RNA id: XM_039824202.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_039824202.1
length 5078
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 3
gene id mafk
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053126.1
NCBI id CM020923.1
chromosome length 38831509
location 17986567 ~ 17998047 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

TTCCATGGCAGCAGTCGAGCATGGAACAGTGCACTCGTAGTCAGGCTGGTCTGCAGGTCCTGAAATGGAGCCTTGGGTGGGTCTTCTGTGAGATTCTGGCCAGTTGTCTGCATGCAGGGAATGACGACTCATTTTAAGACGAGCAAAGCTTTAAAGGTCAAGAAGGAGGTGGGTGAGAATGCCCCGGCGGTCAGCGATGATGAGTTGGTGGCCATGTCCGTGCGGGAGCTCAACCAGCACCTGCGTGGGCTGACCAAGGATGATGTTGCGAAGTTGAAGCAGCGGCGACGGACCCTGAAAAACCGGGGCTACGCTGCCAGCTGCCGCATCAAACGTGTCACCCAGAAGGAGGAGCTGGAGAGACAAAAGACAGAGCTGCAGCATGAGGTAGACAAGCTAGCCCGCGAGAATGCTAGCATGAGGTTGGAGCTGGATGCCCTGCGAGCCAAGTATGAGGCCTTGCAATGTTTTGCCCGGTCTGTGACCCGCGGGCCCCTCTCTCCAGGCAAGGTGGCCACCACCAGCGTCATCACCATCGTCAAGTCCACCAACCGCAACAACTCCAGCCCGTCCCCGTTCTCAACTCTCTCCTAGTGTTGACAGGACTGGGCTCTCCTTCTGCCTGGTCCTTCCCGGTTCCAACCCAGCCTGAACCCACTAATCCTGTTCTGAAAGGACCCTCAGTAGAAAGACTGAGGGATGGAATACGATGGCAAGCTCTATGTGATGTTATGCTGCATTCACAACTCTGTCTCcctatttctgtctctcttacaCAATCTAAATTGTCTGTGCACTGTGCAACCCCCCCATCCTCCCAACCCCCCAGCACTGGCAGGGTACTGGGCCTCGGTGACCCTTCTTCCATGACTGTTAGCAGAGATTTGCTTTTTACTCCAGTGTAAAAAAGTATTTGACATGCCTTAACATGGCAGCATTGGCCTGGGACTGCTCTGATGCTATTGAGCATAAAACTTGAGATTTAAGTAGTACATATGTGACAGTAAAGCTATTTGCAAAGCCTATGCCAAATCCCACTTTCTGTACGTAGAAGTGTCTCAATGTAAATTGAGCCTTTGAAGCTTTTCCCTTCAAATGATCAATACAAGTTCTTATAGAATACTAACATGTAGTTTGACACAAAGACGAGGATGTGTTGTTCCAGCCTTGAGGTTAGGTGGACGCCCCATTAAAGCCAATTACCAGAGGTCTCCAACCAGTTGCCTTTAGGAGCAGCCAAACATATGTTTTCACTGATTAGTTAGTCTTCTCTTTTGGAAGGTTCTAAGCCTTGAAATCACCTGTTGTAGTGTTTGTTTGGAGTTTAAACTTGGCTACACATGGCTCTCTATGGCCCATTTGGAGAGCACTGCATTATATAGTTTGATAACTGACCAGTGTTCAGCTAAAGGCCTCTACTCGTGATGCGCTATTGTTCATATTTCTGTCTTGGTTATGCAGTTTTACTCGGTGGTCATACCAAATAGCTGTTTTAGTATGTAGGGAAAGTAATGCCAGAGAATAGCAGTCAGTACACTCCAGTAAAGGCTTCCATACTCCTGATGGTCTAATTTAAGAGTTTTGAaggtttaaaagtttaaaactCAATCATTAGGCCAGATTTTGTTTGCAAGTCTTTGCTAGACTATATCGACTCcacttttaaaatattattacAATATGGCTATTTGTGCCGTTTTTCGCCTACTGGCAACCACacaaagattaaaaataaaaaaaacatttcttacaTATACGTCAGGTAAATCAGCTTTTAAAGAATTTAATTTGCTGTAATTAGGGCTCATCCATGGAACGCTTGAAATGTGCTAGTAGTTTGAAGAGAAATTGTTGGTTTTGTCAGTGAGGCTGAAAAGTGTATAGTTAGCTCTGTTGTTTAAGGTGTTCGACAGGTGCTGCAATGTGACTGTTGGTATCTTAATGGCCCTTTGACTAGAAAAAGTATTCAtctaatattttaaaatgcaaaggAGGTGAATACTTGTTTTCCACAGATTGAAAATTATAATTTGGTTGAACAGGTAGATTTGGGAAGAGTAAAATGTAGAGTTGGAAAGTGATCTTTGGGCCAGATTTGTTTGGATTCAAAAGATCGGATATTGTCCAGAGTCTATCATTATATAGCACTTAAATACAACTTTTAAGATGCAGTATAAAAGAAAACTTACATGGGCAACTGATTCAAGAATTGGAGAAGATTACAGAGGGTATTCTTGCATTACTGATGTTATTTGGGCTTAATTACATGATGATTAAATGTGGTGTGACCACATACTGTAAGGTAAAGCCTAATGCAACTAAGGATGGTATGCTCTCTGATATGTATGCCACAGCACTTACTGGGTGATGTTTTGCCTCTTTACTTTAAACGGCACTCTTTCGTAAGTAATCCATATTGGATATAGTGATAATGAGAGTGGTCCTTACAAGTGAAATGCAATTCAACTTACTTCCTGTATATTACAGACTACCGAAATGATAAAGCTCCCACTGCCTCAGTTGTCACTTTACATTCAGAACTCCGTCCAAATATAAATCATTCCTACTGCTGGGTCATGAGAAgtgctgctgctggtgttggTAACTCTAAAACAGTAGCTATTAACTTTGCTTTTGACACACTCTTTTACAAGAGAACTCCTGACGCCCATCTCTAAAAACAGTGGTGTCATGACAACTAAATGCATTAAACACCTTGCACCTATTGTACTTTTTCAGatatttaaatatgaaattcACTTGAAATCAAGTTGCTCTTACCGAGGATCCATTCCTAATTTGGAGTGAAGTCAATAGAGATTGTTCATGTCAGGATTTTCTCTTGGCTAAGAGGACATGACCGTTTTCCCCCTGTTCCATAGCTGCAAAGAACAGTATGGGGAACTTTGCTGCTGTACAACCTGCTGTGATTTTTAAGCAGGGGCAATGCTGTGTTCTTATGTATTTTCACTTTGTTTCTATGTTGATACATCATATGTTCTCTTTCTGATACTTAGTTTTATATATACAccgtatataaatatatattaccTATTTTTCTATATTTATGTCTTACTATCCTGGAAGTGGTGTGATTATGTAATCATTCTTAATCAGTCAAATTATGTTAATGCCGACCTTTTTCTGATAGATGTATTCACATTTACAATGAGAAAACTATTCATTCATAACTTAAGTCTTCTTTGTTAGTATTTATACCCAATGAATAACTATTCTCAGCACATTTACTATTATTGGACCGACCATGACTAGGGTTACATACAGGCTGCAGCTAATTATCTGTAAGAGTCAAGAGTTAACAGTTTAAtacaataaatgacattttaacTGCAGGTTCTCACTGTTAGTAAAGAGCACATGCATCTTTCATTTTACTTGATTGACTTCAGAACTTGTAAATCTGTTATATTTTTAAACAACACcaatttaaatgtaattaaGTGAGAGGTTCGGAATCAAACtatgaaaaataaattcaaagGCAACAAATTCTACATAATTTCTGGATCATTTCGCTGGAAATGTATGCCAAATATTTACGTTAGCAAACTGATGCTCTCAAATATTTAAAACGTGTACATAATTCAACACAAGAGCACAGTGGTCTGATGTGattagttaaaaaataaaaataaaagcctaaCACTGACCAAATGTTAAATACTCGGTTGGGCCTTTCGGGCTCCATTAGTTTAAGAAGAAATGAGAATAttttattcaaaaaaaaaaaaagaaaacatgctcTTATTTTAAAGTATTTGCCAGAAAATAATTTCAAAGCTGCTAAAGACTGTCCACCCAGACCTCTTTATGTTTAAGGTCTGTTTTAAGCCTGAGTCAAGATTGAGTCAGAGGAATAATGATATATATGTTTACATAAGTCATTTTTCAGCAAGTTATTTTACAAGACAATACAGCTTGAGGAATTTTCTGACTAACATTACAGTGACCTCTTGTGGTAAAGTTTCAAAACGAAATGCTGTAAAATGAGGTATTGTTAAATTTGAGCACATTATTGTAATTGGTTTGGAGGTTCATGCTTCAAGGCAGCACACCTTTAAAATACTCTGAAAATGTTCAGATAATGTAAAAAGTATACACTTCCGTACCGGGCCATAATAAAAGACAAACCTCTCTCCAGGTGAATCAAATACTTTTGTTAAATCCAGTGACATGTTGCTCTTAGGCTAACGACAAGCAAATCTTTTCCAGAcataatcatttacattttctacAAGCCACTTTTTTTGCTAAAATAAAAGCAGACCTGCAAATAATTTTAGGGAGTTTTATACAGAAAAGTTGACAAGTTGAAGGCTGAAAAAAGGTATAAACATTACCTACCATGTTTCTTTCTTCCTACAGTTGAAGCGACTGCAGCTTGTTACAGTACCAAGGAGCTGTAATGGAACAGTTTAAGATATTAGtggttattttacatttttatatgaaCCATAACAATGCAAATGTATGTATGGAAATGAGGTTTCTTGTATATCTTGACTAGCTATTCaaggttttaatttaaaaaaaacatggatttGATTAAATAAGCTGCCACACACAAGCTTTGCCAGTCCTACAAGCTACAGTATTTAACTTTAGACATGTAGAAAGTCAAGTTTTAGTATTGTTTGTAGATTGAAGAGGTTTTGactaataaattaaaaaaaaaaaaaagctccatgATAGAAGGAATGGAGCATGTATACAGTATGGATGATAGGGTTGTGGGTGAAATACATTAAGTTTGTTCAACAGCAGCTGTTTCTATGTTAAGTTTGTAGAGATTAAAAGGAGTTCCTTGTTCTGGTCTCGTAACAAAATGTTGAGGCTAAACGAGCACAGTAATAAGGCAGCATAAACTGAGTATGTACCCATCACGACTTGTCATAAGTCCGcgcatatatattttatatttatttcattaaatggtttaattttattaaaaagcatctaaattattttttttattttacattcatttatgTACATGTTTTCTCAATGAACTACCCTCATGTACAAATAAAGTATATTTGTTTCTGCTCTCTTTTAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU211424 lncRNA upstream 43736 17944661 ~ 17948226 (+) True G155987
TU211353 lncRNA upstream 200560 17786722 ~ 17791402 (+) False axin1
TU211328 lncRNA upstream 223318 17696316 ~ 17768644 (+) True G155919
TU211455 lncRNA downstream 21952 18019999 ~ 18022045 (+) True G156016
TU211501 lncRNA downstream 181721 18179768 ~ 18180082 (+) True G156053
TU211595 lncRNA downstream 328283 18326330 ~ 18326696 (+) True G156113
TU211596 lncRNA downstream 334481 18332528 ~ 18332877 (+) True G156114
TU211585 lncRNA downstream 354364 18352411 ~ 18379788 (+) False LOC120575352
XM_039823946.1 mRNA upstream 140428 17848269 ~ 17851534 (+) True uncx
XM_039825128.1 mRNA upstream 200554 17764102 ~ 17791408 (+) False axin1
XM_039825386.1 mRNA downstream 86775 18084822 ~ 18161849 (+) False elfn1a
XM_039825387.1 mRNA downstream 88049 18086096 ~ 18161849 (+) True elfn1a
XM_039825385.1 mRNA downstream 88049 18086096 ~ 18161849 (+) False elfn1a
XM_039825388.1 mRNA downstream 88049 18086096 ~ 18161849 (+) False elfn1a
XM_039824099.1 mRNA downstream 266458 18264505 ~ 18268400 (+) True nudt1
TU211348 other upstream 250914 17736979 ~ 17741048 (+) False pla2g10
XR_005641811.1 other upstream 267733 17716739 ~ 17724229 (+) False rmi2
XR_005641831.1 other upstream 1225217 16757645 ~ 16766745 (+) False raver1
TU210542 other upstream 2100944 15887190 ~ 15891018 (+) True LOC120574525
TU210337 other upstream 2463544 15527941 ~ 15528418 (+) False rasd2
XR_005641818.1 other downstream 282743 18280790 ~ 18304091 (+) False ttyh3a
unassigned_transcript_856 other downstream 327282 18325329 ~ 18325400 (+) True trnac-gca_23
unassigned_transcript_857 other downstream 328927 18326974 ~ 18327045 (+) True trnac-gca_24
unassigned_transcript_858 other downstream 330446 18328493 ~ 18328564 (+) True trnac-gca_25
TU211575 other downstream 354364 18352411 ~ 18358524 (+) True LOC120575352

Expression Profile