G156082


Basic Information

Item Value
gene id G156082
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 15561603 ~ 15605879 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU196592
tacttttttgttatcgagttttatttaataacaatttCAAACTATTGGGCCATCAGAGCCCTATTTTGTCTTCGTTTCGATTTCAATGTCACTTACAAAGTTACAAAGACGAGGTTCAGCTTAAAAGTCTGATACCCAATATTTAtgggaaaatatatttcctgATCAGTGGAATCTGATATAAATCTAGGtgccatatttaaatatgtcacacatggcaaacaaaacaaaaaaaacaatcacatttcaaAGAAGGGAGTAATATAACAGAGGTAGgtatacacacattttctagaattttataaaattatttatattggaAAGAGCTTTCATTGGGGCATATCTTGAGGAGGACACTTGTCACTTTCACAAGAACATCTGGACTAAAATAACTAACATTTGTTATTACTAGTATTATACAGCCCTTCCCGACATCCCAGattacattttggtttaaaaaggCACTGCTTACACACACTTTGAAAGGAACACTGTCGCTTGACACTCAGGGGCTACAAGATGTTAAAGTTCTTCCCTACCCTAAAGAAgcagcatttcaaataaaataaaagactacTTACTCCTACCTACATTGCTACTGATACATTTGAGGAGGTGACCCTCCTCACTACAAAACATCCCCCTCTATCCCCCCTCACCATTTTGCTTGTATTCTCATATCCACTTTTGACATGTGTAAATGCAAGCACTTCCCCGCTAGTGTTGATAGCTTTTAATTCAAGAAAACCTGAAGGGATTGCTTTTACGAGGGCTTTTCAAGACACTTATAACGTAACCACTATTTAGTTTGGCGTTAAGGTTTAATCGTTGGGGAATATGAATGCTGTAGCGATGGTAGAGAATGGGCGCTCTGCCACAGATTCATGCATGGGTCTAGACTGCTCTGCTCTTGAGCTGTTGAAGAACACACTCGTGATCTCATTTATGAAGCATGCACACTGGCACTGAGGGGAGATAACACTGGAAAATGAATGCAGGCTTTTACAACTGCAGTTTTGTAATATGTAACTGTAGGAACCGCTGGGAGGATTTCCCTGGGAGAGAGGGGTCTTAAAGCTTTTCAGCCATGGGAGCAGAAGAGGTGGGCAGGCTTTCAAACAATCCATGGACAATCCAAACCTAAACAAAATAGAaccccccctcaaaaaaaaaaaaggctgtgcTTTAAGTTAAGCATGCCTTACACTGTGAAGAATAACATCCTCAGAAGTTTGTCTTATTTTAGGCAAATCATTTCTATTGGGAATGAAataagatttttaatttaactagCAAGCTGAAAGTGTACAAAATGTTGCCTGATCTCAGAATAGcaatttttaaaatgagttttctttaatgttttgtcttattttaaaatataaaggatCAAGGTTTTGGATCTACCAGGAATAGAAGTTTAGTTTTAAGAGGTTAGTGGAATTATGTTATTAAAGTGAGATTTTGACTAAATGAAGCAGCTTAAGGTGCCGAGTATTTTGCAAAACAGGACATTtgtcttaatttgaaaaatattaagaTTATTCCATTGTCCGATGTTTCTATTTCAATGATGCTGAAATATACGAACCTTATGTACATTGCTGAATTGTATGGTCAAAAAAGGAATTAAcagggagaaaaggaaaatttAGATTTTATCAATAAATTCAAGCTTCCAAAACCTCAATATGTAGCCATGGTTAAAACAGCATTACTGACATATACATATGTCATGCTGAAGATTTCCACTCTCCTTAAAAAATTCCCACTGGCGACCATTTTAATCGTTATTCAGGAGAAACCCATCTCCAGTTCACCTGtgtttaataattaacaaaagcTTTAGAGTGGATATTAATTCATTATGACAAGACTGACAGACCTTTTTCCACTGATAGTCATTGCCAGTCAATGTTAATTATGTGGTTTTACCACAAGAGGGAGCTATAAGTTAGGTCAAAGTAAACCTGAGCAGTTAAAACTATACTCCTTAGAAGGATGTACAAacccaccaccaaaaaaaacaactaccaGTTCTAGATAAGTCTATTTACAATTCAGTTGATGAATATTCTGCTTAAGTGAGTAGGTTGCCTCTTTATCCATAGATAAATATATCAAACTTTACTTAAAACAGACAAGAGgtactaattataattatttgcgAGTCAATTCTGCCCTCTTGACGTGAAAATATTAACACTTTTATTGGAAACGGGAAGATTAACTTGAACCAACTAAAGCTGCCCACCTCTTCCTTTGAAAAAACAAGCATAAGAGATTCACTAGAAGACTTAAAACACAATCCTATACAAAACATCACACAATTTCAGAACCTAAAAATTGGACTGGGATTATGCTGTGGATTTAAGACTTTCAATTCACATAAGAATTAATAATGGGACAAAACCGAAATCCAGGAATTAGGATAAAAACAGGACAGTAACAAACACTACTATACAATTCACCACACTATTATTCACAGTACTATTTTGCAagtgcaattatatatatttttttagttttgttttttgttttttgaattaGAAATATTTAAGGTTCATGGTCATACTGAGTGCCATCTTAAGGTATTATTGGGATATTCCTAGCTAAAGGCAATACATTTAAGCTACAGTacttaaggaaaaaaaaaggtggtaatatacagaaatatagaaCATTTTTGTTAACAAGTGCTACAGATTGAACAGTAAATCAAAAAGAGTGACAAAATCAAACCAAGGAAATCAGCTCAAATAGTGGGGTGTGATTTGGTTTAATTTCTATATCAGGATCATTTTCATTGtagatttaatgtaatgtaacagaTTGAAATACCATTATTAAAAGATGGTACAGTACTGCTTCTtataaagaaaagaataaaaattaagagactGCCCAACAGATCAAGATCCcagaagtaaaatataaaaaacttttTCAATTAGACTGAAACATTTGGGTTTCACTATATTATATTCTAGAAACCAATAGGACCAACACATACAATACCAAAATACCGGTGGGGTGTCTGAAGGCTATTTTgcaacccaaaaaaaaaatatatatatatagaaatttagaagatttttttttttttttttttaaagaaaacaaatattgtgttaCACATTTAGAAGGATTGCCAGTTTTTCtgtgttatttctttaaatatatgctACTTTTCGAAGGTAATAGGCGTATATATAAACTGATTTCAGTGgggttaaaagatcttgaaGGGGGTCATGGGGGTACTCCCCTTAagtttctatatatttaaatatctgtcaATAGATAAAATACCAACTTCTGCTGAAATTCAATGGCATAACAaacattacaacaaaaatagaaaCCGATGAATAAACAGTTAAGGCTGGTTATTAGAATCTGAATTACAGTAACTGCAGGTGATGTGAAGGATGGCGTGTCTTGGGTCTGGAGAGTTACAGTGGCACCTTTATGCAATACCATCCCCATCGGCATCCCTCCGAGAGTGGAGCTTGGGAGTCTCCCACAACAGCTGCCTCCCAGGCTGGTGTGTGGCGCCGTGTCCACGATCAGGGTAGAGGCTGGGTGGTGCCTGAAGGTTGCTATATTGTCTCAACTGTGCAAAAGTGATGCGTGTCGATACAGCCCCTCGCCCCCCCGTCTCCCGCCTCTGACTGTAAAACACTAACCTCCTAGGACTGGACTCTCTAGCTTGTTTCTTGACGGGTGGTAGGCGGTCGTTGTGCTGGGTGGGTGGGTGAAGGGGGAAGGGGGTTGGAGGAGGAGGTTGGGGTGGGCGAGTGTCACGGTCCATGGGTTCTCCAAAGTGCAATCCGTCAGAGGAACTGCTCCGAGTTTCTCAGTGTTCATGCTGGCAGTTGATCTTGTCTTCCGCCTGTGAGAGGAGCTCCAGCATCTCGCGAATGATTGCCTGCAGCGCCCGGCCCAGAGCCTCCCCACTGTATGGCTTGCCCAGTGGTGGCACGTGTACGAAGGCCGAGCGCCCACGGCTCAGGTACAGCGAGGTGTAGTAGGTGAAGTCACACAGGTATCTGGAGGAGAGAAGAGATGTGAGTGGACGAGGCGCCTTCCTATAACATCAATGATacccagaagaacagggtctgagaAGAGCCTTACAATTTTGTTCTAATACATCACACAAGTCCCCCTAAGATAAAATATTAGAAATCTCTTAAGTTTGCTCGTGCTTGAGCATATATGGGTTCTCCGCCTCAGCTGTCAGGCAGAAAGAAGTAGAATTACACCGGACAGCATGTGATAAAAATGCTCTTACTTCTTACATCTTTAGGACTGTTTGAGGGACGACCCCCTGAATGTTCCTCGTTACAGCTGCTTCTAATAAATTCCCTTTATTGACCCCCTCATCTTTTTCTCTGGATTATTTTGGACTCTTTAATGACTATtgatgaaaaacattaatttctttaGTTGTTTTAAGATGATTATTTAAGAATGACGCACcgtgagcaaggtacttcacttagattgctccagtaaaatgcccagctgtataaatgggtacaaatgtaagttgccctggataagcgcatcagctaaatgacaaataatgtaatgtatattcgGTCCTCGCtctgtataaaatgtaagatGTAAATAGCATTTTCATGCTTGAAATGTGCAAGAACAGTTACCCTGTGCAAGAACATCTGCagagaaatattattattattagcaatatGTAGTGtttgttatacttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttttgtcttcacaTTCCAGATATATATTTCTACTTTGGAATCTGCATCCAAAAAAAGTGTTAACAAATAAAAGTTTTGCTAAATAACTTATACAAAGTGTccaactttttttgtgtgtgtctaggtcgaacaaaaatgtttataatttaatggGATGGAATACATTGATtggaaaatgttaatgtatacaTATCTTCAAACAACTAATGGTTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU196592 True 6219 lncRNA 0.36 2 15561603 15605879

