RNA id: TCONS_00013395


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00013395
length 341
lncRNA type inter_gene
GC content 0.29
exon number 1
gene id XLOC_005925
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 21418611 ~ 21418951 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ttagcccctttaggcattttttttttttttttttgcgattgtttacagaacaaaccatcgttatacaataacttatcttgttaccctaacctgcctagttaccctagttaagcctttaaatatcactttaaactgtatagaagtgtcttaaaaaatatcaagtcaaatatgaTGTAATCTGACTTCTACTGTTTACTACATGTTGAGACATACTTTATACATGTGTATTGCAAACATGAAATTGTATATCatgtaatttgaatatatttccaTATATCACATCTCTACAAATATGGGTTGTTTTCTGTGTAACAGAGTGTACAATTTAAGGTGTAAATAGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00011684 lncRNA upstream 559184 20856611 ~ 20859427 (+) False XLOC_005924
TCONS_00013592 lncRNA upstream 559184 20856941 ~ 20859427 (+) True XLOC_005924
TCONS_00013588 lncRNA upstream 615478 20707767 ~ 20803133 (+) False XLOC_005923
TCONS_00013589 lncRNA upstream 615478 20745186 ~ 20803133 (+) False XLOC_005923
TCONS_00013590 lncRNA upstream 615961 20766958 ~ 20802650 (+) False XLOC_005923
TCONS_00013593 lncRNA downstream 268277 21687228 ~ 21693578 (+) True XLOC_005928
TCONS_00011712 lncRNA downstream 770778 22189729 ~ 22199148 (+) True XLOC_005935
TCONS_00011750 lncRNA downstream 1193910 22612861 ~ 22614141 (+) True XLOC_005943
TCONS_00011758 lncRNA downstream 1289524 22708475 ~ 22715094 (+) False XLOC_005947
TCONS_00013594 lncRNA downstream 1318164 22737115 ~ 22741976 (+) True XLOC_005949
TCONS_00011682 mRNA upstream 883663 20524921 ~ 20534948 (+) True XLOC_005922
TCONS_00011678 mRNA upstream 1070316 19884631 ~ 20348295 (+) False XLOC_005917
TCONS_00011679 mRNA upstream 1070316 20007366 ~ 20348295 (+) True XLOC_005917
TCONS_00011677 mRNA upstream 1539883 19871646 ~ 19878728 (+) True XLOC_005916
TCONS_00011676 mRNA upstream 2090954 19322686 ~ 19327657 (+) True XLOC_005915
TCONS_00011685 mRNA downstream 181995 21600946 ~ 21621856 (+) False XLOC_005926
TCONS_00011686 mRNA downstream 182198 21601149 ~ 21621853 (+) False XLOC_005926
TCONS_00011688 mRNA downstream 255494 21674445 ~ 21682873 (+) False XLOC_005927
TCONS_00011689 mRNA downstream 255499 21674450 ~ 21682874 (+) False XLOC_005927
TCONS_00011690 mRNA downstream 257284 21676235 ~ 21680891 (+) False XLOC_005927
TCONS_00011681 other upstream 1169602 20248893 ~ 20249009 (+) True XLOC_005919
TCONS_00011680 other upstream 1391527 20026967 ~ 20027084 (+) True XLOC_005918
TCONS_00011675 other upstream 2101841 19305824 ~ 19316770 (+) True XLOC_005914
TCONS_00011671 other upstream 2709248 18709249 ~ 18709363 (+) True XLOC_005912
TCONS_00011652 other upstream 3004207 18400901 ~ 18414404 (+) True XLOC_005901
TCONS_00011687 other downstream 190756 21609707 ~ 21621590 (+) True XLOC_005926
TCONS_00011702 other downstream 455159 21874110 ~ 21885557 (+) True XLOC_005931
TCONS_00011703 other downstream 469263 21888214 ~ 22095934 (+) False XLOC_005932
TCONS_00011706 other downstream 631232 22050183 ~ 22050309 (+) True XLOC_005933
TCONS_00011711 other downstream 704139 22123090 ~ 22123205 (+) True XLOC_005936

Expression Profile

//