RNA id: TCONS_00016731


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00016731
length 119
RNA type rRNA
GC content 0.50
exon number 1
gene id XLOC_008343
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 11565391 ~ 11565509 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

catcacagccatatcaccctgtagcccaagaccggttactcactgaagctaagcagggttgagaCTGTTCAGTAactggatgggaaaccacatggaaaaactaggttgctgtcggaGGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000126580

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00016728 lncRNA upstream 260317 11303325 ~ 11305074 (+) True XLOC_008340
TCONS_00016727 lncRNA upstream 698831 10863850 ~ 10866560 (+) False XLOC_008339
TCONS_00018761 lncRNA upstream 698831 10864010 ~ 10866560 (+) True XLOC_008339
TCONS_00016721 lncRNA upstream 808448 10750208 ~ 10756943 (+) False XLOC_008337
TCONS_00016722 lncRNA upstream 808448 10750236 ~ 10756943 (+) False XLOC_008337
TCONS_00016733 lncRNA downstream 117580 11683089 ~ 11691460 (+) False XLOC_008345
TCONS_00016734 lncRNA downstream 117611 11683120 ~ 11686784 (+) True XLOC_008345
TCONS_00016741 lncRNA downstream 416941 11982450 ~ 11985783 (+) False XLOC_008350
TCONS_00018892 lncRNA downstream 416941 11982450 ~ 11986634 (+) False XLOC_008350
TCONS_00016742 lncRNA downstream 417512 11983021 ~ 11985807 (+) False XLOC_008350
TCONS_00016730 mRNA upstream 122177 11427620 ~ 11443214 (+) True XLOC_008342
TCONS_00016729 mRNA upstream 171069 11381532 ~ 11394322 (+) True XLOC_008341
TCONS_00016717 mRNA upstream 1692247 9861973 ~ 9873144 (+) True XLOC_008333
TCONS_00016714 mRNA upstream 2177601 9387350 ~ 9387790 (+) True XLOC_008328
TCONS_00016713 mRNA upstream 2211695 9327252 ~ 9353696 (+) True XLOC_008327
TCONS_00016732 mRNA downstream 78150 11643659 ~ 11671173 (+) True XLOC_008344
TCONS_00016736 mRNA downstream 128115 11693624 ~ 11757647 (+) False XLOC_008346
TCONS_00016735 mRNA downstream 128115 11693624 ~ 11757647 (+) True XLOC_008346
TCONS_00016737 mRNA downstream 249460 11814969 ~ 11820549 (+) True XLOC_008347
TCONS_00016738 mRNA downstream 259857 11825366 ~ 11870530 (+) False XLOC_008348
TCONS_00016719 other upstream 1669405 9895858 ~ 9895986 (+) True XLOC_008335
TCONS_00016712 other upstream 2253913 9303809 ~ 9311478 (+) True XLOC_008326
TCONS_00016703 other upstream 2526227 9039050 ~ 9039164 (+) True XLOC_008321
TCONS_00016700 other upstream 2833525 8731752 ~ 8731866 (+) True XLOC_008318
TCONS_00016699 other upstream 2882454 8682822 ~ 8682937 (+) True XLOC_008317
TCONS_00016757 other downstream 1959365 13524874 ~ 13524988 (+) True XLOC_008360
TCONS_00016758 other downstream 2392213 13957722 ~ 13957850 (+) True XLOC_008361
TCONS_00016791 other downstream 3828733 15394242 ~ 15401640 (+) True XLOC_008381
TCONS_00016809 other downstream 4953458 16518967 ~ 16519083 (+) True XLOC_008398
TCONS_00016813 other downstream 5264253 16829762 ~ 16829876 (+) True XLOC_008400

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU98370 True 2216 lncRNA 0.40 1 CI01000014 417291 ~ 419506 (-)