RNA id: TCONS_00046917


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00046917
length 6277
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_022748
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 4960973 ~ 4967249 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGGACAGGGAAATAAACAAGCAAGTTTGTAGTTTCAAGTGTTAAATAATGCCTCTTTGAGAAACAGAAAAAGGTCTGCTTTGCCAATGCAGGTGCTAAAATCAATTAGTAATTAATTAGAGCATAGAAAAGAAGCGTAATAAATGGCAGCCACCTGGACCAAGCCAAGGTATTTGGGCTGATAATTATCAATCATGAGAAGGTAGCTGACTCTGAACGCCTGAGCTCCGGCCTGctcacacaaatgctgttatCTGCATAACTGTAGTcgcatctggcaccaacaatcatctTTACCCTCTgaatacatcacacacacacacacttttttttgttttgtttaagtaTGCATGTGGGTTTTTATTTAGTCATATTCTCAACACAACAACCTCACTATTAGTTAAAGGAAACATTTGATCATTATATTAGTATTTATGGGGTTATTTAAATACACTCTTCTAGTAGTTACTTTTAGAGGAGGGgaacaaaataatacattaacaaaaaatgtaatattgtgaagggtgaattagggctgcacgattctggataaaataaaaatcacgatTTGTTTGCTTATATTCAATATCACAATTttctataaatgtataataaaggttaatatgagtaggctgtTAATATTGTTACTCTCAAACACATGCTAAACGAACAATAATATTAAGCCTGTGTGTAGaagtctactgttggttaaaattatacattttgtatagacttggaatggtggactttaaatataacctggttgttaattcacagtatagtgatgacatcagaatacaactattcataattctgaagatGAATTATTATacttgagacatatgcttgtcatttgtcattgaccacattattagaccattattAGTGAATATCAGATGTTATTCACtgataaaatgaaacatttgtcattatcagttACCGTCTTGCACTATAATCAACGTTATATAGGCtaaagtagttatactgacagAGTAAGCATTTATTTGCATTCTCAACACAttgtgtttgctatgaaagaaagaaaaaagtcaaaCGCTTGTcctaatcataactctaaaatgcgatatttggtttcactttcactgccgagTGCGGTTTATGTCATGGCTGTCAtcaattggagaaaaaaaaaatcacacttctCACGCATGCTCCTGAGAAACAattgctctgtgcaacaaactgaacattatttacagctttattacctcttattcacagcctatgcaggttctgttcactaaagttaTACTTCACTGGCAGGCACGCATATGTCCTCTCTATAGTAAAAAATAGTCTGTCAGCACtagacatttttgggtgaattataccatataaatacaatgtgtgacacttttaacgccattttGAGGTGTCCATCTTGCATATatgaaacaatgtgaagacttgtgcgaccacCTATACACTTCTCtccttaattttaaaatagggctgtatgattaatcgaaaagtaattaaaatcgacattcagaacctataatcaatctaATTTTTGCAGGTTCATTATTTCGATTACTTTTCCTACCGAGTGTGGagtcacatgactgttcattttaggcaatgtgtgctttgatttcagttgttcaatgtggatgtttaataaataatcacagaCAGTGTGTTTCCTTCAACAATTTTAAAATCCAGTAATGCAAACTTCATTCATTTCACTTCCAATAGCATATTTACGGTTCAAAACGTGTCAGTGATCTAtaagggcaaaaaataaaatacataagtaaaataatcgttcattaatcgtaatcaggttaaaatgttcaattaatcgagattttaatTTTACGCCAAATCGCATAGCCTTACTTGAAAATaaaattggctgaatcgtagaaaagctgaattaagatcgtgtgtagggtttAAACAGAATCACGATCGTTTTTTGATTAATGGTGCAGCTCTAGGGTGAATGTCAGCAGTTATGTTGCTTCTTGGTGCCAAGCAGTATATTAGGTTGGAGCCCAGTTGGCTTAGAATTTAGTTaataaaatgctgttttcttCAATGTTAACAACTCAATGTTTTGGCCATGTTACAAGTTTAAATATTGTAACTTCTATGCTGTGGATCAGAAGCTAGATATACTTttttggcagatttttttttttcgtttttaaagtAGTACAGTGTAAAAGATGTGGATTTTGGTTAGTACAAGCATGGAAATTTTGCTGAAATCCAAGCTTTTCTCTTTACTACAACCATAATTTACTGCTTAGGTCAACTTGACCCTCATCATAAAAGTGGTCTaggaattaaaatataaaataagagttcaatatataaaaaatgtcatCTGAATGCAATTAATTATAACCGCAACTGTTTAGTTCTAATCCCAAATAACGACTATAATAATGTTATTGCTATTTGTGCTTGGTATGCAACTGGACAGGAAATGCTagacttttttttctaaacttatATCATAATATAAAAGCTGGGAAACAATTCAGACGGGGagcggggaaaaaataaaaatgaaaaatggcaGCCCTGCCATCAAAATAGCACTTGTTAATATGGCCCTTGTGTAATGCAGAATACGAATTGTGAAATTCCGATCCTTGTTATGCCAAATTACAGAGAAGTGGTTCGGCATGTGCCGCAAGCAGAAATAAAACATCTCTATCCAGCTTGTCTTCTAGCTCTAGAACATGAGCAAAACACACAGCGGCGTAAGCTGGAACTGAAGTAAGTTGAACTCAAGAGTGAGTTCATATCGCTTCCACGTGCAGATTGCCGACATAATGTTTCCTTTTTGGCTTGAAAGATTTGGTATATATTGGCTTTTGTTTCCCGTTTTGAAGTTTATATTACAACACACGACACTTTGAAGACAATGGTTAAAGAATGTCATGCATCCAAAGAACACACAAGCATGCCAAAGTGATTTATAGAGATTTTGGACTTACCTTATAAGTCTTGTTTACTTTGTTTGTGGCTACGTGAAGTCTCTACCTACGTTTTTTACTTGCTATTCTGGAAATTAAATCACTAATGGTGATTTGTAGGTGTTCTGGAGTTATTTTTTTCCTCCAGCATAGAATTGAATGATTGTTGCTCTTCTAAAGCCAAGGCTGTTAACGTTTGAAGCCAAAACAACAGCTTAAAAGTTGCACCTGCATTTTTATTACATAAAGTTCACGTTAAATTATTGGCTCGGACCATCAGTATAAAGGCTTTTAAGTTTTCTGATAAACAATTTATGGCTATTGTTTACTATTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTTGGATCACTCTATAGTCAACAAATCTGCATACACTCAAAACAATTGTTGCGTGTTCAaagtacttgtttaaaatgagctgaaaaatcACAATTATTGTGATTGTTTGGGGACAacctaattattttatgttcaattaactttaattttataaaaacaatcaagttaacttaatttaaatgagtctggacaacatgaatgaattgtgcatAAGCCtgcatttgtttacagtgtatggGAGCCATGAACACTATTACATATTTCATCAGCGATAATCCAATGTCAGACTATTATATTTCAGTCACCTCTAGGTCATGACAATAGAGAGTTGTACACTTCATTTCTGACCTCTAAGCATTCATCAGATATTCTCAAAGATGGTTTGAGATTACACTGTTATCTGTGAAGAGCGTTGCAATAACGTTGGTCTGCAAACATTTCCCAAAATCAGCTTCTTTGAGTTATGTTTATGCCAAGGTGTGTTTGATATTCGGAACAACTGTTTCCAAGATGCCAACATATCTTTGTATCTAATCAATTTATGGCCGGTATTTACTATTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTCTATCACTTTATAGGCAACAAATctgcatacactcaaaaaatgttttgtgttaaaAGTACTAATTTAAAACAAGCTggaaaaaagaaatcaaaattattgagatttttttgggacaacttaattattttatgtttaattaactttaatttgtaataaaaaaaatcaagttaccttaattgatttgtgtctggacaacatgaatgaattgtgcatAAGCCTGCGTCTGTTTACAGTGTTTGGGAGCCACGAAATGCAATtatcaacatttcttttttttgaaaCAACTGTTTCCAAGATGCAAACATATATTTGTATCTGATTAATTTATGGTCACTATTTACTGTTTGAGAGTACAATTGGATTTTTTTCTATCACTTTATAGATctgcatacactcaaaaaattgttGCGTGTTCAAagtactaatttaaaataagctaaagaaaattacaattattgtaatttttgggggacaacttaattctttcatgtttgaataacttaaatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaatcaagttaacAATCTATTTGTGTCtggaaaacatgaatgaattgtgcatAAGCCtgcatttgtttacagtgtatggGAGCCACGGAATGCTATTATCAACATATTTCATTAGCGATAATCCAATATATTCCAGTGACCTCTAGGTCATGACAATAGAGGGTTGCACACTTCATTTTTGACCTCTTAACATTCATTAGATGATCTGAGATTATACTACTATTTGTGAAGTGTGTTTTAATAACGTTAGTCTGCAAACATTTCCCATCCAAAATGAGCTTCTCTGTGTTATCTTTATGCCAAGGTGTGTTTGATGTTTGGAACAACTGTTTCCAAGATGCAAACATATCTTTGTATCTAATTACAAAGAGCCCAAACTTCCCTTCTCTGGTTCAATGCACAATATTAATGAGGTCAATGATTATGTTAATTGGGGAGCATTCTACAGCATGTTTTAATTAGTCCTCTGTATTCTGATTTAATGAAGAGCCTGAAAACTTCACTGGATGCTTGGAATTCATACGGTTCTCGGTGTACACTCTTTAAAAGGACATTTAAAGAACTTTGAAACTCTGCGAAAATT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00046916 lncRNA upstream 452383 4504746 ~ 4508590 (+) True XLOC_022747
