G78998


Basic Information

Item Value
gene id G78998
gene name NA
gene type non-coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 19725424 ~ 19764650 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>TU98530
CCCAAGTTcaaagtttttgtttattttcagtcacatacatatatttatttttacatacacagTACCTTTAAAATGTTGAGTGCttatcagtttttgtttgtttttaccatttcttatttttttttttttttaattcatttattttaaattcaaacgCTACCCTGGAGCTGGAGCTTGAAAAACTGGCATACTTACAAAGCACTGCTGTAGGAACCAGATACAGAAATTCAGTCTTACATCTTAACAAAATGGTTCActtacagtacaaaaaaaaaagaggaaaaaaaaaaaaacaccacctgaTTATTTTTTCAACGTCTTTTGTATTAGACTGGACACGAGAttctaaacatttaatttcaactgTAGAAACAGCAGCCGCCCCTCACTCCTACCACAGTAGAGAAGTGTTTATTGCACCATAATGTTTCTTGGAgaataatattgaaataaaataactcaACCATTTAGAGCACTGCCAGTATTGCTGTCTGTTTAGGAGAGTTGACACAGCCACTTTAACCAGAACTtgattaagttaatttaaaactaaTCACTGACATTATACCTAGGCTTGGCAAGGAAAGCCCAGTGAGATAATAAAATGCACTACATAGACTGTGTAAGAGTAAAACTTGATAACAGAGTCTGATAGTTTTATgctgattttaaaacaagtgtaGTTAAGATAGAATATGAGAATTAGGTCAAATACTTCACCTAAAATTCTTCAGTAGGTATAATCGGTTGTGTTAAAAGATAGAGATTTTAGTTTGGAAGTCTGTCGGAAATGTAAATATAGGGGACACATGATCTGGGTGATaccaaaagataaaacaaagtCACGCCATATAAATACCTTCGGGTTgaacagtacattttattatcaaactgtgatttttaaaacaactctaagaaaaaataagaaaaatattttcttgtatCAAAGCTACATCAATGCACCTTTCTTTATTCCCTACCAGTAACAacttcaaactcatttcatacTACTGCAGTCAATGACACAACAAGCACTGATGACTATATATGTTGATCTTTAGAAAACTGAGTCAGCTATGTTGTATGCTGTCTAGtgtgtacaaaataaattacaacagtGTGCATACAGTTTGCTTTAGTACTGCAGGTGAAAATTAACTCAGAATTCAGACTATACAAACTAGAAGAAGAACACGAGAGACTTCCTAAGAAGAATGCTGGTTTTCCCCGGTGTCATATGTTTACCAGGGATGACATAATTAAGCCTGCATAAAGTCTTTTAACAAAGACCACagtagccaaaaaaaaaagccctttcTCATAGTACAGATAGGTACTACCTATGTTGGGCAAGCTGTAGTTTGAATGTAATCACAATAGTGATTTCAAAATCAGATAAACTCATAGCATCTGACCTCTTTATCTGAAAAGTAAAATTCAACAAAACAAGTTGTTTTTATTGACAGTCTAGGATTcttagaaaaatagaaaaacccTATAATTTCAATATTATCACACTGGTATGATTGTAGTTTGTAGATGGATGAGGCCCAGAAAGGGCTCCAaagtaatgaaatgaaaactgcaaTATGTCTTCTAAGGCATATGGACCCAGGaacttgtgtttaaaaaaatgctttcatctCAAATTTACAGCAGCACATCTAATCAACCATATGTTTTTCCTATCAACAGATCCTTGTTTGAATTGTGTAGCTTATTTTATTCTCCAGCATGGTTCTATgacaaaaaaagtaatatgcAGTGTAAAAGGATCCATTAATAAGGGACTACTGTCTTCCCTAATGGGAGaaaccacacattttaaaaccaatttcAAATGGCTTTGCAGCTCCAGTGAACTTCATAGTGATCACTATGTTCTAATCTAGTAAATCATCCATTGGCTATCTGTAAGTAACGAGTTTCTATCTGATTATTTGGCAATAGTTAAAAGGTACATACAACTGAAATGCATACTCTATATGACCAGTATATTTCTATCTCTTAAAACAAGGGAAAATACGTACAACAGTTATGAGCTAGGCGCATTGTCCATGCAAAAAACGATTGCTAGGCTGTCAAGACAAATTTGCTAGTCTTGAGAATATggtaataaaattaaattaaatggatagGGTCCACTGGAACAGATCTATATACTACGTTTTAATGTAACCTCTCTTTGTAGAACCTACCAAGCATCatgttgtataaaatataatgcttCCCTACAAGAGCCCGTTCAATTTTCCACAGCTTTGATGATACTGTAAGAGAAGAGAAGTCTAAAACTATGAGACATCAGAAATAGTTTACATGTGAGATGGGTAATTGAGTTAGACACAGATTATGGCAATGAACTGGCGAAGAAATCTCTTTTTGTCTGATGGCTTTCTCTTGTAACAGCCACATAACTTAACATGGAGAATCTATTAAGTGAAAGTTAACCCCCTTAATCACCTGCAGCGAACTAATCAAGtatcaatttcattttaaatcgtATCTATAAAAATTTAATTGCAAAACCAAGTTGATAAGAAGAGCTCAAGTAAAACCTTTAAATTGAGTTATCCAAACCATTAAACTATGAGTTGcttcttaaaataattgttgatATTTGAACAATCAGCTTGAGCACAATTCATTCTCTATGGccatgggtttttttttttagttttttttttacttatttccttatgtgatttgtttttcaatatgtataATCCTGTATTACATAAGAGGTCATTGTGCGCATTACACTgcaagatgttttttgttttgtttttgatgttgaaAACTCACAAAAGAATTGTGGAACCACACCAATGGTACTTTACAGGACTGAAGTAGTAATAGACAGTTTTCTCCAGAGAGTGGTACTCATCAATCCTGAATCATAGACCCTGTGGTTGTAAAGATATTATATTCACAAAGCGCAAGGAATTGTTCAATATAATTTTTAGCCTTCCGACGCATTAATTTAAGAAACCAATGATCTCTAAAATATCTATAAAAGCtgataatattttatgaatccAAGAGGTCAATCTAGATTATTTTTATCATgcttaattatattaatcacaagacatatatattcaattatatctgtactgtatatatggatCTCCAAAAGCAATGCAGGATGTGACACTTTTGAAGCATTCAGTTACAGGGCACAGGCTCCAAATTAATTACCAAGTAGGGATAATGTTATTCTAATTTAGTGTAATTTTGCTCTCAGACCAGCAGACtcaaaattgaaatataatcCACTATTTAAGTCTAAGTTATGAAaccagttttaattaaagtaaattcaGTGCAATATGTGTTACATGTcattattgctttattaaaaaagtacacaaaacaaacaacagatcTCTTTTTCAAAGGAGCAGttgaaaataattactgtaaacttatttttaaatttagtttggCAAGTACAAATTACCAGTATGACTGGAGACCGGCTCCAGAGTTGAATGTTAACATTGATTATCTCACAGCTATATAAAATATGCAGTAAGTGTTTCTTTTTCCCCTTTggatgatttatatttattttctgtcagatgtgttgttttttactcAGCTAGGTGTCCAgctatttaatttgattgtcaATTGATGTTgatgaaaaccaaaaataaatactgtaactGCAGGAGTCATcccttacattttaattctagTATGCCAAATTCATggacacaattatatctgtggGCAATTCTATGTTTACACTGCAACTGGAgtagaattaattaaaaggtCTTATGGCTACCTTTCCCACCAACTTTAATTTTAACAGATaggagggaaaataaataaatattggaaaAGAATAGGAGATGGTGTCAATCACTACCATTTGTGCTCTGTTGACCCCTGTTACTGAAGGTTTTAAATATGACACATTTACCAACCAGGATCACCTACAAAGTATCAAACACTGTGGTCTTGCGGGAATGTTTTACATCAGCACCTGCTCATGATCTCaaacaaaacttaaatgtatCCAATTTAACTGTTTGCCAAATGTTGTATTACATAGATACATATAAACACTACAAAGatgctaaatatatttaatgaaaggTGAAAAccataacaaacaaactgaaggaTTTATTCTGTTCTTAATGCACTTAACCTATCAGACTGGACAACACTAGGTGTGGATAAATGGATATAAGATTGGAGGAATTACGGCATATTTAACAATGAAAGACAAAACTTGCATTAACATTCcacttgttaaaaataaaaaggttgtTATTTACTGCAATACATATAAAGAAGAACTATAGTGGTAAGTTTTAGTGCAGGTCAACTACATGTCCAACAAGATGTTATCCTGagacattttcaattttctgttGCATTAGGACCTCCAAACAGGCACACAGTTGTTTCTTCTAAccttatattttacatttccaattaaaaatattgaacaagatatatatatatttttttcttgtatgtgtgttttcttctggCTCATAAAACAGTGTTCACCCAACATAAAAAAGTTGTaatgcagaaataaagaatTAGAATTATGGGGTTACCTGGACATTCATACTGAAATACAACTAAACAAGCATGTATCAGCATATACTACTGCTTCCTATTAACATGCATTCATATTCTCAAAAGTAAATGTCAAACTGGACAGTttacagcaaacaaaataagatcAGAATACCCCACTTGTTAACAATCACATATTGCATATATGATAGCTTCTGTTTCACAGTTTAGGGGATCCTTTCTAAAACCTAGTGATTTAGATTTATGCTGACACTGTGTTTTGATCATTCTCATGTTTCAGTCTTTGACACCAAGCAGTACCATCAGTAAATCAACCTTTCAGCAAAggtgtttttttcaatataattatgaCCCCTTTATATAAAGCCAAACTATACATAAAGTACTTACatgagaaagaagaaaacacttgTAATTTAATGCATGATGTGCAGCTGGGCTTGCTAAAAGTAATGCAGTAAAATTATAgcaaaatatgcaatttattttgaattaaaaaaaaaaatcaatagattaaatcataaaaataaatatttgttgtaaTTCAGTGAATTGGTTCTGATAGTCCCATAATACTGATGCATCATTGTATAtggacaaatacacacacacacacacagacacagacatacagtgCTGttcaaacgttttaggcaggtgtgaaaaagtgctgtaaagtaagaatgctttcagaaatagacaTATATAGACTATGGGCCTATTTGACCCACCCGCAAATAAAAAACttcagaactgtactcagttgcggcttcatttttagtaagatgacactttcttctaatcataaatgtaaccactatgatgtacagg

