LOC113543009


Basic Information

Item Value
gene id LOC113543009
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047615.1
NCBI id CM018561.1
chromosome length 21248730
location 8259258 ~ 8261712 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU375123
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>TU375124
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>TU375125
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>TU375127
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>TU375128
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>TU375129
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>TU375132
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>XR_004580332.1
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03460 Fanconi anemia pathway

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU375123 False 1209 lncRNA 0.41 5 8259258 8261708
TU375124 False 1250 lncRNA 0.41 4 8259258 8261631
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TU375127 False 1106 lncRNA 0.41 4 8259258 8261631
TU375128 False 1721 lncRNA 0.41 4 8259258 8261708
TU375129 False 1364 lncRNA 0.40 3 8259258 8261631
TU375132 True 2368 lncRNA 0.40 2 8259258 8261708
XR_004580332.1 False 871 lncRNA 0.36 2 8260724 8261712

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
myo10 myo10,LOC107602648,LOC107749189 coding upstream 1597 8193755 ~ 8257661 (+)
adcy8 adcy8,LOC107569488,LOC107557810,LOC107659784,LOC107663336 coding upstream 128776 8070565 ~ 8130482 (+)
oc90 NA coding upstream 285262 7957043 ~ 7973996 (+)
LOC113543381 hhla1 coding upstream 305922 7941078 ~ 7953336 (+)
kcnq3 kcnq3,LOC107749193 coding upstream 324165 7883895 ~ 7935093 (+)
dip2cb LOC108280427,LOC108428306,LOC107721715,LOC107663347,LOC107659260,LOC107749093 coding downstream 13866 8275578 ~ 8327509 (+)
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slco5a1a LOC108280436,LOC108428320,LOC107721727,LOC107566986,LOC107690218,LOC107602641 coding downstream 175669 8437381 ~ 8462127 (+)
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G317027 NA non-coding downstream 399574 8661286 ~ 8661776 (+)
fitm1 fitm1,LOC107688462,LOC107585187,LOC107722554,LOC107589905 other upstream 502297 7751694 ~ 7756961 (+)
G316413 NA other upstream 563339 7695534 ~ 7695919 (+)
crsp7 LOC108280732 other upstream 661094 7582313 ~ 7598164 (+)
G316001 NA other upstream 1123757 7133459 ~ 7135501 (+)
LOC113543138 LOC108280551,LOC108414043,LOC105006373 other upstream 1314268 6937340 ~ 6944990 (+)
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LOC117599964 LOC107387363,LOC107676291,LOC107756568 other downstream 549883 8811595 ~ 8813410 (+)
G317390 NA other downstream 1150611 9412323 ~ 9415164 (+)
pip4p1a tmem55b,tmem55ba,LOC106600488 other downstream 1697281 9958993 ~ 9977916 (+)

Expression


Co-expression Network