XLOC_025231 (tnpo2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_025231
gene name tnpo2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 18807006 ~ 18839529 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00049831
aacaaAACTGTTTCATTTTGTAATCACTTTAAGTTATGTACTGTAATTGATTCTTAAATGTCTTACCCTCAAGTTTATATCAtgttctttattttctttctttctctcttgtaTCTTTTTCATGGATAGTGTAATTCATATTCTGTATTTTAAACATATATTGCTACAAACTTCTCAACTTtttttgcaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatataccaaACATTTGGTTTGGTAAACcaaaatgaattagattttttatgtctatttatttatctactgtttttgcaggtttcgtcctccatacAAAAGAGTATAGAATCAATTTTTATCTAATCTAGTGACTCTAAGCTCTTTGTTCATAAAAAAGAGTCCCTCTCAGATTCGTGTATTTTTGAAACTGCCGACATGTCGTCACTTCCTCGTGGCGGCGGTCGTGCTGCGGAAGTGTTTGAAAGTGCCATTGCGCGAGACTAGCGCGAGCTGATAAGTAGGCCTCCACACGCGGCATGTGATGGAGTGGCAGCCGGATGAACAAGGCCTCCAGCAGGTCCTGCAGCTCCTCAGAGACTCTCAGTCTCCAAACACAGCCACGCAGAGAGCTGTGCAGCAGAAACTGGAGCAGCTGAACCAGTTTCCTGATTTTAACAACTATCTCATCTTCGTCCTGACGAGGCTGAAAACTGAAGATGAGCCCACACGATCTCTCAGCGGTTTGATACTGAAGAACAATGTGAAGGTTCACTATCAGAACTTCCCTCCAGCAGTTGCACACTTCATCAAGCAGGAGTGCCTGAACAACATCGGGGACCCTTCGCCTCTCATCCGCGCCACTATcgGAATCCTCATCACAACTATTTCCACCAAAGGGGAGCTGCAGACATGGCCAGAGTTACTGCCTCAGCTGTGCAACATGCTCGACTCAGAGGACTACAACATCTGCGAGGGCTCATTTGGAGCTCTTCAGAAGATTTGCGAGGACTCTTCTGAGCTACTGGACAGTGATGCTCTGAACCGACCTCTAAACATCATGATCCCCAAGTTCCTGCAGTTCTTCAAACACTGCAGCCCCAAGATCAGGTCTCATGCTGTTGCCTGTGTGAACCAGTTCATCATTAGTAGAGCACAAGCCCTCATGGACAACATTGACACTTTTATTGAGAGTCTGTTTGCGCTTTCATCAGATGAGGACTCGGAGGTGCGGAAGAACGTGTGCCGGGCTCTGGTCATGCTGCTGGAGGTGCGAGTAGATCGACTCCTTCCTCACATGCGCAGCATCGTTGAGTACATGCTGCAGCGCACACAGGATCCAGATGAGAACGTGTCTCTGGAGGCCTGTGAGTTCTGGCTTACACTGGCTGAACAGCCCATTTGTAAAGACGTCCTGTCTGGACACCTTGCACAACTGGTTCCTGTTCTGGTCAACGGCATGAAGTACTCTGAGATTGACATCATTTTGCTAAAGGGTGATGTGGAGGAAGACGAGGCCGTGCCTGACAATGAGCAGGACATAAAGCCACGCTTTCACAAGTCTCGTACGGTCACTCTTCGGCACGAGGGTGATGAGGGGGAGGAAGGAGAGGACAGTGAAgatgatgacgacgatgatgatgacaGTCTGTCCGACTGGAATCTACGGAAGTGTTCAGCAGCTGCTCTTGATGTCTTGGCAAACGTGTTTCGGGATGAGCTGCTTCCTCACCTGCTTCCAGTGCTGAAGGAACTGCTGTTCCACCCTGACTGGGTGGTGAAAGAGTCAGGCATCCTGGTGCTGGGAGCCATTGCTGAAGGCTGTATGCAGGATATGGTTTTGTACTTGCCGGAGCTGATTCCTCACCTGGTCCAGTGTCTCTGTGATAAGAAGGCACTGGTTCGTTCCATCGCCTGCTGGACTCTGAGCCGCTACGCACACTGGGTGGTCAGTCAGCCGGCAGACTCCTACCTCAAGCCCCTCATGACTGAGCTGCTCAAACGCATCCTGGACAGCAACAAGAAGGTTCAAGAGGCTGCCTGCAGTGCATTTGCGACTCTGGAGGAAGAGGCCTGTACTGAGCTGGTTCCATACCTGAGCTACATTCTGGACACACTGGTGTTTGCGTTCAGCAAATATCAGCACAAAAACCTGCTCATCCTATATGATGCTATTGGCACCCTCGCAGACTCTGTCGGACACCATCTGAACCAGCCAGAATACATCCAAAAGCTCATGCCGCCTCTCATTCAGAAATGGAATGAGCTGAAAGATGAAGACAAGGATCTGTTCCCTTTGTTGGAGTGCCTGTCTTCAGTGGCTACAGCTCTGCAGAGTGGCTTTCTGCCCTACTGTGAGCCGGTTTATCAGCGCTGTGTCACTCTGGTCCAGAAGAACCTCGCTCAAGCCATGGTCAGTCCACATCTGTGCTTGTTTGGGAATGAAGTGTGTTTGGCTGATTCCTCAGGTGTTGTCATGCTCTCGTTACAGATGTATAACCAGCAGCCGGAGCAGTACGAGGCCCCTGATAAAGACTTCATGATTGTGGCTCTGGATCTGCTCAGCGGCTTGGCTGAAGGACTCGGAGCAAATGTGGAGCAGCTGGTCACTCGCAGTAACATCATGACCCTGCTCTTCCAGTGCATGCAGGACACAATGCCGGAGGTGCGTCAGAGTTCATTTGCTCTGCTGGGAGACCTGACTAAAGCCTGTTTCCTTCATGTCAAGCCCTGCGTTGCTGAGTTCATGCCTGTGCTGGGCCTCAATCTCAACCCTGAGTTCATTTCCGTGTGCAACAATGCCACGTGGGCCATCGGGGAAATCACCATGCAGATGGGTACGGAGATGCAACCGTTTGTGGCCCTGGTTCTCAATAACCTTGTGGAGATCATCAACAGACCCAACACACCCAAAACTCTGCTGGAGAACACCGCCATTACGATTGGTCGACTGGGATACGTGTGTCCACAGGAAGTTGCCCCTATGTTGCCACAGTTCATTCGCCCTTGGTGCACGTCACTCAGAAACATCCGGGATAATGAAGAGAAAGACTCTGCCTTCAGGGGCATTTGTGTGATGATTGGGGTAAATCCTGGAGGAGTCGTACAGGACTTCATCTTTTTCTGTGATGCTGTGGCCTCCTGGGTTACTCCAAAAGACGATTTGAGGGACATGTTTTACAAGATTCTGCATGGCTTTAAGGATCAGGTCGGTGAGGAAAACTGGCAGCAGTTCTCAGAACAGTTTCCACCGCAGCTGAAGGAGAGACTTTCAGCCTGCTATGGTGTGTAGATTCACTCTTGCGACATGGAAAACCAACTATTAAGGTCAAATCTACGGGAGGGTTACTGGGGAACTCATCCATGTCTGTTTGTGGGAACTACCTGCTGTTAGTGCCGGAGTCGAGTGATGGTTTGTGATCTGGAGGCTCCCACTTCCTCCTCCTATGTGAAAGAGGATTTGAGAGAGTTAATGTGAAATCAGCCTTTTTATTGTCACAGTTTGGCTTCCGACTCGCCCAGAACAGGAATGAAACATGAAGCTCAGGGATCTGGATTGGGAGGGGGAGGGTTCATTCAGGCAACATTCACCAGCTGCTTATTGGACAAAACAACGCCATTTTTAATAGTCCAGCCTTAGCAAAAAGCCTGGCTTCTCGGCTCCATGCCAAAAGCGCACGCTTGCAAAACACAAGTGGCAAACGTGCTCATGGCACACCATAACTGAACAAAGTTGTTTTCTAGAAgagatagatcacccaaaaatgacaaatttcacTCGTCTCATTTGAAATGTGCACAATTTCTATTCTGCATAAAACAAGTGGATTAAATCTTATAATAGGACAGAGTTTTGTAGTCGCTGTGCATCATATTTCAAGTAATCAGGCCTTGCAATGGTTTGAGAAAATGGCTGCAGTTTAAGTAGTTCACTGAGAGTGTTGCTCAGTTCTATTTTTATCACACAATACAAGGTTTACTTAATCTTGCTTTTTTAAAGCGGTAGTCGCAGTCCACTTGCGATTCTGtagaaattttaatttttgggtgcactttcactttaaaagttattagtttaaaaggtaattacatttttatgacCTTTAGGGTTGGCTAATGACAAAAGCATGCAATCATTATGACCTAATAAGTACATTTCTTCTGTATTTTCTGCTTGCTTGATTTTCCTTCATGGCTATGCGTTACATTTGAGCTATTTCATTCCATAAAGAGACTGCTTCATTTGATAGTCAAATAATTCTGCTGTAgcctgtaaaaggaaccttaatGGAATTGTTGATTTCTATGGTGGTCATAGCAAAGTAATTTTCAGATTTAGTTGCTGTTGTCTGCGAAGATGTatttaagcattattattattattattcattttgtgTCGCAAATGCTGCGTAAGAATATTGATCTAAGAAACCCTGCACCAAAAATTCACTGTAGAGATTAATTTGCCTTTTGCTGCTTTTAAAAGAACTTGAATAACTCTAGATAAATATCTATAATTATCAAAAGGAAAGTTCAAGtgaaaatgattataaaatgcttttcatttactcactctcaggccTTCAAGATGTGcactgtaataaaattaaaacaaaaacatgttgtaACATGTCCCCCCCCATGTTTTTAATGGTTTTCAATTTATTCCACTGAATttattcaacttattttaaaaaagctgaaacacaattcttgagttgttttgggacaacttaattgttttgtaatcaatccacttaaatttgtaaactaataagCCAAcgtaattctttcatgttgtcctaacacaaatcgattgtgtggaacccagcacgaTTTACAGTgtatgggatcttgatctctgTCAACCTTTGATGTTGAAATTTCAACTCTGCTTTTAaacaatgattattattattgacatcaTGTATAATAATGTATAGAAAATTCAGTTCGTAACAtgattaataatatgat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>TCONS_00049832
GCGCGAGACTAGCGCGAGCTGATAAGTAGGCCTCCACACGCGGCATGTGATGGAGTGGCAGCCGGATGAACAAGGCCTCCAGCAGGTCCTGCAGCTCCTCAGAGACTCTCAGTCTCCAAACACAGCCACGCAGAGAGCTGTGCAGCAGAAACTGGAGCAGCTGAACCAGTTTCCTGATTTTAACAACTATCTCATCTTCGTCCTGACGAGGCTGAAAACTGAAGATGAGCCCACACGATCTCTCAGCGGTTTGATACTGAAGAACAATGTGAAGGTTCACTATCAGAACTTCCCTCCAGCAGTTGCACACTTCATCAAGCAGGAGTGCCTGAACAACATCGGGGACCCTTCGCCTCTCATCCGCGCCACTATcgGAATCCTCATCACAACTATTTCCACCAAAGGGGAGCTGCAGACATGGCCAGAGTTACTGCCTCAGCTGTGCAACATGCTCGACTCAGAGGACTACAACATCTGCGAGGGCTCATTTGGAGCTCTTCAGAAGATTTGCGAGGACTCTTCTGAGCTACTGGACAGTGATGCTCTGAACCGACCTCTAAACATCATGATCCCCAAGTTCCTGCAGTTCTTCAAACACTGCAGCCCCAAGATCAGGTCTCATGCTGTTGCCTGTGTGAACCAGTTCATCATTAGTAGAGCACAAGCCCTCATGGACAACATTGACACTTTTATTGAGAGTCTGTTTGCGCTTTCATCAGATGAGGACTCGGAGGTGCGGAAGAACGTGTGCCGGGCTCTGGTCATGCTGCTGGAGGTGCGAGTAGATCGACTCCTTCCTCACATGCGCAGCATCGTTGAGTACATGCTGCAGCGCACACAGGATCCAGATGAGAACGTGTCTCTGGAGGCCTGTGAGTTCTGGCTTACACTGGCTGAACAGCCCATTTGTAAAGACGTCCTGTCTGGACACCTTGCACAACTGGTTCCTGTTCTGGTCAACGGCATGAAGTACTCTGAGATTGACATCATTTTGCTAAAGGGTGATGTGGAGGAAGACGAGGCCGTGCCTGACAATGAGCAGGACATAAAGCCACGCTTTCACAAGTCTCGTACGGTCACTCTTCGGCACGAGGGTGATGAGGGGGAGGAAGGAGAGGACAGTGAAgatgatgacgacgatgatgatgacaGTCTGTCCGACTGGAATCTACGGAAGTGTTCAGCAGCTGCTCTTGATGTCTTGGCAAACGTGTTTCGGGATGAGCTGCTTCCTCACCTGCTTCCAGTGCTGAAGGAACTGCTGTTCCACCCTGACTGGGTGGTGAAAGAGTCAGGCATCCTGGTGCTGGGAGCCATTGCTGAAGGCTGTATGCAGGATATGGTTTTGTACTTGCCGGAGCTGATTCCTCACCTGGTCCAGTGTCTCTGTGATAAGAAGGCACTGGTTCGTTCCATCGCCTGCTGGACTCTGAGCCGCTACGCACACTGGGTGGTCAGTCAGCCGGCAGACTCCTACCTCAAGCCCCTCATGACTGAGCTGCTCAAACGCATCCTGGACAGCAACAAGAAGGTTCAAGAGGCTGCCTGCAGTGCATTTGCGACTCTGGAGGAAGAGGCCTGTACTGAGCTGGTTCCATACCTGAGCTACATTCTGGACACACTGGTGTTTGCGTTCAGCAAATATCAGCACAAAAACCTGCTCATCCTATATGATGCTATTGGCACCCTCGCAGACTCTGTCGGACACCATCTGAACCAGCCAGAATACATCCAAAAGCTCATGCCGCCTCTCATTCAGAAATGGAATGAGCTGAAAGATGAAGACAAGGATCTGTTCCCTTTGTTGGAGTGCCTGTCTTCAGTGGCTACAGCTCTGCAGAGTGGCTTTCTGCCCTACTGTGAGCCGGTTTATCAGCGCTGTGTCACTCTGGTCCAGAAGAACCTCGCTCAAGCCATGATGTATAACCAGCAGCCGGAGCAGTACGAGGCCCCTGATAAAGACTTCATGATTGTGGCTCTGGATCTGCTCAGCGGCTTGGCTGAAGGACTCGGAGCAAATGTGGAGCAGCTGGTCACTCGCAGTAACATCATGACCCTGCTCTTCCAGTGCATGCAGGACACAATGCCGGAGGTGCGTCAGAGTTCATTTGCTCTGCTGGGAGACCTGACTAAAGCCTGTTTCCTTCATGTCAAGCCCTGCGTTGCTGAGTTCATGCCTGTGCTGGGCCTCAATCTCAACCCTGAGTTCATTTCCGTGTGCAACAATGCCACGTGGGCCATCGGGGAAATCACCATGCAGATGGGTACGGAGATGCAACCGTTTGTGGCCCTGGTTCTCAATAACCTTGTGGAGATCATCAACAGACCCAACACACCCAAAACTCTGCTGGAGAACACCGCCATTACGATTGGTCGACTGGGATACGTGTGTCCACAGGAAGTTGCCCCTATGTTGCCACAGTTCATTCGCCCTTGGTGCACGTCACTCAGAAACATCCGGGATAATGAAGAGAAAGACTCTGCCTTCAGGGGCATTTGTGTGATGATTGGGGTAAATCCTGGAGGAGTCGTACAGGACTTCATCTTTTTCTGTGATGCTGTGGCCTCCTGGGTTACTCCAAAAGACGATTTGAGGGACATGTTTTACAAGATTCTGCATGGCTTTAAGGATCAGGTCGGTGAGGAAAACTGGCAGCAGTTCTCAGAACAGTTTCCACCGCAGCTGAAGGAGAGACTTTCAGCCTGCTATGGTGTGTAGATTCACTCTTGCGACATGGAAAACCAACTATTAAGGTCAAATCTACGGGAGGGTTACTGGGGAACTCATCCATGTCTGTTTGTGGGAACTACCTGCTGTTAGTGCCGGAGTCGAGTGATGGTTTGTGATCTGGAGGCTCCCACTTCCTCCTCCTATGTGAAAGAGGATTTGAGAGAGTTAATGTGAAATCAGCCTTTTTATTGTCACAGTTTGGCTTCCGACTCGCCCAGAACAGGAATGAAACATGAAGCTCAGGGATCTGGATTGGGAGGGGGAGGGTTCATTCAGGCAACATTCACCAGCTGCTTATTGGACAAAACAACGCCATTTTTAATAGTCCAGCCTTAGCAAAAAGCCTGGCTTCTCGGCTCCATGCCAAAAGCGCACGCTTGCAAAACACAAGTGGCAAACGTGCTCATGGCACACCATAACTGAACAAAGTTGTTTTCTAGAAgagatagatcacccaaaaatgacaaatttcacTCGTCTCATTTGAAATGTGCACAATTTCTATTCTGCATAAAACAAGTGGATTAAATCTTATAATAGGACAGAGTTTTGTAGTCGCTGTGCATCATATTTCAAGTAATCAGGCCTTGCAATGGTTTGAGAAAATGGCTGCAGTTTAAGTAGTTCACTGAGAGTGTTGCTCAGTTCTATTTTTATCACACAATACAAGGTTTACTTAATCTTGCTTTTTTAAAGCGGTAGTCGCAGTCCACTTGCGATTCTGtagaaattttaatttttgggtgcactttcactttaaaagttattagtttaaaaggtaattacatttttatgacCTTTAGGGTTGGCTAATGACAAAAGCATGCAATCATTATGACCTAATAAGTACATTTCTTCTGTATTTTCTGCTTGCTTGATTTTCCTTCATGGCTATGCGTTACATTTGAGCTATTTCATTCCATAAAGAGACTGCTTCATTTGATAGTCAAATAATTCTGCTGTAgcctgtaaaaggaaccttaatGGAATTGTTGATTTCTATGGTGGTCATAGCAAAGTAATTTTCAGATTTAGTTGCTGTTGTCTGCGAAGATGTatttaagcattattattattattattcattttgtgTCGCAAATGCTGCGTAAGAATATTGATCTAAGAAACCCTGCACCAAAAATTCACTGTAGAGATTAATTTGCCTTTTGCTGCTTTTAAAAGAACTTGAATAACTCTAGATAAATATCTATAATTATCAAAAGGAAAGTTCAAGtgaaaatgattataaaatgcttttcatttactcactctcaggccTTCAAGATGTGcactgtaataaaattaaaacaaaaacatgttgtaACATGTCCCCCCCCATGTTTTTAATGGTTTTCAATTTATTCCACTGAATttattcaacttattttaaaaaagctgaaacacaattcttgagttgttttgggacaacttaattgttttgtaatcaatccacttaaatttgtaaactaataagCCAAcgtaattctttcatgttgtcctaacacaaatcgattgtgtggaacccagcacgaTTTACAGTgtatgggatcttgatctctgTCAACCTTTGATGTTGAAATTTCAACTCTGCTTTTAaacaatgattattattattgacatcaTGTATAATAATGTATAGAAAATTCAGTTCGTAACAtgattaataatatgataatattatataataatatgaaataatactaCACTGTtaccagcatgttttttttttaaccataatgTACAACACCAGCTCAAACAATGCATCACTTACTCAAATTTCAATATCTTCTTTTTTCTACCTCAAAAGTTGCTGGAGTAAAGATAGTCAAGGtcttaaaatgcaaattcaaaatCATACCAAAGTTACGGGGAGATTTAAGTTACAAAATAAGcaaattttaattaaaagagttgaatttaaatttttttacagagATAGCTGTGGTCTGTGTTTCATGAAATGCAAGCTGGCTTTTGAGAGTCCAAAAATAAGGTAAAAATCCAACACCCAAGCTGTGGCTTTAGTAATTACATTGAATTCTTATGAAGCAGAACATTTGTATGCCCAGATTGTGGATTGCTTATGTTTTTCTATAGACCTTAATGTGTTCACAGCAGTCTCTTAGCGTGATGGTTTAATTATATTAGATATTGAATGTATTTTTGCCTGTGTATGTCTTCCGAGTCTTAGCCactgacttgcattttataaatcacaGTTTCGGCTAAAATGTTTTGATTAAGGACACAATGTCGCCTACATTGGGAG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Function

symbol description
tnpo2 Predicted to enable nuclear import signal receptor activity and nuclear localization sequence binding activity. Predicted to be involved in protein import into nucleus. Predicted to act upstream of or within intracellular protein transport. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Orthologous to human TNPO2 (transportin 2).

GO:

id name namespace
GO:0006886 intracellular protein transport biological_process
GO:0006606 protein import into nucleus biological_process
