RNA id: TCONS_00039168


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00039168
length 438
lncRNA type inter_gene
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_018896
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 22225366 ~ 22225898 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCAGTTTGAGGCATGAAAGAGCAGAAGGAAACAAGAACTCCTGTACTTCATCTAAAGTGACCCTCAGATCAGCCCGGCTTCCCTCCCCCACAGCCAATGCCCAAATCCCGCCCTGCTAAGCTGGATCAGAAAACTCTACCACCGCTAACCAGCTACAACATTACCCAGCATCCCACAGCAACAGATCAGCTTTTGAACGTGTGGACATACATCTCCATTGGGGACAGAGAGACGGACCAAGatagaggaagaagaagaaaaaaggagaGCAGAACAAACACTTGAGTCACTGTGAGGTGAGCGAGGCTTAGCCGTCCAGCACATCATGCTCTTTTAAGGCTTTAGGGAAAGCTACTTACTCCTGGTTGTTTTCTGCTCTGCTGTGTTGGGTTGTGTTGGGATGTACCAGGCCTCATGAGGAACCATTTATGCCTTTCT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00039401 lncRNA upstream 122193 22098376 ~ 22103173 (+) True XLOC_018893
TCONS_00037536 lncRNA upstream 470936 21750635 ~ 21754430 (+) True XLOC_018883
TCONS_00037535 lncRNA upstream 480574 21743699 ~ 21744792 (+) False XLOC_018883
TCONS_00039400 lncRNA upstream 573215 21649760 ~ 21652151 (+) True XLOC_018864
TCONS_00037504 lncRNA upstream 877986 21339320 ~ 21347380 (+) False XLOC_018859
TCONS_00037560 lncRNA downstream 143971 22369869 ~ 22372212 (+) False XLOC_018899
TCONS_00037561 lncRNA downstream 143987 22369885 ~ 22371627 (+) True XLOC_018899
TCONS_00037568 lncRNA downstream 409506 22635404 ~ 22637409 (+) False XLOC_018904
TCONS_00039402 lncRNA downstream 494316 22720214 ~ 22733107 (+) True XLOC_018906
TCONS_00037574 lncRNA downstream 551182 22777080 ~ 22783232 (+) True XLOC_018907
TCONS_00037554 mRNA upstream 10632 22158744 ~ 22214734 (+) True XLOC_018895
TCONS_00037552 mRNA upstream 82394 22124736 ~ 22142972 (+) False XLOC_018894
TCONS_00037553 mRNA upstream 82399 22124749 ~ 22142967 (+) True XLOC_018894
TCONS_00037549 mRNA upstream 142856 21906671 ~ 22082510 (+) True XLOC_018890
TCONS_00037547 mRNA upstream 406045 21817975 ~ 21819321 (+) False XLOC_018889
TCONS_00037555 mRNA downstream 12066 22237964 ~ 22309466 (+) False XLOC_018897
TCONS_00037556 mRNA downstream 12812 22238710 ~ 22309466 (+) True XLOC_018897
TCONS_00037557 mRNA downstream 104107 22330005 ~ 22336218 (+) False XLOC_018898
TCONS_00037558 mRNA downstream 104107 22330005 ~ 22346723 (+) False XLOC_018898
TCONS_00037559 mRNA downstream 104196 22330094 ~ 22346554 (+) True XLOC_018898
TCONS_00037551 other upstream 189189 22036061 ~ 22036177 (+) True XLOC_018892
TCONS_00037550 other upstream 305157 21920077 ~ 21920209 (+) True XLOC_018891
TCONS_00037548 other upstream 315572 21894067 ~ 21909794 (+) False XLOC_018890
TCONS_00037537 other upstream 463270 21761978 ~ 21762096 (+) True XLOC_018884
TCONS_00037531 other upstream 488039 21736733 ~ 21737327 (+) True XLOC_018880
TCONS_00037569 other downstream 409516 22635414 ~ 22637409 (+) False XLOC_018904
TCONS_00037570 other downstream 410989 22636887 ~ 22662564 (+) True XLOC_018904
TCONS_00037591 other downstream 1458822 23684720 ~ 23684836 (+) True XLOC_018919
TCONS_00037595 other downstream 2010253 24236151 ~ 24236272 (+) True XLOC_018921
TCONS_00037602 other downstream 2321626 24547524 ~ 24547600 (+) True XLOC_018926

Expression Profile

//