RNA id: TCONS_00068820


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00068820
length 8591
lncRNA type antisense_over
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_033672
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 23748479 ~ 23757190 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCCTCATTACAGTaatatattgcattttttatcaaataaatgcagccttggagaGCAGATGAGACTTTTTTATAAGCATTAAGCAGACCTCAATGTTTTGATGGCCTATATAGTGCATGTACTGTATACTCCGTTGCAAATGCAAGATAGTCCTTGTTAACTGAACCACTTTGAGTCAGAAGTCAAGAGGCTGCGCTGAGGTTTGTTAAGATGCTTGTGTTCTGTAACAGTTAGGGGTTGGATTTGAGTTGGAGAAACAGATCCAGTCATAAAGGGAGCACAAACTTTTCACAGAGCAAAAGAATTGACTGCAAATGATATCTTGAAACAAGTCTCGAATCCCGGTGCAATTAATAAACAAGCTGCATATGGGAAACCTTGAGAAATGAAGCGAGATACAAGTCCTGACTGCACAGATGAATATTAATAGCCGCTCAGAATAAGCCACGGAGATGAACTCTGTTAAAAATGTCCTTTATTAAGAAACCGGTGAGCGCGAGCGTTAAATCCATTTATTCACAAGGCATTCACTCATGGTTCAGGTTAGAGGCTTGCAACCATAAATTTTCTTCACAAATACAGAGACAACGAAAACAGAGACCGAgacagaaagaatgaaagaacttACAAAAAAAACGACTCAAGCAAAAATCGCAAGGAGGAATATAACATACCAGATCAGCACAACCAACCActgataaatcataaaaaagaacAGATATACACAGAACCCGTCCATCACTACGACGACAACTGCTTACTAAAAAACAGCACCATATTTAATAGAACTTCGCAAACGTTACATGGATCTGTGAAACTTTCCCAGGCATGTCAGATACAAAAACATGCAAGAAAACAAGTAGAACTTAGAAAGCGGTTGAAAGAAAACGGGAGTTCAGTCCATCACACCTCTTGGTCCTGTGTCGAGCATCTCAGTGCAAGCGTACAAAAAGACAGACAGTTGAGGAGAGACTGGTATCATAAGATCTTTGACTTCAACCAGTGCTGTGCGGATTTTTGTGAAGCTCACGGCCAAACCAAAGGCAGTTGCAGATGAAGAGTCAACGATGAAGGTGTTCAGTTACAGATTAAAAGTTTCACTGACAACCATTCTGCCAGAGCTGATGGTGTACAAACACAACCAGGCATGTTTGATTCATTTTCCCCAATGTGTGCAAAAGTTTGTGGCAGAGCCCAAATACTTGATAGGGAAGTGAGATCTCAAATAGTCACTGCTACAAATCATTCAGGGTGACCCTTTAGAAAAGAAGAACAAAGTTTAAATCACTAAAAATAGATAATAATTTCATAATACCAAGAGAAAACTTGGTTTAAGATGCATTTTCAACAATCTGATAACAAGCGGATGGCACTACAAGTGTAAGCGGGGGCTAAAAGGTCTTTCCACTTTTGACCAATAAGAATCTGATTAATTTCATAGTTTTAGATGTTCATGTGGTTGAATGCATTCAAACAGCCACAAGAAAAAACACCTTGTGAATCaacatcccagcaagcatttgtttgtttttaaaagatgtttaataGACATCGAAACATAATCCATGTGTTTCAGTAGCACCAAAGTAAGAATACCATATTTGGATGTGCATTCTCACATGTCCCATAACAGCCAcgtcccagcaaacaattttgtgttaaaTAGACATCTTAACATAGACAGCTtagctaaaacaaagctaaacttgggctgtcagtgaaaatctaataaacgTGTAAGAATAGGTCCAAACTAGACTAGTTATCAAGTAAACAAAAATTACCGACTACACACAAAGTTCGTCTAATCTGACGACTTGTCTAGTTTTGGGCAATtcttaaatgtctattagattttcactgacagcacaagccttattttagccaagctgtctacatttagatgtgtattagacgtctattaagcACAAAATCGTTTGCTGGGATGTGGCTGTTATGGGATATGTTGTGAGAATACACTCAAACAAGGTGTTCTTACTTTGGTGCAACTGTAACTGGACTGATTATGGTTGAAATCATATTTATCATCAGCATTCTTTCACTTGTTTCACTTGCTTATTTTCCTGCTAGCTTGAACTGTGTAACACATTAGGAATAGAGTATAATATCCAGCATGGCAAAGTAAGAGAAAACAGTATCAACAGTGGTATAAAAGTCACAAGATGCACTAAACATAGGCTAATTTAAGGTGGATCAATGGAATATtagcacagctagtgtttttagccaatgatgaacttgCGGTGAAAGGTTTgggtgactattttcaatttcacaaggttccttttacagcatcaatgttgtaatataattcaaatataatcagataaacagacttaagcatccatttggttgttaaagtgtaaaGAGAGATGAAAGACCATTTAAACGCAGGCgccatcattagcagcaggctagcgtaAAAATCTATTGAAAATACTTGGGTAAAATTAATCTTCATAATTTAAAGACATGGCgcggaaaaaaaatattatttaatgcagtgcttcttgtctggtctaaGACCCACTATATATTGGATCCCAGCCAGGCAGCAAAGATTactgtttttaaagaaatcagatcttaaacgtagCAATTGTGTAAGGGATGACAATTCTGAAGAAGCCCTGGGGCTGTcagactgaaataaaagtctgtgtgcaaatACCACATTCGATCCAAAAGTTTTATGATAGGTTAATGCAaccatttagttaaataaaataattataaatgagtataaataaataagcataaacTGCCTTTAAAGTTTATATTGTGAGTGCTAACCAGATTATAAAAGCAAGAGTAAATGCTTCTTGAATTGTGAAAATGCATACAAGATAAAATCAGGGCCGTAATAACTACAGATTTTATCAAGTAGATGGACTCAACAGCCAAAAAACTTGTTGCAAACTTGGGGAAAAGTACCAAAAAATGGAAGGCATTGCTGTACAACCTTTCCAAACATCATGACCAGCTCCACATTCGTTCAACTGTAAAAACAATATACACAAAGAAACATTGGCTGATTTTGCGGTTTCTGAGTCCACTGTTGAAAAGTGCTACAAAGAAATAATGAGGTGGTTCCTGCTGCAGTGAAACTCGTGCAATAGATTTCAACAGAAATCACACTgacaaacatgaaaacaacacaACACGGCACTACACAAATTTGACCAGGTATTTAAAACGTGCGTTCAGAAAAAACCCTGCATTATGGGCCGTGAGGCAGGCATGAAGTGCAATTTCAAGAGGCCAGAGAAGAGAAACAAAAGAACCGGACATCAGGTCatccaaaaaaaaatgaattcaaacATTCTGCTTGGGGCTTCAATCTGATTGGATGGATAACACGGTaggcaaataaaaagaaaataaagcaaaaaataaaaataaccaacaAATCAGGAATGAAAATGGACTTTATTTATGGTATCAAtgcaaagcaaacaaaaaaatggaAGACAACCAAAGGATAAACACAATAATCCCACAATTTCTGCTTTTTATTTTCACTGAATAACTCCTTATGGTCTGCATAAATAACTTGCAAAACATTCTTCAGCATAAACTAATAGATTTTGCATTTTCCTTTTTTGGCATTTGATAATACATGGTTAAAATTACTGCATTGTTTCCCTGGGCTGATGCACAGGGTTGATGGGACTTGTAccacccacacacagacacacacccacccacacacagttgaagtcagaattattagcccctctgtttatttttcccctaatttctgtttaacagagaaatgttttttttcaactcatttctaagcataatagttttagtaactcatttctaataaccgatatattttatctttgccatgatgacagtaaacaatatttaatagatatttttcaagacacttctatacagcttaaagtgacatttaaaggcttaactaggttaattatggtaCCTAGGGAtggtaggttaattaggcaagttattgtataacagtggtttcttctgtagactatcgaaaaaatctttagcttaaaggggctaataattttgtccctaaaacggtgtttaaaaaaattaaaaactgcttttattctagccgaaataaaacgaataagactttttcgagaaaaaaacatattagcagatatactgtaaaaaattccttgccctGTAAAACATCaactgaaaaatattttaaaaagaagaaaaaaaaattaagggggctaataattctgacttcaaatgtaaatatatacatatatatacacacacacacacacatacatatatatatatatatatatatatatatatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagttctacATATACTGCATATATCTCTgtaaaaggaaagaaaagaaaagatgcTAATAAGAAAGCAGCAGACAAATAGCCCATCTAAAAAAGCCTTTAGCTCCAACATGAAGGCGAAAGGGGCCCTGAACACCAAGCCTCCCCACTAGAGGTCTGATACTCATGCTGACACATCAACTCTGAAAGGCTGAACCCAGTTTTCCCAGCCAGCTAATGAGCCGAGCCGAATAAAATCAGGCTAAGTTCTCCAGAAGTTCACTGGAGCTGGCAGCTCGTCAGTTTGGCCGAGTGCTAAAGTAAAGGATGAATGTAGAGCGGCGAGTCCAATACACTCAAGACATTTGCTTTGTGTGCACAACTGCCCCATAAACACCAAACAAAACACTCGGGTCACCATCTGTTTAAATGCCACACAGTAACCACAAGGGGGAGCTGTGGACGCAAGAACGTCtcctactgtaaataaaaaaattcaagtttgtttttttatacaccTCAACTCAGCAAAAGCATGTAAAACAAAAAGCCTTTGGTGTGAAAAAGCGATGCCAATAAAACAAGTCAACAAAAACCTACAGGTAATCCAAAAGCACTGACCAGAAACAGGAC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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068571 lncRNA upstream 183911 23563748 ~ 23564568 (+) True XLOC_033670
