RNA id: TCONS_00072154


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072154
length 5791
lncRNA type read_through
GC content 0.33
exon number 2
gene id XLOC_035489
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 12766030 ~ 13063138 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO:

id name namespace
GO:1902850 microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis biological_process
GO:0007051 spindle organization biological_process
GO:0007052 mitotic spindle organization biological_process
GO:1903047 mitotic cell cycle process biological_process
GO:0005813 centrosome cellular_component
GO:0015630 microtubule cytoskeleton cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0004519 endonuclease activity molecular_function
GO:0033204 ribonuclease P RNA binding molecular_function
GO:0016893 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 5'-phosphomonoesters molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072153 lncRNA upstream 953866 11794658 ~ 11812164 (+) True XLOC_035485
TCONS_00069610 lncRNA upstream 1113653 11648661 ~ 11652377 (+) True XLOC_035483
TCONS_00072152 lncRNA upstream 1192558 11567232 ~ 11573472 (+) False XLOC_035482
TCONS_00072151 lncRNA upstream 1192558 11567232 ~ 11573472 (+) True XLOC_035482
TCONS_00069608 lncRNA upstream 1274537 11483080 ~ 11491493 (+) True XLOC_035481
TCONS_00072157 lncRNA downstream 118 13040694 ~ 13063138 (+) True XLOC_035489
TCONS_00069629 lncRNA downstream 52998 13093574 ~ 13097855 (+) True XLOC_035493
TCONS_00069631 lncRNA downstream 66447 13107023 ~ 13113529 (+) False XLOC_035494
TCONS_00069638 lncRNA downstream 357007 13397583 ~ 13399469 (+) True XLOC_035496
TCONS_00072158 lncRNA downstream 477946 13518522 ~ 13597892 (+) False XLOC_035498
TCONS_00069619 mRNA upstream 643802 12118097 ~ 12122228 (+) True XLOC_035488
TCONS_00069618 mRNA upstream 654569 12100345 ~ 12111461 (+) True XLOC_035487
TCONS_00069617 mRNA upstream 654754 11993151 ~ 12111276 (+) False XLOC_035487
TCONS_00069616 mRNA upstream 695484 11993151 ~ 12070546 (+) False XLOC_035487
TCONS_00069615 mRNA upstream 700112 11993150 ~ 12065918 (+) False XLOC_035487
TCONS_00069628 mRNA downstream 24174 13064750 ~ 13098192 (+) False XLOC_035493
TCONS_00069630 mRNA downstream 66184 13106760 ~ 13159587 (+) False XLOC_035494
TCONS_00069633 mRNA downstream 324374 13364950 ~ 13382351 (+) False XLOC_035495
TCONS_00069634 mRNA downstream 327574 13368150 ~ 13380341 (+) True XLOC_035495
TCONS_00069636 mRNA downstream 348539 13389115 ~ 13412499 (+) False XLOC_035496
TCONS_00069614 other upstream 905886 11860028 ~ 11860144 (+) True XLOC_035486
TCONS_00069612 other upstream 1050748 11687257 ~ 11715282 (+) False XLOC_035484
TCONS_00069600 other upstream 1921962 10843952 ~ 10844068 (+) True XLOC_035474
TCONS_00069587 other upstream 2872242 9893672 ~ 9893788 (+) True XLOC_035461
TCONS_00069578 other upstream 3654840 9111072 ~ 9111190 (+) True XLOC_035454
TCONS_00069632 other downstream 102589 13143165 ~ 13153578 (+) True XLOC_035494
TCONS_00069647 other downstream 848242 13888818 ~ 13944141 (+) False XLOC_035504
TCONS_00069654 other downstream 1129327 14169903 ~ 14170572 (+) True XLOC_035508
TCONS_00069656 other downstream 1375122 14415698 ~ 14415823 (+) True XLOC_035511
TCONS_00069660 other downstream 1765598 14806174 ~ 14806290 (+) True XLOC_035515

Expression Profile

//