XLOC_005171


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005171
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 8039984 ~ 8046473 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00011097
TTGATACCAAGTAAAATCCATAATTTATTCAACAAtattccattttttaaaaaataaattaatgaagtacataaataaacaaacaaccaacATTAAAGATAATGACCAGCAAGATCAAAGGCATTTAGACAGcaacaaccaaatgaaccagCCATTCGGTTTTCAGCAGCTAACAATAGTTAACAACGATTTCGTCAATAccactgaaagaaaaaaacaaagaacaatCATGGTATCTTATGCATGTgatcatctatatatatatatatatatattgctttggTAAACTAAAGATAATCTACGCTATGATGACTAAacgctattattatttatttttcttcaagtATGAACGTTCGTCCTTTATTAATAGGCAGTTACATCATTTGTCTGGTTTCATTTCGGATACATCAACAAACAACcaggggtctcatttataaataGTAGGGTTAGGGTTACAATTTTTGCATACGCAAATTCCCATGCAAAATTTGTGATCTATAAAAGCCGAATTGGATGGGAGAATGTGCGCAGCGCAAGTAATCACATAAACATATTTAACTTGAATATCGACTTAATTGAACCACTTCAAATCATCATATGAgccataatcattaataaataaattacaatttattttggTGAACGTTTACTTTTAGGAATGTTTCTATGCAAATTTTATAAATCAGACCCCAGATTTCTCATTACGCAAAAAACAGACTGATCTTACAAGTAAGCTTAACTATTTTTTgcgtattgtcagaaaagtggctaattcgtacgattaactttgtatgaaaatgtaagattttttaaaaggaggcatggcccCAAACCCCACCCCCAACCCTACCCTTCATTGGTTGATGAGAAAATCAAACTAAAATGTGCGAACGacatcatacgaattagccactaaagccAGAAGTTACAAATTGCCACAAGATTGcgtttttcaaaacaaaaaactcTCGCTGACTGTAAGAGTGCATTAAGTAACGGTACATAAAGCTGTAGTACATTCTTAACCAGTAGTAACGTACCATGAAACATACAGTAcgtacattaattattaattataggaCACAGCTTTAGCTTTCGCAACTATTTTCATAAATCATACACCAGATGTTTCATTACACAAAAACTAGCCTGATCTCATGAataaacgtaactattttatgtaaTGTCAGAAAAGTGACCGATTCGTACGATTTGattcgtatgaaaatgtacgattttaaaaaggccTAGCCCCAAAACCAACCCAACCCTACCTCTCGTTAATGGATgagaaaatcgtactaaaatgtgcGAATGAAATCGACTAAATTCAACAGTTACAAATCGCCACGATTgcgtttttcaaaagaaaaaaaaaaaactgtcgccGTCTTTAAGAGTGCATTATGTACCGACACAAAGCTTCAGTACATTCTTCACCGTTAATATCATACCATgaaacatatacatacattaattattcattatagGTAACAGCTTTAGCTCTCGCAACTAATTTTTATAAATCAGACCCCAGATATTTAATTCCGCAAAAAACAGCCTATTGTTAACAGCCtttacatattgtcagaaaagtggctagtTTGTACAACTTCATATGAttaaaatgtacgatttttaaaaggaggcatggcccCAAACCCTACCCCAACCCTGCCTCTTATTTGTGGAAGAGAAAATCGAACTATTATGTGCAAATAAAATCCTATGAATTagattaaaaaattttaaaatacaaattgccACAAGATTGCATTTAAAAAAGCCAGATCTCACAAGGAAGCGTATCTATTTTTACATGTTGTCAGAAAAGTAGCTAATCATACGAATttgtataattaaatttaaattaaaatgtactattttaaaagGTGTGGCCCCAAACCCCAACCCTACCCCTCAATGGTGGATGAAAAAATTGCACTTAAACATGCAAAttaaatcatacgaattagccactaaatccaaaAGTTACGTTTTGCCACGAGATtgtgtttttcaaaaaaataGACCAATCTCAAAAGGAAACGTAACCTTTTTTcacatattgtcagaaaagtggctaatttatacAAATTTGTTCAATTAAATCCATATGAAAATGTTCAATTTTCATAAGGAGGTGTGGACCCAACCCCTGGCCCTCATTGGTGGATaagaaaatcatactaaaacatgcaaatgaaaatcacacgaattagccactaaactcaaAAGTTACGAATCGCCACAAGATTGCATTTTTCAAAAGAAACAAAGACTTTCGCTGTTTGTAAGAGTGCATTAAGTACCGACACATAAAGCTGCAATACATTCTTGACCAGTAATATCATACCAtgaaacatttacacacattaactATTCATTATAGGACACAGCTTTAGCTTTCGCAACTAATTTTATAAATCAGACCCCAGATGTtacgtattgtcagaaaagtggttGATTCGTACGATTAAATTCATAATAAAATGTACGATATTTAAAATGAGGTGTGACTTCAAACCCTACCCCTCATTGGTGTATGAGaaaatcatgctaaaacatgcaaatgaaatcatacgaattagccactaaatctaaaagGTACGAACTGCCACGAGAttgcatttttcaaaaaaacaacaacttgatctcatgagaaaacgtaaaaattttaacatattgtaaaaaaaagtagctaatttgtacaaattcatacgactCAATTCATGataaaatgtacgatttttaaaaggaggtgtggcccCAAACCCCAACCCTACCCCTCATTGGTGGATGAAAAAATTGTACTAAAACATGCGAATGAAttcataggaattagccactaaatccaaaagttacgaattgctacgagcttgtgttttaaaaaaaaacaacaacccgatctcacaagaaaacgtaacaATTAttacatattgtcagaaaagtggctaattcatacaaatttgtacaatTAAATTCGTATGACAATGTACAATTTTCGAAAAGAGGCGTAGACCCAACCCCTGGCCCTCATTGGTGGATgagaaaatcatactaaaacgtGTAAATGAAATCgcacgaattaaccactaaactcaaaagttacgaattgtcacGAGATtgtgtttttcaaataaaaaactgtCGCTGTCTTCAAGAGTGCGTTACGTACCGACACATTAAGCTGCAGTACATTCTTGACCGGTAATATCATACCATGAAACATCTACATACATCAATTATTCATTATAGGACACAGCTTTAGCTTTCACAACTATGACAATCTTTGAtgtgtaaataaatttaaatacaatccACTACAGTACGTATATATGCAACTTCTAGCACGACAATGGTGGAGTTGATGTATTATATGTACTATATGTGAGAAGTGGTTACATTATTTCGTTCTTTCTTTcgtgttttgtttaaatatatgtttGCCCTGAACTAAGCCGTGTTTCTAAGCCCTTCTAATTATAAGTGAAAGTGTGGTTTGTCAGTAAAGATTAACATTATGCTACAACACATGGAAGAGAGCGTAGATAAAATAATGCGGAACTGTTAGCTGGATGTGGTTTAGTTTATGTACTCTTGTAAAACCATCTGGACAGAGCTGGGTCATTCACAATGTGCAGTATATGTGTAGATCATATTTATAGTGGAAAAACTCTTCTAAGGATCAATAATAGAttgaattattatcattaattaatattagggctgggccgataatcaatattatatcgaattgcgataaatttatgtcaataacagtgatgagctctggacttttttactctgtattgatctaagagccaatcacacagcagaaatgtgcaacaatggaaaTCTAAAAGAGTGTTCAGCCATTGAAAATTTATCGGCTGAAAATATGTACATGTAATGGACCCTCTAGTTTTTGTGGCTTCGGTCactgttggggtactctttttaaatctggaagcattaacaacttatattgatATGTATATCATTATCGTTCAATCGTGGAAAATagttatcgagattgcatttttgccatatggCCAAGCCCTAATTATTCTTAAGTATTACcattaaaataacaatttcatgatacaaaacagtaaaataacaattaagcttattaaaataacacagttttcccaatcaaaacattcattagatttttttattttaataagttgccTCACGATTGTCTTATTTCTCTTATTTATTAACTCTTTATCATCCCACAGGAAGTGACATAATTTTCTGATGAACATAAAACAGATACTGTATAATCAATGAATTTGATGtgctatacttttttttttcttggtttgtttcctgtttttgcatatttttctATTTCAccctgtttaattgttttttaaaacacagatgtacattttttgttttattttatttgattttattttttgtaaaaagtcTTTTAAATGCCCCCTTAAGTTAAGTCTGTTTTAGGTTTTGCAAATGAATACAAAGTCAGAGGAATCAaaacattttgcaatattttccccttatgtttttttttttttttttttagttttcagccATGACCTTTTAGGGACTCTACATTCatgtatacatttattcattttaaagctaaaattaaatgaaataactaAAATTAATGGATTAATTAATGTGCCTGAATTAACCTGCAGAACATATTTCAGGACTATAAAGTACCTATTTTTTTCCTCCTTCAAAATGTACTACATAAAGGCCCTGGTATACTCAGCAAAGCTTTCATTtcgtttaattcaattcaattcagctttatttgtatagcgcttttacaatgtagattgtgtcaaagcagcttcacataaatggtcatagtaactggaacagtgtggttcaggttttagtgtttaagttcagttcagttcagtttagctcagttcagtgtgaatcATCAATTTAAGGCTTAAACGAAATTTGAAATAGTTAAGTAGTGGTATACTTTTAATCTAGAATTACAT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00011097 True 5709 lncRNA 0.32 2 8039984 8046473

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005169 ank3b coding downstream 185768 7757663 ~ 7854216 (-)
XLOC_005168 CABZ01050062.1 coding downstream 329421 7699632 ~ 7710563 (-)
XLOC_005167 ank3b coding downstream 384662 7653863 ~ 7655322 (-)
XLOC_005166 ccdc6b coding downstream 400864 7609928 ~ 7639120 (-)
XLOC_005165 slc16a9b coding downstream 432870 7589193 ~ 7607114 (-)
XLOC_005172 tmem26b coding upstream 17556 8064029 ~ 8070969 (-)
XLOC_005173 NA coding upstream 341857 8388330 ~ 8394645 (-)
XLOC_005174 CR354434.1 coding upstream 397431 8443904 ~ 8444021 (-)
XLOC_005175 NA coding upstream 430986 8477459 ~ 8480708 (-)
XLOC_005176 egr2b coding upstream 437365 8483838 ~ 8504278 (-)
XLOC_005164 FP102277.1 non-coding downstream 536886 7502962 ~ 7503098 (-)
XLOC_005163 NA non-coding downstream 598677 7406088 ~ 7441307 (-)
XLOC_005162 NA non-coding downstream 717033 7303565 ~ 7322951 (-)
XLOC_005157 NA non-coding downstream 897154 7142467 ~ 7142830 (-)
XLOC_005156 NA non-coding downstream 956611 7070639 ~ 7083373 (-)
XLOC_005178 NA non-coding upstream 527460 8573933 ~ 8575025 (-)
XLOC_005180 CR354554.1 non-coding upstream 813720 8860193 ~ 8860307 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G110780 NA non-coding CI01000020 null 553189 ~ 553440 (+)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G199711 NA non-coding CI01000047 null 1371056 ~ 1375312 (+)
bowfin (Amia calva) G100776 NA non-coding CM030132.1 CM030132.1 23216051 ~ 23218316 (+)
tiger barb (Puntius tetrazona) G84928 rhobtb1,LOC107654062,LOC107727061,LOC107745661,LOC107695540 non-coding NC_056710.1 CM032079.1 1964986 ~ 1969050 (-)