XLOC_023628


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_023628
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 36689295 ~ 36699007 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00047246
GTTCATGGATAGTTTGGGATGAGACATTTCTGTAGAGCTGCAGTATTTTTTCTGGAGAAAACAGGAGTGGACATTTGCGTATACAACTGTTGACTTGATAACAGCGATTTCTCGCGGGACACTACATGAGAATTATACAACTTCATAAGAGGATTATGCAATTCCTGCTCATTTTAAATGGATTTTCGATAATTCTTTATAATCGGCACACACTTGAGTGCTGCATTTTTAGATGCTGTGTCAAGTTAAAAAACTTCAACTTTAACAAGCAGTGCTGATCATCACTGTTAGTTCCATAGCAGTGGAACAACTGTTGCAAGCTTCTGTTTATAGTAGAAAGCTGGCATGACAACTggtttatttactattatatcATGTTGAAGAAGCCGCTCATTGTGGCTGTGTCAATAGATCCAGTGTTATAAATGATGTAAGTTAAGTGCAGGGGTGTagaaactcggtcctggagggccggtgttctgatTATCTGTGCTCCATCCTCAGAATGAACTACCGGTAGCTTAATCTGTCATGTTTCATCTACCAAAACAGGGTAAGCACATCTTGTCAACCTCAAATGTCTATCAGAGAGAACTACCACATTAAATTAGGATGTAAAAACAGGAGTAGCACATACTGTCAGCTTCAAATATCTATTGAAATGAACTACTACTCATAGAAAAATCTAGAAAAAGGCGTAGCAGCTTCAAATGTCAATCAGAATGAACTACtgccttcatttaaaaaaaaaaaaatcattacttttatatttaatttgtttattagagTTCTGTCTGATtgacatttgaagctgacaaaATGTGCTACCCCTGTTTTTACACCCTTCCTTAAGGAAGCAGTTcattctgcaggacaccggccctccaggaccgagtttggcaACCCCTGTTTAAGTGCTTAGCATATGATATTGTTTTCCTATTTTCAGTGGGTCTGTAATTGTCGTTATTACATTACAATCGTAACATTGCATCACACGGACCTCAtgcttttttaaaacccattGCTAAGTACAACGACTCGCATTTCAGCAAAGATGTGTTCAATGTGAATGAGTCCTAAGTtatttgagtgtgtgttgatTTACATTTTGAGTCACTTTCTGTTCATTTTTAGGTCTTGCATTGTGAAATGAGTCTGAAAGAAAGATGTTATGATGACCTCAATTCCAGATTATAATATAACAGCTGAAGCAGCATGATGTCATCAGCATACAGCAGGATTAAGTCCTTTCTTGGCACGGTTGCTTGCATGATCACTGCAAGAAATATGAACAATTTTGctgttttatgaaaaaaaatgcacaaaatagCAGATCATCAGCTTTTTTCAGAGTCAAACGGTTTGACCTGACCTGCAGTTGCTTAAAAAAGCATTTGATACAAAAGCATTGGGAAAAGTTTCTATTATTTgcacattatttgagcatttatATTTAAATCTACAGTGATTAGCATATTtgagtacaccccccacaaatctctaatttaaaattatattttctttaggatgctttacaatattatattagttCATATACATTAGGTTAGTCAttactgaagccaaatttggagctaatttaacaaaattgctgacaaaaatgtttcaaaaattaGTAGCTCAAACTtatgttaggggaaaatattaaatacaattttcaaaaatagtaaaaatcaagagaaacaaaaaccaTATACAATTTggataaaatgtttgtaaaaaatgttttttgaaatattttgcatgaaCTTACATGTATTatatttccatttctaaagatgttctgtggctaaaatgttattttaataaatatatctgtttaaaaaatctgttttgttcaaatgcaccaatatttaTGTTAACCATacttactgagaaatggataaaaaaaataataatttaaaattcatactcatatatgctgagcactatatttATATTCAAGATTGTGAAAATGCATTTatctcatttatttaattgatttatttttgtatttttaattcctttttttttcttcaaaattttCCGCAAACTTTTTTACGGCTGAAGGCAAAATAATTAGCCCTGtgaaatagatttttcattttacaaatattttccaattgatatttaatgaaattaatgattaaaaggaaattttcactattatatatttttttcttctggagaaagtcatatttcttTTAGATtaagtagaataaaaaaatatttacattttaaatgtaaatttacacttgaatcttttttaaatatatatatttttaaattaaatatttttaaggtcaacattactagcacctttaatacatttttctttttaatatacattGTCCCCTATGTGAAACAGGGAGGTTGCTGAAGTAAAGAAAGTGTTTATTGGGGCAATGTTAGAAATAAAATCGAATACCCACTCTTTGATGTGTTTGATTTGTCTGTTTAGTCCAGGGGTGCTTATGAAAGATGGTGGTGGGCTGAAAGTAAATATACCAAAGTTTTACATTCAAGTTGCCATGGTAATTTCCTATTTTAttaagcttttaaaataaataatacttataaaaacattttaatcatattaataattaaatatatatatttctacatTATATTATGAACTTTATATTGATTTGCTCAGCAATGTCTTGTGCATTGTGCATCTTCTAGTGACAgcctttatatttttaaaaatctgatttatgaACAGTATTTGAGTCAAACATTTTATTACAGTTAGCTTTTTTGAAGCTcaataatgaataaagaaataaaaagttatgttaaattagaaatgacgatctctgttaaaggcatttgccccaaccttctccctctcttctcagatgggatggcgggccaaatcaaaggttaccataggTCAACTTCGGCCTGCGGGCCCTAGTTTTGGCATCTCTGGTTTAGTCTGTATGTGACTGTGTCTGTATTTTAAATTgtcaattcattttattttatttttttctctcttgaattgttataatatttacctGTGTGGACCGCAGGAGGAAAATAGCAACCTTGCTAAAACCTGGAACAACGCATCTTTCCTTTTTGAggttaatgtaattttgtgtaaataaaaaaaggacaaaaatttatat
>TCONS_00047247
GTCCAGTGGGAGTTCATGGATAGTTTGGGATGAGACATTTCTGTAGAGCTGCAGTATTTTTTCTGGAGAAAACAGGAGTGGACATTTGCGTATACAACTGTTGACTTGATAACAGCGATTTCTCGCGGGACACTACATGAGAATTATACAACTTCATAAGAGGATTATGCAATTCCTGCTCATTTTAAATGGATTTTCGATAATTCTTTATAATATTCACACCTTTCCCAGTTTAAGCCATTCAGTACGCTGCATTGATGATTGTTGACTACACTTAAAATCAAAAGCTGCATCTATACTTGCAGTAtcgaactcattcattcattttcttgtcggcttagtccctttattaatccggggtcgccacagcggaatgaaccgccaacttatccagcaagtttttacgcagcagatgctcttccagccgcaacccatctctgggaaacatccacacacacattcacacacacactcatacactacggacaatttagccaacccaattcacctgtaccgcatgtctttggactgtgggggaaaccggagcacccagaggaaacccacgcgaaggcagtgagaacatgcaaactccacacagaaacgccaactgagctgaggttcgaaccagcgaccttcttgctttgaggcaacagcactaccgactgcgccactgcctcgcccattatCGAACTATACTAACTAAATGAACAGCTAAAGCTTATAAAAGATGAACGAATGCATTGCTCATTGTTAATTAATATCTATTGTAAAAATTCAAGGTTGTATTTCATTTAACAAACCTAAACAGTAAACAGATTTTGAAATAATGTGTGTGTTCAAATCCACCATTCCCTGCCATATAAAATAACACTGTGCATACAGAGAAAacgatatgattttttttaatactaaattTTGCATAAGACACTTCATGCATAATTTGACTGTAAACTACATCATGTTAACGACTGCACATGAAGCAAGCAAttagtaatatttacaatattattacagCAATGAGTAACTACACGCTGACTACTGTGACTCATGtaacacacttgcacacacacacacacacacaaaatccctGTGCTTGAATGTTTCAGCATTACTGCACATTGTTTTCTTCTCATACATTTGAACATTACTGTTTGAAATgcttgtcctaacacaaatccattaagttaacataattgttttaacaagTGTCAGTGGATTGAAGAATAAACAAAGGTGTCCCAAAAACTCCTCATGAATTGTGTcgatttattccttcattcatttcattttcagcttagtccctttttaatcagcgatcgccacaacggaatgaaccaacaacttatccagcatatgttttacacagcggatgcccttcaagcagcaaccctgtactgggaaacac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00047246 False 3137 lncRNA 0.31 2 36689295 36698996
TCONS_00047247 True 1405 lncRNA 0.39 2 36693338 36699007

