XLOC_022396


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022396
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 26961010 ~ 27015160 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00045020
AGTTTATCCTAAAATctttattttgactttaaaaagaCATGTTATGCATCATTAATACATGCGTAAGTGATAGTAAACAGAccattacttttcatttttatttgcattttattttttttccttccccAGAGCACAAAACACTTTTGCTCCGCATCatttcatttttcagatttttttttttcaaattttttactCCAGAACTCAGTGCTGGGTCAGTGTTATCACATTAGTACAGTAAAGATAAGGTAACTACTGGAATAGGGTTTTACACACTTACATAGTGCATTTATTGCATTGTAAACCTAAATAAAACCTCAAACACAAACCCAAAATAGTGCAATCATATTGATTTCCCTTTATTCTGTGATATAAGTTGTCGTCGTCTTCCTCCTTCCTTCCAGTGTTGCATACAGTACAGCAAATAGTGATAGAGAACAAcataaatatctaataaaataaaccatCGGCCTTGAAAATATACTTTGGAGACCCAAAGACATTGATTATGTACAAATCCCCTGGAAGGATATCAAGCATATTTTTTGGATTGGGAAGAACTCATTGTGCTTTAAAGCATGTGTCTTTTTGCTTGGTGCTTTTTCAAATGCAGCGATTCCAAAAACTGACAGAAGATTCAACATGGTCCCGAATAACATTTTGATCAATATAtgcaaataatattatatatgtacATCTCGAACCAACAGAAAGTttgtgcattttatatatatatatatatttatgagggCAATGGATTTTAATGCGctaactgcatatatatatagactCAAGCAGATGATTTGTGATGATTTATGTTTCTACTTTATGCTTTTTGCATCATTCAGTTTACAgtgcagcatttttatttttttttggtcatgCATAGTCATGGTTAGCATCAATGTACAACGGGATTACTTGTGAATGTATGCAAAGAGTAAAATTAGCTATCATTTAGTTTAAAGATTGTCTTGCAAATAAGACGTATGTCATTCGGTTATGTTTGATGATATTTGCAGATGTTTGTGTTATTGCGTGGAAGAACAGCAGCAAGCAAAACTCAACAATTACAGCAGCAGATATGCCATCAGTTATCATGCAAATAAGTGCTGAGAGTAAAGATTCAAGAATATGGAGCGAGATTAGTGTAAAAAAtactacatttacaaaataaaaataaattcatatatgcaccgtacaattcacatttacaaaatccgaTTTAACAATTCAAAATaactcataaatacaaattggatttgttaATTTTGCAATCGTGTTTTGAATATATGAAATAGATATGTGTGCTtttgaatagtgttttgaatGTACAAATTGaatatgtgtgtttttaaattatCTTTTGAGTTTACgttttggatttgtgtatttttgaatcacattttgagtttactaattggatatttgtgtttttgaattgtgttttgaatttatgatttggatttttgtattttgatCGTGTCTTgagtttacaaattggatttgtgaatttttgaattgtgttttgaatttacaaattggatttgtgtattattgaatttactaatttgatttgtgtattgttaaatttgctaattgtatttgtgtattatttaATCTTGcgaattggatttttgtattgTTGAATTTACTAATTTGATTCGTGTATTGTTGAATTtgcgaattgtatttgtgtattttttaatttgcaaattggatttgtgtattattGGATTTGCGAAGTGGATTAGTGTATtgttgaatttacgaattggatttgtgtatttttgaatcatgttttgaacttacaaattggattttgttaaTGTGATTTGtgttatggatggatgaattatattttgtacaTGTATTATCTTTGAGATTGATCTGACTTCATACAAGaagagttaaatttttttttcatcagtatTTTGAGATTTTAGAGAATGCAGAAAAAGATGAATCTGTGGATGGTGAAAATGTGAAAGAATACATCCATCCTAACGGGCCACCACATCAGATTCTGCATAAAAAACGGATGTTTGCCAGGGTGCAGTTTTTGTAGGGTTCTAAACAAatccactagatgtcactgtTATACACAAAGTTAGTATTGAGCAGAAGTTCTCAACTGATTGTACTTCAACAGACCCAACAGAGCACCAAAAATACATGACCAAATTttataccaggtgtaaacagaaCCCAATTCACTTCATTGTAAATTAAGTTTAATGCCGTTTTGGGTCATTTTTTTCTTAACTTTGCTCAGTTTGGTCATAGTTTTAAAGATGAGAGCATGTCATGAGtttgccaagtatgatgcgatcctggattaacatctatatgTTCATTCTGGAACATCATTTCTGTTGAAAAAAGTAGTCCATATccattccctacccctaaacccttaaataatagttggataacaatcatgcagaagtgcataaacctaaccataagcctaaacttaacacaAATGGTcaacgtatcccttaattctgattggctgattgtaaTGTTGCTCggggatcaacatagatgttaatctagaaacatgtcctacttggtgaaataaGGTTGGCGGTCATTCATCCAACATGTCCATGTGTTCATTACTTAAatagatagttcacctaaaactaaaaattctgtcatttactcgcccttcacttgttaaacacaaaagaagataatctgAAAATAGCTAtaaaccattgacctccatataatttgtttttcctactatgcaagtcaatggttacagattttcagctttcttcaaaatatctcctgtAGTGTTAAGGAGAATAAAGAAATTCGtcaaggtttggaaccacttaggGGTGAGAAAATAgtaatttaatatagtttttgGTTAACTCTTCCTTTAATCACAGGTGAGTTTGCATCAAAATATCttgttgtttaataaatatacacgATTATACCGTTTTTTTTATGTGTAGTGATCCATCAGAACAGGCCTGTGGGTCACCAGTTGAGAGCCACTCACAAAATAAGTAATACTCTATTAGACTGTTTAGTGCAATACTGAGATTTAGGCAAAACTTGTACAAACATTCATGTGGTCTGCTTTTCAGTGATCTGAACGGGTGATATTAGTGCACTGTGTGGTTAGAAATATTAATGTGTTGCTGCATTATAAGCCCTGGATGGCATAAACCTTAAGATTCCAGTGGATACAATTAAAAGACACCAGAAAACAAGATGTAAAGgaaataaaatggttttaaacagcCCCATAAATTGAGGATTGCTACATTGAACTTATTGGGGTTATTTAGTATGAGCAACCCATACACCGTTAACAATTCTTTTGTAAAGTATACAgcatttaactgtaatataaactgtattttactgtatgaaAATTATACAGTGttactgttttttaaaattgcattgtgaaaattgctgtatattttacagtaaagatttaCTTACAATTTAGTTAAcacatacagcaagataaattgtGCTGTAAgtgtaaatactgtatttttgctgtaattgatttacagtaagttactgtagattctacaggaaattgttaaccctTTATAAACAGAAATAAGGTGGATTAGCTACAGGCCAAAGCATACTTTGTTGTTGAGTTTTTTGCAGTCAAACACACAGCTCTTTGAGACAAACTCTATTGTATGGTGTGTGCCAACCAGAGTGCGATAGAAAAGtgcaaaagtgctcaaagtttaTGTTTTTTTCCCTCAAAGTTATTAGTAATCAAATGCCTTTGTTCTCTTTTCAAACATTGTTGTGGAAATcatttaaagtccatgtgaaagaAAACATTAAAAGTAGTGTTGGGAGATTAATCGAAGGGGATTTTCAGGATTTACTACACAAATTCATAGTAAATGTGATAACCTATGCAAAAAATCGTTTTCAAAATAGAAATTGATGTAAATGGACGATAGAGATAATCTTTCTGTGATAATGACAGATGACAgctcttaagcaggacgcagttcatttttttagccgtgccacagagcgccatctgattagtttcatgttaaatatcattagaatgtgcgcgtctggtgtgtgatactttaaaatgttatgtacgtgttgcggcgccgagcggcgcttctggtgtgcgacctgctttagtcaACTACGGCTCTGTAGAAAATGTTGCCAGTGAAATTAGCACATACATGTTTTTACTCCAAACACACATCATATCTTCAGTCGGGTGTTTAAAATAAATCCTTTTGTGAGATGATTCCTTAGTCATGTAATTATCAGTCACGCTGCATCAATGAAAGCCATTAAAacttgttaataaacagtttataATGCAACGTTATGGAGATTTCATGGGTTTCTTCTTTGTGGGTGTTTAAAGTGTTTGCACAAAAGTGCCCTCTGTTGATCGGAGGAGACTTACAAATGATCACACAGCCATGCTTCCCTTTTAAGATGTGGATGACAATGACGGCTTTGCTCAGTCGTGTTTGCGTATTAATTTCCATTAATCATCCTGGACTTACTTCAAATCAACTAGCTAGTAGGGTCCAAATCAATTATGAAATTGCCATTTAGAAGATTCATTGCATTTTGAATAAAACTTAGGAGTGGCTATTTGCACTTGTTAAAACCCCACGTAATACCCAGTGTAAATAACCCAACTTGTTGGCAGAAGCTATTTACACTAACTCCGCCCAAGTTCAATCTACCCAAGATTAAAACTGTTGCAAAATGCCTGAATTGAGGTCAAATGCTGGTCAAATCAAGGCGCGAATATTTGAATGTTGCGCGAGCGGAATCAGACGTTGGATGCAgtgaagatatttggaagaagaCGATAACCTGCTAATTtcttgttaagtttttttttttttttttactttattgcattttttatagttttatagttatgtttttttcTTACCAGCCATGGATGTTACAAAtggtattatttgtttattaagtaTTTCCAGTACATT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>TCONS_00044184
tatttacagtgctcagcatatACATTGCTTGCTTCAATATATTCTGTTTTTAGACCAACAACACTCACCTGTCACAACAAGttattgccAATGACAGCTCCATCAGTGTGCAAACGTCTGTCCGAAGttttagtttacttagCAAATAAAAGCTCCTTACTTTCAGCTTGCTACAGTAGACATGACCCCAAatcatgCATAGTCATG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000115007

