XLOC_034671


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_034671
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 21088553 ~ 21093899 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00069193
ttgtaaagtttttttgtgtgttttttaatcaACATTTCTTCAAAGGAATGTATTAGTTGTTTAACCCTTTTAAAGGCATGTATGCAGGAGGGAAAAACAAGAGAGGGATCGTGATGGGGGGGAGATGGAAGGATGGACACAGAAAAGAAAACATCACACACAAACATGGTGTTTTACAAACGTCTGAACACATCACTGGAGAGGAATGGAGGTCTTTAAAGTGGCCGCCACCCGCTGGCTATTGGCACAGAGAAACACGTACACACAACTGAAGCGTTCcctaaaaaaatacacactttgtGATTCGCCCCCCGCATGTGTCTGCGTACAGAGTACTGGTCCCAGCGCTCATGGCGAAAGCAAGTGCACAAAGAACCGCTGGATGTGAAAGACAGAAGATGGACCTTTCTGAGGCCATGTTCCATAAACGAGACCTAAAAAAGGCAGGATGGTGAGAGAGAGTTTGTGTCTCCTTGTGTGTCATGAACTCAAACGCTCCTCTCCATCTCGTCGGTCCGTCTTTAAACGATGTCCATGTGTGTTTGGGACATTCGCACagcagcacgcacacacacctatcCAAGTCCATGTGCACAGGGTCAGAGACATGGCTTACGCTGATTGTTTTAGTAAATGCAACAGAACTTGAACAGAAATCGAACGCTTAAATATGCATGAAACAGCCCACGAATACAACAGTGCCGAACGAACGTAACACCTCCACATTTTTAGGCAACTTGATATTGAAGTAACAAAATCCAAATCTCTGCGTGTAAGAAGAAAACATCCATGTGACAGGAAAACAATGTCGCTTTTTTTTTACCCTCACAGTCTTGATGCACCAGAGTGATACGAAACTAAATGCTTTTGAGAGACAAATATTGAAGCTTCCTAGGCAGATAGAAAACAGTAACAGATTGGTCAAGTCCCAGCGTCAGTCACAAATCACATCTGCAAAATAAGACCACCAACGTATTTGCCTGTGAATGGCTTGTTATTATGTGCATGTATGCGGCGTATTTCTTAGTGATAACATTCTTTTACACGCATACAAAACACACTGTGACAATGGCAGTGAAACAGAACACAATTTTTACTCCTGAGGCCATATTCTGTGCAAGAATGCTAACAcagatgctaatgcttaaaaataaatgctatattgTTAAAATTGGTttcctttatttaattaaatcatggGCAGGATTTTACTAATCTGCTCTGTTGTTTTAGttcatttagaaatgttttttttttctaaaagatgtctaatagacatttaaacatagtcatcttggctaaaacaagtctaaatttgggctgtcagtgaaaatctaatagacgtctaagaataggccaaaactagactagtcatcaaataagcAGATTGGAATGACTACACATaaaaagtctgtctaatctgtctatttgaccacTATTtggttttgggctattcttagatgtctattcaCTGACAGCCCACATTTAGCCTTGTTTTGTGGCCAAGCTGTCTACGTAGATATTTATTAGATGCTTATTAAACTCAAAATTGTTTACTGGGGTAAGTCTAACTGTTTTTAGCGCAGCTAGCATATCAGTAGTATACTAGCACAGATAAGATGCAACATAAATAATGACCACGTTGATGTATCTAAAACGAAAGAACTTTTGAggacaaataatacatttttagtcACAATAGATTCTCTATAAAGATGTTTTAATGCCACTTTAATGTTATCTAATGTATCTTATGCTAATCATTGtattaaagatgtctaatagacgtcgaaacatagtcgtcttggcgaAAACAAGATTAAatctgggctgtcagtgaaaatctaatagacatctaagaataggccaaaaatagactagtcatcaaacaaCCAGAAATGAATGCCTACActtataaagtctgtctaatctttcTATTTGACCACTAGTTTAGTTTTGAGCTATGcttagatgtctgttagattttcaatgacaaatttagccttgttttagccaagctgtctacgtttagatgacgtctattaaacacaaaattgtttgctggggtAAGTCTAACTGTTTTCAGCACAGCTAGCATATCAGTAGCATACTAGCTAAAAAAAACTCTGggaacaaataatatatttttagtcatAATAGATTCACTGTAAAGATGGTACTTTTTATGCTACTTTAATTTTACCTAATGTATCTTATGCTAATCGTTGCATtcaagatgtctaatagacgtctaaaatggttgtcttggctaaaacaaggctaaatttggtctgtcagtaaaaatctaactgacgtctaagaataggccaaaactagactagtcatcaaataaacagaaatgaatgactacacttATAAAGTCTGTATAATGTGTCTATTTGACATCTAGTCTGGTTTTGGGCTATTCTTCGATATCTATTctctgacagcccaagtttagtcttgttttagtcaggctgtctacatttagatgtctattagatgccAATTAAACTCAAAATTGTTTGCTGAGGTAAGTCTAGCTGTTTTTAGAGCAGCTAGCATATTACTAACATACTAGCACACATAAGATGCAACAAACAATGACCACATTGATGTATCTAAAACGAAATAACTTTTAGGAACAAATTATTCACTTTTAGTCATAATAGCTTCACTGTAAATATGGTACTTTTTATGCTACTTTAACTTTAACTAATGTATCTTATGCTAATCATTGCATTGGCACAAAAAAAGCAGTTTCAGGAAGCAATAACATGTAGCTAAAAGCATTTGTATTCACATACTTGCACAGAGTGTGTTGCAGGCCTAAAAGAGCAATTTCATTGGCACTAACAGAGAAATACACACACAGCTAGTTACAAAGCtgcatgattgtgtgtgtgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagagagagagagagaaaagagagaaagagaatgtgAAAGAACAATGCTAATCACGGCATTTGTTGAGGTAACCAGCATGTATGCCCAATCAGAATGGCTTTTGATTGTGTTTTGGAGctgcacatgtgtgtgtgaggtgaAAATCACTTTACAAGAGAGCTTTTCTGTGTGCCATGGCCGTCGTTGTTctctcagtatgtgtgtgtgcatgtgtgtgtgtgtaaacgtctACATTAAATTGAGACGTGTCCACAGATACTCAAGAATTTGCAACGAGTCTAGAAATATTTCCACTTCACTTGATGTGAACAAAAAAGAGCACTGTGTGTCTGTAAAAGAGTAATTCAGTGTGTCCATCTATGCCTTTCTTTCCCTCAACTGTCTCTTTTTACCTCAGAAGACCAACAGGCCTGCCTTTTCCACCATTTTCAGACAGGTTTATTAAAAACCCTTCCATCCCTCCCTTTCTCTATTTCTCCTTTAAGCATTTTTAACTTTCCTCCTCTCCCCCACCTCCCCCTCCcatatatgttttttcttttaatgtgtGATTCTTCCATAGTTTCACAGTCTTTGTAGAAGCTTCCTCGCTTGTGCGTTAGCTTTCTCAACAGGCGGTGTTCACAATTCTTTTTATTTCACCCCCATCCAATTCTTCCCTCCTTCCCGGGTTTTTTCCCTTTTTTCCAAGcgtcttttaaaaataataataataaaaaaaaactttctcggATTGTTCTACCTCAACACATTCACAAACGAGGTCTAGCTTCAAAACTACATCAGAGTACAAGGAGctataaaaatatatgtgtagAGCGGAAGAGACTCCTGGGAAAGAGGAAAACGAGGGGGAACCAAACAAACTGGCTTTCCGCAACAGAATGAAagcattaaattaatttacaactCAAAAAAAGGGGATGAAACAAGGTCAGCATGTCATAAAAAATAGGAGAACAAAAATTAGGCCTAACAAACTGTAactttacatgaaaaaaaatctaaaaattatttactgagtattcatatataattataatctatGTGTCGAAAGCAATAAAAAAACCTTTTTGATGTTCGctcatatttttgtgttttggttTTGAAACAGTCTAACAAACACACGCGCCCATGCTCACACTAACACTGTACTCAAACACTCACTCATCCACGCGCAAAAACACTTGCGAGTTGTACTGAAACATGCCGGTCGCGCCAGCAATGTTGGAATATTTATCCTAGACACTCACAAAATACACACGTTATTAAAATATACAAGATTCTCCACGCCACTACAGCTCCACCAATCCAACACACGGGTTTCAGATTACGGGACTGCAGCCCTGTGTGACGATTGGCTGAATCAATGGCCCCTCCCCCTTCCGAAGGAGTTTAACACAAACTAGACTGCTATTTGTGAGTAAATGTAGCATTCGAAGCCAAAGTCTGCGTTGTCTTCGTaggttcagaattttttttttgtcttttaagaGTCTCGCAAAtacatcagaaaaaaagttttgatgCTTGTGCTCCAGAGCGCCCCCTAAAAAGGagataatgttatttttttttcagtcctCCAGGAGGTCTTGTATATTTTTGAACTTTTCCCCATGTGGGACGTCAGAAAGGAGGACACCTTTACATTAAGACATCCTCTCTCCAACAAAAGGCCAAAGTAGGGGAAAGTTTTGAGGAACGATAGCACACACAATCAGACTCACTCGACCATGAGTGGTCAGCGTATCGGAGAAATGTGTGTGAAGGTAAAGGTATCTGATCTACGGGGATGCAGACGGTGAGGGGCGGGGCTTGGAGGCGGGGTTTAGGTAGTCGTTTAAGGTGGGTGTGGTTATAGCAGATGTTTTCAGTAAGGTGGTCTCCGGTTCTCATACTTTATAATAGATGTCAGAGAGGAGAGGGACAGGGGAGGATGGTGCGATTCGGAATGTTTGGCGTGTCGGCGTCGGTAGCACACCACGCAGATCACAGCAGTGACGAGCAGGAGGAATGCTGAACCGCCAGCCGCACCGGCGATAACTGCGATGTTGGAGGCAGGAAGGGGGCCGTTTTCACCACCAGAACCTCTAGGGGGAATTTGCGGATGGGTGCTGTTTCCAGTACCTGgaaaacagagagaagattttgaTCAGTTCAACAGATATAAAAAGACTCTATTGTTTTGACTTGGATATAATTAATCAATTTACACGGTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00069193 True 5160 lncRNA 0.39 2 21088553 21093899

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_034670 fis1 coding downstream 223548 20859437 ~ 20865005 (-)
XLOC_034669 cldn15a coding downstream 251928 20826240 ~ 20836625 (-)
XLOC_034668 dnajc3b coding downstream 291514 20779026 ~ 20797039 (-)
XLOC_034667 cyb5d1 coding downstream 309969 20771754 ~ 20778584 (-)
XLOC_034666 chd3 coding downstream 329725 20673287 ~ 20758828 (-)
XLOC_034672 NA coding upstream 691696 21785595 ~ 21838440 (-)
XLOC_034673 BX005336.3 coding upstream 729464 21823363 ~ 21823527 (-)
XLOC_034674 BX005336.2 coding upstream 736787 21830686 ~ 21830850 (-)
XLOC_034675 BX005336.4 coding upstream 742777 21836676 ~ 21836866 (-)
XLOC_034676 NA coding upstream 750005 21843904 ~ 21870352 (-)
XLOC_034665 NA non-coding downstream 420857 20629495 ~ 20667696 (-)
XLOC_034662 NA non-coding downstream 513864 20502280 ~ 20574689 (-)
XLOC_034657 NA non-coding downstream 849418 20234414 ~ 20239135 (-)
XLOC_034656 BX322601.1 non-coding downstream 954690 20132336 ~ 20133863 (-)
XLOC_034654 NA non-coding downstream 1037758 20045387 ~ 20050795 (-)

Expression


Co-expression Network