RNA id: TU424288


Basic Information

Item Value
RNA id TU424288
length 9655
lncRNA type sense_over
GC content 0.42
exon number 9
gene id LOC110523346
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048569.1
NCBI id CM023223.2
chromosome length 100798064
location 17071595 ~ 17090037 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

acagtgggttaactgcctatatGAATGGGGAAAACATATATGATTGATTCTTCTTTGTTAGTAGGGTCTGTTTAACCCATTTGTTATTGGGGTCCCTGTATCTTTGCACAAGAGTGACGTAAAACATTGCGACAGAACGGAGTGAAACGGCATCCTGTGGTCCACCAAAACCAGAAGACAattttttatgtttttctgcTCTACTTCCTCAGCCAGCAAACACAATTTCTCCTCTTATGGATCTGAGGTCCACTAGGGTTCTTATGTCTCAAGGCAATATCTACTGTAGCAAAAGAATAACCAAGCAGAATCTGTCTCCACGGGTTTGTGACTTGAACAGTCGCACTGCTTTGAATTACGTAGGCTATGATGTACAAAGGGGAAAAAAGGAATGATGACCAAATTTAGAGTTGTTCTGAAGTACCCTCCGGATTGTAATTGAATAACCACTATATCAAAGAAATGTATTTAAGTAAGTGTAATTTCTTACAAAAATATCTAATCATCAGCTAAAAATGAACCCATAGAGCGTTTAGAACCTCTACTTATTGTAATCATTACGTAGACATGtaatgcaggtagcctagtggttagtggtaggccagtaaccaaaggttgctggatcgaatccctgagctgacataaaaatctgtcgttctgcccctgaacaaggcagtcaacccactgtacCCCggtagccgtcattgtaaataagaatttgttcttaactgacttgcctagttaaaggttacataatatttttttaaatatatttttttaaacattacaaaGGCAGTGTTACTGGAAATTCCCTTCCAAACAGTAAAGATGATGATTACGCTCTTGTCTCTGCATCAAATTAGAACAACATTGCATAGCTGTTTTACAAGCCACTTATTATTATGGATTTTAGTAGTAGCATTTTATCACAGTGATACagtaaaaaaaacacagtttACTTTAACTAGGATGGCACTAAAGATGTCTATACATGGAGCCTGGCCATTCATAGTCACAGTCTGTGGGGTTGTGCTTTTCACATGAGGCCTGCCTGCATGTCTTAAAGATGAGAGCCATCCCAGCCCCCCCAGACCTTGGTGTCTGTCCCCCTGCGCAGACAGCTGGTAGACTATAACTGGAGACTATAACTGGAGTTAAAGGAGCAGCTGCAGTGCCTCCCCCTCCCCACACTTCCCTCCTCTGGGCGTAATGGATATTGATTGTTTGGCTGCGACCCAGCACCATGCTGATTCAGCAGGTTGGCCAGAGCTTCACTCACTACTCCTCCTTCCATAGACCGAGAGGCAGCCCTAACCCAGGGTTGGTACATgaggaatatacagtgcctttagaaagttcatacaccttgacttattccatcttttgttacagcctgaattctaaattGATGAAATTGATTTTTCttcccacccatctacacacaatacaccataatgacaaagtgaaaacatgtttttgaaaaatgttagcacatttattgaaaaggaAATACAGAAACATTTCATTTACAAAActattcacatccctgagtcaatactttgtagaagcaccttggGTGGCGgttacagctttgagtcatcttgggtatgtctatcagctttacacatctggatttggggattttctcccatttctTCCTAGCAGAATTTCGGAATCTCTGTAAAGTTAGATGGGGTGTGgtagtgaacagcaatcttcaagtctttccacagattttcaataggATTCAAGTCTGGGATTttcctgggccactcaagaacttTCACGTTCTTGTTCTGAATCCATTACAGCGTTGCTTTGACTATGCTTGAatatattgtcctgttggaatgtaaatcttcgccccagtctgtttGCCCTCTGATAACAGAACTCAGCagatttggctccattcattgttccctctaactttactagtctcccagtccctgccactgaaaagcatccccatagcatgatgctgccatcaccatgcttcacagtagggatggtgttagaagGGTGAAGAGCTGTgcttggttttctccagacatagtaGGGCTGGGCGACATgaccaaaatatcatatcactgtattgtattatttttttaaataatattgactatttgaaatgtttatttattGACCTTTTGCTTTATGAGTGGTGCGTGACCCTAGGTTGGCAACACATACATTGTAAGTGATTTCAATAGGTTTTTCTCTATTCTGattttgttttatactgttcaattaaaCTTAAACCTAAAATAATCTTCAGCATTTTCATACATTTCTGAATTCCCTGCaatcatttgagatcatttctacactgccacgtagggctgcacgatgttgcaattgtgatttgacttgcgatttagagcacaacacttgggtgaacttttAGAATcctagaaatataatgaatattCTATAGTTAGAATTGAATAGTGTGTAttttgaatacagtgtttgacATGCCAACTaattaaaatgccagggaggagttattgtcacagggtaggaaccaaagtgttgtttcctaggggaccctataatctttggctacgttttgttttctcttagctacttcatgttgCTAACATTAATGCTTTGTATTTTCCTCTTTAATTTAgtagatactgttgcacaaacgaCATGCTtatttaggtctacaccatcactgAGAGAGAACTCAAGTAGTGAAGTAATCTGTAGAAATGGATTTACACACGGCatatgacatttaaaaaatatatatacattcaaAAAGTTGTAAGGTAAAGTAAAAATCCAAAACGGTCCAtacatcaataccggtatattgcaaaatacggtataccgcccagccctaagACATggtgctttgcattcaggccaaagagtttgatTTTTGTCTCAAcagaccacagaatattttgccttgTGATCtgtctttcatgtgcctttttgcaaacttcaggtgtgctgtcatgtgcctttctcaggagtgtcttccgtctggccacatgACCAACTACAGCGCaaatgaaggaaaggagacaaggagaggaaaccacTTTAGATTATTGAACCGCACCCCACAGCCCTTAAACGGCTGGTGGTTTTAGCAGTTGATTCTATAATGCCAGGCTCCATAATGAGAGGCCTGTAGGACTAGTGCACGTAGGTCTAATGATAGTGCAACAGTTACATCGCTCAGCAggaagcctagcggttagagagttgggccagtaaacgaaacGTCAATGTTTTgaatacctgagccgacaaggtgaaaaatccgtctgtgcccttgagcaaggcacttaaccctaatttgctccaggggtgctgtaCTACTATAGATGACCCTGCAAAACAAAGCCTTTCACTGCACCTATTCAGTTTGTGAcaataaaatatattattttaacaTGGAGGCAGGTAGATTTTATATGATGTTCAACAGTGGCTCTGAATAAGTAGCATGCTAAAGAATATTTTAAAATATGTGCTGCCACAATTCACAGGAACTCTGCACGAGAATCTTACGTTAATTATGTGCCGCCACCATTCACGGAAACTCGGCACGAAAATCTTACGTTTGTTATCTTATGCTCAGGTCCAATTTAAAACCAGGGTACCTATTCATAATTCATTATACAAACCCACTTAAACCAAAGACCGCATCAAACCTTGAAATCTAACCTAGCATATATTATCAGAAGCAGAGATTCAATCCACAAAACAAAACAGCAGTCATCGTGCCCAGTGTACCCCTTCGCTCCCAGCTGAACCTGTAGAACGACAGGAAATGAGCAGGACAGTTGGGCTCTCTCTGGAGCTTAGAGGTCGCTCTATGGTCTTTCATCTCTTTTGTGTTCCGTCTTCCTGGGTGAGGTCGCTTTCTGTTTTCTCGCTGTGTGTGTTTGATATGTATGACGGTGTGTGagctgtatttttatttattttatttaaccaggtaggccagaacaagttctcatttacaactgcgacctggccaagataaagcaaagcagtgcgacaaaatcaaacaacacagagttatacatgATTACGGTGTGTGAGTGATCTGTATGACGGTGTGTTGGTGATCTGTATGGCGGTTGGTGATTTGATCTGCATGACTGTTGAGTGttctctgttgtgtgtctgtttctgactgAGTTTCTGATTttgatgtctgtctctgttctgactgtttgatgtctgtgtgtgtgtgtgtgtggttgtggtttcTGTCTGAATATGATCCGTCTGCCTGTCTCTTTGTCTGACTAATTGCTCTCTGTTAttctattttgttattttacctTGTGTGATTGTGCTGCCTGTTAGAGCTGTCTGTGTAGTTGGTCTGTGTGACGTTTGATTGAGTGTGACAGATGACTCCCTCTACTATCTGACTGATTTGGTGTGATCACTCTGTCTACTCTCTCTGGTGTCTTGTCTGATTGGGTGAGTGTGTTCTCTTGGCTGATTGGTTGATCTCTCTGTGGATATGATTGGTGTCTCCGTATCGTCTGATGGCAGAGTGTCTTCTCTGTCTTCATTGGTTGCGGTCAACTTCTTCTGAATCCTGATTGGGTGTACTTATCTCCTGCAGGGGCACAATTCACCAGGCATCAGCACAGCCATGCTACCTCATGCCGACACTTCCACCTAGGGGCCCCTCAGGCGCCCATCTCAGCTGAGTTCCCCTTGGGTCACACCAGCCAACCCCCCCAGACTGGCCTGGCCCCTCACCAGCCCCCGGCCCCCCACCACCCACCGCCCCTGCCGGCCCCCCCTCAGTTCCAGGACGTTACTGGGCCTCCGTTCCTACCTCAGGCCTTACACCAGCAATACCTCATCCAGCAGCAGCTTCTAGAGGCGCAGCACCGCAGGATCCTCCCACACTCCAGACGAACTCTGGAGCGTGCTCCTCTGAACCCTCACAGACTTCGCTCAGGGTACGactactcccctcccctccatatCCCCCAGCCAATCAGCCAGCAGCCGCGCTACCTGGCCGAGGGCACAGACTGGGACCTTAGTGTGGACGCTGGCCTCTCTCACCAACAGTACCAGCTCCAGCAGCTTCCACAGCACTATCAGCATTACCTGGCGGCATCCCCCAGAATGCACCACTTTCCCAGGAACACCTCGTCTGCACAAGTGGTTGTGCATGAGATTAGAAACTACCCGTACCCCCAGCTTCACCTGTTGGCTCTGCAGGGCCTCAACCCCTCACGTCACGCTTCCGCTGTACGAGAGAGCTATGAGGAGCTGTTGCAGCTTGAAGACAGGTTGGGAAGTGTCAGTAGGGGAGCAGTTCAGACCACCATAGAGAGATTCACCTTCCCACACAAATACAAGAAGCTACCTGTATATTGTAAATGTAACCAGTGGGAATTGAATATATTAACCATTAGACCGAGAGGACATCTTCAAGGTCTGAGGACTTACAAGTCTCACAGTGCTACTGCTGCATGAGTGCATGATTCCAAATCACCTCCAAGGAAGCCTCTGGATATGAAGATTGGCGAGGAGGGCGAGGAGACTGATGTGGATGAGAAATGTACCATCTGCCTGTCGATGCTGGAGGAGGCAGAGGACGTCAGGCGTTTACCCTGCATGCACCTCTTCCACCAGGGCTGTGTGGATCAGTGGCTGGCGACCAGCAGGAAGTGTCCAATCTGCCGCGTGGACATCGAGACGCAGctccacccagacagctgatgtcaCAGGGGTGGAGCCTGACGGTCTGGCTGCTGTCAATCACCCTGGCGTGGATCCTGCTCCCTTCCACCCGGCCCTGCCTCTCCCAACATGGGTGCTTTGCCAAATGTCTCCAGTCGTCACGTGACATCATAGCCCTCTCTGACTCACGCTTTACTGAGCCAATCCAGGATTACTTACTGCACGAGAGACCGgagactgactctctctctctctctctctctcaataaaaGCACATCCCCAGCAAAAAGACAtgcaaacactcactcacacatacattacatactatatacacatgTGCACACAGGGTTTACTAGTTGCTTGCTGGTGGTTGGGTGTCGTTGCTGTTGTGTTGTAGTTAGGGGAGGCAGGTGTGTTTCCTGTGTCTTTGTAGCATGTtcttaaagccatgacattaatGTACAGAGTGAAAAGCACACAACCCCACTTGCCAGCCAGcctgccacatacacacacacacacactgcttattCTGCCACAACAGGAAGCTAATCAACCACTTAAAAGCCCTGTCGCCATGTTTGCCTACAGATCATTTGTGGTAGTACAGTAGCAGCATCAGACACAGTGGTATTTTGACCCCTCACTTTGTTATAAGAGGGGGACTGAGTGTTCAGATCTCGCCCAGCTTCTACTTTTTGCAATACAGTAGTTGTACATTTGCTTGGGACTGATGCTGCCATCAGTGTTCGGACAAAATACAACTATTTCACTGCTGTCATGTTGGCCTGCCCCAATGCATGGGGTGGCGTGTGTTTTTGAGTAAATACAGAGGTTAGTGAGTGTTTTTAACCAAATGTGTTATGGTATTGCTTGACCTGCCGCAATGTGTGTGTTCTGCCCCAGTGTGTGGGTTTCAGTGTATGTTTAACCAATGCTTGCGCGTGAGTGACAAACTTAAAGTGCAGGTTCAAGTGTGTGTTAAGGGTAATATAGAAGTTAGCTTAACAGTGATTTGATTGGAGTGCTTGTAGAATACAAAGCCAAATAAGgaatacaattattattatttttaaatgtagTAGGACTTATCCCCCATCATGCACTGCAGTGACTGAGTGAGATGTGGGGCCTTCTGGTTAAGCAGAAGTGTTAGCTGCCCTGAAAACAGCGACTCTGTGCCATCCACTCCTGTCGCAGGTGTTAAGGCTGAGCAGTGTAGTGAAATGCATGTTTCAATGTTGGCTTGGGCTGTCGTGTTagcgttaaaaaaaaaaaaatggagggCAGAGGAGGGTGTTGTCTGTGCATGACTTAGTTAATCTGAGCTGTGATTATCAActcaacacaaacaaacaaatgaagAAAAAGGGAGAACGATGTCAGTGTTTGTCCCTGACCTGTAGCGTGTGTTCATACTGTCCCTTTTTGGTGGCAAACAAAATGGAATCCTATTGTTTACCTTATTGCCTAAAGAACAAGCACATGTGATAGATATAGCAACAACCTCTTTTTGTTATTGCATTTGCGTTGGTTTCCGTATATTTAGGTATAAACGCGCACTGTTTTGGACCGAGTGAGGAGCTTTGTGTGTTGAACTTGTTTTTATGTGTCAGATCTCCCCTCGTGGTTGCTATGCTGGTTGCTATGCTGTATTGCTAGAACAACAATGTAGAATGTTGTGTGATGGGGGCAGTATCCTCCCCACAGTGCATATGGACAGGACTGGGCTGGGGTCAAAATGAGGACCAAAATAATGGTCATAGAACACTTTTTGTTGTCAAAAAAACAActctttaaatgttgatattgtgTGTGCTTTCCTTTTTGTTTTGTTGCTATGTTATGTCTAAGTCAATGTGCATGAACACTACATAGGTTTTTAAGGATTGGCACAGGTCCTATAAAATGCATTGAGGACTCGATGTGAAGTATTAGGACAGACCCTAAATGCCCTGTAGACTGAAGGATGAGTTGTGACGGATTGGGACTGACCCTAACTGTCCTGTGCACTGCCAGTGTTGATACTGACTCCTCCTTTAGTCTAGTTTTTTATGGGAAGTTTTGATAGTTTACACAGGGTGTTGTCAGTTGAGATGCCTTAAGTATTTAACAATCATTATTTATTACTAACTGTAGATATCGTGTGTACGTATTTAATTTTATATAGTTTTTTTCTGCAAttgaatcatttatttatttagatataacacaattgttttaaaaaattgAACGATTACCTCTTTTTTGCATTTTTGCATTGTTTTAATTCAATGGGAATGCTTCGCATGCAGTTGTATTTTTCCTGAAGAAACTAAACTAAAAAGACCTGCTGTTTGATCTCTCTCCCCGAGCCGGCTGTGTTATGTTTACTGTCCCGGGCTGAGCTGTCGAGCCTGCTCTTCTCATGTGGTGCTGTGGATAGTGGTGCTGTGGATATCTTGGTTACATTCCATTCAATGCAATTTTCTCTGATCCCTATGCTGTGATGTAGTGGACAAACTGCAATGGAGTGAAATGTTTTTAAGTTTGTAATTTGTCTTGTTTTGCACTCATAGTTTTAACATGGGAACCCTCTCACTGGCATAAAGCAGTTACGATCGTAgatgtattgttattattactgtATACGTTGTCATTTCCAGTTCTCtgcctctcatccctctctcctttctttaaaaaaaaaaaagcatgttcCTTTTCTGTGTTGGGAtatttctccttccctcttttcCAAATATCTTGTAGTTTTGAGCCCAACAAGTGCCTCGCTTCTAGTGTTGAGATATTTCCTTATGATTGTAGCTACTATTTTTGCCACACAAACTCCTACGCTCAGTTACTCGAAAGCCATCATGCCTGAACTAGGTACATATTTATCTGGAGGTCTTACTCCTGCATTACACGGGCACCATGAACTGTAGGCTATGTTCAAATGCTGTATAATATTGTTGTTCCTTTCTtattccctcctctctcacttctctcattgTCACCACTGACCAACCTGCAAGGTGAAGGAAATATGACGTTAGCCCCCATAAGTGGAGTGTGGGAACTTTAAGGTGGTGTGGTCAGCGTCGTATTGCTTTCACTAACCAAATAGATCTGTGGATACCTTTATGAGAATAAAGAAAGCAGCATTTTAGGAGTACTCGGAAATTGACATTTTTCTCCATCATTTTTAGTTTAACCTTGACCTAATCTAATAATACCTTTGAAATATTTTACTTTATCCATTATACAAATGAAGGAAATATTTGACAAATCTTTGTGAAAATGTTTCACTGTGTTCATCTGCGCTACACTAATTATTCTTATTATTCcctcttttcctttcctttattattttgtcTTACTGTCCATCCTTCCCTCCACTCAGAACCCATCCAATGTTTCCTATCACAATCCTCTATGTAAAACAAGAACAGACAGAGGATCTCTTAAAGCACAACCTTACTAAAAATGCATGTTTTTCTCAGGTTTGAATATATTCTTAATGGTATGTAAGTATATGGTGAAAATATTTGTAGATATACAAAGAATATTACAGAATTAATTTTGCTGCTGCTTGCATCTGAAAAACTGAAGGAAAGAGAAAATATCTCAACGTGCCAGTGATAGGGCTGCCGCCATCTTTGTATAAGGTCTGCTGTTTAGCCGTGACTGCGCAATGTTTTTCAATATAGGAGATTTTATCGGAGAATATAACTATTTATCATTAATATTAAAGCAATAGCTCATTAATGATGAGTGTGTTGATGAACTGGATGAGCATATTGTGTAAATGTTAGATTCACATTTGGTGGAATTTTGTACTTtatttattactactactaataatgaTTTTAAAAGTTGCATCGCTAAACCCAAActgttctgtttttttatttacattttatttcaaggCTGGTATATTATCCTTTTTTGTATGTGCTCTTTTTGTAATAAATTGGATAAAATGGAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU424317 lncRNA downstream 1580 17069630 ~ 17070015 (-) True G373216
