XLOC_025218


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025218
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 18189609 ~ 18197126 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00052635
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>TCONS_00049807
TAGAtcaaatgactgaataaatataaaggcTAAGTAGTGAGCTGACACAGCAGATGAGCAAAGCTTTAAAACAACCTTAGCTAATCTGTTTATCTCTGTTTTGCATGGTTAAACGTGAACAGGCTGCTGTCTTCGAGAGGGAATCAGTGTTATGAAATAGACGACAGAAAACGACGAGATGATACGTGCCGAGCGAGGAGAAAAGCAGACTAATTTCCTGGGAAAAGCAAAGCTGAATTCTGTTCCCTGATTGGATGCACTGCTGGTTTTTCATATGAGAGTCACGcgtaaacatgcacacacatatccAGAAAGCACAAGGTAAACCCATGCAACCTCAAGTCTCTCTTTCCCTCTCCTAGCTACCGGTCTTGAAGGAAGAACTTTTGACATTGGCGAGTGCTGAGACTTAACATGGAGTTCAGAGGCGGGTTTGCACAACAAACAGATGTTCTTTGATGTCAGCTGCAGTGAGGGGGAGGCGAAAAAATGGGAACGCTAAAAAGAAGTAGGAGGAAGGTGTCAGAACTCTAATCACCAGCCAGCGCACAGAAAGAAATCTATTGTATCTCGTAGCGCAAACACTGGGTTGTATTCACCATAACCTTGGCTTTTATACAAGATTACATTTATTCCATTGGTTATATCATTAAGAATTTGTGACTGGTATGTTTGATATAGTATTCAAAGAATTGAACAGCATGGCTTACACCTGTTAAACCCTTTAAAGGCCTCTCATTGAAATATTCGTTTGGAGTTTTACTACAATATTATAAGACTTTAATgacatataatataatgtatgtcAATGAAGTTACCATATATGCTTGATTAAGAGTgtataaattacaaaatatttgGTTTATGCTGAAAAATGTGCTAATATGTTAAAGTAATAGcatagtaaaaaaagaaaagggaTTATGTTCTGGCAGAacgttattattcattcattttccttcagcttagtctcttttgtATCAGGGGTCGGTGAACCGCAaactataccagcatatgttttaaacagcggatgcccttccagccacaaccaacccagtacagggaaacacccatatactctcgcattcacacacataaattacagccaatttagtttatttaattcacttaaagtgcatgtgggaaactggagcacatggaggaaacccgcacaaacatggggagaacatgcaaactcctcatagaaataccaactggctcagccggggttcgaaccagtgacgttcttactgtgaggtgacagtgctaactaatgaaccactgtgccaccaatGGAGGGTCTCACACCAGAAGCGTCGCTCGGCGACacgccacaaaacataaaaataaacattttgaatatgcgcataaaaatcggttgatggaaacgccaagataaatgttgaaaatgcgcattaaaaacatatgtgcataactgagtagtaTACATTTTTTAAGAAAAGCTAAGAAAAGATAAGAAAAGCTGCGCATAAACTTCAATGGAAAGACTTGAActaattccagtatgcgcattaaaaaagccACGTGATTTCggtataagagatcatgtgatggtaaaaatgtgagtgaatggacaaaccagcaggctgagcacattgtaaaacatctgaaatgttgtcagtATATAGTCAGTATCTtggtattagtgttattatattattaatgacctccagaatcaagagggTCTGTGCTCCGGGTCTCACGACTTCAAACACCAACACGCATTCACTGCGTGTCAAGATTGCTTTCttaggtgcaagtcatttataaaataaagaaatgattcACGCAGCTTTTCTTAtagcagcaaattccgtttttactgttgacatttggcaccagttaatcaggaagagaTGATTTTTTTCGCTTTGACTAGTGGGATGGAAAccctgctttatttgcacatcttttatgcgataatccaattttgcacataaagttaattcgcatttttggatggaacaTAGCTATTGACATCTTCACATGTTTTTTTCATGGCAGTTACTCAGTGTCGCCCCCTATTGATCAAAATAATAGTACAATGGCATATTAGAGCATATGAAAGTCTACATAACTCGTACGTTACATAACGGCTGTACCTTCATAGTCAGCCAAGATGTCCTCATTGGAGTATGTTCAatcacaaaattaataaataaatgttgcccAGTAATATCTACCAAAAATCTTGAcattttaagcttttaaatgatatattgtatACCCTgttagacattagcccctttcacacatacagacctttccggaaaattaccggcaattttccggaaaggttgtatgtgtgaacaggtcctttttgaaaataccggtaaattcgttctggctattttccggaaagaaaagttgtaacattaccggcaatttgccggaatgctgcgctgtgtgaatgcagaaggaagactgccgtaataagcgcgtgcacgtctagaacgtgctgacgtgagaagtctgctttagccaatcacaacagtcagacgcatttacgtccgcgcggtttgtgagaataaaagcctttgaatatttttccagacgcatttagctgctagaagttagtcagatcacgtttatatgttcttcttaatgccaactgtgtaaatcatcatcgatgagatgcttatgagctgttgtttgtttaccttcaagctttgcgtgcgcctgtgAAAcggcctgtgagcgcctgcacacgcacatgttatgaacatctcgacatgcgaaagtgatcctgcgaaagttgttcacaatattgatcatccacagagtttgtaatttagtcaaatgtttacaaatacaagcgcagccgtttaaagctcatttcagatgtcagaatttaccggtattttggaatggatgtgtgaatgctcttttctggaaaatttccataacgtcctcgcctgtgtgaacagcgcttttttgaatataccggtaaagtggttccggaaattttccagatatttaccggtatcactgtgtgaaaggggctattatctaGGCTGACAGTTTtgagctattaaaaaaaacagtagtaAAGTATTTAGAAGCCATTGATTTATAGTTTTTCATGATTACATGAGGATTTAATTGAAATATAATGAAGTACACTTAAGTATCCCACTGGCAGAAAAAAAATatcctttttaaaaagaaaacaaaaattaaattcgAGTACTTCTCTCATTAAGAATGTATCCAAATAGTTTTGAACTGTGTATTGCCTTGGCGTTTCTTTTTAGGATTACAAAGCTGACAGTGACCTGTTACACTGACCTTATCTTCTCTTTAAATAGGCTTTGAGTCACAGTTACAACGCCGGGGAGCTGATCCAGAGACGTTTGGATGGAAGCTAAATTACACAGGCTGTCAACCAGACCAACATACAGCTCCATTCGGGCGCATGATAAATTATGCAAAAGAGCCTAACAGCACGAAAATGACCGTGCCATTCGCTGTCACTTCAGACAATTTGTATTATGACGTTTCACGAATGCTTGGCCAATTACCCCCAATGGATCTGTTGCATCAATGAAATAACAGTTTATCCAGTTGCTCCACTCCAGCTATGTGATTTAGTTATTCATTAAACCACCCACATCACAAGTGCAGAATACAGCTCGGGATATGTACACTATGAACAGCTCATTTAggttagtgtgtgtatgtgtgtgtcagcaCTGCCTATAAGTTATAGACCCACACGCCTACAAATCTAGTAGTACTTTTCCAAAACAACTGCGCTTACATAACTTGTCACAATTTATTTCCACTGCCGTCAGTCCACAATGTTATTTGTGGAGTAAAACAGTTTTAGAAAGAACTTCTGAAAGCAAAAACTGCTAACATATAACTACAAATACTTTTTTCTATAGCAAAtaaatttaaaggggtggtccagaatgtacttttaaggcttggttgtgtttataagatgcaaagcaatgt

Function

GO:

id name namespace
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GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination biological_process
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GO:0051539 4 iron, 4 sulfur cluster binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03050 Proteasome
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko05169 Epstein-Barr virus infection
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00052635 False 7518 lncRNA 0.36 1 18189609 18197126
TCONS_00049807 True 3981 lncRNA 0.39 2 18189685 18197126

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025217 wfikkn2a coding upstream 84951 18097700 ~ 18104658 (+)
XLOC_025216 ankrd40 coding upstream 108685 18062871 ~ 18080924 (+)
XLOC_025215 NA coding upstream 127826 18040613 ~ 18061783 (+)
XLOC_025214 aclya coding upstream 180293 17951790 ~ 18009316 (+)
XLOC_025213 cnp coding upstream 242660 17933132 ~ 17946949 (+)
XLOC_025219 si:ch211-139g16.8 coding downstream 192237 18389363 ~ 18396564 (+)
XLOC_025220 rps2 coding downstream 201750 18398876 ~ 18403179 (+)
XLOC_025221 GAA coding downstream 216335 18413461 ~ 18423078 (+)
XLOC_025222 gaa coding downstream 227118 18424244 ~ 18435575 (+)
XLOC_025223 tbc1d16 coding downstream 240271 18437397 ~ 18502030 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc downstream 12051613 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025203 CU207238.1 non-coding upstream 727724 17395239 ~ 17461885 (+)
XLOC_025197 BX470185.1 non-coding upstream 1306305 16874401 ~ 16883304 (+)
XLOC_025188 CR388224.1 non-coding upstream 1816482 16373012 ~ 16373127 (+)
XLOC_025185 NA non-coding upstream 1948269 16186593 ~ 16241340 (+)
XLOC_025227 NA non-coding downstream 473698 18670824 ~ 18672291 (+)
XLOC_025229 AL772362.2 non-coding downstream 574402 18771528 ~ 18788485 (+)
XLOC_025233 AL772362.1 non-coding downstream 670709 18867835 ~ 18867952 (+)
XLOC_025234 CU151886.2 non-coding downstream 695524 18892650 ~ 18892766 (+)
XLOC_025235 CU151886.1 non-coding downstream 720335 18917461 ~ 18917583 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G170743 NA non-coding CI01000034 null 5105494 ~ 5106154 (+)