RNA id: TU2009616


Basic Information

Item Value
RNA id TU2009616
length 3780
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id LOC110500755
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 56238529 ~ 56455028 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

CCACAGCTTATGATATTAAGTTGCgttcctccaaaacacaaccaaacaACAACAGACTGTGAAAGCTACTAGCATGGCATCATAGATCACAACATTTGGGAAAgactaagctttaactttctgTCCTGTGGATAAGACGGTGCATATCGCCTCATTCGTGGCAGAATATCATTGACAAATGGAGGAGTCAATACGATTGGCAATGTCCTAGCCATAGGAGTCCATGAAACACACAATGTCCTAGCCATAGGAGTCCAAGAAACACACAATGTACGATGAACTGATGTCCAAGTATGCTTATTTACGAGTGTGctcactttgtctctctcatAGACACCAACACAAGTGTACGTTGTACCTATACAtcgattcagaccctttgacctttAAAGCTCACTTGTCTCTCTACCTtactctgcctctctttctctgtctttggaTGGCCTGAGAGTTGAAGACTAAACCGCCCTTCCAGATGTAATTTTCTATCTAGAGCCAATCTGAATTGGTTGTCATTCTTTGCTTGAATTGCGTAATATGTGTACGTGGTTGTGCATACTGTATCACCCCCGGAAAATATTGATTCCTATTCAGATGAAAGTTACAAAGCTGATTATGGTTATCCTCTTGCCCACACAGACAAGCAGACACAATtcaacacacacagctaacaTGTCATGGTTACACTTTAGGTGAGTTAGTTATGGGAGGTGCTGGGTATGTAAGAGTGAACATgacagggtaggttgagctgAACCAGAACAGTGATGTGTTGAGGTTTTGCCGTGACATTTATTTTGTGTTAGCGTGTGTGCTAGATTGAACATGCACATGGTACATAACACTGACACGAACACACTATCTATCGTATATCTATCGTATAATAGTAAGCATAGACGTACACTCTTAAGTCCATGTCCACCTTCCCATAAATGGAGATGTCACTAATGGCGGAAGTAGATTTTCAcattgacacagacagacatctttTTGAGAATGTAAGAATCTGCTCAATGAAGTACAATCAAACACACCTGCTGATGTACAGTCAGAAAAAGGGGTGTGAAAATACAATGGTTTAACATTGTACCTTGCAAGTTAGTATGAACGAGAAACCAAAACGTAGGGAACACAAACTGGCATATGGATTCATCATTTTATCAGAGAGTAACTACAATACCACGTAGGAATAGCTTTCGGTAGTTATGTTTGCTTTAAATACACACGTGTAACTGTATAGTGAGAGTACGGGTTGAATTGAACAAGGGCACAACATGTAGGAGAATATCTGTTGTAGTTTGGACTGACACaaccatatgcacacacacacacacacacacataatatgaaGATATTGTGCCTCCTTACCCATCGCAAGTTGTGTTTTTCTGCCGGTACTGTAAGTAGGCACAAGGTCTTGCCGCCATAACTGAGAAAAATGAATATCAGATGCAATGAAAACCCTTGTatatgttagctaaccctttggTTCAAAACAACTGCTATTTGGCAGTCCACCAATCTGTAGTCTGTAAGTACTACTTGTCGTTCGAAGAAGCGCTCCTATGCTTATAAACTGTATACataaatatgtactttttactgcaTGTTTAAAGGGAATTTACTTCACTTAATGAGGAGAATTAAATGTCAAagaaaaatgtacaaaaaaaaatccTTAACCAGTGAACATGGAGGTCCATCTTGTTGCTTGCTTTGGTTTTACCTAACAGACATTAGCCATGTAGTACGATTAATAAGTATATCGATTTGAAGAGGAATAAATGTATGTTTAtttagcatatttatttcatgttCCATCATATTTTGTTGATTGTTGGTTTTGTTTTGTTCCTTTCAGACACATTTTCACAGCGTTCCCCAATTCCATTGAACAGTTAACCCTACAGTAAACCCTACAGTAAACCCTACAGTTAACCCTACAGTAAACCCTACAGTTAACCCTACAGTAAACCCTACAGTAAACCCTACAGTAAACCCTACAGTTAACCCTACAGTAAACCCTACAGTTAACCCTACAGTTAACCCTACAGTAAACCCTACAGTAAACCTTACAGTAAACCCTACAGTAAACCATACAGTGATAACAGAGATTCAGTTGAAGTAGTCCTACCCTATCCTGCGTCCTCACCTGGAAAAGTCTGACATACATAATACAGTGAGACGATTCACAACTTTCTACCGGCACGGCATTTACGTTTCATTTCTCCCTCTTTTTTTGTATTTGATATACAATAACAATCAGAATATTGGAAATAATCAACGTTATGCATTTTATTCTGGGTTTTTTTTCTCTTATATTTTCTGGTGCAACTTTGTATATTTAGAGTGcttctgtaaaaaaaacaaaaatgtaaaaaaacaaaacaaaaaaaaactgtagaGTGAATGCAAAATATGCAATTGTGCCTTTTTATACCGATTGGTATGATTCAATGTTGGTTTGGAATGGTACAAAACCAATTATGCTGACATGCTTTCTAAAAGTAGTGGGGATGATATTATAGTCCAATTTTAAATACCTCCTGAGGAACTTGTACGATCGAGGAACGATCCAGTTACTTTCTGTCTTCTCGGGATgtgaccagtcaaatgtttgtAAGCCTGTTGACACGGTGTGGTACAATGATGTGGAGTGGCTATTGGATGGGTCTCAACGTGGAATGTTCAAGGTATTAATATCCATTCCTAGCATAGTGTACTTTCATAACCAAATGACTACTTTTTGTACTGCTTAATACTAGTAATAATGATGACGTAATGGAAAAATGATTATCCTATTGCTACAGTGTTCTGCTGATGTACATATTCAGTGCGACAGCCTTGTGTGCATGAAACAACTCTCCTGGATTGAACACATTGAGTGTAGTAGAAGAAACGCTTGGAGACATTTGACAGTTCAGGACGCGAGGAAGCCGATTAATGCTAAATGCAGAGGTTGGAAAAGtgaggagtaaaaaaaaaaaaagaaatgttacAAAAAAAATGCTGCAAGGTCGAGATGCTGACAGAATGCACACCTCAGGACGTAAAGCAACCCCTAAAACACATTTACAACACATGCATTACAAACAAAAGCTCAACACATACACAATGTTTTACAAAGCATGATGCGTTACAACACTGGAAACAAGAAAGAAGTTGTATAGTGGGTTCTCGTTGTGTTATACTTTCAGTGAACATAAAGGAAATTGCATGTCTGTGTTTCTAGAAAGACTGAGAAATTTCTATATAGTGTTATAATAAGCTTTTTTGATTGTCAAAAAATGCAATTCTTTACTCAAACATTCAATAGGCTACTTGTGCTTACTTCTAAATGTACAATATTATCTGATAGAAAAGAAACAGGGACAATATCAAATGGGTCCTTCCTTGACCTGGTAATCCACAGATGACGGTCAAGTTTggtttttagaagaaaaaaatgtgTCATATTTTTGCTACCTGAGGTGTATGTTGAGTCGGATCTCTCTCCTATTCGTTGTTGAGCATTCACAGTCTGTGATGAGATTTGTGATATTAACCATAAACTATTTGTCCTGCGACTTGGATGTTGATATAGAAATTGAGTAAACAGTTTATCATTGTTTATTATGATTCACTATGCACGCAGCTTAGCtgaacatggcaaaatgtattgaACGCAAGTCAACTTCTATTTATgaaatattttacataatttaatTTGCTTTTGTACAGGTTTCTGTAAATAAATTGCTTGTAATTTTTGTCTCTGCAGAAATTAAAatataacatggt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2009733 lncRNA upstream 25382 56425323 ~ 56425777 (+) True G1755182
TU2009731 lncRNA upstream 30812 56420136 ~ 56420347 (+) True G1755180
TU2009718 lncRNA upstream 47204 56403748 ~ 56403955 (+) True G1755168
TU2009712 lncRNA upstream 56170 56394702 ~ 56394989 (+) True G1755163
TU2009706 lncRNA upstream 60378 56390527 ~ 56390781 (+) True G1755161
TU2009759 lncRNA downstream 10114 56465136 ~ 56465461 (+) True G1755204
TU2009769 lncRNA downstream 27265 56482287 ~ 56482487 (+) True G1755214
TU2009772 lncRNA downstream 30056 56485078 ~ 56485537 (+) True G1755217
TU2009774 lncRNA downstream 31364 56486386 ~ 56486954 (+) True G1755219
TU2009953 lncRNA downstream 58165 56513187 ~ 56513433 (+) True G1755378
XM_036958268.1 mRNA upstream 1008 56238529 ~ 56450151 (+) False LOC110500755
XM_036956497.1 mRNA upstream 856497 55592334 ~ 55594662 (+) True LOC118942793
XM_036956523.1 mRNA upstream 859059 55590450 ~ 55592100 (+) False LOC110500754
XM_036956521.1 mRNA upstream 893257 55516569 ~ 55557902 (+) False LOC118936467
XR_005038651.1 mRNA upstream 894504 55542858 ~ 55556655 (+) True LOC110500898
LOC118942812 mRNA downstream 663713 57118735 ~ 57121924 (+) True LOC118942812
LOC118942955 mRNA downstream 757053 57212075 ~ 57232205 (+) True LOC118942955
XM_036958270.1 mRNA downstream 1311058 57766080 ~ 57853814 (+) True LOC110500761
XM_021578291.2 mRNA downstream 1410950 57865972 ~ 57896896 (+) True zgc:194930
XM_021578297.2 mRNA downstream 1515286 57970308 ~ 57986158 (+) False per1b
TU2009701 other upstream 63537 56386407 ~ 56387622 (+) True G1755158
TU2007604 other upstream 860019 55590605 ~ 55591140 (+) True LOC110500754
TU2007277 other upstream 1439481 55008326 ~ 55011678 (+) False G1753100
TU2010154 other downstream 338709 56793731 ~ 56794574 (+) True G1755570
TU2011526 other downstream 1471458 57926480 ~ 57928244 (+) True G1756789
TU2012159 other downstream 1950262 58405284 ~ 58410079 (+) False rwdd
TU2012464 other downstream 2228115 58683137 ~ 58686523 (+) True G1757578
TU2013967 other downstream 3867193 60322215 ~ 60326620 (+) False G1758801

Expression Profile