RNA id: TU802188


Basic Information

Item Value
RNA id TU802188
length 12390
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G681254
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01180000
NCBI id null
chromosome length 11503085
location 5668992 ~ 5681405 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

AACAAACTATATAAAACTTGTAATCTTGCAAAAAAATATGTGTGTGTGTTTATATTATTATTATGTTTTATTATTATATTATATTATAATTATTTATTCAATTTAATTATTTAACCAGTAATAAATATATCAGTATCTGCCGATAACCAATATGAAATCGATATACTGTATATCATTCCTAACTTCATTGCCAGGTGAACTGATGAAAAAACCTGTGTGTCTTTACTCCTGAAAGTTGCATGAAGTCTGTCAAACAGATTTCAGTGAACTTTCTGCAGTCCTTGTGCTTGCTTTCTGAGGCTGAGACTAGATCAGTCCTGGTCTAGCTGATGTCAGGATGCTGAGATATAAAGACAGCCAGTCCTGTCCCATCTCTCGGGAGGAAACACATGCAGGAGCTCAGGCAAGCCTCCAGCTCTGGCTCCTGAAAAATGCTTTTTGTGCTTTCTTTTCCACCCTGGCTAAGGAAGCACAGTTTCACGGGCATCTCCGAGTGGCGCCTAATTAACAGTGACACGTTGATTGCCATTTTTTAGACTCCCACAACCCAGCTGATTTGCTCCCTCTGAACTCAATTGCTGTGTTCCTGAACGCTTTTTAAGAGGGGCTCTGCCAAGACAGGGGAAGAAGGGGACGCTTTTAGACGCCCCCTGCCTCTCTGCCATCTTCAAACACTGGCCTCTGAGAGAGTGTGCCTCGGAGGTCCATCATTTTCCCAGCATATAACTATGATTATTCTATCTAATTGAGAAGATTAGGGTCGTTTTAAGAGCCTCGCATATGTAAATGTTGCAGTGTTAACTTTTCACAGATACAGATAGCCCTCTTACTGAACAGTTATCTAACCTCAAGGTAGAACATACCTATTTTATTCTTCAACTTTTAATCTGACGTCCATAAAATGATGCTTAGATAATGACTTCTTGCCCGTTCTCTCCATTAAGCTTGAACTTATGCCCCAAAGAACGGTTATTTGTCATTAGCTGCCTATTTATCAACATCACAACATATTAGACATGACTGTACATAGTTTTCTGCACTGCCTGTTTTATCAAGAAACACATTATTCTGTAATTGAACCAATCAGACTGTTCTTTGTTATTTTGAAACTTTTGTGAAATCAGGCTGCCATTGTCTCATCAAGTCTCTGATGGCTCCACAATGGTTGCTATTTACGCCCTCCGGACGTGATGCTGGGTTAGAAAACAGGCTGGATTGCAATTATGGAATGCAGTCAAACTTTGATCTGTGCTCAGTTTGTGCCTTAGGACACGTTTCAGTCTGATTGTAGGTTTGCTGCAGGATTTTTAAGCAAAAGGAAATTTAAGCAGGGATGACTATACCAATCTCAATTTAATATGCAAATAAAAGTAAGAAAGTAGACCTATCACAATTCTGTATTAATATACACTACCGTTCGAAAGTTTGGGGTCAGTAAGATTTTTTTTTTTGAAAGAAATTAACACTTATTCAACAAGGACTCACTAAATTAATCAAAAGTGACAGTGAAGACATTTATAATGTAAGAAAAGATTTCTATTTCAAATAAAAGATGTTCTTTTTAATGTTCTATTCATCAAAGAATCCTGAAAAAAATGTTTTTACCATTGATAATAATAAGAAATGTTTCTTGAGCTGCAAATCAGCATATTACAATAATTTCTGAAGGATCATGTGACACAAATATGGTGATGAGGGAGTGTTTTGAATGCATTTGTCTTTTGCCATGTCTCCCTTATGCTATATATTCTCATCTGTCATTCAGTGATATTGTAGTATTCATTGTCCAAGTCCACATAATGGAGTGTGTCTTTTTGCTGGATCAGGACAGTTTGATTAAAAACTTGTTTTAAACTTCTGTTTGTTTTGGGAGGCTGGCCTGCTGTCATGAAGAAAGAGGGAGTGGGAAGTTTAGTGAGAGAGATAAAGGGTGGATGATAGGGTGAGAGAGATAAAGACAGAAATGAGAAGGCAGACGGCAGACAGACATTAACAGCTTCAGACACATGAGCTACACTGACGTTGGTGGTTGCTGGGGTAACCGGTTCCCAAGGTCGGACAGAGTAAAAAAGGGTGTGAATTTTCCCCCCCTTGAAGTCTGCATGAAATGATCTGACAAAGAGGATCAAAAGTTTGAGAACTAATTGAAAGGTACACTATGGAACTTTTTTTCCTTCACAATTAACATTTATATAATGAGTCAATACATCTGAGTCATCAATCTTTCTTTTAAAACGTGTTTTACCCTGATTCACTATGGTAAGCCTATTATAAATGTTTATATTTTAGATGGGGTGGGATTTGTGGGAAATTGCGTACATACGTAACTTGCTAATGCGTGTCTTGTCATATCTGTAAATAGAAAAAAGTTGCTCCAGCTACTTTGACGTGTGTATGGTGTGGGAGTGGCATAGGTTAGTTGATCACCTGTTAAAAATAAAAATAAAATAAAAAGCCAAACAAAGGAGAGTCTGCTGGCAAAAAGAGAGCGTGACAGAGTTCGTAATAAAACAAGAATCAACATTGGCTTGGCTTTTCGGAGATGGCAAAAACTAAGGGATTTGAACTGTTGTAAAAGACATTTGTAGGTGGCGTTTTTATTACTCAACAGGCGAGTAAGGTATTTATTTTATTAAACAAATAAATTGCCATATGTAGCTCTCCAGCAGAGTTCATTGTAAAACATCATCCATTGAAAACAGCAATTTCATTATGGTTGTTGTAGCACTGTACTGGAATTTATTTTCAAGACAGTACGTGTCTATTAATGGGTAAAGCTACAGTAACGTCTTCAGCTAGTCAGCTTGAGATCATTTCCATCTAAACTGGTTATATCTCTTAAGCCTAGTAGTGAATGTTTTATGAGCAGTAGGATAATCTGTCTGTCTTTTTTTAGTTATGAGAAAGAACCATATTCATCTGCACGGTCACACGGAGCCGAAGCACAACCAAAGCAATGCTCTTCCACAAAATGCATGCAGTTTTTTTTTTTTTAACTGTTAGAGGGCCAAAAGTTGTACCTTTAAAAAAAATAATATTGTTCCTGCAAATTATGTCACTAGCATAAAAATATGATTGAAAGACTGATTTATTTTTTTGAAATACTAAAAAAAAATGTTTTTCAGAGAAAAAATGGACATTCAGTTAACCATATGTAGGTTGGTACTCGATTTTAGTAAATGGTAACTGATTGGATGGAGAAAAGTGGGCGTTACATAGCAGAGTGGATGAATGGAAAATGAGGGGGTAATGGTCAAGTTTTTTTTATTTTTATAATGTGCACCAAATATATACATACTGTACACACACAAAAGCAGGAAAGTGTGTTAAATAAGTAAATAGAGTCAATAGAGTTACAATGCTCAGGACTCAGGCGCTACCTTGAATTCAGTATTAGTGCACAGGAATTTAATACATGATACTTTACAGTAGTATTTTGTAGGGTTTGGCTTTGTTGTGGTCATAGTTGTTTTTGTTTCATTTAAAATTGATTGTTTCTCCCTCCATTTGACACCCTTTGGGAATTGCACCCTGTGCTCATTACTGCTCCTCTGAGTCAGTCTGGATACTCGCTGCTTTTCCCTTTAGAAAGGAACTGCTATAGAAATGAAGGGTTTGTGTGTCTAGTAAATTGGGTGAACTGGGCTGTGATGCACATGCTGCAAAGTCTCCGCATGAGAAATGACAGCAATCAGGATGTTACAGTCCACTCTGCACATAAATGCAGTAATGGACAAAGCTGCTGCCAGGCCTGAGAAGGATGAATGTTTCAAAATATCATTTTAGAAATGGAAATGTATCAATTTAGATGCAAGAATTATGCATTGCAGTGGAAGACTGAATTGCCATGGCAACCACTTCCATATGGAGATTTATCTGTCAGATAATTTTGGAGATGACCACATAGATACTTTTGAAAATGGTTCACCAGAATAATAAAACTGCTTTTTTTTTTCTCTCATGTTATCAAGTGGCCAGAAGCATCTGAAATTTATTGTGAAGAAAGTGTTGTACTTGTCCATGCAAGCTCACTGCCACATTGCATTGGTGTTTGGGTGGATGCCAAGGTGTTGCTGTGTTGTTGCTATGGTGTTTTTTGTGGTTGTTAGGTAGTTGCTTACCGAAAGAGCCTTCTGGTCTCAAAATATGGTCTGGGTCATCTTCTTCACTGTAAGTCTTTAATTGATTTTGTTAACCAGATCGTAAAACTAATCCGTATGAATTGAGTGGTTTAGACCAAATCTTCTGAAGAGAAATGATCGCTTTATATGAAAAACAGATTGAATTTAGGCTTTTATTCACATATAAACATTAATCAGTGAACATAAAAAGAAGCTCAATTGAACCTGCTTGACACGCAAGAACAAACGTCATTGGTTCTTGTGGAAGCTCAAACGTGATGCATGACATGAGAATGAACCTCACTGATTCTCGCACGTCAAGTGAACGTGCTTGAGCTTCTGTTTACCATAACTGGTGTGTGAGTTGATGGATGTTTATATGTGAATAAAAGCCTAAATTAAATCTGTTCCGCATATAAAGCGATCGTGTCTCTTCAGAAAATGTGGACTAAACCGCTCAAGTCATATGAATTAGTTTTACAATCTCTTTTTGAATTTTTGGAAGCGTCAAAGTGGTAGTTGTGTAGAGGAACAGAAGGGACAGAAAGCTCTCAGATTTCATTAATCTTCATTTGTGTTCTGAAGATGAACGAAAGTCTTATGGGTTTGGAACAACATGAGGGTGAGTAAATGATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTAAAACATATTTATTTCAGTTAGTTGCCAAGGCAGCATTTCTAATTTTCATTTACGTTTTTCATCTAATAATTATATTTTATTTCATCTTAATTTCAAAATAACAAAAACAATTTTTTAATAGTTTTAGGAAAACCATAAATTTGATTGGTTAGAAAATATACAGCACACTAAGTCTGAACAGACTGAAAGCCCTAGGATGAGCTACATTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU802176 lncRNA upstream 2848 5662188 ~ 5666144 (+) True G681242
