RNA id: TCONS_00042731


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00042731
length 393
RNA type unprocessed_pseudogene
GC content 0.47
exon number 4
gene id XLOC_021503
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 10601324 ~ 10606546 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CGCTCTCTGGAGGTCCTGCTGGGCTCTGAATACGGTCCTGCAGCTGACATCTGGAttttatttttgctgcctttgtaataatttaatttgattaattccTTATTTGAGCCCAAAGCAGGGCCTAATTTCTCCTGAGAGGAAGACCTGGCTCACATCATTGAGCTCCTGGGAAAGATCCCAGTCTTCGTGGCTCAGTGTGGAAAATATTATTTCAACCGCAAGGGTGACCTGCGGCGAATCGCTGTTCTTCGTCCATGGGGACTGTATGAAGTGCTGGTGGAGAAATATCACTTTCTCCTCAGAGAGGCGTCACTTTTCTCTGATTTCCTGTTGCAGATGTTGAACTACCTGCCAGAGCAGAGAGCCACAGCAGCTCAGTGTTTAAACATCCCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000133177

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00042721 lncRNA upstream 444796 10146614 ~ 10156528 (+) True XLOC_021498
TCONS_00044783 lncRNA upstream 648498 9938245 ~ 9952826 (+) False XLOC_021497
TCONS_00044785 lncRNA upstream 648498 9938274 ~ 9952826 (+) False XLOC_021497
TCONS_00044784 lncRNA upstream 648498 9938274 ~ 9952826 (+) True XLOC_021497
TCONS_00044658 lncRNA upstream 735386 9865701 ~ 9865938 (+) True XLOC_021495
TCONS_00042733 lncRNA downstream 207484 10814030 ~ 10814497 (+) True XLOC_021504
TCONS_00044786 lncRNA downstream 617578 11224124 ~ 11224605 (+) True XLOC_021505
TCONS_00042736 lncRNA downstream 740890 11347436 ~ 11374684 (+) False XLOC_021506
TCONS_00042740 lncRNA downstream 1242202 11848748 ~ 11851894 (+) True XLOC_021507
TCONS_00044787 lncRNA downstream 1600885 12207431 ~ 12207959 (+) False XLOC_021513
TCONS_00042730 mRNA upstream 14067 10469955 ~ 10587257 (+) True XLOC_021502
TCONS_00042726 mRNA upstream 148247 10396842 ~ 10453077 (+) False XLOC_021501
TCONS_00042727 mRNA upstream 151875 10396889 ~ 10449449 (+) False XLOC_021501
TCONS_00042728 mRNA upstream 152319 10426219 ~ 10449005 (+) False XLOC_021501
TCONS_00042729 mRNA upstream 152636 10431776 ~ 10448688 (+) True XLOC_021501
TCONS_00042732 mRNA downstream 198642 10805188 ~ 10827419 (+) False XLOC_021504
TCONS_00042734 mRNA downstream 679116 11285662 ~ 11452312 (+) False XLOC_021506
TCONS_00042735 mRNA downstream 740767 11347313 ~ 11448747 (+) False XLOC_021506
TCONS_00042737 mRNA downstream 767622 11374168 ~ 11448740 (+) True XLOC_021506
TCONS_00042738 mRNA downstream 1062563 11669109 ~ 11861393 (+) False XLOC_021507
TCONS_00042724 other upstream 249751 10350891 ~ 10351573 (+) True XLOC_021499
TCONS_00042723 other upstream 250895 10347877 ~ 10350429 (+) False XLOC_021499
TCONS_00042720 other upstream 442423 10146552 ~ 10158901 (+) False XLOC_021498
TCONS_00042717 other upstream 873892 9727410 ~ 9727432 (+) True XLOC_021494
TCONS_00042716 other upstream 982989 9618213 ~ 9618335 (+) True XLOC_021493
TCONS_00042741 other downstream 1329038 11935584 ~ 11935700 (+) True XLOC_021508
TCONS_00042743 other downstream 1477011 12083557 ~ 12083671 (+) True XLOC_021510
TCONS_00042745 other downstream 1528293 12134839 ~ 12150667 (+) False XLOC_021511
TCONS_00042749 other downstream 1607421 12213967 ~ 12218375 (+) True XLOC_021513
TCONS_00042766 other downstream 2836062 13442608 ~ 13442722 (+) True XLOC_021525

Expression Profile

//