RNA id: TCONS_00050718


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050718
length 334
RNA type mRNA
GC content 0.59
exon number 2
gene id XLOC_025849
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 58833306 ~ 58835177 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACTTTCGGCGGCGGCACCAGACTGGATGTTGGCAGCGTCACTCCTCCTAAAGTGAGCGTCCTGCCGCCGTCCAGTGCAGAAATCTCCTTGAGCAAGAGGGCGACACTGGTTTGTGTGGCCAGCGAGGGCTTTCCGTCAGACTGGAAGCTGAGCTGGAAGGTGAAAGGCCAGATCAGGTTTCAGGAGAGCAGTGCTGGGCTGATGCAGGAGAATGCTCTGTACAGCTGGAGCCACAGCCTGACTCTCACTGAGGACCAGTGGATGACGGAGAGAGGCTCTGTGAGCTGTGAGGCCACACGCAGCGGCCAGCCTACAGTCAGTGCACAGCTGACCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000113223

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052833 lncRNA upstream 21473 58806215 ~ 58811833 (+) True XLOC_025848
TCONS_00052832 lncRNA upstream 118100 58712700 ~ 58715206 (+) False XLOC_025847
TCONS_00052831 lncRNA upstream 118100 58712700 ~ 58715206 (+) False XLOC_025847
TCONS_00052830 lncRNA upstream 118100 58712700 ~ 58715206 (+) True XLOC_025847
TCONS_00052829 lncRNA upstream 120936 58711054 ~ 58712370 (+) True XLOC_025846
TCONS_00052834 lncRNA downstream 284 58835461 ~ 58857483 (+) True XLOC_025850
TCONS_00050720 lncRNA downstream 126727 58961904 ~ 58967097 (+) False XLOC_025851
TCONS_00050719 lncRNA downstream 126727 58961904 ~ 58967097 (+) True XLOC_025851
TCONS_00052391 lncRNA downstream 189757 59024934 ~ 59027837 (+) True XLOC_025853
TCONS_00052392 lncRNA downstream 376983 59212160 ~ 59224196 (+) True XLOC_025856
TCONS_00050712 mRNA upstream 167982 58663942 ~ 58665324 (+) True XLOC_025840
TCONS_00050710 mRNA upstream 173963 58655375 ~ 58659343 (+) True XLOC_025838
TCONS_00050711 mRNA upstream 176312 58656312 ~ 58656994 (+) True XLOC_025839
TCONS_00050708 mRNA upstream 345458 58472305 ~ 58487848 (+) True XLOC_025833
TCONS_00050706 mRNA upstream 364471 58455428 ~ 58468835 (+) True XLOC_025831
TCONS_00050721 mRNA downstream 149286 58984463 ~ 58989816 (+) True XLOC_025852
TCONS_00050722 mRNA downstream 216326 59051503 ~ 59052994 (+) True XLOC_025854
TCONS_00050723 mRNA downstream 281959 59117136 ~ 59167824 (+) True XLOC_025855
TCONS_00050724 mRNA downstream 576779 59411956 ~ 60282238 (+) False XLOC_025857
TCONS_00050725 mRNA downstream 949455 59784632 ~ 59822428 (+) True XLOC_025858
TCONS_00050717 other upstream 122551 58702320 ~ 58710755 (+) True XLOC_025845
TCONS_00050699 other upstream 662892 58168523 ~ 58170414 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050692 other upstream 834747 57997990 ~ 57998559 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050688 other upstream 1003387 57825939 ~ 57829919 (+) True XLOC_025812
TCONS_00050682 other upstream 1193858 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808