RNA id: XR_006247610.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_006247610.1
length 4126
lncRNA type inter_gene
GC content 0.33
exon number 2
gene id LOC122327165
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056720.1
NCBI id CM032089.1
chromosome length 18002998
location 13101108 ~ 13106256 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

tcaatttttgttttaattgatgGAAACCAGCTGAAAGGCGAGTTCATGAAAAAATGATTGTACGTCGCAAATGATAGTATGTAACTGGATTCTTGTCATTCTTACAGTGAGAAATTAATCAGCTCATGACGTTATTATAGACGTGATGACAGGAGGAATGTGTTGAAAAGATAATTAGATAAACCTCATCTTGTAACGAACTAGAATGTACAGAGAACTACATTTATCAtgatactattatttatatttttggagtTGAGATCCACTgagttgtcatttatttttcactaacGGCATTCACCCACCCAATTTCCTTCACCCACCAATCTGATAACAAACCTCAGATGTCCCTCCTCCCATAACTACATTCCTTCGCTGTACTTGTTTAGTCTGCCCGGATGAAGACAAAGATCACAAAGTAAAACATCATATAGAGAAATGATTCAGCTGAGGATCCAAAATCCTTTCAAAAGGAAGCTTCATGTGACTGTAGAGGCTGTTATCGGTGGTTCTGTTGTCCTGCCGTGTTCTGGAATTGCAtcgtttagccaggtttctgtaaAACACAGAGCAGCACAGTTTGAAAAACCCCTATTAGTCCGGGTAAGTCCATTTTGTTGGGTAGAGAGCGGAGGTTCGCCAAGTGAATGCTGGGCAACGGCGTTCGGAGTCCACGTTGTCTGAGTTTCACAAGCGCGCCGGAGTGGTCTGCCAAATGTTCAGCAGTTCATCCTTTGTAAAAACTATGGTatttgatgaacaaaaaaacaggaaaaactaacaaaaacaatacgagCATTTGAGAACTGCCATTCGCGGACATAGGAATGCAGATATAGGAATGGAAAAGAGGTAAAGTATTAGATACAAAATTAATGATAttcaaaatactgtaattaaaattgaaaagtttacacgtcacaaaatgttatttagccATGTGACATGCTTTTTACTGGGAAAGAACAACTTGCTACAGAAATCTTATGTGGTTGCTTTTTTGAAcaagtagtttttttgtatgtacattctcaaaaaaaatcctcagaaaaatgtaacaaaatctGCATATAggtaaaacatgttttacattttttttcccacagccACGTATTTAATAATCCACAGAGTTTAAGACAAGAAGGTAACCACAAGTACACAGACGAGGGAGAACTGAACGGACTAGAACTTATATTGGGGagataatgacattaattaacacaacacacctgaacacaaatGACACAATCAAGGGGAGAAATAAGCATTTTCTCAAAAGGCATTTCTTTTATGCACAATATGTGAAATAATGTGATTAACATGAtgataatgtgaaaaaaatagatGTCTGTTGGATCCTTAAAAAACTGCATTAGATTAGCATTTTTAGCTCTTTTTATTCATATGGTCTTTGTTTTGCTGGTGTACTTGACTTGATTTAATAGTCGCTGACTATAAAATTTCCTGCAATTCTGGACGATCAATGAAATGTTGGTTAACCTAGTTATTAAATCCTAGTTAACCTGGTTGCCTGTCATGAATGACCTTGCAGAGGGCAGTAGAAGAGAGCTGATACAAACAGGATAGATAAATATGATGTTAAAACTATCTTTACAGAAGTCTTTGATTTTtcagtataaatgaaaacaggCAGCATCCATATGCAGAGTTTATTAATCAATATCAAACAAGCAGAAGCAGCATCTCATCGCACACAAAGCATGAGCTTTCTTTTGAATGTGTTTTCACTCACGGTAAGACCCCGGTAAGAgaaggtggaaaaaaatattgcataatgcataatattagCGCTTCTTTGGTGTTAGAAGTATATTTCGTAATGCCATATAGTGCTAAAATGAGTGTAAATATTACaccagataaaaacaaaaacttgtgtTAGGCCCATTTATACGCCAGAATAGACTTGAGTACGacatgcagtgtgtaaatgtgtttgtcatatatatttcacatatacagtgtcatatacatttcatataatcATCCAAACCTGTAATACCttcataattaatgacagaatttaaatgttttcggTCAACTATCCCTAAGACTAACAATAAACAAGAGgtatttcatcaaaatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtttactgtaaatttattcATTCTCCGGCTAATAAGATGtagatggaatttttttttttcttcggtACAACATTAAAAGAGAAATACTGCAATGCTGGATGGGTGACTGTGAgaactatattaaaataaaagtttcaccTCTGCACTCGTTTCACAGTTAAACCTTCACTCGAGACAAAGGTGAGAGTTGTTGGTTGTCAAGTGTCAAAGCAgtggaaaatgtttttggttttggtttagCACTTCAGCGGCTGACTTTagttattatattgttattttttattattacttacaataaatattgaaatagtGCTATTGaagtaaaatgctgtttatagaTTATAGACGGATTGTAGCTAGATATTTCTCCAGTAGATTATCAGGAGTGAcatgctcaaacacacacaaaaacatacatgaaaataattaagcAACTTTATAATAAGAGTGTTTTTCATAAATGTCACGTCAGGACAAGTGTATGATTtcgaatttaaaatatatatatatatatatatatattattcctGATTTCTATTTGAATGATTACGTATACGCATAGATATTtctcaaattaaacattttaaaatccatgCATATACTATACACCGTTTAAAcagtagggaaaaaaaaagtgatagaaaacacaacatttaaCACAACATCGTTTGACTCTTGaaagatttaatttatatgCATCAGTTTAATCATCAGGTGATTATGATCACCAGTCTTTAGAAAGaatactgaaatatgaaaaatcaaatataatatgtaCACACTCAccagccactttattaggtacaccttactagtaccaggttggacccccttttgccttcagaactgaCTTAATCCTTCGTGGCATAGATTCAACAAGatactggaaacattcctcagagattttggtccatattgatATGATAGCATCACGCAGTTGATGTAGATTTGTCGGCTGCACATCCATGGTGTGACTTACCAGCCACTTTATCATAAgtgtatatttgaatatttgtatatttgtatatatttataaaaaaatatattatttacatttttaaggaaaattacagtttttatttatctgaGTTAAGGaaaaatctgcaaaataaatataaaaacattttgtaaatataaaaacagtgtCCACCGTGGTATGCTGAAAAtcaatattagtatttttagcTACAATCACACAAAATGAAccaaaataaagttatatagATGCTGTTCTACAGGTGAGCAAGAATGCTCAATAATTATCAAGgcagaaattaattttagtaataAGACTGGATTCACAGTTTTTTAAGTGCAGATGTTCCTGATGTTGTAGATCAGCGTTGAGTTGCGATTGATTTAAAGATCTTTTGTTTCCAACGAAAACATTTAATAGTCCTAGAAACAGAACAGTTTACTAGATTCAGTATATTTACAATAACAGTTGTACAATAATAATGCAGTTGccgaaaaatacatttatgatatAGATGGCTAAAAAGCAACTCACCGATCAGCAGAATGAGCAGAAGTCCATTCACCAGAGCAGATATGATAATAATAGTCCGCCAATGTGTTTGATCAGTATATTCAGTCACTGTTTGGTTGTGACACTGAGTTGgttctgtaataaaaatgtccaCAATCTCTGAATGTATAATTGTtcttaatgaatatttaaaagctgtaaaTAGTTAATGACTAGTGTGTATGTAAGCAGTGATTATTGATCACTACAGGAGTAAATGGACTCACCGTTGAAGTATATTCTGGTGCTGTTGCTGAGTTTTGGAGGTGTCCGTGCGTACATACAgtaataaactcctaattcaTCAGcagttatattattaataaccaGACGATGTTTAAACTGCACCGAATATTTCTTTCTGAATGATTTATTAGGGTAAAAAGATGATGTTGAGAACGATCGTAGGATGACTGTTGGAGGATCTGCTGTTTTCAGTAAAATCCAATAAACCTCATTTTCATCAAGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU225244 lncRNA upstream 2352 13090310 ~ 13098756 (+) False LOC122327156
TU225243 lncRNA upstream 21491 13067414 ~ 13079617 (+) False LOC122327156
TU225239 lncRNA upstream 45222 13055348 ~ 13055886 (+) True G152196
TU225238 lncRNA upstream 49279 13050950 ~ 13051829 (+) True G152195
XR_006247613.1 lncRNA upstream 73014 13017262 ~ 13028094 (+) False LOC122327168
TU225258 lncRNA downstream 10182 13116438 ~ 13121691 (+) True G152205
TU225246 lncRNA downstream 15469 13121725 ~ 13148807 (+) False G152200
TU225249 lncRNA downstream 19578 13125834 ~ 13148807 (+) False G152200
XR_006247614.1 lncRNA downstream 66477 13172733 ~ 13175326 (+) True LOC122327169
TU225740 lncRNA downstream 71580 13177836 ~ 13180275 (+) False LOC122327212
XM_043222348.1 mRNA upstream 21471 13075411 ~ 13079637 (+) True LOC122327156
XM_043222349.1 mRNA upstream 21471 13075651 ~ 13079637 (+) False LOC122327156
XM_043222426.1 mRNA upstream 26195 13063303 ~ 13074913 (+) True LOC122327210
XM_043223366.1 mRNA upstream 144800 12952151 ~ 12956308 (+) False si:dkey-246e1.3
XM_043222355.1 mRNA downstream 5226 13111482 ~ 13112733 (+) False LOC122327162
XM_043222428.1 mRNA downstream 70171 13176427 ~ 13180221 (+) True LOC122327212
XM_043222430.1 mRNA downstream 96433 13202689 ~ 13226838 (+) True senp7b
XM_043222337.1 mRNA downstream 172115 13278371 ~ 13302756 (+) True abi3bpb
XM_043222338.1 mRNA downstream 172116 13278372 ~ 13302756 (+) False abi3bpb
TU225049 other upstream 677186 12409306 ~ 12423922 (+) True G152065
TU225046 other upstream 677186 12414572 ~ 12423922 (+) False G152065
TU225014 other upstream 755358 12345206 ~ 12345750 (+) True G152043
TU225015 other upstream 755358 12345206 ~ 12345750 (+) False G152043
TU225002 other upstream 806391 12293400 ~ 12294717 (+) True G152032
XR_006247603.1 other downstream 1250 13107506 ~ 13112733 (+) True LOC122327162
XR_006247605.1 other downstream 3439 13109695 ~ 13112733 (+) False LOC122327162
XR_006247602.1 other downstream 3445 13109701 ~ 13112733 (+) False LOC122327162
XR_006247604.1 other downstream 3554 13109810 ~ 13112733 (+) False LOC122327162
XR_006247606.1 other downstream 3559 13109815 ~ 13112733 (+) False LOC122327162

Expression Profile