XLOC_000745


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000745
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 55370138 ~ 55477135 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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>TCONS_00003224
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>TCONS_00003226
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>TCONS_00003227
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>TCONS_00003232
TCTCATTAGCAGATCAGCAGAAATGGCTTCAACCAATGACAGTCCTGTGTATTCACtagtatcagccaatcagagcgagGATCTTTATGCCAAAGTTAATTTTAAAGCAAAGAAAGCCAAACGCTCCAGcagagcagaagcaggagatgtGGAGGATCTTCAATACGCCAGTGTTCATTTCTTCAAGAACAAAGACATGAAGACTGAAGAACATCAGAAGATGGAGATGCAGCGTCCGTCTGATGCCAACAGGTGACAAAACATTTAtctcaaccccaattaaacactgATACCCTTATATAACATGTTCAGTGCTTAAAGCAATGCTTCACCCCAACATTAAAATTTGCTGTTGATCTACTTTCCTTCAAGCCGTCCAGTGTGCAAGTAATGTGTTTCTTCAGTAGCACAGTCAATGCTAGTCAGTGGTTAGCATCTATCTGAGAGTCAGAAACCAGCGACTGCAGACACTTTTACTTATTCCAACACTTCAGAGTTTCATCAGGAGCCACAGTTATTAATGTAGCTTTGCCTGTTTTTGTTTCTGACTCTAAATGCTGTTGACTGGAGTTTTAGGAATCAGCAAGTAGCACATTTTTAGCTCAACTCTTCTTTAATGTCCTACAATAATCATCAGCTAATCAACAGCAGGtcttcatttgtgggtgaactgtccctttaatcagAGCTCTCCTGTTTGTGTTGTTGAGCTTATGGATTGTCAGCTTCTGGAGAGACTTTCTGAAACGCCACATTAATCTGTGCTCAACTCATTTCTCTGCAGGTGTGAGGACGTGATTTACAGCTCAGTCAAATAAACAACATTGGGTCAATGCCTGTTGATGATCATCAGAGACTGGATGAGTTTTGCTAtttagattttaacagatttaattttCAACTTTCTGATGTATTAACTTTTGAATTGATTGTCAGTATCGCACGCACACACAGTCTTCTCTCTACAATGACACTGACTTTTTTGCCATTTAATTTTAGCTGCTTTTTACATTAAATACAGCTGTGTCTTctttatattattgttaaatatatCAAACCATAAGTTTTAAAGTTAAGTTTTATCttgctttttaattttatataagttTTTGATTGTGACATCCTCATGACAGTTTACCACATTGTACACCAATATCTtatgtaataatgttttataaagctCTACCGTGTTACTTTTGTATGAAAATAAAAGTATTTCAATAGCTGCCATCATCAG
>TCONS_00001239
AAAGCAAAGAAAGCCAAACGCTCCAGcagagcagaagcaggagatgtGGAGGATCTTCAATACGCCAGTGTTCATTTCTTCAAGAACAAAGACATGAAGACTGAAGAACATCAGAAGATGGAGATGCAGCGTCCGTCTGATGCCAACAGGTGTGAGGACGTGATTTACAGCTCAGTCAAATAAACAACATTGGGTCAATGCCTGTTGATGATCATCAGAGACTGGATGAGTTTTGCTAtttagattttaacagatttaattttCAACTTTCTGATGTATTAACTTTTGAATTGATTGTCAGTATCGCACGCACACACAGTCTTCTCTCTACAATGACACTGACTTTTTTGCCATTTAATTTTAGCTGCTTTTTACATTAAATACAGCTGTGTCTTctttatattattgttaaatatatCAAACCATAAGTTTTAAAGTTAAGTTTTATCttgctttttaattttatataagttTTTGATTGTGACATCCTCATGACAGTTTACCACATTGTACACCAATATCTtatgtaataatgttttataaagctCTACCGTGTTACTTTTGTATGAAAATAAAAGTATTTCAATAGCTGCCATCATCAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0007276 gamete generation biological_process
GO:0048609 multicellular organismal reproductive process biological_process
GO:0034587 piRNA metabolic process biological_process
GO:0032504 multicellular organism reproduction biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-121214-321 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096579

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00002883 False 416 lncRNA 0.43 2 55370138 55407700
TCONS_00003222 False 582 lncRNA 0.34 3 55370248 55477135
TCONS_00003223 False 501 lncRNA 0.36 2 55370302 55457010
TCONS_00003224 False 524 lncRNA 0.32 2 55370312 55477135
TCONS_00003226 False 582 lncRNA 0.34 3 55407308 55477135
TCONS_00003227 False 458 lncRNA 0.30 2 55407438 55477135
TCONS_00003229 False 582 lncRNA 0.34 3 55443393 55477135
TCONS_00003230 False 498 lncRNA 0.32 2 55443483 55477135
TCONS_00003231 False 588 lncRNA 0.34 3 55456363 55477135
TCONS_00003232 False 1237 lncRNA 0.37 1 55475899 55477135
TCONS_00001239 True 602 mRNA 0.34 2 55476002 55477135

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000744 NA coding upstream 299 55369517 ~ 55369839 (+)
XLOC_000743 si:ch211-286b5.9 coding upstream 16160 55348537 ~ 55353978 (+)
XLOC_000742 NA coding upstream 26287 55326566 ~ 55343851 (+)
XLOC_000740 si:ch211-286b5.8 coding upstream 59435 55304374 ~ 55310703 (+)
XLOC_000739 zgc:172106 coding upstream 70965 55293424 ~ 55299173 (+)
XLOC_000750 adgre9 coding downstream 1518 55478653 ~ 55515184 (+)
XLOC_000751 adgre16 coding downstream 58692 55535827 ~ 55540577 (+)
XLOC_000752 adgre15 coding downstream 86397 55563532 ~ 55574266 (+)
XLOC_000753 adgre19 coding downstream 105981 55583116 ~ 55587666 (+)
XLOC_000754 umod coding downstream 123369 55600504 ~ 55606573 (+)
XLOC_000735 NA non-coding upstream 178876 55184764 ~ 55191262 (+)
XLOC_000733 CU467849.1 non-coding upstream 241559 55128465 ~ 55128579 (+)
XLOC_000729 NA non-coding upstream 384841 54959492 ~ 54985297 (+)
XLOC_000758 NA non-coding downstream 201777 55678912 ~ 55679447 (+)
XLOC_000760 NA non-coding downstream 237783 55714918 ~ 55729126 (+)
XLOC_000761 NA non-coding downstream 240443 55717578 ~ 55721415 (+)
XLOC_000768 NA non-coding downstream 939503 56416638 ~ 56556305 (+)
XLOC_000772 NA non-coding downstream 1084091 56561226 ~ 56604352 (+)

Expression


Co-expression Network