RNA id: TCONS_00044659


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044659
length 285
lncRNA type inter_gene
GC content 0.29
exon number 1
gene id XLOC_021529
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 13656035 ~ 13656319 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CtgcatgtaaaatgtaaaatatattgaaCTTAACATggcaattttaataaaatagcgCTAATAAAAAAGAAGATATAAAGAGTGGCAGTCACACATGTTCATCAagcatgtatttacattaaaaaacaatagaaaataatGCATTGGCAAGGAAAAACATGCTCTATGTGAATGGCTCCTTATCAACCAATAACTTTTGAAGAGAAAATTCAGAACCTGTTTATACAAATAACAAGATCAAATGATTAAAGTGTGGCTTGCTGgtttacacaaaaaaaatgcttt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044793 lncRNA upstream 30504 13624913 ~ 13625531 (+) True XLOC_021528
TCONS_00042762 lncRNA upstream 736301 12916059 ~ 12919734 (+) False XLOC_021522
TCONS_00042759 lncRNA upstream 802871 12840100 ~ 12853164 (+) False XLOC_021521
TCONS_00044790 lncRNA upstream 825769 12674050 ~ 12830266 (+) True XLOC_021518
TCONS_00044794 lncRNA downstream 188238 13844557 ~ 13847704 (+) False XLOC_021532
TCONS_00044795 lncRNA downstream 188435 13844754 ~ 13850492 (+) True XLOC_021532
TCONS_00044796 lncRNA downstream 272020 13928339 ~ 13941278 (+) False XLOC_021533
TCONS_00042774 lncRNA downstream 441189 14097508 ~ 14142235 (+) False XLOC_021534
TCONS_00044797 lncRNA downstream 577406 14233725 ~ 14235007 (+) True XLOC_021536
TCONS_00042767 mRNA upstream 56031 13528053 ~ 13600004 (+) False XLOC_021526
TCONS_00042768 mRNA upstream 56879 13528550 ~ 13599156 (+) False XLOC_021526
TCONS_00042769 mRNA upstream 89092 13533885 ~ 13566943 (+) True XLOC_021526
TCONS_00042765 mRNA upstream 139183 13375359 ~ 13516852 (+) True XLOC_021524
TCONS_00042764 mRNA upstream 323172 13124085 ~ 13332863 (+) True XLOC_021523
TCONS_00042771 mRNA downstream 65507 13721826 ~ 13806495 (+) True XLOC_021530
TCONS_00042772 mRNA downstream 158659 13814978 ~ 13822642 (+) True XLOC_021531
TCONS_00042773 mRNA downstream 272027 13928346 ~ 13932618 (+) True XLOC_021533
TCONS_00042775 mRNA downstream 441189 14097508 ~ 14180307 (+) True XLOC_021534
TCONS_00042776 mRNA downstream 561189 14217508 ~ 14230506 (+) True XLOC_021535
TCONS_00042770 other upstream 51715 13604218 ~ 13604320 (+) True XLOC_021527
TCONS_00042766 other upstream 213313 13442608 ~ 13442722 (+) True XLOC_021525
TCONS_00042749 other upstream 1437660 12213967 ~ 12218375 (+) True XLOC_021513
TCONS_00042745 other upstream 1505368 12134839 ~ 12150667 (+) False XLOC_021511
TCONS_00042743 other upstream 1572364 12083557 ~ 12083671 (+) True XLOC_021510
TCONS_00042779 other downstream 811684 14468003 ~ 14470571 (+) True XLOC_021539
TCONS_00042786 other downstream 1696814 15353133 ~ 15353249 (+) True XLOC_021542
TCONS_00042789 other downstream 2093699 15750018 ~ 15751546 (+) True XLOC_021546
TCONS_00042790 other downstream 2700389 16356708 ~ 16357229 (+) True XLOC_021553
TCONS_00042792 other downstream 2788642 16444961 ~ 16446040 (+) True XLOC_021556