G109379


Basic Information

Item Value
gene id G109379
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035909.1
NCBI id CM008312.1
chromosome length 44161018
location 7045919 ~ 7049644 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU147742
AGAATTCTTCTTTTAAGTTGCCTTTTATTGAGATTTGCTGTTACTTTATTAAACGAGAGCTTTTTCTTCACTAATtcataatatatgatttatatatatatatatataaatccagGGAGGCTGATCTGCGGGTTGTATCattgagaaaatgtgaaattgaGAAAgtctaaatataaaaactatattGGGATGATTTAAAAGAAGCACtccagctttttaaaaaataaaataacttgaaCTCTctgctataatataatatatggtGCAGTTTTGTGTGGGTTGAGCTGAAGGTCAACAAGgtcaatatttattcatttatagaGGTTTTCATGTCCTGATAACAGTGGATAActatcctttctctctctctcttatttctttctctctttttctctccgtTATTTGATCATTTATCACCGAGTCGGATCAATTTCAGttctttattgttattatttctatttattgtaCTCCACTGTCTTGCCAGTTGTTACCTGTCTCTGTATTTCAACATGTACATAAAAAACAAGTTGCTGTCTGTAGAGTTTGGGTGTTTTCCTGTCACCGTACgtccatcttgtttttttattatatataaaaacattaaagactGAAGTTtcagaaactgtaaaaatgctgGCGATGCTAGCCACGCCCCTATATTCAGATTATAGCTGCTGTGTGGCGCAGTATGCAGACGATGTCATTGTTTATAGGTCTGATGATGATTCTTTGTGTTTGGGAGCAAAAGTAGTGTCATATTCTGCAGTAGAAACACGACTTTTTGatatttctgatttatttttattatttttttttgtttctttaatcaAGATATTCTGCAGctctgattaaattaaattacagctCTACAGCTGAGGGGTTTTATTATTGGTCATTTTTATATAGAACTGCAGTCACTCGTCACTTCCTGTTCAGATTTACCTGTGgattatatttgttttactctaaaaaaaaaaagagattattttaaattcttGTGTAATTCACTTTTTCAGTTGCTGTTTGGTGTGAATTTAAGCTTTTTGGTAGAGAAATGTACAGATAAATCCATTTTATTAACTATCCAAACCACCAGTGAACCTGTTACTATATGGAACTCTTATATATTTGAGTTTTATATTGAATAAATCAACTCAGATATATAGACTATTTAATCTGAGTTTATCTGAGTTAATGTAACGATTATGTTTAGGTTTGGATTGAGTTTATtggttttaaattatataacaatgttatataacaaaatatcacaatatctttAATCATTTCCGTTTGCGATACATTATCAGTACACTAAATTAGCGCAGCAGAAATGCAGATatgtcataaaaaaacaatatagtaATTTATGCTTCTTATgtcataaaagtaaaaaataaataaatattagatatataacaatataatggtgatttaatattgcaataatgcaattttaccattttaagagacgtaaaaataaataattacaaatattttgactTAAAATTTTCTACACAAAtgaataaacatgaataaaataaaaacacaatttattaacaaaattttaaataaaattgtcaCATTGATGTTAATGATTAGTAACAATAATAGGCAGTATTAAGTGGGGTGGgacaaaaaaagcaatatttcgttatattttattgttttcatttgCGATACATTAGTGgaaacaaatattgattaactttgattaaatattaattaaaatgtattgtgtatatcatataaaacctttatatatttcagttcaaaatatttgtaattatttatttctacatctcttaaaatggtaaaattgaattattgcaatattaaatcACCATTATATTGTAAAGCTGCCTGAGCCCCGCCTTCAATTAGACTTAAATCACTGCTTCTTTAATCCACTCTTTAggctaaataaacaataaacctgaggtgaagaatattggttgaaattcagtgaaataaaaacactaataaatctataattcctggtatttgcttatttagtattttatcctctGCTGTAAATTATCATAGAGaaatgtattgtaaaatatatcgAGTAtagcagaatcacagtatcgtgatatcGTTATAGTGGGGAACATATCGTACTGCGATTCCCATCCCTatagtttagaaataaataaaattattttagatagtaaataaaattacatctGGAGTAGCCCTGCCAGGATTaccattttgtttttcttctgaaCGATATGCTGTCccagaaattaataaaatacaataaacaatagTATTCAGTcattttaagagcatttttacCTGGCCAGTATAACTGTTTGGAtcggactggctgtagaaacctttgactgggattcccgccatcaCGTTTTAAATCAGTTGagtctccatatgaggccaatgggtcaatgttttttttttatgtatcatgGTGCAAAGAAGCAGAAATataatgtccccatatgaggacacagGGACTCAATAGGATATAATGGtgatataatattgcaataatgtcattttataatttttaaggaattaaaaaaatatatatcgaGTATTGCAGAATTACAGTATTGTGATGTCATCAATATTGTGGGGAACATATCGTACTGTAATTTCCACCCATATAGTTtagatagtaaataaaataaaatggctatattataattattattattattattattaaattaatgttgTAATTTCAGTAAGTTTTCTACAGTGAAGCATAAATTCACACCAAACCAAAGCAGCACtttatctcacacacacacacacacacacacacacactacgtTATGCAAATAATTCTCAAAAAATCAGCGTATTTGCCCTTTAACGTTTCTCCATGCTGTTCCAGCGCTCAGAGCTGCTGAAGGCGGGGTTAATGCATGCTCAGAGCTCCTGATGTTCGGCTGCTTGTGATTAAATCATCAGTAATGGCCAGTGTTCAGTAAAGTTACAGTACTGTAAGCTCTTAGAGACATTAAACCCAGTGTACGCAGGATCACGGCGCTACAGAAGATTAAATAAAGAAGCTCATCCTGATCTGAGATCCACAGCGATGAGCGTCTCTGTCCtttcctttattttacttttttctttttcttgttttttttttttttgtccaagtAGCTCCAGTATTCCCATGTGGACCAATCACACAATTCAAACCATGGTATGTGATCTTTTATTGTGCAATAA
>TU147743
atttcagttcaaaatatttgtaattatttatttctacatctcttaaaatggtaaaattgaattattgcaatattaaatcACCATTATATTGTAAAGCTGCCTGAGCCCCGCCTTCAATTAGACTTAAATCACTGCTTCTTTAATCCACTCTTTAggctaaataaacaataaacctgaggtgaagaatattggttgaaattcagtgaaataaaaacactaataaatctataattcctggtatttgcttatttagtattttatcctctGCTGTAAATTATCATAGAGaaatgtattgtaaaatatatcgAGTAtagcagaatcacagtatcgtgatatcGTTATAGTGGGGAACATATCGTACTGCGATTCCCATCCCTatagtttagaaataaataaaattattttagatagtaaataaaattacatctGGAGTAGCCCTGCCAGGATTaccattttgtttttcttctgaaCGATATGCTGTCccagaaattaataaaatacaataaacaatagTATTCAGTcattttaagagcatttttacCTGGCCAGTATAACTGTTTGGAtcggactggctgtagaaacctttgactgggattcccgccatcaCGTTTTAAATCAGTTGagtctccatatgaggccaatgggtcaatgttttttttttatgtatcatgGTGCAAAGAAGCAGAAATataatgtccccatatgaggacacagGGACTCAATAGGATATAATGGtgatataatattgcaataatgtcattttataatttttaaggaattaaaaaaatatatatcgaGTATTGCAGAATTACAGTATTGTGATGTCATCAATATTGTGGGGAACATATCGTACTGTAATTTCCACCCATATAGTTtagatagtaaataaaataaaatggctatattataattattattattattattattaaattaatgttgTAATTTCAGTAAGTTTTCTACAGTGAAGCATAAATTCACACCAAACCAAAGCAGCACtttatctcacacacacacacacacacacacacacactacgtTATGCAAATAATTCTCAAAAAATCAGCGTATTTGCCCTTTAACGTTTCTCCATGCTGTTCCAGCGCTCAGAGCTGCTGAAGGCGGGGTTAATGCATGCTCAGAGCTCCTGATGTTCGGCTGCTTGTGATTAAATCATCAGTAATGGCCAGTGTTCAGTAAAGTTACAGTACTGTAAGCTCTTAGAGACATTAAACCCAGTGTACGCAGGATCACGGCGCTACAGAAGATTAAATAAAGAAGCTCATCCTGATCTGAGATCCACAGCGATGAGCGTCTCTGTCCtttcctttattttacttttttctttttcttgttttttttttttttgtccaagtAGCTCCAGTATTCCCATGTGGACCAATCACACAATTCAAACCATGGTATGTGATCTTTTATTGTGCAATAAAAGATGACTTTCAACTTTCAACTCGACGTGTTCAGAGTGGTTCATTTTACAGTCTATTTACTGTATGATAGCTTTTGCTCCAGAAGCAGCCTAAGATCacgcaaaagcagtgtgtaaatctggtggaggagaagatgatGCCTTTGAGACACATGAAAGCTTAAAGTGGGTAAAAATAatcaaggttattccaccaaatattgatttctcaactCAAATAACCTGATTTAAATCCTCTGGAAAACTTtgtaacc