Function

GO:

id name namespace
GO:0006814 sodium ion transport biological_process

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU98530 True 5400 lncRNA 0.32 2 19725424 19764650

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00010225 NA coding downstream 166501 19557432 ~ 19558923 (-)
AMCG00010226 NA coding downstream 189327 19479150 ~ 19536097 (-)
AMCG00010222 NA coding downstream 306007 19410366 ~ 19419417 (-)
AMCG00010219 NA coding downstream 467339 19251099 ~ 19258085 (-)
AMCG00010215 NA coding downstream 553306 19130903 ~ 19172118 (-)
AMCG00010229 arhgap24,LOC108278970 coding upstream 7969 19772619 ~ 19785492 (-)
AMCG00010230 NA coding upstream 234674 19999324 ~ 20001413 (-)
AMCG00010232 NA coding upstream 268570 20033220 ~ 20038256 (-)
AMCG00010233 NA coding upstream 401346 20165996 ~ 20184426 (-)
AMCG00010241 NA coding upstream 721526 20486176 ~ 20487140 (-)
G78970 NA non-coding downstream 99755 19625416 ~ 19625669 (-)
G78930 kcmf1,LOC107684340,LOC107596001,LOC107691714,LOC107600595 non-coding downstream 264257 19459264 ~ 19461167 (-)
G78922 NA non-coding downstream 295880 19429266 ~ 19429544 (-)
G78908 NA non-coding downstream 352192 19373028 ~ 19373232 (-)
G78906 NA non-coding downstream 360978 19361968 ~ 19364446 (-)
G79070 NA non-coding upstream 374116 20138766 ~ 20153974 (-)
G79077 NA non-coding upstream 434399 20199049 ~ 20203001 (-)
G79082 NA non-coding upstream 527493 20292143 ~ 20292417 (-)
G79088 NA non-coding upstream 652140 20416790 ~ 20417002 (-)
G79092 NA non-coding upstream 702655 20467305 ~ 20467696 (-)
AMCG00010206 NA other downstream 853342 18863268 ~ 18872082 (-)
G78610 NA other downstream 1779663 17945235 ~ 17945761 (-)
AMCG00010190 NA other downstream 1869603 17852867 ~ 17855821 (-)
AMCG00010188 NA other downstream 1881035 17840707 ~ 17844389 (-)
AMCG00010183 stoml2 other downstream 2246633 17473829 ~ 17478791 (-)
AMCG00010234 hint2,LOC106585387,LOC107720264,LOC103469931 other upstream 424008 20188658 ~ 20195384 (-)
G79147 cplx4,cplx4a,LOC107662952,LOC107719084,LOC107739741 other upstream 1166521 20931171 ~ 20941393 (-)
AMCG00010247 NA other upstream 1288974 21053624 ~ 21081825 (-)
AMCG00010262 shc3 other upstream 1776369 21541019 ~ 21572512 (-)
AMCG00010271 NA other upstream 2199879 21964529 ~ 21982050 (-)

Expression


Co-expression Network