RNA id: AMCG00003505


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00003505
length 5610
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 8
gene id AMCG00003505
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 6723530 ~ 6736370 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTTTCAGCCTATACACTCCTAGCTTGTAAGGCTGATAACGTTAGCTTAATGCGACTGTCTCGATCTGGGTCGGAAGCAATTAAAGAAACACAGCTTCACGTTTGTGGACATTGCGATTGTAATGAGAGCAGTGCCGAGTTTAAAAGCTCATTCACTGGCCAGCAGACCGGACACCCGTTTTTGCGTCTTGCACAGGACTGGTGATTTTCAGGAGAGGTAGTTAAAGAGTGTCTCTGTGAATATTTGAAGACATGAAGTGAGTCGCTCCAGCAGTAGGAGAGCCAGTGAAGCTGCGCAGATGTGTCCCCTGCAGACGGGCGTGTACTGCCGGCTCAGCCTGATCTTCGTCCTCTCTGCGTCCATGTTCTTCATAGACGTGTTTGTGGTTAAATGGGTTTGTACTGACCAGACTGGGAATGACACTTTCTCACATGAGACACCAGGAAAAAACGTGTCCCACCAGACGTCAGATGCAAACAGAACCGTGTGGAAAACCCTGGAAGAGAACAGCAACAGATCAGCATGTTTGGAATCCAAACTTCTTTCTTACGGGCAAATTATGTACATGACTGGCCTTCTGGTCGGTTCATTGTTTGCAGGAGCTCTAGCAGACAGatatGGAAAGAAAATCATCCTTGTTGGAACCTGTGTTGTTCAAGCACTCACAGCACTGATGTCTGCATTTACAACCAATGGCATTTTCCATCTTGCTGCTCGTCTTATTTGTGGAATAACGTGTTGTGGCATAAATATCAGCAGTTTTAGTTTGGGAGTTGAGTGGAGTTTACCCAAATACCGTATGTGGCCCCCGGCCTTGCTATCCTTTTCCTTCAGTATTGGGATGATGGGTCTGGCAGCCATTGCGTTCCTCACCTCAGACTGGCAGCAGTTTCACTTAGCCATTGCAGTTCCACAGATTCTGTGTCTCCCCATCTGTTTTCTGGCTTCAGCTCTAACTTACTTTGGGATATGTTTCAATGTGGGAAATTTTGGTGTGAATATATACCTTGCCCAGTTCTTCTCGGGGCTGTCAGAAGCCCCTACTCTGGCGGTTCCTTTCCTGCTGACGTGGTGTGGCCGCAGATCGTTCAGCATGGCGTTTCTGCTGATGAGCGGATCAGCCTGTTTGCTCTCCCTGCTGGTTTCAAAATTCTgtgACATGCCTGCACTAGTTCTGACACTGGCATTAATGGGGAAGCTATGCATGCAGACAacagtgtttgtgtcagtgctgtatgGAATAGAACTCTTCCCTACAGTCATAAGGCAAAAATGTGTAGGGTTTGTGAATTTGTGGTACCGGATAGGGTGCATATTGAACACCTTGCTGTCCCCGGCCGGTGGGATTTCTCTGGGTGCGATGATTTGCTACGGAAGTGGCCCGATTGTGGGAAGCGGCCTGTGTCTTCTACTGCCTGAGACGAGCGGCATCCCTCTTCCCGACACAGTGAAGGACTGTGAGAGGCAGTCACGTTTCTCCTTCTTCTGGGAAAGGCAGCCAGAAAAATACACAGACAAGGAAGTCCCATTCCTCAAAAATGATAAACCTCCAGAGCAAGATCAAGAGGCAACCGAAGAGGAGAAAGCAAGCTTTATGATGTCTGATCTATAGAAACTCTCAACCTAAGTTGAACTGAAGTTATACTGCTaagttgaaaaatgttttgacttgtttgtttgtcttaatCAGATAGCGAACgcacacatttttcacattcagtTGTTTATTGTGATGCATATAAATGTGAACCAGATTGTAATGACAGCTGCACTTTTAGCTTCccattttaatttctgctttGATCATGAATCAGAGGCCATGCCCTTTCTGTTGCGCTGTTGTGGTTGTCAGTATCTTATTGGTCTAAGAACCATATCTAGCTGTGACTTTGGGATGTTACTCCGTTAGAATCCACACCATGCTTTAAacatctgtttctttatttttaagaagcCAAAACCCCTTGATCACAACAGAATTCTTTCCATAAAGAATGAATCCTATCATTAGTTCTCAATCTGTACTTTCTACATAGATGGACTATTTCAGGttacatacacatatttaaaccTATAATAACCAGTTTAATATTAACTGGAACATATTCTTAACCCATTGAGTTTAAAAGGCATTTATACTTGGTAGGTGAATTGTTATACAAGTGATTTTTTCTGTCCACAAGAGGGCAGTATGGTCTATGATTTACGGGGAATATAATAGTGTGATAGTATACTTGAATCTTGTTCTATACAGATTATCTATTCAGGTTTTCCCCACAATTCAAATCTCTCCATTGTAGTTGCTGACTCATATGTGGAAAAATTTCCTCCACTAAAATACTGGGATAGATGGAATATTTCATTTGTGGCCAGGaattgttttttacttttttactttttgaatgTCTTTCATATAAATCCCTATTGAGAAATAACCTGAATGTTACTAAAGATCTATCATGTCTGCATTAGGTGTGCTCCTATAGTTATTGTTTCATGTAACTTAGTTTCCTCAATTACATTTCTTCACAAAAATCCCTCAGCGTAGGACAGCAGGTTATCTGATTTGCATTGTACACCCTTCCAGGGAAGAGGAAATGGTGCATTTTCAAGGCTAAGTTTGGAATTTTGTGtgatttagaaaaaacaaaaaaaccccaGAGAGGCAGTTATAAAGAACTGTTCTTCATTACATAGGAAGTTTTGTGCTACTAATAAATTGAGAAATTAATCATGATCAGCAAGTCTGAGTTCTTTATTAACTGATTTTGTTGAGAGATTACACTTAGTATTGTAGACGCATGTACTTCAAACATTTACatgatatcttcaaatcacaaTCTGCTAATCACTCAGCTGTGTACTCCGATTCATTACTGTTCTCAGCTGTCACCCAAGTGATTCATTCCCACTGTTATAACCTTTGCAGCacactgaaaaatatatgaatgatcATCTTACGAGtgaaatatgatttatatatgcTCACAGGTTGTGcatatacattcatataacacaaatatatttttaagttttaattgaaaCTAGGCCTCAATTATCCGGACACCTGGAAATTACCATGAAAGGACAGGTATGCATAGTAGATTTGttaatgtgaaaaacatttacattccacaaagaaaatgtatattttcattggTTTTGCAGCTATGTTTCCTTTACTTCtcgtttattgtttatttcgtATATGGAATATACATATCAATTTCCAATTAATCATACCAATCATGGATTTGTCCTGTTAAAGTTAAGATGATTCATCTATAAAGTTTGTCTCACTTacgtattatatttaaaaatatccagTTACCTGGTATATCTGCTATTTTCACATTCTTCAAAAAGTGTCTAAAAGAGATTTGACAGTTATAGccctaatttctttaaactCATTAGGATACATACCATCTGGCCAgtaaaataaaggcattttaattgcttctaGTCCCTCTATGACGTATGCTTAATTTGTGATAAGGTCACCCAAGATGGTGTGAAGACCTCCTGTAGCCATGAGCAAAATTAGACTTGGATGAATACACAAAAGAGCACCATCATACTCAAacaggaattaaaataataatacaaaagggGGATAATATAGATATTCTATAATTTTGCATTCTGGTAACAAACAGCTGCTGTAACTACAAGGTAAGGTTGCCCCACTCGATCAGTGCTAATCTTTATGTCAGTTGATGTCTTTTGACAGAAACCAAGGTTCAATCAAGTTGTTCAGACATTACCCAGAGTAGTACCAAATAGCTGTGTGGTTAATAATTTCCTTCTCAGCGGTCATTCACATTGCAGTTTGTATAATGCCAcgtgattttttaattttttttaatcacatcgCACTGTGGAACTGTGCATATACATCATCTAAATATTTAGTGCTGATTATTCctcaaatttaatttcataccATTTCACAGAAAACCCCCAAATCTTAAAAAGAATGCataatgtacaataacaaaatataatggaTTCCTTTATTtcaaatctttataaatgtattgcaaatcACCATTTACCATCACTGCAGAGTACAAGAAAAAACGTATATTAACTTCTTAAAatttgatataaaaatatatggatTATTACTTCATAGTCTTTACCTCATTATGTATTAATGGTGTTACATTAGAATACTAAGGCTAAGATTTAATCAAAACCTTAACCCCCCCACGCTAATCGAAAAATACAAGACCTCcactcataaatgtaaccaataTGATGTAGTCTGTAGTTTGCAATCAATGAGTGGATCAAATCTGGACTTGAAGTATATTTTAGCAAACATCTtcaaaaaaaatctttaacagATTATTCTGTGAAGAACACCCTGAAACCAAGTCATTAGTGAGTCAAAAAAAGTGACCTTATATTTTAGCTGATACAGAgctcaatattattattgtgcttcTGATGATAATTTgagttaaatattttttttccctcactatccACAATGCTCATAACATTTCCATTCAGgttaatgaatattaaaatcagtCTTCCAAGGGGCTGTTAGACAATATGTTGCCAACTCATATTtgtcagtagtagtagtacaagCAGTTGGTTGAATCCTTGAATTATAGTTTATAAGGAGATTCAGGTTTAAGTTGATATCTGCTTAAATGTTGGTTTGCCAGTGGATTTGGATGTCCTTGTTCCGATTATCTATATAAATACTGTCGTTATATTTTACTCCCTCTACAACATCAGTTTTAGAAGTAATGTGAAATGTCTATCAATATTTCCTGCCttatattaatttctttgttttgttgtataaaatatataaaaaaaagagatggCACAGCTATTTTTCCAACTTAATGTTTCAACTCGCACTAAGCACGAGTCTAGTTAAGCATGACACTGAACAGAAACTATGGCATATTGCACCTTGATATCTTACGTCACCTTAGCTATTCTTTTACTTGGGgagtatttaataaaatctc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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1177 lncRNA upstream 737136 5986038 ~ 5986394 (+) True G990
TU1170 lncRNA upstream 767710 5955604 ~ 5955820 (+) True G983
TU1140 lncRNA upstream 893785 5829459 ~ 5829745 (+) True G960
TU1088 lncRNA upstream 1165015 5557607 ~ 5558515 (+) True G908
TU1087 lncRNA upstream 1167224 5550745 ~ 5556306 (+) True G907
TU1358 lncRNA downstream 337034 7073404 ~ 7073609 (+) True G1146
TU1403 lncRNA downstream 628574 7364944 ~ 7365477 (+) True G1187
TU1436 lncRNA downstream 753075 7489445 ~ 7489881 (+) True G1218
TU1445 lncRNA downstream 761697 7498067 ~ 7498344 (+) False AMCG00003524
TU1466 lncRNA downstream 787491 7523861 ~ 7750465 (+) True G1241
AMCG00003501 mRNA upstream 76828 6620811 ~ 6646702 (+) True AMCG00003501
AMCG00003499 mRNA upstream 347231 6375259 ~ 6376299 (+) True AMCG00003499
AMCG00003500 mRNA upstream 456023 6266901 ~ 6267507 (+) True AMCG00003500
AMCG00003496 mRNA upstream 807938 5914471 ~ 5915592 (+) True AMCG00003496
AMCG00003497 mRNA upstream 897798 5824581 ~ 5825732 (+) True AMCG00003497
AMCG00003506 mRNA downstream 82246 6818616 ~ 6825710 (+) True AMCG00003506
AMCG00003507 mRNA downstream 91559 6827929 ~ 6870265 (+) True AMCG00003507
AMCG00003513 mRNA downstream 303441 7039811 ~ 7040909 (+) True AMCG00003513
AMCG00003516 mRNA downstream 308846 7045216 ~ 7047403 (+) True AMCG00003516
AMCG00003523 mRNA downstream 672175 7408545 ~ 7410129 (+) True AMCG00003523
TU1202 other upstream 228625 6487692 ~ 6494905 (+) True G1012
TU1569 other downstream 1912755 8649125 ~ 8652404 (+) True AMCG00003534
TU1763 other downstream 2519458 9255828 ~ 9263468 (+) True AMCG00003551
TU1883 other downstream 3041138 9777508 ~ 9780902 (+) True AMCG00003570
TU2334 other downstream 4753815 11490185 ~ 11491443 (+) False AMCG00003606
TU2385 other downstream 4837361 11573731 ~ 11577329 (+) True G1989

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00024016 False 1986 mRNA 0.41 10 NC_007128.7 30604819 ~ 30652738 (-)