XLOC_016637 (zgc:153654)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_016637
gene name zgc:153654
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 36914408 ~ 36932253 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00032667
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>TCONS_00032668
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>TCONS_00032669
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Function

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070912-412 Predicted to enable actin binding activity and microtubule binding activity. Predicted to be involved in microtubule cytoskeleton organization; neuron projection development; and regulation of microtubule depolymerization. Predicted to act upstream of or within apoptotic process. Predicted to be part of microtubule associated complex. Predicted to be active in several cellular components, including dendrite; microtubule; and neuronal cell body. Orthologous to human MAP1S (microtubule associated protein 1S).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000060322 ENSDARG00000060326

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00032667 False 2161 mRNA 0.41 8 36914408 36918709
TCONS_00032668 False 7044 mRNA 0.39 2 36917613 36925561
TCONS_00032669 True 4421 mRNA 0.43 7 36920684 36932253

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_016636 si:dkey-193b15.5 coding downstream 127 36907136 ~ 36914281 (-)
XLOC_016635 NA coding downstream 9014 36886743 ~ 36905394 (-)
XLOC_016633 NA coding downstream 88115 36747178 ~ 36826293 (-)
XLOC_016634 slitrk3b coding downstream 94784 36815484 ~ 36819624 (-)
XLOC_016632 CT027583.1 coding downstream 174814 36715510 ~ 36739594 (-)
XLOC_016638 NA coding upstream 446 36932699 ~ 36933692 (-)
XLOC_016639 gng7 coding upstream 57771 36990024 ~ 37043905 (-)
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XLOC_016641 zgc:101744 coding upstream 157109 37089362 ~ 37103622 (-)
XLOC_016642 elavl1a coding upstream 191085 37123338 ~ 37134198 (-)
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XLOC_016555 NA non-coding downstream 835770 36076196 ~ 36078638 (-)
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XLOC_016646 NA non-coding upstream 239555 37171808 ~ 37172825 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000004_15068206_15086386 MAP1SB coding CI01000004 null 15067755 ~ 15086519 (-)