TU802183 lncRNA upstream 29608 5631099 ~ 5639384 (+) True G681249
TU802187 lncRNA upstream 42715 5619887 ~ 5626277 (+) True CI01180000_05605783_05625064
TU802370 lncRNA upstream 85272 5583517 ~ 5583720 (+) True G681426
TU802369 lncRNA upstream 85625 5583100 ~ 5583367 (+) True G681425
TU802139 lncRNA downstream 91369 5772774 ~ 5780374 (+) True G681205
TU802374 lncRNA downstream 102243 5783648 ~ 5783914 (+) True G681428
TU802388 lncRNA downstream 121307 5802712 ~ 5802923 (+) True G681440
TU802399 lncRNA downstream 149242 5830647 ~ 5831091 (+) True G681451
TU802407 lncRNA downstream 165257 5846662 ~ 5846882 (+) True G681459
CI01180000_05605783_05625064.mRNA mRNA upstream 43881 5605783 ~ 5625111 (+) False CI01180000_05605783_05625064
CI01180000_05587131_05604001.mRNA mRNA upstream 63968 5587047 ~ 5605024 (+) True CI01180000_05587131_05604001
CI01180000_05566677_05569815.mRNA mRNA upstream 99138 5566677 ~ 5569854 (+) True CI01180000_05566677_05569815
CI01180000_05552106_05558265.mRNA mRNA upstream 109917 5551875 ~ 5559075 (+) True CI01180000_05552106_05558265
CI01180000_05460865_05464029.mRNA mRNA upstream 204459 5460865 ~ 5464533 (+) True CI01180000_05460865_05464029
CI01180000_05721160_05745421.mRNA mRNA downstream 39695 5721100 ~ 5745673 (+) True CI01180000_05721160_05745421
CI01180000_05752328_05757955.mRNA mRNA downstream 70151 5751556 ~ 5758136 (+) True CI01180000_05752328_05757955
CI01180000_05875768_05878028.mRNA mRNA downstream 193664 5875069 ~ 5878719 (+) True CI01180000_05875768_05878028
CI01180000_05919195_05919836.mRNA mRNA downstream 236700 5918105 ~ 5920447 (+) True CI01180000_05919195_05919836
CI01180000_05928275_05933064.mRNA mRNA downstream 246870 5928275 ~ 5933252 (+) False CI01180000_05928275_05933064
TU802202 other upstream 295230 5370410 ~ 5373762 (+) True G681268
TU802064 other upstream 883361 4783305 ~ 4785631 (+) True G681137
TU801653 other upstream 1884551 3765691 ~ 3784441 (+) True G680736
TU801631 other upstream 2096595 3553277 ~ 3563250 (+) False G680723
TU802553 other downstream 791630 6473035 ~ 6478999 (+) True G681592
TU802663 other downstream 951503 6632908 ~ 6634989 (+) True G681686
TU802641 other downstream 974441 6655846 ~ 6659546 (+) True G681667
TU802812 other downstream 1721742 7403147 ~ 7469605 (+) True G681817
TU802830 other downstream 1982018 7663423 ~ 7694381 (+) True G681822

Expression Profile