RNA id: TCONS_00047232


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00047232
length 433
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_023600
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 34863040 ~ 34863601 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TATGCCATTCCTAATTAATTTCCAAAGTTGATCAAAAGgttatttcaacatttttcattCATTGGATGTGTTATGCGGTTTcacctttctttctctctctctctctctggctgcATGAATGAGTCTGTGGGCGTTTCTCCCTGTTGTGCATGGAGCATTGCTGTTGGAATGGGACAAGAACCAAATTAACAGACGGGAGAGTATAGCCCTCATACGAGCATGCCTGAtaagttggtgtgtgtgtgtttctttctgtTGCTTTTGTGTACTAGCTTGAATACTATGCCGTCTGTTTTATGTAACCAGCATGCGGCTTGAATGAACGACAGGGTTCCTTTTTTTCCTTGCCATTGTgcttaaaacaagactattttaatgtatttttagagTGTGCAAGTATACAGAGTTTACTTGACGTTTTATATAGAATATA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00047231 lncRNA downstream 793282 34057279 ~ 34069758 (-) True XLOC_023596
TCONS_00047230 lncRNA downstream 1023679 33834824 ~ 33839361 (-) True XLOC_023594
TCONS_00047229 lncRNA downstream 1023717 33834824 ~ 33839323 (-) False XLOC_023594
TCONS_00047228 lncRNA downstream 1192548 33549862 ~ 33670492 (-) True XLOC_023587
TCONS_00047227 lncRNA downstream 1472847 33354098 ~ 33390193 (-) True XLOC_023585
TCONS_00047233 lncRNA upstream 20300 34883901 ~ 34948697 (-) False XLOC_023601
TCONS_00046878 lncRNA upstream 45251 34908852 ~ 34949036 (-) True XLOC_023601
TCONS_00047234 lncRNA upstream 361883 35225484 ~ 35227688 (-) True XLOC_023602
TCONS_00046879 lncRNA upstream 570215 35433816 ~ 35445157 (-) True XLOC_023604
TCONS_00047235 lncRNA upstream 845966 35709567 ~ 35724376 (-) True XLOC_023608
TCONS_00046635 mRNA downstream 182084 34488316 ~ 34680956 (-) True XLOC_023599
TCONS_00046634 mRNA downstream 527775 34139146 ~ 34335265 (-) True XLOC_023598
TCONS_00046632 mRNA downstream 828109 33868109 ~ 34034931 (-) True XLOC_023595
TCONS_00046631 mRNA downstream 989589 33868109 ~ 33873451 (-) False XLOC_023595
TCONS_00046630 mRNA downstream 1061372 33781485 ~ 33801668 (-) True XLOC_023593
TCONS_00046636 mRNA upstream 369115 35232716 ~ 35269991 (-) False XLOC_023603
TCONS_00046638 mRNA upstream 369115 35232716 ~ 35282568 (-) False XLOC_023603
TCONS_00046637 mRNA upstream 369115 35232716 ~ 35282568 (-) True XLOC_023603
TCONS_00046639 mRNA upstream 658700 35522301 ~ 35534273 (-) True XLOC_023605
TCONS_00046640 mRNA upstream 673063 35536664 ~ 35561672 (-) True XLOC_023606
TCONS_00046633 other downstream 747526 34112756 ~ 34115514 (-) True XLOC_023597
TCONS_00046605 other downstream 2666628 32173138 ~ 32196412 (-) True XLOC_023573
TCONS_00046593 other downstream 3076463 31786463 ~ 31786577 (-) True XLOC_023567
TCONS_00046592 other downstream 3222613 31640312 ~ 31640427 (-) True XLOC_023564
TCONS_00046586 other downstream 3531127 31323355 ~ 31331913 (-) True XLOC_023560
TCONS_00046660 other upstream 1431710 36295311 ~ 36300996 (-) True XLOC_023621
TCONS_00046677 other upstream 2497588 37361189 ~ 37367348 (-) False XLOC_023644
TCONS_00046678 other upstream 2502830 37366431 ~ 37404466 (-) True XLOC_023644
TCONS_00046699 other upstream 3235295 38098896 ~ 38099675 (-) True XLOC_023660
TCONS_00046706 other upstream 3314360 38177961 ~ 38178027 (-) True XLOC_023665

Expression Profile

//