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0008139 nuclear localization sequence binding molecular_function
GO:0061608 nuclear import signal receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03013 Nucleocytoplasmic transport
ko03019 Messenger RNA biogenesis

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040822-16 Predicted to enable nuclear import signal receptor activity and nuclear localization sequence binding activity. Predicted to be involved in protein import into nucleus. Predicted to act upstream of or within intracellular protein transport. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Orthologous to human TNPO2 (transportin 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000038239

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00049831 False 7225 mRNA 0.41 24 18807006 18839529
TCONS_00049832 True 6332 mRNA 0.42 25 18807524 18839232

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_025230 fahd1 coding upstream 10447 18795570 ~ 18796559 (+)
XLOC_025229 AL772362.2 coding upstream 18521 18771528 ~ 18788485 (+)
XLOC_025228 narfl coding upstream 37055 18756231 ~ 18769951 (+)
XLOC_025227 NA coding upstream 134715 18670824 ~ 18672291 (+)
XLOC_025226 arhgap17b coding upstream 156366 18579806 ~ 18650640 (+)
XLOC_025232 tmem104 coding downstream 1281 18840810 ~ 18923915 (+)
XLOC_025233 AL772362.1 coding downstream 28306 18867835 ~ 18867952 (+)
XLOC_025234 CU151886.2 coding downstream 53121 18892650 ~ 18892766 (+)
XLOC_025235 CU151886.1 coding downstream 77932 18917461 ~ 18917583 (+)
XLOC_025236 si:ch211-198m1.1 coding downstream 96477 18936006 ~ 18967653 (+)
XLOC_025429 BX649540.1 misc downstream 11409210 30248739 ~ 30249036 (+)
XLOC_025218 NA non-coding upstream 609880 18189609 ~ 18197126 (+)
XLOC_025215 NA non-coding upstream 745223 18040613 ~ 18061783 (+)
XLOC_025203 CU207238.1 non-coding upstream 1345121 17395239 ~ 17461885 (+)
XLOC_025241 BX322663.3 non-coding downstream 473462 19312991 ~ 19313107 (+)
XLOC_025243 BX322663.1 non-coding downstream 510190 19349719 ~ 19349817 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000034_04710539_04725888 TNPO2, TNPO2.S coding CI01000034 null 4709413 ~ 4725888 (-)