G239365


Basic Information

Item Value
gene id G239365
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047609.1
NCBI id CM018555.1
chromosome length 25638904
location 11997445 ~ 12003528 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU283201
GTAACTTGTGTCTGCGGTGGTGGATGGTGTGAGACGCCCAAAAACATCGATATACTCTTGTTTTTGTTGAAGTGATATCTTTGTTTCAACGCTGAAACAGTCTCAGAAGTTAAATGaattatgtgaggaataaaacacactgtgttgtgttgttataggaaaataatcaacagtgggggtggtgtgataaagcgGAGTTACCGTGATCACCCGgacattgattgttttcctacaacagcacatcccaaagcgTTCTGTAAAGCAGTAaatttgccattttttaaaattaaattaaagaatgacatgtcatactttttatctatttataactacatttaatgctgtagaaTATATGTCCTCTTATCACTTAGATTATAGAAtctgtaaacagtcatttccttagaagccttttttctctcttgaagctaataaggcaaaaaaaaaggttgtcatgttaccaaaaaatcCGCAAAAAGCATACACTCCTCCATCTGGAAGACTTTCGCATCTCAGAAAACTTTACCGCTTTACCTCTAACAATTGCTTACACTACAAGCTCTGTctataaacgttaaataaacatctccttacagaaaactcctTCATACAGGTCCCCAATACAGCTGTTACTCCAGAAATGATACGATATTAgaacatgtttattaatataaacctgtgatttgcagctgcactactggcagagctgctgttatagaaaattaatcaacagcttctgaccaatcagatttgagaattttaCAGCACTGTGTAACATGGAATACCAAATAGCTTTTTCtttagattctttttttttcaaataatgaaTACGTGCACACAGTCTTTTACACACGGCCATGTTGATGTTGCTTTGTTCAGTGTTAATGGCCGCCCCCAGATGATTGGCAGGCTGTGAGGAAACTTGAATTAAGTTCTAGCTTTAAATGAGCTGCAACACttttgttgcaaaaaaaaaagaatcttggTCTAATATTTTTCACCCCAGATCCTGTTTTCTGTTAATGTAACTTGATAAAGTGGATTAAAAGTAAATGATTAGATTCTCATGTTGGCTGATTGGAGCGTAAACAATTGTGATTAATATTCCAGCTCTTATCGTGCAGCTCGAGGCTGTAGAGAGTAATTTCATGAAATAAAACCCAGCTGAAAGCAGTCCAGCAAAAACATGGAGGAAATGAACACAGATAACAAGCTAATCCAAGTTTCAACAAGGCCAAGCacaacaacaggaaaaaaaaagaaaaaaagaaaggaagtaTTCTGATTAGAAGAGAAAGCACATGTTCCTGATGTTCTCCTAAGgaagttaatttatttttgctgatgAAGCACTCAGTGGCTTTTTAGAGCGAGAGAGTCCCGTCTTAAGCAGCGTTCATTTCAGTTAATTGCTTTGTTTAATGGTATTGAGAAGTCACTTTGGAAAGGAGCCGTGCGGATCAGTCCTCTATTCCTGGATGGAAAAGAGTCTTTAATCAGCCTCTCTGTGTGAAATGCTGTTTATAAACTATTAAATTATGACTATTTATAATGAAAAGCGAAGAATTACTGCCTGACACGATCAAAGGGTTTCAGAGTTGTTTGGTGGTGTCATGATTAGATGAGGGAGAGTAAAGAATTTGCAGATTTGGTTGTAACTTGTAGGGGTAAACACTTCTAGGGTGGTTCATTTCATTGTTCATTGTTGGGCTgcataaaaaaattgcattaaaatcacAATCAAGAGTCGTTTCTCAACGCAATTCGCATATACATCAGTGCACCGCTTATCCTCCTTATTCACTGTGACCAGTGAGCAAAGAGACGTTAcatgaccccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacctgagcaaaGTGGGAAAGATGTGAATGAATTTTATAATGAACTGAGGCTGTGCTCCAATCTGAAGTGAGACACCTGTGCAGGGAGCCTTTAAAGGGTGAACTGCTGTTTACAGGTTCATATCGAACggatttgatttaaaaagcCTTTATTTCGAAGTGTCTCTCAAAACTGTCACATTTGGACGTTTGGCTTTCGAGATTAAAAGTATCTCATTTCTCATCTTTACACTAAAGGAATCAGAAAGCTGGctgtgctgttgttgtttttgttgagTGTATGTTGATCACAGCACCCCCCTGTGGGCCTGATCCACTCTGCCAAAGCAGATCTCTCTGAACAGACGTCCCGCTGATTGCTTCTGCCTGTTTGCAGTTGTTCAttaagtgtttaataaataaaacatcaataGAGTAAGACAGAGCTATCTCATTCTGatgagatctctctctctcacacacacacacacacaggcttgtGTTCAAAGCATGTGTCGTTAAGGCCGCTGGGTTTGAGATGCGTGcatgtaggaggtgtgtgtgaaatgagtgtGTCCTCAGGAGGTGTCTTTGCTGTTATGATTCAGTTCCACTGGGCGGTGCTGCGTCAGCTGaggattatttatatttattttaaatccattaatACTAACTGTCCATAGGCATCTACACTTAGAGCAATGATGAATACCTGTCATGTGATTTAATCTGGGAAATGTAGCATTAGCTAATTTTTTTACTCATCCCTGGGTGATGCAGAATATGTTTCAAGTTATTTTACATTACTCATAACTGATTTGAGGTGTAAATTTccattcattaatattaatgacaacaaaataaacaagCTGTATAACACATCTTTGCTTCTTTGTTCAGTCGGTTCAGTCCTGAGCGCAGGTTACATCTAGTTTCTGTGTTGGGATTATTCAGCTTCTCTTCTAGGtagactggctacactaaattgtaTATAGTCCTATGTAGTCAGTCTTACAGGTTGTGTAGTACTATTTAGTGAGTCCTATAGGTTGTGTAGTATTTAGTGAGGAAATTGgatagttgaagattagaaaaaaaaaatcagctggtatttttctagtcttcatctgtccagtttcaatGAGCCTCCTACACATggtaacctcagattcctgttcttagctgacaggagtggaacctgatgtggtcttctgctgtttgtAGCCCGTCCACCTCGAGGCTTGATGTTTTGTGAATTCCGAAATGCTTTTCTTGTCATAGAGACTgttgccacagttaaagtcacagagatcacattttttccccattctgatgtttgatgtgaatgttaactgaagttcttgagcTGTACCACATGActgaatgattggataactgcataaatgagcaggtgtacaggtgttcctattaaagtggatggtgagtgtatgtagtgAGTCCCGGAGGTTGTGTAGCCCTATATAGTGAGTTGTATAGGTCCTGCACTTCTATGATTTGATTCCATTTTTACTCACCAAGCAGTAAATGTGTAGGAACTAAAATTAAGAATGTGGAACTGAAGAAATTTATCAGACCACACACTCCATCGGTCTGGTCTAAGAACTCATTTGAGCTAGTTATTTGGATTTGTGGCTTTACTGCATTGTACCTAATATGCATAGAATTAAGATAATTTTTCATAGAACCTTTATTTCACTAGGCTAAAAGACTATATAAGACGTATAACATCTTAGCCTAGTGAATCAGCtttctgggcaaccaaaacacaggactgggcagcacacttcGGATCTTTCAGTTTCCCAGTGCACTTGCTGTTGAATTTCTGATTATTCCAGCTCTGCTCCTGAACACCACATTGTGCAGAAGAGCAGGAAGCTTGTGGTGTAGTTGAGGGTGCGGGACACGTCCCGAGCGCTCTGGGAAAGCTGCCTGGATCCGGCCAGGTGCTGCTGCTGCGCTCATCGCCGCCGGCTCTGCAGAGAGAAAACGAGCGGATCGCTGAGAGCCTCGGGGCGGCTCACGTCCCCCGGCTTATATGCCGAGCTTTCTCAAAGCCAGCAACTTTTTAAATGGGTCCTCTGTGCCGCCGGATCAGGATGCGGCCCTGTGAGAGCCTTCCTCTGTAAACAGGCTAAAGCCAGTGTGAGGGAATCGCGGACCTGTGAGGAGAGGAACTCCGACAGGAGGAGGGATCTGAATCAATGAACGGCTTTGCTGCCGTCTTCAGGCTTAGTGTCTTTTACAGACGGTCATCGGATTTGCGCTGGGGAGTTTATCCTTAGAAATGAGTGAGAAAGTGAAAtatagacacagagagagagagaaggccaATGTGATGCGCTTTATTTTTATGAGCTAAAGATTTCCTGCACTTTCATTTGCTTGTATTAATCCGCTAAATCTTACGGCCTGTATGAAGCGGATGAAGCTCATTACAGCAGGAACATAATCCTTTTAGTGAGCCTGCGGTCAGATTTTATTACAGATCACAAGCAGGTTTAGCTTAGCGCTGTGACTGCAGGAAGAAGAAGCCCATGTTCCAACTGGAACACTGTTCAGAAACCTATAAACCCATTAGCACAGCGAAGCTACAAAATGATGCTACACTTTAAACGGATAAAGCACACTTCTGGTAAATAATCTCTCATGAGTATCAGCTTTTACTCACGTCTTGGTTTACATTCATTCTAGACGAGCTGCACAGTTTAATTCAACATTGTAATCATGATCACGCAATCTTCCactattcattaaaaaataaccaaCCGCGATGATGTTGAGCAAAATTTAGCATTAAGTCACAAGctttttattatatgtttataccACCGTGCTGtctaatttttatattttctttgacagtagtgcaggtttatactaatgtgagtattctaatacgttatcgtttctatagtaacagctcaatcacGTGTACGAAGGACACTTTacataaactgtttaaaaatagaGCGTAagcattgatatggtgaatttctCTGTGAGGACAcgtgtaacatttatggaagtaacagtcagaggtgaagctgtacctttaagttttctgacaatgtgagggaacagctgtttatagctgctataatgtaagtgataacaggaactaacttgtctcctGGACATTAATTGTAACTTTAAACCGATAAAAAGTACGACTTGTCATTGtttagtaaatttaaaaaatgtaaatttttggcaaaaaaatatAGGTGTGTATTGATTAATACAAAATCTTGTAATGGCAACTAACCGCAATGGGGTTCAAATCTCACCTCCGcactgtgtgcgtggagtttgcgtgttctccccatgcttcaggggtttcctccgggtactccggtttcctcccccagtctaaagacatgcgctgtaggctgattaacatttccaaattttccatagtgtgtgtgattgaccGTCCAGGGTATTCCCCTGCCTTGTGTCCCGGgttccctgggataggttccaggcTATTCCGCTaccttgtgtaggataagcggtacggaaaatggatggatgttctCCTGCTGCATTACAGTTAtgctttttattataataaatgtggcaacagaaaacacaaattattattatttatcttcagCTAAAACCTGATCATTGTGACAGGACTGCTTAGATAGTATTTCTGGAGCCAGGCTCATTCTGACTTTATTATATTAGAATAGTCCGAATTTCAGTCGTGTCTTCTATCATAAGACATTGtggcaaatttaaaaaaaaataataataaataaataaaaggttgaTAGTCTCAGTGACTCTTTAGCTGATGTTACAGTAGGTAGTAACGATGCTCTGTGGAGAAGCAGGTTTGGCTTGTGGCTGAATCAGTGTGCGCTGAGTGACGTGCCTGTTCTTCATGTCTATCAGCTCCTTCAGCTCCTCAGCTTCCTGagaccaccatcaccaccaccaccaccaccacccacccatccatcttACTCAGCGTTGCCATGAGAACATGTCGATTCACTGGCCCTTCTCCGTTTCCCTCCTCCGTGTTCTGCGTATCACCATCATTTcttgatgggaaaaaaaaacccatcttACACTCATTTGCCTGAACTGACAGATGATTTGTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU283201 True 5991 lncRNA 0.40 2 11997445 12003528

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
fybb fyb coding upstream 87101 11888291 ~ 11910344 (+)
ccdc80l2 LOC108278473 coding upstream 118397 11869742 ~ 11879048 (+)
fgf10a LOC108278508,LOC103389109,LOC101070196,LOC104961613 coding upstream 220089 11758420 ~ 11777356 (+)
rai14 rai14 coding upstream 278679 11652081 ~ 11718766 (+)
LOC113543195 NA coding upstream 359147 11634381 ~ 11638298 (+)
si:dkey-247m21.3 LOC108278505,LOC108436681,LOC105014741,LOC106568256 coding downstream 147894 12151422 ~ 12200212 (+)
pde6b pde6b,LOC108279216,LOC108436964,LOC107708533,LOC107706500,LOC107681163 coding downstream 243517 12247045 ~ 12260910 (+)
