaaaatgttttctaagAGAACAATGTTTAATCTGGTGCCTTTTCAAtaatcttaaaaatgtttttaaaatgttgcagATAAAGGGTTCTATTTTGACCATCCTTGGGCAAGTGCAAAGTACTGggtgcaaacgcattaagggcggtCAGAATCTACTTTTGCAATTTTAAGAGTGGAAAAATCCGTTTTGCGCCATGGCACATAGTcttacagggttgagcttattctcttaatgagttataggtgtgttttgagaataaaccaatcagagtctcatcagATTTTCAAAACATTGCTAGAATGTTCTTGTTCATTgttttggaaaaagaaaaaaacattttttttgcatattcatTGGATATTACatcaaaatattttcttcaaAACAATAACACAACTTCCAGGGAATGTTAGCCAAAATTCTGAGAATGTTCCCTTCTGGGGCACCACAAGAAAATGTGGCAACACACATCTGCCAATAGTGTGAGAGCAATCCAGTTGCTGTCCGTTATTGTGACTGTCGACCACGCCCTTTCTACTGTGCTGATTGTGATGTCAGTATGCACACCAGAAATGTTCTCCATAACTGAGATGCCATGACTGCTGGATTCTACCAGTCATTGCCTCTAACAACCTTTGTTGTAGATAAGGCTCTTTCCCATTCTGGTAAGTCCTGGCTTATGACTGTACAACATAAATATCATTCTGAGAATTGTTAGGCCTTATAAGCTTAACTATTTAAATAatgcctttttgttttatattgtttgatAATGAATTTATAACAATTTTCAGTCAGCTTTTTGAGCAACTATTGTATACTTTTTCAGCAATGTTCTTCATTACCATTGAACCATTACAATGTTGTATTACTCAGTCACATGATCTTAATTCACATGTTTGATTTTCCAGTATGTCTTGTACCTGTGAAGATTGCTGACAATATTTGTCACAGAGGGTCAGCCCAAGGAAAGAATGTTGCTGTGATCACAATGAATTATTATAAGGTAAAAGAGTCGGACTTGTAACccgaaggtcactggttcaattcCTGCACCGGCAGGAATTAAAGagaaaTGAAGATGGCAGCACCAGGACTGTCCTGCCAAGCATTTTTAAGAATGCTGGATCAGCGAACTGTTCGTTTTGTTCATGTGagtattgaatttatttttcctacAGTGTTGTTAATCCCTTTGTATTGTAGGTTGAAAAGTTGTTTgatgctaatttatgttatacAATATTAGCCATTGTTTTTCTTACTTCTAATAGACTGGCAAGTGCTTCCCCAGACGGTTTTCAAAAAAGTTGTGGACAGGGCCGATACAGTGGACAAAATCTGCAAGGAAGAGCCCTTCATCTTTCCTGCCTGCACCCCAGATATGCTGGCAGTTTCAGTAAATGGAAATCACAAGCATTGCCATCTCAAGAATGCAGCTAGGTACTCCAAACTGTGTTTGATATCACACTGTtgaaacaatattatttaaaaaatagctgTTTTTTGTGCaccaagtaaaattaaataacagttacaacagattattattattattttttttatctaagaaACAGGCCATCTTTATAGCTAAGGATGTAGATGTGACACGATTTGTAGACTATATTCACAAGATAACCAAACATGTAAAATCACAGATGATTAGACTACATACAGGACTACATTTATCTCCTACTCAACAGTATGTTTAGAAGAGTCTTATTTTTTCTTCAACCATTTTCCATATTATAGGTCAGTGGAAGAGGTGTTTGTGGAGAGAAGTGGTCAGCAGCCAGAGAGACCTCCCAAAGATCTGCCAGCAATGTAGATGAGGAGGGATTAGAGCTTGTGGTGTTTTTCGGCACTGTGTGCTTTAAATACTGTAGGGGGAAATTTTTGCATATCCCCTGTACCTACAAAAAAAAGCTGGCCAGTAGGCAAATCACATTTTTTGTATGTATGTGACCTGCAAATATTGGCCCTACCTCCAAAGAGTTGCAAAAAACTGCCCAGATCTCCAGTACCTTCTTAACATGTGGCCCTTCCTTTCAGTATTCCATGCCAAAGCCCATGATTAAATGCGAGGTAGGTGAACTTTGCTTTGTGAATATCAAATTCGGGCATATGCAAATGAATGTAAAAACTTTCTtagcattatttacattattttttcattactacTAATCAGGTGAAATAGAGTGGGACGTATCAGGACAGGGCTGGTTTAACACTAGGGGAGGAGGTGGAACAGTGCAATGCTTTTCTCTCTAGGAATGCAGTGACCATAAAAGATGTCCAAAGTAGGTAAAATGACCACATATTTTACTTCACTAGTTTCATCATAACATATTAAGTAGGGGGAATATAGTAACATTACTTTCTGTGTTTGCAGGATACACAGACATGCTGACTTTCATGGCCATGCACTGGAATCAGCAAAAGTTCAACAATTTGGCCACCGCATTAACCCATCGATATCAGAAAGTAATGAAATCAGTAGAATTTATTTTAGATGTTCAGTAATGtttgttatttgtgttttgaatCTTTACATTAAACAGTTTGTTCTTGTTTTTGTCCTATCTGTTATAACCTGCCATTGCAGACCACGAAAGCTCTACAAAGCCAGGTGCAAAACCTAGAATCTATGAAAGTCGAACTGGCAGTGACAGAGAGCCAGTTAGAAGACTGGGTCAATGATGTAAAGGAGTGGGCAGACGGTGAGGCTAGTATTTATATATTTCCAGTAATACATTTAGTTGTGAATAATTGTAATTGATAAATTGTTACTGTTATTGTAATTTCGTCCTATTtctttttaacaacaaaaaccaCAAATGATGTTAATGTTTTGGCCAGCCAAATTGAGGTGCTGGTGGCAAGTATCAAAAGATGTTCTCAGCGTCTCTATAAAGATACAGATGGGGAAAAAAGTCGTGCCACAATCCGCCACAAGATCAGGGAGGAAAAGGGGATTCTGACATTAGTTGTAGAGAAATACAACAGAATGGTTCCAAACACAGACACTCTGTGCTTGGAAACCATTTTGTCTGGTGAGACAGCTTGGCCATGGCAGCTGCCCTGTCTCATTTTCCATCCAGCTTGTACCTACTTCTGCAAAGTGTTAGTTTGTGTTAAAGCATATCACACTAGAAAATAAATTCAGTTAGCTCCTTACAAAGCTACATGTATTTAAAAGAAAGGTAAAGGAGagtcaaaagtaaaataaataaataaataaataa
>TCONS_00008780
AAAGCATTGCGTTTTCTTACATTTGTGTGCTCATTCTATAACGtgtaacaaataaaacaaaaaaagggaaaaaaactgTCTCAGTTatatttaaaacatgaataaCTTGCTGACACATAATACTAGTTTTACTAATTGTATGAAATACTaattaattgtcactttaaatcTATATGCTTTACCACTATTTTTCAAACCACTACGTTTTACTTATTTGTCTGCAATAAATTTTTAAACATGacgttttatatattttaataagtacaggtTAAAATTTGTTAATTGTCATTCTGTCTCGTTACTGAAACTAAATAATATTCTTATTACATTTTTCTAATGTTACTGTGAGAATGTTGTtactttggtttaaaaaaaatactgtaaaatgttttctaagAGAACAATGTTTAATCTGGTGCCTTTTCAAtaatcttaaaaatgtttttaaaatgttgcagATAAAGGGTTCTATTTTGACCATCCTTGGGCAAGTGCAAAGTACTGggtgcaaacgcattaagggcggtCAGAATCTACTTTTGCAATTTTAAGAGTGGAAAAATCCGTTTTGCGCCATGGCACATAGTcttacagggttgagcttattctcttaatgagttataggtgtgttttgagaataaaccaatcagagtctcatcagATTTTCAAAACATTGCTAGAATGTTCTTGTTCATTgttttggaaaaagaaaaaaacattttttttgcatattcatTGGATATTACatcaaaatattttcttcaaAACAATAACACAACTTCCAGGGAATGTTAGCCAAAATTCTGAGAATGTTCCCTTCTGGGGCACCACAAGAAAATGTGGCAACACACATCTGCCAATAGTGTGAGAGCAATCCAGTTGCTGTCCGTTATTGTGACTGTCGACCACGCCCTTTCTACTGTGCTGATTGTGATGTCAGTATGCACACCAGAAATGTTCTCCATAACTGAGATGCCATGACTGCTGGATTCTACCAGTCATTGCCTCTAACAACCTTTGTTGTAGATAAGGCTCTTTCCCATTCTGGTAAGTCCTGGCTTATGACTGTACAACATAAATATCATTCTGAGAATTGTTAGGCCTTATAAGCTTAACTATTTAAATAatgcctttttgttttatattgtttgatAATGAATTTATAACAATTTTCAGTCAGCTTTTTGAGCAACTATTGTATACTTTTTCAGCAATGTTCTTCATTACCATTGAACCATTACAATGTTGTATTACTCAGTCACATGATCTTAATTCACATGTTTGATTTTCCAGTATGTCTTGTACCTGTGAAGATTGCTGACAATATTTGTCACAGAGGGTCAGCCCAAGGAAAGAATGTTGCTGTGATCACAATGAATTATTATAAGGTAAAAGAGTCGGACTTGTAACccgaaggtcactggttcaattcCTGCACCGGCAGGAATTAAAGGTGGGAATTGTGAAAGAACATTGCTCTTTACACCTTCATGTTGTACTATGACTGAGAtgcccttgagcaaggcaccgAACCCCCAATTGCTCCCTGAGTGCTGGAGCAAAGGCTGCCCACTGCTCTGGTGTGTGTTCacagtgtttgtgtgcgtgtgtgtctttgTTCACTtctcactgctgtgtgtgtgtgcacttggatggGTTAAATGCAGAGCCCCAATTTTGAGTATGGGTCACCATACTTGACTATATGCcatgactttcactttcataAACATCTATACATGTTCTTCTCTCATAGGGGAGCACAGGTCTGTTTGTCTAAACTACACACTTTTAAGTAATgttcaaaatgtaaaagaaaataagtaaaaaaaaaatttaagaattcAAATTAATTGGACGACACTATGATCTAAGCATGCCTGAGTTGAGATGTGAGGCATGTCAAGACACTTGGGCTGCTGGAGTAGTTGAACTAAATCAAAACGATTACTGGCCCGCAACCCTTCACTTTTCCACAATTTATGCCAcatatgtcttttttttatttagagaaaTGAAGATGGCAGCACCAGGACTGTCCTGCCAAGCATTTTTAAGAATGCTGGATCAGCGAACTGTTCGTTTTGTTCATGTGagtattgaatttatttttcctacAGTGTTGTTAATCCCTTTGTATTGTAGGTTGAAAAGTTGTTTgatgctaatttatgttatacAATATTAGCCATTGTTTTTCTTACTTCTAATAGACTGGCAAGTGCTTCCCCAGACGGTTTTCAAAAAAGTTGTGGACAGGGCCGATACAGTGGACAAAATCTGCAAGGAAGAGCCCTTCATCTTTCCTGCCTGCACCCCAGATATGCTGGCAGTTTCAGTAAATGGAAATCACAAGCATTGCCATCTCAAGAATGCAGCTAGGTACTCCAAACTGTGTTTGATATCACACTGTtgaaacaatattatttaaaaaatagctgTTTTTTGTGCaccaagtaaaattaaataacagttacaacagattattattattattttttttatctaagaaACAGGCCATCTTTATAGCTAAGGATGTAGATGTGACACGATTTGTAGACTATATTCACAAGATAACCAAACATGTAAAATCACAGATGATTAGACTACATACAGGACTACATTTATCTCCTACTCAACAGTATGTTTAGAAGAGTCTTATTTTTTCTTCAACCATTTTCCATATTATAGGTCAGTGGAAGAGGTGTTTGTGGAGAGAAGTGGTCAGCAGCCAGAGAGACCTCCCAAAGATCTGCCAGCAATGTAGATGAGGAGGGATTAGAGCTTGTGGTGTTTTTCGGCACTGTGTGCTTTAAATACTGTAGGGGGAAATTTTTGCATATCCCCTGTACCTACAAAAAAAAGCTGGCCAGTAGGCAAATCACATTTTTTGTATGTATGTGACCTGCAAATATTGGCCCTACCTCCAAAGAGTTGCAAAAAACTGCCCAGATCTCCAGTACCTTCTTAACATGTGGCCCTTCCTTTCAGTATTCCATGCCAAAGCCCATGATTAAATGCGAGGTAGGTGAACTTTGCTTTGTGAATATCAAATTCGGGCATATGCAAATGAATGTAAAAACTTTCTtagcattatttacattattttttcattactacTAATCAGGTGAAATAGAGTGGGACGTATCAGGACAGGGCTGGTTTAACACTAGGGGAGGAGGTGGAACAGTGCAATGCTTTTCTCTCTAGGAATGCAGTGACCATAAAAGATGTCCAAAGTAGGTAAAATGACCACATATTTTACTTCACTAGTTTCATCATAACATATTAAGTAGGGGGAATATAGTAACATTACTTTCTGTGTTTGCAGGATACACAGACATGCTGACTTTCATGGCCATGCACTGGAATCAGCAAAAGTTCAACAATTTGGCCACCGCATTAACCCATCGATATCAGAAAGTAATGAAATCAGTAGAATTTATTTTAGATGTTCAGTAATGtttgttatttgtgttttgaatCTTTACATTAAACAGTTTGTTCTTGTTTTTGTCCTATCTGTTATAACCTGCCATTGCAGACCACGAAAGCTCTACAAAGCCAGGTGCAAAACCTAGAATCTATGAAAGTCGAACTGGCAGTGACAGAGAGCCAGTTAGAAGACTGGGTCAATGATGTAAAGGAGTGGGCAGACGGTGAGGCTAGTATTTATATATTTCCAGTAATACATTTAGTTGTGAATAATTGTAATTGATAAATTGTTACTGTTATTGTAATTTCGTCCTATTtctttttaacaacaaaaaccaCAAATGATGTTAATGTTTTGGCCAGCCAAATTGAGGTGCTGGTGGCAAGTATCAAAAGATGTTCTCAGCGTCTCTATAAAGATACAGATGGGGAAAAAAGTCGTGCCACAATCCGCCACAAGATCAGGGAGGAAAAGGGGATTCTGACATTAGTTGTAGAGAAATACAACAGAATGGTTCCAAACACAGACACTCTGTGCTTGGAAACCATTTTGTCTGGTGAGACAGCTTGGCCATGGCAGCTGCCCTGTCTCATTTTCCATCCAGCTTGTACCTACTTCTGCAAAGTGTTAGTTTGTGTTAAAGCATATCACACTAGAAAATAAATTCAGTTAGCTCCTTACAAAGCTACATGTATTTAAAAGAAAGGTAAAGGAGagtcaaaagtaaaataaataaataaataaataa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008779 False 3619 lncRNA 0.36 2 14754905 14759080