TU424314 lncRNA downstream 7927 17063409 ~ 17063668 (-) True G373213
TU424313 lncRNA downstream 8937 17062359 ~ 17062658 (-) True G373212
TU424310 lncRNA downstream 15053 17056313 ~ 17056542 (-) True G373209
TU424309 lncRNA downstream 16433 17054883 ~ 17055162 (-) True G373208
TU424287 lncRNA upstream 2772 17086536 ~ 17089950 (-) True LOC110523346
TU424329 lncRNA upstream 31142 17114906 ~ 17115133 (-) True G373225
TU424330 lncRNA upstream 31558 17115322 ~ 17115536 (-) True G373226
TU424351 lncRNA upstream 67888 17151652 ~ 17151923 (-) True G373240
TU424340 lncRNA upstream 77874 17161638 ~ 17163184 (-) True LOC110523351
XM_021601960.2 mRNA downstream 88092 16980916 ~ 16983503 (-) True LOC110523343
XR_005051969.1 mRNA downstream 89260 16982257 ~ 16982335 (-) True LOC118964776
XM_021601955.2 mRNA downstream 129236 16909582 ~ 16942359 (-) False LOC110523341
XM_021601956.2 mRNA downstream 129236 16909582 ~ 16942359 (-) False LOC110523341
XM_021601957.2 mRNA downstream 129236 16909582 ~ 16942359 (-) False LOC110523341
XM_036976958.1 mRNA upstream 8507 17092271 ~ 17108827 (-) False LOC110523345
XM_036976960.1 mRNA upstream 8507 17092271 ~ 17108834 (-) False LOC110523345
XM_021601964.2 mRNA upstream 8507 17092271 ~ 17109143 (-) False LOC110523345
XM_036976959.1 mRNA upstream 15129 17098893 ~ 17108849 (-) True LOC110523345
XM_021601971.2 mRNA upstream 33604 17117368 ~ 17119565 (-) False haus1
TU424074 other downstream 129404 16934235 ~ 16942191 (-) True LOC110523341
TU422973 other downstream 1090380 15978502 ~ 15981215 (-) True G372123
TU422972 other downstream 1095479 15975606 ~ 15976116 (-) True G372122
TU422760 other downstream 1373266 15696092 ~ 15698329 (-) True LOC110523302
TU421988 other downstream 1946806 15123475 ~ 15124789 (-) True G371294
TU424339 other upstream 40273 17124037 ~ 17125807 (-) True G373228
TU424730 other upstream 405262 17489026 ~ 17521487 (-) True LOC110523354
TU425424 other upstream 919056 18002820 ~ 18003170 (-) True G374189
TU426081 other upstream 1474376 18558140 ~ 18559167 (-) False G374786
TU426079 other upstream 1474475 18558239 ~ 18559167 (-) True G374786

Expression Profile