LOC113543076 LOC108279221,LOC107681190,LOC107589249,LOC107706446,LOC107708534,LOC107703580,LOC108436651 coding downstream 269066 12272594 ~ 12273552 (+)
zgc:103482 LOC108279219 coding downstream 274685 12278213 ~ 12286489 (+)
efna5a LOC108279071,LOC108439616,LOC106563326,LOC106566624 coding downstream 389223 12392751 ~ 12454977 (+)
G239364 NA non-coding upstream 1347 11978499 ~ 11996098 (+)
G239356 NA non-coding upstream 50905 11946309 ~ 11946540 (+)
G239286 nnt,LOC108437056,LOC107589270,LOC107681058,LOC107706486,LOC107750406 non-coding upstream 155111 11841415 ~ 11842334 (+)
G239262 NA non-coding upstream 172516 11756798 ~ 11824929 (+)
G239231 NA non-coding upstream 255241 11710059 ~ 11742204 (+)
G239366 NA non-coding downstream 6034 12009562 ~ 12086893 (+)
G239455 LOC108436675,LOC108278439 non-coding downstream 207027 12210555 ~ 12215820 (+)
G239458 LOC108279218,LOC108436973,LOC107681097,LOC107706495 non-coding downstream 216255 12219783 ~ 12222027 (+)
G239475 NA non-coding downstream 270996 12274524 ~ 12274746 (+)
G239476 NA non-coding downstream 274183 12277711 ~ 12278145 (+)
G239282 NA other upstream 148728 11838040 ~ 11848717 (+)
LOC113543117 camkk2,LOC108437385,LOC107739694,LOC107736868 other upstream 1256065 10712283 ~ 10741380 (+)
adora2ab adora2a,LOC108278457,LOC108437362,LOC107736926,LOC107584529,LOC107675636,LOC107661642,LOC107739748 other upstream 1303006 10678765 ~ 10694439 (+)
oaz1b oaz1b,LOC108279393,LOC108410751,LOC103361660,LOC106522818,LOC104924827,LOC106561397 other upstream 1420013 10571869 ~ 10577432 (+)
myo5b myo5b,LOC107718970 other upstream 2431332 9488179 ~ 9566113 (+)
sdhaf1 sdhaf1,LOC102800057 other downstream 990429 12993957 ~ 12996622 (+)
rtn2b rtn2,rtn2b other downstream 1017739 13021267 ~ 13029285 (+)
ppp2r2bb ppp2r2bb,LOC108441626,LOC108279019,LOC107677389,LOC107697624,LOC105902388,LOC107750325,LOC107587064,LOC106567445,LOC108417198,LOC107587242,LOC105011263 other downstream 1377328 13380856 ~ 13443050 (+)
jakmip2 jakmip2,LOC108431873,LOC107661678,LOC107692981,LOC107742440 other downstream 2430049 14433577 ~ 14534213 (+)
G240839 NA other downstream 2451439 14454967 ~ 14456634 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_035273 sepsecs coding NC_007118.7 CM002891.2 71437142 ~ 71456117 (-)