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00006066 ddx49 coding upstream 17250 15537561 ~ 15544353 (+)
AMCG00006076 rps15,rig,LOC107578086,LOC107685215 coding upstream 124926 15433541 ~ 15436677 (+)
AMCG00006078 NA coding upstream 131196 15402929 ~ 15430407 (+)
AMCG00006077 ndufs7,LOC107747413,LOC107597168 coding upstream 164506 15392880 ~ 15397097 (+)
AMCG00006049 NA coding upstream 183498 15373975 ~ 15378105 (+)
AMCG00006059 NA coding downstream 2820 15608699 ~ 15614431 (+)
AMCG00006061 NA coding downstream 34393 15640272 ~ 15640478 (+)
AMCG00006073 NA coding downstream 120791 15726670 ~ 15745152 (+)
AMCG00006074 rab3a,rab3ab,LOC105900867,LOC107553558,LOC107680521 coding downstream 147349 15753228 ~ 15766640 (+)
AMCG00006106 NA coding downstream 300310 15906189 ~ 15918591 (+)
G156042 NA non-coding upstream 129664 15430476 ~ 15431939 (+)
G155974 NA non-coding upstream 374378 15185874 ~ 15187225 (+)
G155934 NA non-coding upstream 450428 15109593 ~ 15111175 (+)
G155933 NA non-coding upstream 452407 15107994 ~ 15109196 (+)
G155931 NA non-coding upstream 455200 15105595 ~ 15106403 (+)
G156130 NA non-coding downstream 172320 15778199 ~ 15812111 (+)
G156155 NA non-coding downstream 227200 15833079 ~ 15833294 (+)
G156279 NA non-coding downstream 858129 16464008 ~ 16467676 (+)
G156302 NA non-coding downstream 898891 16504770 ~ 16505206 (+)
G156321 NA non-coding downstream 993653 16599532 ~ 16599858 (+)
G155932 NA other upstream 453869 15107209 ~ 15107734 (+)
AMCG00006092 rps28 other upstream 456036 15103456 ~ 15105567 (+)
AMCG00006034 vmac,LOC106573562 other upstream 902106 14652199 ~ 14659497 (+)
AMCG00006022 NA other upstream 1136857 14420382 ~ 14424746 (+)
AMCG00006009 tax1bp3,LOC106573550,LOC107685157,LOC106613700 other upstream 1178023 14375995 ~ 14383580 (+)
AMCG00006107 LOC107709901,LOC107680255 other downstream 358554 15964433 ~ 15988775 (+)
AMCG00006111 smim7,LOC106573893 other downstream 427013 16032892 ~ 16035969 (+)
AMCG00006113 slc35e1,LOC106573890 other downstream 448156 16054035 ~ 16066898 (+)
AMCG00006089 NA other downstream 517249 16123128 ~ 16145238 (+)
G156327 NA other downstream 1021914 16627793 ~ 16629182 (+)

Expression


Co-expression Network