RNA id: TCONS_00039588


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00039588
length 9811
lncRNA type inter_gene
GC content 0.33
exon number 1
gene id XLOC_019430
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007132.7
NCBI id CM002905.2
chromosome length 45934066
location 12581514 ~ 12761681 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCAGCGCATGCGCAGCGCATCACTGTGCATAAAATGCTGCGCATGACCTTTTTGGCCCCTTTTGCCTCCCGTAGCCGCGATTGCGCAACCCGGAAGAGAGACGCAACAGAAACGCAACGAgacgaacaaacacaaacacaaacggaCACACAGGTAAGACAAATGTATGCGGTGTGATTTATGGCGTGTCAGAATATGCAAGGATTAATGGAATATataatgtgtttgtgcgtgtatgtgtttttattacaGCGCAATCTCCCGTGTGCACCCGGTAGATCGGCTGGTGGAGTGAAGGtaagttatgtgtgtgtgcgtgaatatgTGGGTGTACAGCTCTGCCGCAGGCCAGTGACAAACTCCTTTGtcacacacttgaagtcagaattattagccctcctgaatatttgcaacccttttcctcccaatttctgtttcatggaaagaagtttttttttttaacttatttctgaacataatagttttaatatctcatttctaattactgatttcttttattgatgacagcacataatattttactagatatttttcaaaatacaagcattcagattaaagtgcaattcaaaggcttaattagggtaattaggcaagtcattgtataacagtagtttcttctacagacaatcaaaaatatttattgcttaagggggctaataatattgaccttaaattggtttcaaaatatttaaacgtgcttttattctagctaaaataaaacaaacaagcctagaagaaaaaatattaaaggaaatactgttaaaattccttgttctgttaaacataatttgggaaataattataaaaaaaataaaaaactctcaggagcgctaataatattgactttaactgataatcgttttgaattatcgtgattacaattatgaccaaaataatcatgattatgatttttcccaaaatcaagcagccctactattaaatatgtatttttaagtaccaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatcaaaacacatgcttaaaattccaacataatagtaaaaataataaaaataaataactttaaataattatttaaattttgctcactcacgcaatgtgcttgtcaacgtgtcgtaaaggcaaattcaaaacaaaattggcagagaaacgtaaatgcagtgattcttcagaggcgaagaaaaagattagacagtatgacaaagactacctaaattttggttttattgaaggccaaaacaagttaaaactgattaatttatattttctatacataacacaaacacacacattcagtgtatatatatataagaaaagaaaaaaaaggttgggaaccactgtcctaagacattaatattaggttagatttaggacatgatgtcaggtaaccaaaattcaatgtctagccagcgtctaaggacaatgttatttcgACGTTCGACAACGatgtcaaattatgttgatatttggttgattttaggttgtgttggaaagtgatcaaaatccaatgtctgatagatgtcatagtggtaacatccacaaaACGTctaggtgtaacatgattagtcgttgatatttggttgattttaggttgattttaggttgaacattgatgtcagcctgacTTAGGAttttgatgtcaacctgattttcatttccaaacaaaatccaatgtcacTGTGATGTAGGGGTATGTTGTGGTACAACGTCAATGTAACGTTGTTGGCGTCCTGTACCTGAAGGGTGGAATCATACAGCcatgaataattattataaatgactTAATTACAAGCCTTCAGACAGCTTTCTAGTGCTGATTTTGGCATCATCCACAGAGAATTTTGAGATTTCTTCGAGATTAAACACGTGCAAATTTCAaattaaaggggaaaaaaaagaccACACAAATTTGTACACATTTAATCTTGAGAACTTCCCAAAATTGTCAGGAAAATACAAAGCTTGCCAAATATTGATTCACATGTGAATGTTTCAatggctttttttgtttttgccccAAAACACTTGACCCTATAAAGACAACCCTACTCAGGCAGACTATTGTTTTCTTCAGAAAGTGTCCCTAATAATTAAGtcattttgttgaataaaagcatggttatattatttaataaaattacttaATTGTTAGGAACACTCTAAAGAAAACAATAGTGATTAAGAATGAATTGCTAGACAGCCAGTTTTGCCATCCTCCCTATGGGACTCTTGATGTCTTCAAGATTAAACACATGTGCAAAACCTGAAATCTAAAAAGATCAAACAAGTTTGTACATGTTTAATCCTGATGACTTCCTAGAATCCTCACAGGATGGCCAGAACACGGTGGGTTTTTAGGTTCAAAAGGAACTGAGATAAACCTCACTAAATGGTCTGATGGTTGTCCAAAAATACCTCAGACCATAAAAGCAACTCTACTGAGGCGGTCCTTTGTTACCTTCGTCAGAAAGAAGCTCAAGTAATTAATAGTCATTTTATTGAACCATACACCCATGCTCGATGattataaatgatttaattacGAGACAATTGAGGCAGTTTTCTCAGGCCTATTTGGTATTCCCCCAGAGGATTCTGGGAAGTCTTAAAGATTGAACACATGTAAGAACTTGTGCAGTCGCGTAGACGACGAAGCACGTCCTCGTGAACTTACTCAAGGTGAAAACTATTACTGAAGCCTGGCCAGCAATAAATTTCTATTGATTCTTCATACAAGCAACTTCTTCCCGATAAGCCCCAGAGCTGCAAAGATAatgattttcttttattttttttgattgtgcGAGTCCATTCTCAGAGCTTAAAACATCTGAGACGGACAAAGAAGTTTGCACACAATAGTTGGCCCAAGTGCTCGGGAAAGTGACACAGAGTTTGTGTGGTTATTTGCTCCCTGACATGGGATATAGGCTTTTAATAATTAACGAAGGGACAGGAATAGAGTAAAAGGAACAAAAACAATCATTGAGGAGGGAAACTGTTGCCAAGAAGCAAGGAAAAACACAGATAAACTGTTTTAAACATCTCATTATTTCAGCTAGGCTGTAACAGTTAACATTAACTTGCGAATATTCACAGTCTATATCTTGGAGAATTAGAGAATGGTCAATTACAAGGAGAACTTCGATTTCCCCCTGGAAATCACAGTACAttgttgtctttttttgtctGTAGAGAACAAAGATCATTCTTGGCACAACTCCTTTGTTGTGGTGTTTTAATTTTCTGAAGTCGACATGAAATCAAAACGAATGCTGTTTACTTTCTTAATATGCCTTCCTGGTCTCGTTGGTGCAGGTTGTTCCAAAGAAAGTGCTTTCGTAAAGGGttggttcaccccaaaatgaacaatttgttattattttctctatcttgtgttgtttttaaagcataGGATGTTTGTTCTTCCCCAAACATGAATGAAGATATTATGATTGAAATCTGAGAGATTTCTATCCATCCGTTGAGTCTATTCAACCAAAACTGGGATGCTTAAAATGTTGATAAAGAGATCAtcaatcaatttaaattaatCAAGTCTGATAAGATGTGATTGCTTTGTATGTGGTTTGGAATTCTGTTCACATATTAGCATTGATCAATGAACATAAACAAAAACCTATGCCTGCTCATACCATACACCTGCTTGAGATGCAAGAACAAGCCTCACTGGCTCACAGCTCAAATATGTGGTTGCGATTCAAGCATGAATCTCAGAAGCTAATTCTGattgtaaatatatacagttaaagtcagaattattaacccccgctttgaattttttcttttttaaatatttccctaatgatgtttaacagagcaaggacattttcacagtatgtctgataatattttttcttctggagaaagtcttatttgttttattttggctagaataaaagcagttttttaatttcttaaaagctatattaaggtcaaaattattagcccctttaagctatatttttttcgatagtctacagaacaaaccatcattatacaattatttgcctaattaccctaacttgcctagttaacctagttaagactttaaatgtcccTGTAAGCTATAtaaaagtgtcttggaaaatatcttgtcaaatcttatgtactgtcatcatggcaaagattaaataaatcagttattagaaatgagttattaaaaatattatgcttagaaatgtaaaaaaaaaatctctcagttaaacaaaaattgtgtaCAAAATaagcagggggctaataattctgacttcaactgtagatggtTACCAACCAAGGTGTCACTTGTGCCACCAAATGTGCTGCCACCATGGCAGCTGCAAAGTACACGTGCAAGTGTTGGCCACTGggtttttacaaacatattttcacaaaaacacaacatctttgtttttgaaatatACTAAAGATTTGACATTTTATACTGCAATTAATTTTCACAGAAGCtaataatttttaatgaacatttcttctataacaaaaaaataaattattaaacaaaaaaattattacgtGTACTACTAGTCATTTAAtctcataattaataataaaatgtgaatGAAAAAAATCGTTATGTCGTGATATCagttaaaataaccaaaataaatacactcacatattatattattttcaattCATGTCCATGGCATTTTTATGTTCttgatgtttatttatgtatttatttatttattcattttttttttgtgaaattaacCCTCACTTCAAGGTTTCTaatgatttataaaataattattatgttatttttcattatttgattTCCATTACGAAACAAAATGTCATGATTTGAGTCAGTTCACAtcttgttatttttgtttgtttttttgcacccCTTGGCATCAGTTTCATAAACAGCTGTTAcatcaaaattaattaaaaaaatgaatgaatgaatgaatgaatgaataaataaataaatg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Function

GO:

id name namespace
GO:0070279 vitamin B6 binding molecular_function
GO:0030170 pyridoxal phosphate binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
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ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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Expression Profile

//