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_023627 ccr10 coding downstream 9034 36673686 ~ 36680261 (-)
XLOC_023626 CABZ01055365.1 coding downstream 95419 36581016 ~ 36593876 (-)
XLOC_023625 NA coding downstream 109828 36574093 ~ 36579467 (-)
XLOC_023624 NA coding downstream 322529 36364436 ~ 36366766 (-)
XLOC_023623 si:ch211-40k21.9 coding downstream 351900 36331032 ~ 36337395 (-)
XLOC_023629 si:ch73-334d15.1 coding upstream 22334 36721341 ~ 36727922 (-)
XLOC_023630 dcakd coding upstream 99551 36798558 ~ 36802891 (-)
XLOC_023631 fam171a2b coding upstream 113633 36812640 ~ 36826504 (-)
XLOC_023632 NA coding upstream 173868 36872875 ~ 36879127 (-)
XLOC_023633 dnaaf3l coding upstream 204165 36903172 ~ 36910224 (-)
XLOC_023665 dre-mir-735 misc upstream 1478954 38177961 ~ 38178027 (-)
XLOC_023621 NA non-coding downstream 261514 36275575 ~ 36427781 (-)
XLOC_023613 NA non-coding downstream 642103 36046699 ~ 36047192 (-)
XLOC_023612 NA non-coding downstream 674565 35998439 ~ 36014730 (-)
XLOC_023635 NA non-coding upstream 347587 37046594 ~ 37049911 (-)
XLOC_023636 NA non-coding upstream 370676 37069683 ~ 37076817 (-)
XLOC_023637 NA non-coding upstream 471310 37170317 ~ 37170924 (-)
XLOC_023641 NA non-coding upstream 590461 37289468 ~ 37295101 (-)

Expression


Co-expression Network