XLOC_022748


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_022748
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 4960973 ~ 4967249 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00046917
GTGGACAGGGAAATAAACAAGCAAGTTTGTAGTTTCAAGTGTTAAATAATGCCTCTTTGAGAAACAGAAAAAGGTCTGCTTTGCCAATGCAGGTGCTAAAATCAATTAGTAATTAATTAGAGCATAGAAAAGAAGCGTAATAAATGGCAGCCACCTGGACCAAGCCAAGGTATTTGGGCTGATAATTATCAATCATGAGAAGGTAGCTGACTCTGAACGCCTGAGCTCCGGCCTGctcacacaaatgctgttatCTGCATAACTGTAGTcgcatctggcaccaacaatcatctTTACCCTCTgaatacatcacacacacacacacttttttttgttttgtttaagtaTGCATGTGGGTTTTTATTTAGTCATATTCTCAACACAACAACCTCACTATTAGTTAAAGGAAACATTTGATCATTATATTAGTATTTATGGGGTTATTTAAATACACTCTTCTAGTAGTTACTTTTAGAGGAGGGgaacaaaataatacattaacaaaaaatgtaatattgtgaagggtgaattagggctgcacgattctggataaaataaaaatcacgatTTGTTTGCTTATATTCAATATCACAATTttctataaatgtataataaaggttaatatgagtaggctgtTAATATTGTTACTCTCAAACACATGCTAAACGAACAATAATATTAAGCCTGTGTGTAGaagtctactgttggttaaaattatacattttgtatagacttggaatggtggactttaaatataacctggttgttaattcacagtatagtgatgacatcagaatacaactattcataattctgaagatGAATTATTATacttgagacatatgcttgtcatttgtcattgaccacattattagaccattattAGTGAATATCAGATGTTATTCACtgataaaatgaaacatttgtcattatcagttACCGTCTTGCACTATAATCAACGTTATATAGGCtaaagtagttatactgacagAGTAAGCATTTATTTGCATTCTCAACACAttgtgtttgctatgaaagaaagaaaaaagtcaaaCGCTTGTcctaatcataactctaaaatgcgatatttggtttcactttcactgccgagTGCGGTTTATGTCATGGCTGTCAtcaattggagaaaaaaaaaatcacacttctCACGCATGCTCCTGAGAAACAattgctctgtgcaacaaactgaacattatttacagctttattacctcttattcacagcctatgcaggttctgttcactaaagttaTACTTCACTGGCAGGCACGCATATGTCCTCTCTATAGTAAAAAATAGTCTGTCAGCACtagacatttttgggtgaattataccatataaatacaatgtgtgacacttttaacgccattttGAGGTGTCCATCTTGCATATatgaaacaatgtgaagacttgtgcgaccacCTATACACTTCTCtccttaattttaaaatagggctgtatgattaatcgaaaagtaattaaaatcgacattcagaacctataatcaatctaATTTTTGCAGGTTCATTATTTCGATTACTTTTCCTACCGAGTGTGGagtcacatgactgttcattttaggcaatgtgtgctttgatttcagttgttcaatgtggatgtttaataaataatcacagaCAGTGTGTTTCCTTCAACAATTTTAAAATCCAGTAATGCAAACTTCATTCATTTCACTTCCAATAGCATATTTACGGTTCAAAACGTGTCAGTGATCTAtaagggcaaaaaataaaatacataagtaaaataatcgttcattaatcgtaatcaggttaaaatgttcaattaatcgagattttaatTTTACGCCAAATCGCATAGCCTTACTTGAAAATaaaattggctgaatcgtagaaaagctgaattaagatcgtgtgtagggtttAAACAGAATCACGATCGTTTTTTGATTAATGGTGCAGCTCTAGGGTGAATGTCAGCAGTTATGTTGCTTCTTGGTGCCAAGCAGTATATTAGGTTGGAGCCCAGTTGGCTTAGAATTTAGTTaataaaatgctgttttcttCAATGTTAACAACTCAATGTTTTGGCCATGTTACAAGTTTAAATATTGTAACTTCTATGCTGTGGATCAGAAGCTAGATATACTTttttggcagatttttttttttcgtttttaaagtAGTACAGTGTAAAAGATGTGGATTTTGGTTAGTACAAGCATGGAAATTTTGCTGAAATCCAAGCTTTTCTCTTTACTACAACCATAATTTACTGCTTAGGTCAACTTGACCCTCATCATAAAAGTGGTCTaggaattaaaatataaaataagagttcaatatataaaaaatgtcatCTGAATGCAATTAATTATAACCGCAACTGTTTAGTTCTAATCCCAAATAACGACTATAATAATGTTATTGCTATTTGTGCTTGGTATGCAACTGGACAGGAAATGCTagacttttttttctaaacttatATCATAATATAAAAGCTGGGAAACAATTCAGACGGGGagcggggaaaaaataaaaatgaaaaatggcaGCCCTGCCATCAAAATAGCACTTGTTAATATGGCCCTTGTGTAATGCAGAATACGAATTGTGAAATTCCGATCCTTGTTATGCCAAATTACAGAGAAGTGGTTCGGCATGTGCCGCAAGCAGAAATAAAACATCTCTATCCAGCTTGTCTTCTAGCTCTAGAACATGAGCAAAACACACAGCGGCGTAAGCTGGAACTGAAGTAAGTTGAACTCAAGAGTGAGTTCATATCGCTTCCACGTGCAGATTGCCGACATAATGTTTCCTTTTTGGCTTGAAAGATTTGGTATATATTGGCTTTTGTTTCCCGTTTTGAAGTTTATATTACAACACACGACACTTTGAAGACAATGGTTAAAGAATGTCATGCATCCAAAGAACACACAAGCATGCCAAAGTGATTTATAGAGATTTTGGACTTACCTTATAAGTCTTGTTTACTTTGTTTGTGGCTACGTGAAGTCTCTACCTACGTTTTTTACTTGCTATTCTGGAAATTAAATCACTAATGGTGATTTGTAGGTGTTCTGGAGTTATTTTTTTCCTCCAGCATAGAATTGAATGATTGTTGCTCTTCTAAAGCCAAGGCTGTTAACGTTTGAAGCCAAAACAACAGCTTAAAAGTTGCACCTGCATTTTTATTACATAAAGTTCACGTTAAATTATTGGCTCGGACCATCAGTATAAAGGCTTTTAAGTTTTCTGATAAACAATTTATGGCTATTGTTTACTATTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTTGGATCACTCTATAGTCAACAAATCTGCATACACTCAAAACAATTGTTGCGTGTTCAaagtacttgtttaaaatgagctgaaaaatcACAATTATTGTGATTGTTTGGGGACAacctaattattttatgttcaattaactttaattttataaaaacaatcaagttaacttaatttaaatgagtctggacaacatgaatgaattgtgcatAAGCCtgcatttgtttacagtgtatggGAGCCATGAACACTATTACATATTTCATCAGCGATAATCCAATGTCAGACTATTATATTTCAGTCACCTCTAGGTCATGACAATAGAGAGTTGTACACTTCATTTCTGACCTCTAAGCATTCATCAGATATTCTCAAAGATGGTTTGAGATTACACTGTTATCTGTGAAGAGCGTTGCAATAACGTTGGTCTGCAAACATTTCCCAAAATCAGCTTCTTTGAGTTATGTTTATGCCAAGGTGTGTTTGATATTCGGAACAACTGTTTCCAAGATGCCAACATATCTTTGTATCTAATCAATTTATGGCCGGTATTTACTATTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTCTATCACTTTATAGGCAACAAATctgcatacactcaaaaaatgttttgtgttaaaAGTACTAATTTAAAACAAGCTggaaaaaagaaatcaaaattattgagatttttttgggacaacttaattattttatgtttaattaactttaatttgtaataaaaaaaatcaagttaccttaattgatttgtgtctggacaacatgaatgaattgtgcatAAGCCTGCGTCTGTTTACAGTGTTTGGGAGCCACGAAATGCAATtatcaacatttcttttttttgaaaCAACTGTTTCCAAGATGCAAACATATATTTGTATCTGATTAATTTATGGTCACTATTTACTGTTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTTCTATCACTTTATAGATctgcatacactcaaaaaattgttGCGTGTTCAAagtactaatttaaaataagctaaagaaaattacaattattgtaatttttgggggacaacttaattctttcatgtttgaataacttaaatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaatcaagttaacAATCTATTTGTGTCtggaaaacatgaatgaattgtgcatAAGCCtgcatttgtttacagtgtatggGAGCCACGGAATGCTATTATCAACATATTTCATTAGCGATAATCCAATATATTCCAGTGACCTCTAGGTCATGACAATAGAGGGTTGCACACTTCATTTTTGACCTCTTAACATTCATTAGATGATCTGAGATTATACTACTATTTGTGAAGTGTGTTTTAATAACGTTAGTCTGCAAACATTTCCCATCCAAAATGAGCTTCTCTGTGTTATCTTTATGCCAAGGTGTGTTTGATGTTTGGAACAACTGTTTCCAAGATGCAAACATATCTTTGTATCTAATTACAAAGAGCCCAAACTTCCCTTCTCTGGTTCAATGCACAATATTAATGAGGTCAATGATTATGTTAATTGGGGAGCATTCTACAGCATGTTTTAATTAGTCCTCTGTATTCTGATTTAATGAAGAGCCTGAAAACTTCACTGGATGCTTGGAATTCATACGGTTCTCGGTGTACACTCTTTAAAAGGACATTTAAAGAACTTTGAAACTCTGCGAAAATTATTTGAGAATATTTTACTGCTAACTTGCCCATCCGTTTAACTTTAAAGCAATTGTcgaagcatacacacacacatgcacaccacAACCCTCACAAAATTTACATCTTGCAGTTTATGAGCACAATATGCCTGATTTATAttaaaaaggggggggggggggaaacgGCTCACAGTGTGAGGAGATTTTCATCGATGTCATGATGCAGGCCTGACCATTTACGTTTTCTTATTATCTCTAATGTCTGGCCCATGAAATGCAAAACAGGACCCAATATTAAGCTATTTTATAAGTGCATTAAGTTTACAAATTACTTCTTTAATGAATAACCTTCCAAGACTCCATTTGAAGGGCCATTATCTGAGTGTTCCAATCTATTGCCTCACCTCCAGactttaacatttattatacTGATGAGATGCAATTAAAAGAGCAGATGTCCACAAGCTGCTCTCATCTGAGAcgagtaaataaaataacaatccACGCAACAACATTATCTATGAAAAGACTGTTCGCCTCACGACAGGTAACCAACAAATGGTGCAAACGTGTAGCCTaaagatttaattttaatattttgcattgacttttatattttaaatacttcaTTAACATACATGTATAACTTACATATAGCTCAATGGtcaatgcaaatgttttatgacTGCAAAACAAGCAATTGTCTGGCAGATagtatgcattattattattattactaataatacatGTATTGATTTCATGGACTTCATAGTATTTTGCTATTTTCCCCCTAGACGCTATACAGGGTGTGAATATCCCTGAAGAACTCAAAGTCTGTCCCAAACAACTAATTGGAATGACCCCATTTAGCAACGTGTCAAGGGAACACGACAACATAGACAATGTCAGCGCCTCCACAAATCTTCTGTGGTCCAAACTTAATAGCATGTCATGGTGTCCACAACTAATGCTGGAGGGGTCACAAAAACCCTTATGACTCATGTTAGTTGACGGCTCTTTCTTTAGCAGTGCGAATCCTAGCTGTGGCCAgagtggaaaaaaaagaaaaaacacagtATGGTGTGTGCATAGTCAATAAACATTTGGCTAGGTTCGCCTGACTTCTCCAAGGTCCCTTCAGATTCCTTAAAGGGTAAATTTGAAGCTCTTCATAACATAACTAAAATTTTATCTTAATCTTACACTGTCAGATGGTGTAAATATAGGatgatacaaatattaataatagtgatACAACTagtgtattaaaactattacattacataaaatatttacg
>TCONS_00046918
tttttttctaaacttatATCATAATATAAAAGCTGGGAAACAATTCAGACGGGGagcggggaaaaaataaaaatgaaaaatggcaGCCCTGCCATCAAAATAGCACTTGTTAATATGGCCCTTGTGTAATGCAGAATACGAATTGTGAAATTCCGATCCTTGTTATGCCAAATTACAGAGAAGTGGTTCGGCATGTGCCGCAAGCAGAAATAAAACATCTCTATCCAGCTTGTCTTCTAGCTCTAGAACATGAGCAAAACACACAGCGGCGTAAGCTGGAACTGAAGTAAGTTGAACTCAAGAGTGAGTTCATATCGCTTCCACGTGCAGATTGCCGACATAATGTTTCCTTTTTGGCTTGAAAGATTTGGTATATATTGGCTTTTGTTTCCCGTTTTGAAGTTTATATTACAACACACGACACTTTGAAGACAATGGTTAAAGAATGTCATGCATCCAAAGAACACACAAGCATGCCAAAGTGATTTATAGAGATTTTGGACTTACCTTATAAGTCTTGTTTACTTTGTTTGTGGCTACGTGAAGTCTCTACCTACGTTTTTTACTTGCTATTCTGGAAATTAAATCACTAATGGTGATTTGTAGGTGTTCTGGAGTTATTTTTTTCCTCCAGCATAGAATTGAATGATTGTTGCTCTTCTAAAGCCAAGGCTGTTAACGTTTGAAGCCAAAACAACAGCTTAAAAGTTGCACCTGCATTTTTATTACATAAAGTTCACGTTAAATTATTGGCTCGGACCATCAGTATAAAGGCTTTTAAGTTTTCTGATAAACAATTTATGGCTATTGTTTACTATTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTTGGATCACTCTATAGTCAACAAATCTGCATACACTCAAAACAATTGTTGCGTGTTCAaagtacttgtttaaaatgagctgaaaaatcACAATTATTGTGATTGTTTGGGGACAacctaattattttatgttcaattaactttaattttataaaaacaatcaagttaacttaatttaaatgagtctggacaacatgaatgaattgtgcatAAGCCtgcatttgtttacagtgtatggGAGCCATGAACACTATTACATATTTCATCAGCGATAATCCAATGTCAGACTATTATATTTCAGTCACCTCTAGGTCATGACAATAGAGAGTTGTACACTTCATTTCTGACCTCTAAGCATTCATCAGATATTCTCAAAGATGGTTTGAGATTACACTGTTATCTGTGAAGAGCGTTGCAATAACGTTGGTCTGCAAACATTTCCCAAAATCAGCTTCTTTGAGTTATGTTTATGCCAAGGTGTGTTTGATATTCGGAACAACTGTTTCCAAGATGCCAACATATCTTTGTATCTAATCAATTTATGGCCGGTATTTACTATTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTCTATCACTTTATAGGCAACAAATctgcatacactcaaaaaatgttttgtgttaaaAGTACTAATTTAAAACAAGCTggaaaaaagaaatcaaaattattgagatttttttgggacaacttaattattttatgtttaattaactttaatttgtaataaaaaaaatcaagttaccttaattgatttgtgtctggacaacatgaatgaattgtgcatAAGCCtgcatttgtttacagtgtatggGAGCCACGGAATGCTATTATCAACATATTTCATTAGCGATAATCCAATATATTCCAGTGACCTCTAGGTCATGACAATAGAGGGTTGCACACTTCATTTTTGACCTCTTAACATTCATTAGATGATCTGAGATTATACTACTATTTGTGAAGTGTGTTTTAATAACGTTAGTCTGCAAACATTTCCCATCCAAAATGAGCTTCTCTGTGTTATCTTTATGCCAAGGTGTGTTTGATGTTTGGAACAACTGTTTCCAAGATGCAAACATATCTTTGTATCTAATTACAAAGAGCCCAAACTTCCCTTCTCTGGTTCAATGCACAATATTAATGAGGTCAATGATTATGTTAATTGGGGAGCATTCTACAGCATGTTTTAATTAGTCCTCTGTATTCTGATTTAATGAAGAGCCTGAAAACTTCACTGGATGCTTGGAATTCATACGGTTCTCGGTGTACACTCTTTAAAAGGACATTTAAAGAACTTTGAAACTCTGCGAAAATTATTTGAGAATATTTTACTGCTAACTTGCCCATCCGTTTAACTTTAAAGCAATTGTcgaagcatacacacacacatgcacaccacAACCCTCACAAAATTTACATCTTGCAGTTTATGAGCACAATATGCCTGATTTATAttaaaaaggggggggggggggaaacgGCTCACAGTGTGAGGAGATTTTCATCGATGTCATGATGCAGGCCTGACCATTTACGTTTTCTTATTATCTCTAATGTCTGGCCCATGAAATGCAAAACAGGACCCAATATTAAGCTATTTTATAAGTGCATTAAGTTTACAAATTACTTCTTTAATGAATAACCTTCCAAGACTCCATTTGAAGGGCCATTATCTGAGTGTTCCAATCTATTGCCTCACCTCCAGactttaacatttattatacTGATGAGATGCAATTAAAAGAGCAGATGTCCACAAGCTGCTCTCATCTGAGAcgagtaaataaaataacaatccACGCAACAACATTATCTATGAAAAGACTGTTCGCCTCACGACAGGTAACCAACAAATGGTGCAAACGTGTAGCCTaaagatttaattttaatattttgcattgacttttatattttaaatacttcaTTAACATACATGTATAACTTACATATAGCTCAATGGtcaatgcaaatgttttatgacTGCAAAACAAGCAATTGTCTGGCAGATagtatgcattattattattattactaataatacatGTATTGATTTCATGGACTTCATAGTATTTTGCTATTTTCCCCCTAGACGCTATACAGGGTGTGAATATCCCTGAAGAACTCAAAGTCTGTCCCAAACAACTAATTGGAATGACCCCATTTAGCAACGTGTCAAGGGAACACGACAACATAGACAATGTCAGCGCCTCCACAAATCTTCTGTGGTCCAAACTTAATAGCATGTCATGGTGTCCACAACTAATGCTGGAGGGGTCACAAAAACCCTTATGACTCATGTTAGTTGACGGCTCTTTCTTTAGCAGTGCGAATCCTAGCTGTGGCCAgagtggaaaaaaaagaaaaaacacagtATGGTGTGTGCATAGTCAATAAACATTTGGCTAGGTTCGCCTGACTTCTCCAAGGTCCCTTCAGATTCCTTAAAGGGTAAATTTGAAGCTCTTCATAACATAACTAAAATTTTATCTTAATCTTACACTGTCAGATGGTGTAAATATAGGatgatacaaatattaataatagtgatACAACTagtgtattaaaactattacattacataaaatatttacg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00046917 False 6277 lncRNA 0.34 1 4960973 4967249
TCONS_00046918 True 3443 lncRNA 0.35 2 4963444 4967249

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_022747 NA coding upstream 452383 4504746 ~ 4508590 (+)
XLOC_022746 BX004842.2 coding upstream 523225 4434117 ~ 4437748 (+)
XLOC_022745 ccny coding upstream 536741 4373033 ~ 4424232 (+)
XLOC_022744 CU462914.1 coding upstream 804574 4154959 ~ 4156399 (+)
XLOC_022743 CT583636.1 coding upstream 901400 4059456 ~ 4059573 (+)
XLOC_022749 zic4 coding downstream 10613 4977862 ~ 4983423 (+)
XLOC_022750 si:ch73-206p6.1 coding downstream 240922 5208171 ~ 5214940 (+)
XLOC_022751 plod2 coding downstream 270460 5237709 ~ 5314707 (+)
XLOC_022752 si:ch211-157j23.3 coding downstream 822333 5789582 ~ 5798424 (+)
XLOC_022753 si:ch211-157j23.2 coding downstream 832515 5799764 ~ 5810023 (+)
XLOC_022741 NA non-coding upstream 1001550 3958172 ~ 3959423 (+)
XLOC_022740 NA non-coding upstream 1149176 3775906 ~ 3811797 (+)
XLOC_022760 CR385039.1 non-coding downstream 1096422 6063671 ~ 6063785 (+)
XLOC_022761 NA non-coding downstream 1115411 6082660 ~ 6089253 (+)
XLOC_022764 NA non-coding downstream 1422186 6389435 ~ 6399785 (+)
XLOC_022765 BX120013.1 non-coding downstream 1437945 6405194 ~ 6405316 (+)
XLOC_022766 CR790361.1 non-coding downstream 1614803 6582052 ~ 6582168 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G276781 NA non-coding CI01000070 null 1319758 ~ 1397418 (+)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G16228 NA non-coding NC_047595.1 CM018541.1 29021637 ~ 29021844 (-)