TCONS_00046790 lncRNA upstream 1001550 3958172 ~ 3959423 (+) True XLOC_022741
TCONS_00046914 lncRNA upstream 1149176 3776040 ~ 3811797 (+) False XLOC_022740
TCONS_00046915 lncRNA upstream 1149176 3782552 ~ 3811797 (+) True XLOC_022740
TCONS_00046913 lncRNA upstream 1160488 3775906 ~ 3800485 (+) False XLOC_022740
TCONS_00045249 lncRNA downstream 270460 5237709 ~ 5268228 (+) False XLOC_022751
TCONS_00045250 lncRNA downstream 270463 5237712 ~ 5262514 (+) False XLOC_022751
TCONS_00046919 lncRNA downstream 869507 5836756 ~ 5838324 (+) True XLOC_022755
TCONS_00045264 lncRNA downstream 938299 5905548 ~ 5908241 (+) True XLOC_022757
TCONS_00046922 lncRNA downstream 1115411 6082660 ~ 6089253 (+) False XLOC_022761
TCONS_00045244 mRNA upstream 523225 4434117 ~ 4437748 (+) True XLOC_022746
TCONS_00045243 mRNA upstream 536741 4373355 ~ 4424232 (+) True XLOC_022745
TCONS_00045242 mRNA upstream 537270 4373355 ~ 4423703 (+) False XLOC_022745
TCONS_00045241 mRNA upstream 537270 4373355 ~ 4423703 (+) False XLOC_022745
TCONS_00045240 mRNA upstream 543230 4373033 ~ 4417743 (+) False XLOC_022745
TCONS_00045245 mRNA downstream 10613 4977862 ~ 4982417 (+) False XLOC_022749
TCONS_00045246 mRNA downstream 10806 4978055 ~ 4983423 (+) True XLOC_022749
TCONS_00045247 mRNA downstream 240922 5208171 ~ 5214940 (+) False XLOC_022750
TCONS_00045248 mRNA downstream 241005 5208254 ~ 5213223 (+) True XLOC_022750
TCONS_00045252 mRNA downstream 270504 5237753 ~ 5314707 (+) False XLOC_022751
TCONS_00045239 other upstream 804574 4154959 ~ 4156399 (+) True XLOC_022744
TCONS_00045238 other upstream 901400 4059456 ~ 4059573 (+) True XLOC_022743
TCONS_00045212 other upstream 3158589 1802268 ~ 1802384 (+) True XLOC_022724
TCONS_00045190 other upstream 4708047 252805 ~ 252926 (+) True XLOC_022698
TCONS_00045189 other upstream 4722610 238247 ~ 238363 (+) True XLOC_022706
TCONS_00045270 other downstream 1096422 6063671 ~ 6063785 (+) True XLOC_022760
TCONS_00045273 other downstream 1437945 6405194 ~ 6405316 (+) True XLOC_022765
TCONS_00045274 other downstream 1614803 6582052 ~ 6582168 (+) True XLOC_022766
TCONS_00045322 other downstream 4779043 9746292 ~ 9866290 (+) True XLOC_022791
TCONS_00045329 other downstream 5270040 10237289 ~ 10270299 (+) True XLOC_022794

Expression Profile

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