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00045020 False 6249 lncRNA 0.34 2 26961010 26967405
TCONS_00044184 True 207 mRNA 0.39 9 26966515 27015160

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022395 adcy6b coding downstream 72793 26797035 ~ 26888217 (-)
XLOC_022394 galnt6 coding downstream 176239 26763338 ~ 26784771 (-)
XLOC_022393 NA coding downstream 201450 26749407 ~ 26759560 (-)
XLOC_022391 hspg2 coding downstream 235373 26543716 ~ 26725637 (-)
XLOC_022392 CR855310.1 coding downstream 285240 26675652 ~ 26675770 (-)
XLOC_022397 zgc:66440 coding upstream 25951 27041111 ~ 27061072 (-)
XLOC_022398 stat6 coding upstream 63706 27078866 ~ 27123180 (-)
XLOC_022399 si:dkey-157g16.6 coding upstream 119782 27134942 ~ 27245235 (-)
XLOC_022400 NA coding upstream 176796 27191956 ~ 27199095 (-)
XLOC_022401 scn8aa coding upstream 236466 27251626 ~ 27345425 (-)
XLOC_022380 BX005414.1 non-coding downstream 1167917 25789132 ~ 25793093 (-)
XLOC_022379 NA non-coding downstream 1174926 25783695 ~ 25786084 (-)
XLOC_022376 NA non-coding downstream 1656991 25302730 ~ 25304019 (-)
XLOC_022408 CR354381.1 non-coding upstream 565004 27580164 ~ 27580292 (-)
XLOC_022412 NA non-coding upstream 637736 27652896 ~ 27675394 (-)
XLOC_022415 NA non-coding upstream 712135 27727295 ~ 27729454 (-)
XLOC_022416 NA non-coding upstream 755321 27770481 ~ 27772372 (-)

Expression


Co-expression Network