TCONS_00065867 lncRNA upstream 595294 23013946 ~ 23153185 (+) True XLOC_033665
TCONS_00065866 lncRNA upstream 757120 22986920 ~ 22991359 (+) True XLOC_033664
TCONS_00065857 lncRNA upstream 929482 22817272 ~ 22818997 (+) True XLOC_033661
TCONS_00065852 lncRNA upstream 944825 22801495 ~ 22803654 (+) True XLOC_033660
TCONS_00065885 lncRNA downstream 188871 23946061 ~ 23949757 (+) True XLOC_033675
TCONS_00065888 lncRNA downstream 261661 24018851 ~ 24021118 (+) True XLOC_033678
TCONS_00065897 lncRNA downstream 330063 24087253 ~ 24090237 (+) True XLOC_033681
TCONS_00065903 lncRNA downstream 439352 24196542 ~ 24200584 (+) True XLOC_033688
TCONS_00065905 lncRNA downstream 452881 24210071 ~ 24215155 (+) False XLOC_033690
TCONS_00065878 mRNA upstream 22680 23577723 ~ 23725799 (+) False XLOC_033671
TCONS_00065879 mRNA upstream 24334 23580082 ~ 23724145 (+) False XLOC_033671
TCONS_00065880 mRNA upstream 67665 23659148 ~ 23680814 (+) True XLOC_033671
TCONS_00065877 mRNA upstream 204837 23515983 ~ 23543642 (+) True XLOC_033669
TCONS_00065875 mRNA upstream 205447 23496004 ~ 23543032 (+) False XLOC_033669
TCONS_00065881 mRNA downstream 118079 23875269 ~ 23884894 (+) True XLOC_033673
TCONS_00065882 mRNA downstream 150502 23907692 ~ 23916118 (+) True XLOC_033674
TCONS_00065883 mRNA downstream 183743 23940933 ~ 23965561 (+) False XLOC_033675
TCONS_00065884 mRNA downstream 186407 23943597 ~ 23965561 (+) False XLOC_033675
TCONS_00065886 mRNA downstream 240328 23997518 ~ 24002244 (+) True XLOC_033676
TCONS_00065870 other upstream 386234 23362162 ~ 23362245 (+) True XLOC_033668
TCONS_00065868 other upstream 463328 23285035 ~ 23285151 (+) True XLOC_033666
TCONS_00065856 other upstream 927663 22809948 ~ 22820816 (+) False XLOC_033661
TCONS_00065845 other upstream 947614 22796083 ~ 22800865 (+) False XLOC_033659
TCONS_00065804 other upstream 1995718 21721128 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065890 other downstream 276711 24033901 ~ 24040056 (+) True XLOC_033679
TCONS_00065893 other downstream 315191 24072381 ~ 24072484 (+) True XLOC_033682
TCONS_00065894 other downstream 317671 24074861 ~ 24074975 (+) True XLOC_033683
TCONS_00065895 other downstream 319521 24076711 ~ 24076821 (+) True XLOC_033684
TCONS_00065899 other downstream 357686 24114876 ~ 24117144 (+) False XLOC_033685

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU144207 True 4727 lncRNA 0.38 1 CI01000026 434304 ~ 439030 (-)