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU147742 True 3210 lncRNA 0.30 2 7045919 7049152
TU147743 False 1701 lncRNA 0.34 2 7047706 7049644

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC103032809 LOC108439719 coding upstream 4385 6995770 ~ 7041534 (+)
psmf1 psmf1,LOC107580402 coding upstream 117178 6922550 ~ 6928741 (+)
tomm34 tomm34,LOC103026659 coding upstream 304594 6733283 ~ 6741325 (+)
LOC103026961 NA coding upstream 346407 6682180 ~ 6699512 (+)
LOC103023115 NA coding downstream 21051 7070695 ~ 7072091 (+)
LOC103032506 LOC103032506,LOC108437696 coding downstream 48870 7098514 ~ 7100475 (+)
LOC111193722 LOC108273346 coding downstream 52752 7102396 ~ 7106549 (+)
LOC103022304 LOC103022304,LOC108437673,LOC107738308,LOC107559924,LOC107748531,LOC107596314,LOC107688831 coding downstream 87134 7136778 ~ 7155237 (+)
LOC103031557 iqca1,LOC108437680,LOC107586319,LOC106590510 coding downstream 303815 7353459 ~ 7420339 (+)
G109378 NA non-coding upstream 538 7042430 ~ 7045381 (+)
G109341 ywhaba,LOC107584065,LOC108412308,LOC107708121,LOC107595428 non-coding upstream 288978 6744461 ~ 6756941 (+)
G109318 NA non-coding upstream 429056 6615447 ~ 6616863 (+)
G109278 NA non-coding upstream 447431 6595157 ~ 6598488 (+)
G109269 NA non-coding upstream 566554 6421247 ~ 6479365 (+)
G109385 NA non-coding downstream 4053 7053697 ~ 7054999 (+)
G109386 rbl1 non-coding downstream 7981 7057625 ~ 7057858 (+)
G109387 NA non-coding downstream 9611 7059255 ~ 7059511 (+)
G109388 NA non-coding downstream 10021 7059665 ~ 7059950 (+)
G109389 rbl1,LOC107584070,LOC107596834 non-coding downstream 12847 7062491 ~ 7062946 (+)
blcap blcap,bc10 other upstream 60427 6944765 ~ 6985492 (+)
rims4 rims4,LOC107666126,LOC107696477,LOC107708122 other upstream 179006 6731144 ~ 6866913 (+)
G109248 LOC108433704 other upstream 790862 6253210 ~ 6255057 (+)
G109242 NA other upstream 879257 6164599 ~ 6166662 (+)
G108999 LOC108411783,LOC107584812,LOC107555440,LOC107709735,LOC107705592 other upstream 1736162 5306050 ~ 5309757 (+)
G109527 NA other downstream 218227 7267871 ~ 7269592 (+)
gbx2 gbx2,LOC107596335,LOC103389863 other downstream 392325 7441969 ~ 7448990 (+)
LOC103043571 NA other downstream 647466 7697110 ~ 7700306 (+)
G109613 NA other downstream 811176 7860820 ~ 7861432 (+)
igfbp2 LOC108438161 other downstream 1042635 8092279 ~ 8124872 (+)

Expression


Co-expression Network