TCONS_00008780 True 4184 lncRNA 0.36 1 14754905 14759088

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004038 CR550307.1 coding downstream 59041 14693481 ~ 14695864 (-)
XLOC_004037 adora1a coding downstream 85879 14667066 ~ 14669026 (-)
XLOC_004036 NA coding downstream 322705 14430922 ~ 14432200 (-)
XLOC_004035 NA coding downstream 443668 14308897 ~ 14311237 (-)
XLOC_004034 NA coding downstream 606479 14147663 ~ 14148426 (-)
XLOC_004040 sgta coding upstream 12820 14771908 ~ 14813063 (-)
XLOC_004041 CU019562.1 coding upstream 68286 14827374 ~ 14829324 (-)
XLOC_004042 NA coding upstream 114241 14873329 ~ 14874130 (-)
XLOC_004043 si:dkey-6d5.1 coding upstream 156692 14915780 ~ 14924138 (-)
XLOC_004044 elavl1b coding upstream 196396 14955484 ~ 15001712 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 2063214 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 2133138 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 2163609 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 2241643 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004006 BX000700.27 misc downstream 2254643 12499966 ~ 12500262 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc upstream 1368294 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004032 CR555295.1 non-coding downstream 954103 13798453 ~ 13800802 (-)
XLOC_004045 CR550302.1 non-coding upstream 259050 15018138 ~ 15019527 (-)
XLOC_004048 NA non-coding upstream 552293 15311381 ~ 15313599 (-)
XLOC_004050 NA non-coding upstream 997638 15756726 ~ 15761871 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000287_00000109_00003032 NA coding CI01000287 null 109 ~ 3455 (+)
eurasian perch (Perca fluviatilis) G48876 NA non-coding NC_053116.1 CM020913.1 11752998 ~ 11753237 (+)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G134300 NA non-coding NC_047602.1 CM018548.1 17199382 ~ 17199749 (-)
bowfin (Amia calva) G52157 NA non-coding CM030126.1 CM030126.1 13823113 ~ 13830315 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G48271 NA non-coding NC_035901.1 CM008304.1 39364978 ~ 39376428 (-)