RNA id: TCONS_00044658


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044658
length 238
lncRNA type inter_gene
GC content 0.45
exon number 1
gene id XLOC_021495
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 9865701 ~ 9865938 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATATaaatcgccacagtggaatgaatcatcaacatatccagcatgtttttatgcagaagacggccttccagctgcaaagtatcactgggaaacatctatacacttttacactacaaacaattcaGCCTACCCGCTTCACCCAAAGCGtacgtctttagactgtgggggaaaccagagcacttggaggaaacccacacgaacacgagagagcattcaaactccacacagaaatgtcaac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044782 lncRNA upstream 462084 9396668 ~ 9403617 (+) True XLOC_021490
TCONS_00044657 lncRNA upstream 1054047 8809359 ~ 8811654 (+) True XLOC_021479
TCONS_00044781 lncRNA upstream 1054124 8787995 ~ 8811577 (+) False XLOC_021479
TCONS_00042690 lncRNA upstream 1165708 8687571 ~ 8699993 (+) True XLOC_021478
TCONS_00044780 lncRNA upstream 2430385 7405267 ~ 7435316 (+) False XLOC_021472
TCONS_00044783 lncRNA downstream 72307 9938245 ~ 9952826 (+) False XLOC_021497
TCONS_00044785 lncRNA downstream 72336 9938274 ~ 9952826 (+) False XLOC_021497
TCONS_00044784 lncRNA downstream 72336 9938274 ~ 9952826 (+) True XLOC_021497
TCONS_00042721 lncRNA downstream 280676 10146614 ~ 10156528 (+) True XLOC_021498
TCONS_00042733 lncRNA downstream 948092 10814030 ~ 10814497 (+) True XLOC_021504
TCONS_00042712 mRNA upstream 298395 9560991 ~ 9567306 (+) False XLOC_021492
TCONS_00042714 mRNA upstream 298507 9561016 ~ 9567194 (+) False XLOC_021492
TCONS_00042711 mRNA upstream 298528 9560797 ~ 9567173 (+) False XLOC_021492
TCONS_00042713 mRNA upstream 298582 9561010 ~ 9567119 (+) False XLOC_021492
TCONS_00042715 mRNA upstream 299672 9561017 ~ 9566029 (+) True XLOC_021492
TCONS_00042718 mRNA downstream 1545 9867483 ~ 9889330 (+) True XLOC_021496
TCONS_00042719 mRNA downstream 280604 10146542 ~ 10165033 (+) False XLOC_021498
TCONS_00042722 mRNA downstream 481913 10347851 ~ 10351754 (+) False XLOC_021499
TCONS_00042725 mRNA downstream 486983 10352921 ~ 10355552 (+) True XLOC_021500
TCONS_00042726 mRNA downstream 530904 10396842 ~ 10453077 (+) False XLOC_021501
TCONS_00042717 other upstream 138269 9727410 ~ 9727432 (+) True XLOC_021494
TCONS_00042716 other upstream 247366 9618213 ~ 9618335 (+) True XLOC_021493
TCONS_00042706 other upstream 557140 9307574 ~ 9308561 (+) True XLOC_021488
TCONS_00042675 other upstream 3039899 6825688 ~ 6825802 (+) True XLOC_021466
TCONS_00042666 other upstream 3561427 6277175 ~ 6304274 (+) True XLOC_021459
TCONS_00042720 other downstream 280614 10146552 ~ 10158901 (+) False XLOC_021498
TCONS_00042723 other downstream 481939 10347877 ~ 10350429 (+) False XLOC_021499
TCONS_00042724 other downstream 484953 10350891 ~ 10351573 (+) True XLOC_021499
TCONS_00042731 other downstream 735386 10601324 ~ 10606546 (+) True XLOC_021503
TCONS_00042741 other downstream 2069646 11935584 ~ 11935700 (+) True XLOC_021508