RNA id: TCONS_00042766


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00042766
length 115
RNA type rRNA
GC content 0.55
exon number 1
gene id XLOC_021525
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 13442608 ~ 13442722 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCTGGTACCTAGCTCTCTGCAGCTCACCCATGGTCACCCActtaagctaagcagggctgtgcctggttaGTTtgtggatgggagaccacatggaaaagctaggtagctgccggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000187698

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00042762 lncRNA upstream 522874 12916059 ~ 12919734 (+) False XLOC_021522
TCONS_00042759 lncRNA upstream 589444 12840100 ~ 12853164 (+) False XLOC_021521
TCONS_00044789 lncRNA upstream 612342 12673403 ~ 12830266 (+) False XLOC_021518
TCONS_00044790 lncRNA upstream 612342 12674050 ~ 12830266 (+) True XLOC_021518
TCONS_00044792 lncRNA upstream 742194 12698971 ~ 12700414 (+) True XLOC_021520
TCONS_00044793 lncRNA downstream 182191 13624913 ~ 13625531 (+) True XLOC_021528
TCONS_00044659 lncRNA downstream 213313 13656035 ~ 13656319 (+) True XLOC_021529
TCONS_00044794 lncRNA downstream 401835 13844557 ~ 13847704 (+) False XLOC_021532
TCONS_00044795 lncRNA downstream 402032 13844754 ~ 13850492 (+) True XLOC_021532
TCONS_00044796 lncRNA downstream 485617 13928339 ~ 13941278 (+) False XLOC_021533
TCONS_00042764 mRNA upstream 109745 13124085 ~ 13332863 (+) True XLOC_021523
TCONS_00042763 mRNA upstream 507737 12916062 ~ 12934871 (+) True XLOC_021522
TCONS_00042761 mRNA upstream 544793 12852655 ~ 12897815 (+) True XLOC_021521
TCONS_00042758 mRNA upstream 545032 12840080 ~ 12897576 (+) False XLOC_021521
TCONS_00042760 mRNA upstream 579053 12840176 ~ 12863555 (+) False XLOC_021521
TCONS_00042767 mRNA downstream 85331 13528053 ~ 13600004 (+) False XLOC_021526
TCONS_00042768 mRNA downstream 85828 13528550 ~ 13599156 (+) False XLOC_021526
TCONS_00042769 mRNA downstream 91163 13533885 ~ 13566943 (+) True XLOC_021526
TCONS_00042771 mRNA downstream 279104 13721826 ~ 13806495 (+) True XLOC_021530
TCONS_00042772 mRNA downstream 372256 13814978 ~ 13822642 (+) True XLOC_021531
TCONS_00042749 other upstream 1224233 12213967 ~ 12218375 (+) True XLOC_021513
TCONS_00042745 other upstream 1291941 12134839 ~ 12150667 (+) False XLOC_021511
TCONS_00042743 other upstream 1358937 12083557 ~ 12083671 (+) True XLOC_021510
TCONS_00042741 other upstream 1506908 11935584 ~ 11935700 (+) True XLOC_021508
TCONS_00042731 other upstream 2836062 10601324 ~ 10606546 (+) True XLOC_021503
TCONS_00042770 other downstream 161496 13604218 ~ 13604320 (+) True XLOC_021527
TCONS_00042779 other downstream 1025281 14468003 ~ 14470571 (+) True XLOC_021539
TCONS_00042786 other downstream 1910411 15353133 ~ 15353249 (+) True XLOC_021542
TCONS_00042789 other downstream 2307296 15750018 ~ 15751546 (+) True XLOC_021546
TCONS_00042790 other downstream 2913986 16356708 ~ 16357229 (+) True XLOC_021553