RNA id: TCONS_00074888



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00074888
length 531
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_037028
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 16775987 ~ 16776615 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


cttaaatagattaaggctcattttggactacacttacattactttacaactgcttaatgcagtactgatgtatctagtagtttagtgggtttaactaatgtcacatctgtttttattcatttcagatgcagaaactTTTGACATATGAATTCATCTTGACTTAGGaactCTTCACAGCACTGCATCTGAACAGTCACAACCTCACAGAGCTGCACAACTGCCCCACTCAAAATCAGTGTTGAAGCTGGAACCTCATCTTGTGTACAGCAAAGGCAGAGCTGAAAATTCACTGTTTgtcttgtaaatgtaaaaaaatgatataaagggcctaaaatgggactgacgtgatcattgttttgatttctagataagtacttatggggctacacatgcagctgaagttagcttcattgagtaggacatttctttcagtatactcttaaagagattcacccaaaaaggaaaattctgtcattaatgactcatacttcacttgttccaaatatgtctgacttgctttcttcagttaaa

Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072880 lncRNA upstream 869080 15901526 ~ 15906907 (+) True XLOC_037023
TCONS_00075078 lncRNA upstream 882875 15892490 ~ 15893112 (+) False XLOC_037022
TCONS_00075077 lncRNA upstream 1204980 15567576 ~ 15571007 (+) True XLOC_037020
TCONS_00075076 lncRNA upstream 1245297 15517533 ~ 15530690 (+) True XLOC_037018
TCONS_00074887 lncRNA upstream 1246530 15527611 ~ 15529457 (+) True XLOC_037019
TCONS_00075079 lncRNA downstream 449629 17226244 ~ 17227294 (+) True XLOC_037030
TCONS_00072887 lncRNA downstream 532443 17309058 ~ 17311681 (+) False XLOC_037031
TCONS_00072890 lncRNA downstream 554887 17331502 ~ 17334523 (+) True XLOC_037031
TCONS_00074889 lncRNA downstream 560536 17337151 ~ 17343544 (+) True XLOC_037032
TCONS_00072895 lncRNA downstream 662160 17438775 ~ 17440160 (+) True XLOC_037036
TCONS_00072884 mRNA upstream 157380 16449398 ~ 16618607 (+) True XLOC_037027
TCONS_00072883 mRNA upstream 527889 16241656 ~ 16248098 (+) True XLOC_037026
TCONS_00072879 mRNA upstream 881486 15893241 ~ 15894501 (+) True XLOC_037022
TCONS_00072878 mRNA upstream 881680 15893093 ~ 15894307 (+) False XLOC_037022
TCONS_00072877 mRNA upstream 883321 15890558 ~ 15892666 (+) False XLOC_037022
TCONS_00072885 mRNA downstream 77506 16854121 ~ 16859169 (+) True XLOC_037029
TCONS_00072886 mRNA downstream 529547 17306162 ~ 17334658 (+) False XLOC_037031
TCONS_00072888 mRNA downstream 532580 17309195 ~ 17334656 (+) False XLOC_037031
TCONS_00072891 mRNA downstream 572130 17348745 ~ 17386456 (+) True XLOC_037033
TCONS_00072892 mRNA downstream 647326 17423941 ~ 17425867 (+) True XLOC_037034
TCONS_00072882 other upstream 790190 15982344 ~ 15985797 (+) True XLOC_037025
TCONS_00072881 other upstream 868167 15907033 ~ 15907820 (+) True XLOC_037024
TCONS_00072875 other upstream 1204980 15567364 ~ 15571007 (+) False XLOC_037020
TCONS_00072872 other upstream 2628834 14143073 ~ 14147153 (+) True XLOC_037015
TCONS_00072867 other upstream 2761657 14010874 ~ 14014330 (+) True XLOC_037012
TCONS_00072889 other downstream 540552 17317167 ~ 17327506 (+) False XLOC_037031
TCONS_00072896 other downstream 886335 17662950 ~ 17663065 (+) True XLOC_037038
TCONS_00072903 other downstream 1211851 17988466 ~ 17998476 (+) True XLOC_037040
TCONS_00072905 other downstream 1387014 18163629 ~ 18164027 (+) True XLOC_037042
TCONS_00072908 other downstream 1539788 18316403 ~ 18316520 (+) True XLOC_037044

Expression Profile


//